|
|
Antagonistic regulation by global transcription factors Tup1p, and Cyc8p of Flo11 and Flo11 -dependent phenotypes in wild yeast
Nguyen Van, Phu ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent) ; Malcová, Ivana (oponent)
Biofilmy jsou běžným způsobem růstu kvasinek, ve kterém buňky přilnou k sobě navzájem a přilnou k abiotickým povrchům za vzniku komplexních mnohobuněčných struktur. Společný život v biofilmech poskytuje buňkám množství výhod ve srovnání s planktonním způsobem růstu. Mezi ně patří především ochrana před vlivy vnějšího prostředí a rezistence. Biofilmy se nacházejí v mnoha prostředích a hrají důležitou rolí v průmyslu. Biofilmy však mohou být také velmi nebezpečné v klinických podmínkách. Existuje tedy velký zájem o studium biofilmů a o jejich eliminaci. V této práci jsme použili biofilm divokých kvasinek Saccharomyces cerevisiae jako ideální systém pro zkoumání potenciálních funkcí kvasinkového Cyc8-Tup1 transkripčního corepresorového komplexu při regulaci buněčné adheze a tvorby biofilmu na agarovém živném médiu a na rozhraní pevná látka-kapalina. Zjistili jsme, že, oproti původnímu očekávání, Cyc8p a Tup1p antagonisticky kontrolují tvorbu strukturovaných biofilmových kolonií na agaru a expresi genu FLO11. Samotný Cyc8p působí jako klíčový represor FLO11, zatímco Tup1p podporuje tvorbu kolonií biofilmu a indukuje expresi FLO11 inhibováním represivní funkce Cyc8p a prevencí degradace Flo11p pravděpodobně mechanismem zahrnujícím inhibici extracelulární proteázy. Navíc Cyc8p a Tup1p antagonisticky...
|
|
|
Ustavení a změny polarity v průběhu buněčného cyklu Saccharomyces cerevisiae
Luxová, Pavla ; Malcová, Ivana (vedoucí práce) ; Šťovíček, Vratislav (oponent)
Buněčnou polaritu lze definovat jako asymetrickou organizaci a distribuci biomolekul, buněčných organel a struktur, která je důležitá pro řadu buněčných procesů a její vytvoření je esenciální pro zdravý vývoj všech organismů. Tato práce se zaměřuje na hlavní mechanismy založení buněčné polarity, jejího udržení a změn v průběhu buněčného cyklu u kvasinky Saccharomyces cerevisiae, která je jedním z preferovaných modelových organismů. Pro přesnou determinaci místa, kde následně vznikne nová buňka, jsou určujícím prvkem prostorové značky nahromaděné v místě předchozího dělení. K jejich rozpoznání jsou zapotřebí Rho GTPázy, které působí na své efektory a tím ovlivňují aktinový cytoskelet a septiny. Tyto struktury jsou nezbytné pro polarizovaný růst pupene. Růst a vývoj pupene je provázaný a regulovaný spolu s buněčným cyklem, na jehož konci se pupen oddělí, čímž vznikne nová buňka. Proces zrodu nové, mladé buňky, která je schopná projít mnohem větším počtem dělení než zbývají její matce, je novou výzvou ke studiu polarity z hlediska stárnutí buněk.
|
|
|
Molekulární podstata interakce rostlinného HSP90 s mikrotubuly
Benáková, Martina ; Krtková, Jana (vedoucí práce) ; Malcová, Ivana (oponent)
Mikrotubuly (MT) jsou jednou ze základních buněčných struktur a účastní se mnoha klíčových dějů v rostlinných buňkách a jejich vlastnosti a funkce jsou ovlivňovány a modifikovány dalšími proteiny. Tyto proteiny řadíme do skupiny proteinů asociovaných s mikrotubuly (MAPs, microtubule-associated proteins). Jedním z MAP je také mnou zkoumaný molekulární chaperon Hsp90, který zastává v buňce velké množství nejrůznějších funkcí. Mimo jiné u něj byla již v minulosti prokázána kolokalizace s MT (Freudenreich a Nick, 1998; Petrášek et al., 1998). Přímá vazba k MT byla však popsána teprve nedávno, a to za pomoci kosedimentačních reakcí specifické tabákové cytozolické izoformy Hsp90, která byla díky své schopnosti vázat MT nazvána Hsp90_MT. Zároveň bylo zjištěno, že vazba k MT je nezávislá na aktivitě ATP (Krtková et al., 2012). Ve zmíněné práci autoři také zjistili pozitivní vliv Hsp90_MT na obnovu MT vystavených chladovému stresu. Přestože se na dynamice MT cytoskeletu podílí v obrovské míře právě MAP, je s podivem, že u mnohých z nich dosud není známá molekulární podstata interakce s MT, tedy jejich MT-vazebná doména. Rozhodli jsme se proto určit tuto doménu u tabákového Hsp90_MT za pomoci tvorby rekombinantních proteinů obsahujících charakteristické domény pro rodinu Hsp90 a následných kosedimentačních...
|
|
|
Analýza mutantů Rpg1/eIF3a v Saccharomyces cerevisiae.
Luxová, Pavla ; Malcová, Ivana (vedoucí práce) ; Binarová, Pavla (oponent)
Rpg1/Tif32/eIF3a je esenciální a největší podjednotkou translačního iniciačního faktoru eIF3 kvasinky Saccharomyces cerevisiae. Vedle jejích interakcí v rámci eIF3 komplexu byla již dříve popsána též její vlastnost interagovat s mikrotubuly. Předběžné výsledky laboratoře s kmeny v genetickém pozadí W303 ukázaly na existenci syntetického fenotypu rpg1-2 mutanty s mikrotubulárním inhibitorem nokodazolem. Cílem této práce byla analýza "mikrotubulárního fenotypu" rpg1-2 mutanty a objasnění možného vlivu odlišného genetického pozadí. Prokázala jsem, že nezávisle na genetickém pozadí kmene (W303, BY, SEY) byly všechny analyzované mutanty rpg1-1, rpg1-2 a rpg1-3 termosenzitivní. Zjistila jsem však, že tyto mutanty v BY a SEY genetickém pozadí za nepermisivních podmínek (37řC, 4 h) nevykazují terminální fenotyp a nezastaví buněčný cyklus v G1 fázi, tak jak bylo popsáno dříve u kmenů pozadí W303. Tyto mutantní kmeny také nevykazovaly zvýšenou citlivost k benomylu a žádná z testovaných mutací v těchto kmenech neovlivňuje obnovu mikrotubulárního systému po uvolnění z působení nokodazolu. Připravila jsem nové kmeny s kombinací delece genu BUB1 s jednotlivými testovanými termosenzitivními mutacemi v genu RPG1. Podrobná fenotypová analýza těchto dvojitých mutantů ukázala, že disfunkce obou genových produktů vede...
|
|
|
The effect of antimicrobial peptides on Saccharomyces cerevisiae and other yeast species
Makarova, Anna-Marie ; Hodek, Petr (vedoucí práce) ; Malcová, Ivana (oponent)
Z důvodu nadměrného užívání antibiotik, antimykotik a dezinfekčních prostředků v posledních desetiletích, byla u patogenních mikroorganismů vyvinuta značná rezistence vůči těmto látkám. Kvasinky rodu Candida představují čtvrtého nejčastějšího původce kvasinkových infekcí u hospitalizovaných pacientů a pro 40% z nich jsou letální. Díky mechanismu účinku rozdílným od zmíněných současně užívaných antimykotik a antibiotik se antimikrobiální peptidy stávají slibnými kandidáty pro vývoj nových léčiv proti kvasinkovým a bakteriálním infekcím. Tato práce se zabývá peptidy izolovanými z divokých včel a jejich syntetickými analogy a identifikuje ty nejefektivnější v boji proti nejčastějším druhům kvasinek Candida a modelové kvasince Saccharomyces cerevisiae. Byl testován a porovnáván antifungální efekt osmi peptidů v různých definovaných podmínkách. Za účelem identifikace případného synergistického působení antimikrobiálních peptidů a současně užívaných antimykotik byla zjišťována citlivost patogenních kvasinek k těmto konvenčním antifungálním látkám, peptidům, a k jejich kombinacím. Odpověď kvasinkových buněk na úrovni plasmatické membrány byla studována měřením relativního membránového potenciálu pomocí fluorescenční sondy (diS-C3(3)). Hyperpolarizační efekt byl pozorován pro každý jednotlivý peptid. Dále...
|
|
|
Antagonistic regulation by global transcription factors Tup1p, and Cyc8p of Flo11 and Flo11 -dependent phenotypes in wild yeast
Nguyen Van, Phu ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent) ; Malcová, Ivana (oponent) ; Demnerová, Kateřina (oponent)
Biofilmy jsou běžným způsobem růstu kvasinek, při kterém buňky adherují jak k sobě navzájem tak i k abiotickým povrchům za vzniku složitých mnohobuněčných struktur. Společné soužití v biofilmech poskytuje buňkám několik výhod ve srovnání s planktonními kulturami. Mezi ně patří nepochybně ochrana a odolnost vůči antimikrobiálním látkám, stresovým faktorům prostředí nebo imunitnímu napadení hostitele. Biofilmy se nacházejí v mnoha prostředích a hrají důležité role v komerčních průmyslových odvětvích. Mohou však být také extrémně nebezpečné v klinickém prostředí. Existuje tedy velký zájem o studium biofilmů a o to, jak je eliminovat. V této studii jsme použili biofilm divokého kmene kvasinky Saccharomyces cerevisiae jako ideální systém pro zkoumání potenciálních funkcí komplexu transkripčních korepresorů Cyc8-Tup1 při regulaci buněčné adheze a tvorby biofilmu na agarovém médiu a na rozhraní pevné látky a kapaliny. Neočekávaně jsme zjistili, že Cyc8p a Tup1p antagonisticky řídí tvorbu strukturovaných biofilmových kolonií na pevných médiích prostřednictvím modulace expresí genu FLO11. Samotný Cyc8p působí jako klíčový represor FLO11, zatímco Tup1p podporuje tvorbu biofilmových kolonií a indukuje expresi FLO11 inhibicí represivní funkce Cyc8p a zároveň zabraňuje degradaci Flo11p možnou inhibicí...
|
|
|
Antagonistic regulation by global transcription factors Tup1p, and Cyc8p of Flo11 and Flo11 -dependent phenotypes in wild yeast
Nguyen Van, Phu ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent) ; Malcová, Ivana (oponent)
Biofilmy jsou běžným způsobem růstu kvasinek, ve kterém buňky přilnou k sobě navzájem a přilnou k abiotickým povrchům za vzniku komplexních mnohobuněčných struktur. Společný život v biofilmech poskytuje buňkám množství výhod ve srovnání s planktonním způsobem růstu. Mezi ně patří především ochrana před vlivy vnějšího prostředí a rezistence. Biofilmy se nacházejí v mnoha prostředích a hrají důležitou rolí v průmyslu. Biofilmy však mohou být také velmi nebezpečné v klinických podmínkách. Existuje tedy velký zájem o studium biofilmů a o jejich eliminaci. V této práci jsme použili biofilm divokých kvasinek Saccharomyces cerevisiae jako ideální systém pro zkoumání potenciálních funkcí kvasinkového Cyc8-Tup1 transkripčního corepresorového komplexu při regulaci buněčné adheze a tvorby biofilmu na agarovém živném médiu a na rozhraní pevná látka-kapalina. Zjistili jsme, že, oproti původnímu očekávání, Cyc8p a Tup1p antagonisticky kontrolují tvorbu strukturovaných biofilmových kolonií na agaru a expresi genu FLO11. Samotný Cyc8p působí jako klíčový represor FLO11, zatímco Tup1p podporuje tvorbu kolonií biofilmu a indukuje expresi FLO11 inhibováním represivní funkce Cyc8p a prevencí degradace Flo11p pravděpodobně mechanismem zahrnujícím inhibici extracelulární proteázy. Navíc Cyc8p a Tup1p antagonisticky...
|
|
|
Regulation of yeast chronological ageing
Fedorová, Viktória ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Malcová, Ivana (oponent)
Kvasinkové bunky prechádzajú po vyčerpaní živín z prostredia do stacionárnej fázy, v ktorej prispôsobujú svoj metabolizmus a ďalšie fyziologické funkcie a prežívajú v režime tzv. chronologického starnutia charakteristickom nedeliacimi sa, prípadne len málo sa deliacimi bunkami. Tento typ starnutia je prirovnávaný k postmitotickému starnutiu buniek vyšších eukaryotických organizmov. Kvasinkové populácie v podmienkach chronologického starnutia tvoria dve subpopulácie vzájomne závislých buniek v tekutej kultúre aj v kolónii rastúcej na agarovom médiu. Dĺžka tohto starnutia sa udáva ako čas, ktorý je populácia schopná prežiť v podmienkach stacionárnej fázy a je regulovaná kalorickou reštrikciou či evolučne konzervovanými dráhami, ktoré reagujú na množstvo konkrétnych látok, ako sú uhlík či aminokyseliny. Regulačné účinky majú tiež samotné metabolity vnútorných procesov bunky či rôzne chemické látky nachádzané v prirodzenom životnom prostredí týchto jednobunkových organizmov. Kľúčové slová: kvasinky, Saccharomyces cerevisiae, stacionárna fáza, chronologické starnutie kvasiniek, diferenciácia buniek, regulačné dráhy, metabolity
|
|
|
The effect of antimicrobial peptides on Saccharomyces cerevisiae and other yeast species
Makarova, Anna-Marie ; Hodek, Petr (vedoucí práce) ; Malcová, Ivana (oponent)
Z důvodu nadměrného užívání antibiotik, antimykotik a dezinfekčních prostředků v posledních desetiletích, byla u patogenních mikroorganismů vyvinuta značná rezistence vůči těmto látkám. Kvasinky rodu Candida představují čtvrtého nejčastějšího původce kvasinkových infekcí u hospitalizovaných pacientů a pro 40% z nich jsou letální. Díky mechanismu účinku rozdílným od zmíněných současně užívaných antimykotik a antibiotik se antimikrobiální peptidy stávají slibnými kandidáty pro vývoj nových léčiv proti kvasinkovým a bakteriálním infekcím. Tato práce se zabývá peptidy izolovanými z divokých včel a jejich syntetickými analogy a identifikuje ty nejefektivnější v boji proti nejčastějším druhům kvasinek Candida a modelové kvasince Saccharomyces cerevisiae. Byl testován a porovnáván antifungální efekt osmi peptidů v různých definovaných podmínkách. Za účelem identifikace případného synergistického působení antimikrobiálních peptidů a současně užívaných antimykotik byla zjišťována citlivost patogenních kvasinek k těmto konvenčním antifungálním látkám, peptidům, a k jejich kombinacím. Odpověď kvasinkových buněk na úrovni plasmatické membrány byla studována měřením relativního membránového potenciálu pomocí fluorescenční sondy (diS-C3(3)). Hyperpolarizační efekt byl pozorován pro každý jednotlivý peptid. Dále...
|
|
|
Biochemická a molekulární podstata specifických vlastností nekonvenčních osmotolerantních kvasinek
Dušková, Michala ; Sychrová, Hana (vedoucí práce) ; Malcová, Ivana (oponent) ; Janderová, Blanka (oponent)
Jednobuněčné organismy jako například kvasinky jsou neustále vystavovány měnícímu se okolnímu prostředí, zvláště pak změnám koncentrace osmoticky aktivních látek. Kvasinkové druhy schopné čelit těmto měnícím se podmínkám lépe, jsou považovány za osmotolerantní (Zygosaccharomyces rouxii, Pichia sorbitophila, Debaryomyces hansenii, apod.). Osmotolerance kvasinek závisí na řadě fyziologických parametrů, ale nejdůležitější vlastností je účinný metabolismus tzv. vnitřních osmolytů. Tuto úlohu zastupuje ve většině kvasinkových druhů malá molekula glycerolu. Při hypoosmotickém stresu se kvasinky zásob glycerolu zbavují, při adaptaci na vysoký osmotický tlak (hyperosmotický stres) naopak glycerol syntetizují a akumulují. Modelová Saccharomyces cerevisiae má dva transportní systémy pro glycerol, kanál ScFps1 sloužící především pro vypouštění glycerolu v případě hypoosmotických podmínek a současně také přenašeč ScStl1 akumulující glycerol v průběhu hyperosmotického stresu. V rámci této práce byly nejprve detailně studovány fyziologické vlastnosti tří výše zmíněných nekonvenčních osmotolerantních druhů. Bylo zjištěno, že i přestože se tyto druhy příliš neliší od modelové S. cerevisiae v základních morfologických vlastnostech, jejich rozdílnost spočívá především ve schopnosti přežívat vysychání, vyrovnávat se...
|
host ::
RSS.