|
| |
|
|
A transcriptomic-based comparison of barley cultivars differing with respect to their low temperature acclimation capacity
Janská, Anna ; Ovesná, Jaroslava (vedoucí práce) ; Vaňková, Radomíra (oponent) ; Honys, David (oponent)
V disertační práci se zabývám porovnáním transkriptomických profilů odrůd ječmene (Hordeum vulgare L.) s odlišnou schopností chladové aklimatizace, a to na úrovni listu a odnožovacího uzle (OU). Odnožovací uzel jsem zvolila proto, že pro přezimování ozimých obilovin je to zásadní orgán. Abych pokryla první i druhou fázi aklimatizace, zvolila jsem tři týdny otužování při +3řC následované jedním dnem při -3řC. Mrazové poškození jsem měřila metodou konduktometrie (Publikace 2 a 3) s použitím optimalizovaného protokolu, který popsal Prášil a Zámečník (1998). Stejný protokol byl přizpůsoben pro sledování přírůstku mrazem poškozených rostlin (Publikace 2); pro tento účel byly testované rostliny po mrazovém cyklu zasazeny, seříznuty nad OU a byl sledován přírůstek a míra přežití během dalšího týdne. Pro transkriptomické analýzy jsem zvolila platformu DNA čipů Affymetrix (Close et al. 2004) a pro jejich následnou analýzu programy R, MAS 5.0 (Ihaka a Gentleman 1996, Publikace 2 i 3), Gene Spring GX 7.3 (Agilent Technologies, Santa Clara CA; Publikace 2) a MapMan (http://mapman.gabipd.org; Thimm et al. 2004; Usadel et al. 2005; Publikace 2), "Self- Organizing Maps" algoritmus (Kohonen et al. 1996; Publikace 3), MIPS FunCat (Ruepp et al. 2004; http://mips.gsf.de/projects/funcat; Publikace 2). První část...
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Rychlá metodika pro rozlišení česneku (Allium sativum L.), typu český paličák, pomocí mikrosatelitních markerů: metodika pro praxi
Ovesná, Jaroslava ; Mitrová, Katarína ; Kučera, Ladislav
Cílem této metodiky bylo ověřit a sestavit soubor mikrosatelitních markerů pro účely ověření, které je třeba použít pro nespornou identifikaci vybraných druhů česneku typu český paličák. Předmětem metodiky je jednoduchý postup pro určení česneků typu český paličák pomocí analýzy mikrosatelitů (SSR- Single Sequence Repeats), který je využitelný zkušebními laboratořemi v praxi. Popsaná metoda umožňuje identifikovat odrůdy a novošlechtění českého česneku typu paličáku pomocí DNA markerů (alel mikrosatelitů), které jsou přítomny pouze u této skupiny odrůd a novošlechtění česneku. Podstatou je amplifikace úseků genomu obsahující daný mikrosatelitní lokus pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) při použití specifických, flourescenčně značených primerů a následná analýza délky produktů PCR. Metodika nově přináší unikátní soubor diagnostických SSR markerů, postup hodnocení a interpretace výsledků.
Plný text:  PDF
|
|
|
Metodika pro diagnostiku přítomnosti brusinky a klikvy ve zpracovaných produktech pomocí molekulárních SSR markerů: metodika pro praxi
Kučera, Ladislav ; Ovesná, Jaroslava
Předmětem metodiky je postup pro diagnostiku přítomnosti brusinky (Vaccinium vitis-idaea L.) a klikvy (Vaccinum macrocarpon L.) ve zpracovaných produktech, například v čajích, nebo v ovocných složkách řady dalších potravinářských výrobků (džemy, rosoly, protlaky). Metodika vychází z faktu, že primární struktura DNA je typická pro každý rostlinný druh. Byly proto využity molekulární DNA markery, které charakterizují daný rostlinný druh délkovou variabilitou mikrosatelitů (SSR- Single Sequence Repeats). Metodika popisuje extrakci DNA z předpokládané matrice, dále sekvence a použití vybraných SSR markerů a postup vyhodnocení analytických dat. Metodu lze použití v běžně vybavené molekulárně-genetické laboratoři. Metoda je použitelná pro charakterizaci DNA izolované z jakékoliv části rostliny, plodů a z nich odvozených potravin či potravních doplňků. Popisuje postup a potřebné vybavení pro provedení analýzy. Doporučuje způsob hodnocení výsledků.
Plný text: PDF
|
|
|
Detekce pěti virů česneku kuchyňského metodou SYBR Green real- time PCR: metodika pro praxi
Mitrová, Katarína ; Svobodová, Leona ; Ovesná, Jaroslava
Předmětem metodiky je postup pro detekci pěti virů u česneku kuchyňského, pomocí analýzy real- time PCR laboratořemi v praxi. Tato metoda umožní identifikovat pět zástupců virů u česneku a to: Onion yellow dwarf virus (OYDV), Leek yellow stripe virus (LYSV), Garlic common latent virus (GCLV), Shallot latent virus (SLV) a Garlic mite-borne filamentous virus (GMbFV) na základě detekce sekvencí genu pro plášťový protein metodou SYBR Green real-time PCR. Tato metoda se osvědčila jako vhodný nástroj pro detekci vysoce variabilních patogenů jako jsou viry česneku. Metodika nově přináší postup detekce těchto virů.
Plný text: PDF
|
|
| |
host ::
RSS.