|
|
Geneticky podmíněné faktory progrese vybraných forem chronických nefropatií.
Šafaříková, Markéta ; Reiterová, Jana (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Gaillyová, Renata (oponent)
Nefrotický syndrom je charakterizován proteinurií, hypoproteinémií, otoky a hyperlipidémií. Vyskytuje se u primárních (např. fokální segmentální glomeruloskleróza, FSGS nebo minimální změny glomerulů, MCD) i sekundárních glomerulopatií (např. amyloidóza ledvin). U primárních forem se věnuje velká pozornost možnosti genetického podkladu onemocnění a díky moderním molekulárně- genetickým metodám byly nalezeny geny, jejichž mutace zapříčiňují různé nefropatie (např. ACTN4 nebo INF2). Předkládaná dizertační práce si kladla následující cíle. Za prvé, pokračovat v mutační analýze genu ACTN4, která byla popsána v diplomové práci autorky, u dalších glomerulopatií. Za druhé, zavedení mutační analýzy genu INF2 a následně analyzovat tento gen u pacientů s FSGS/MCD a u speciální skupiny pacientů s pozitivní rodinnou anamnézou pro renální selhání (ESRD) v kombinaci s pokročilým chronickým onemocněním ledvin (CKD) nebo již vyvinutým ESRD v době diagnózy. Za třetí, provést mutační analýzu genů NPHS2 a TRPC6 (metody zavedeny v laboratoři již dříve) u vybraných pacientů ze speciální skupiny. V poslední části se předkládaná práce zabývá expresní analýzou genů, které jsou důležité pro funkčnost podocytů nebo spojené s imunitním systémem člověka. Tato část práce také ověřuje, zda je možné použít poměr expresí genů...
|
|
| |
|
|
Genetic factors in aetiology and phatogenesisof low gamma-glutamyltransferase cholestasis and hereditary jaundice
Cebecauerová, Dita ; Jirsa, Milan (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Macek, Milan (oponent)
Souhrn (Česky) Identifikace genů kódujících hepatocelulární přenašeče a funkční charakterizace jednotlivých proteinů v posledním desetiletí umožnily vedle zrychlení a zpřesnění diagnostického procesu cholestázy i bližší studium regulace genové exprese a tím potenciální možnosti jejího ovlivnění. Tato práce ilustruje současný pokrok na poli geneticky podmíněných cholestáz a zaměřuje se na cholestázy s nízkou hladinou gammaglutamyltransferázy (γGT) a dědičně podmíněné žloutenky. Studie popisuje různé poruchy transportního systému hepatocytů, charakterizuje mutace a jejich fenotypické následky a rozšiřuje tyto analýzy o podrobnou charakterizaci regulačních oblastí genu ATP8B1. Oddíly týkající se cholestáz s nízkou hladinou gammaglutamyltransferázy - popisují vzácný nalezený typ inserčně-deleční mutace asociované s benigním průběhem progresivní familiární intrahepatální cholestázy 1. typu a diskutují možný mechanismus vzniku mutace a její pravděpodobný vliv na funkci proteinu FIC1. - shrnují rozsáhlou genetickou analýzu pacientů se závažnou formou progresivní intrahepatální cholestázy 2. typu, podmíněnou mutacemi v BSEP (Bile Salt Export Pump). Studie se zabývá korelací genotypu a fenotypu u 109 postižených rodin, diskutuje vliv jednotlivých mutací, zejména typ, lokalizaci a stupeň konzervace, na...
|
|
|
Ovlivnění genové exprese u hyperproliferativních kožních onemocnění
Lysá, Barbora ; Arenberger, Petr (vedoucí práce) ; Kohoutová, Milada (oponent) ; Brdička, Radim (oponent) ; Nečas, Emanuel (oponent)
Úvodní část této dizertační práce dává náhled na vybrané aspekty dané problematiky, zabývá se nastíněním molekulární podstaty hyperproliferativních kožních onemocnění, do kterých jsou zahrnuty vedle psoriázy jako charakteristického zástupce i nemelanomové kožní nádory. Dále rozebírá částečně i exogenní vliv UV záření na jejich vznik. Vlastní výzkumná práce je zaměřena na skupinu genů, jejichž exprese byla zkoumána u onemocnění aktinickou keratózou v souvislosti s její léčbou topickým imunomodulátorem - imiquimodem. Zkoumané geny lze rozdělit do skupin na geny modulující imunitní odpověď, geny podílející se na apoptotických procesech a na geny hrající potenciální roli ve vzniku nádorů.
|
|
|
Genetické příčiny deficitu cytochrom c oxidázy u dětí
Vondráčková, Alžběta ; Tesařová, Markéta (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Procházková, Dagmar (oponent)
Mitochondrie jsou hlavním, nepostradatelným zdrojem ATP, který je produkován především systémem oxidativní fosforylace (OXPHOS). Mutace v genech podmiňujících správnou funkci OXPHOS způsobují mitochondriální onemocnění, jejichž incidence je odhadována na 1:5000 živých narozených dětí. Cytochrom c oxidáza (COX) je klíčovým enzymem dýchacího řetězce, který katalyzuje přenos elektronů na kyslík za vzniku molekuly vody. Izolované nebo kombinované poruchy aktivity COX jsou spolu s deficitem komplexu I nejčastějším typem mitochondriální poruchy u dětí. Způsobeny jsou mutacemi v mitochondriálních nebo jaderných genech kódujících strukturní podjednotky a asemblační faktory jednotlivých komplexů OXPHOS. Přesná genetická podstata poruchy aktivity COX však zůstává u mnoha pacientů neobjasněna navzdory vzrůstajícímu počtu nově charakterizovaných genů. Cílem dizertační práce bylo popsat genetickou příčinu mitochondriálního onemocnění u skupiny 60 nepříbuzných dětí z České republiky s biochemicky potvrzenou poruchou COX. Optimalizovanou metodikou high-resolution melting byly identifikovány čtyři heterozygotní varianty v exonech genů COX4I2, COX5A, COX7A1 a COX10, které byly klasifikovány jako patologické, a proto jsou vhodnými kandidáty pro provedení cílené mutační analýzy u dětí s deficitem COX. Pomocí SNP DNA...
|
|
|
Analýza volných nukleových kyselin v moči urologických pacientů.
Šantorová, Šárka ; Korabečná, Marie (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Drábek, Jiří (oponent)
Ve dvou studiích zabývajících se volnými nukleovými kyselinami v moči byl hledán biomarker pro odlišení pacientů s rakovinou močového měchýře od kontrolní skupiny. Karcinom močového měchýře tvoří 4 % nově diagnostikovaných onkologických onemocnění v České republice a zatím neexistuje dostatečně přesná neinvazivní metoda k jeho diagnostice. Supernatant moči, omývající sliznici močového měchýře, který neobsahuje buňky a jejich fragmenty, se zdá být vhodným zdrojem biomarkerů pro neinvazivní diagnostiku. V jedné studii byly zkoumány miRNA, jako neinvazivní biomarkery rakoviny močového měchýře. miRNA jsou krátké nekódující RNA, které blokují translaci, vyskytují se ve všech tělních tekutinách a jsou velmi stabilní. K nalezení vhodných markerů mezi miRNA byla provedena studie o třech částech. Ve všech třech částech bylo vyšetřeno celkem 109 jedinců (36 kontrol a 73 pacientů s rakovinou močového měchýře). Analýza miRNA byla založena na RT-PCR (Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction). V první fázi bylo vyšetřeno 59 jedinců TaqMan array kartami s 381 miRNA. V druhé fázi byly potvrzovány výsledky první fáze na stejném souboru jedinců jednotlivými assayemi pro 13 vybraných miRNA. Ve třetí fázi byl vyšetřen nový soubor jedinců (23 kontrol a 27 pacientů s rakovinou močového měchýře) opět assayemi pro...
|
|
|
Geneticky podmíněné faktory progrese vybraných forem chronických nefropatií.
Šafaříková, Markéta ; Reiterová, Jana (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Gaillyová, Renata (oponent)
Nefrotický syndrom je charakterizován proteinurií, hypoproteinémií, otoky a hyperlipidémií. Vyskytuje se u primárních (např. fokální segmentální glomeruloskleróza, FSGS nebo minimální změny glomerulů, MCD) i sekundárních glomerulopatií (např. amyloidóza ledvin). U primárních forem se věnuje velká pozornost možnosti genetického podkladu onemocnění a díky moderním molekulárně- genetickým metodám byly nalezeny geny, jejichž mutace zapříčiňují různé nefropatie (např. ACTN4 nebo INF2). Předkládaná dizertační práce si kladla následující cíle. Za prvé, pokračovat v mutační analýze genu ACTN4, která byla popsána v diplomové práci autorky, u dalších glomerulopatií. Za druhé, zavedení mutační analýzy genu INF2 a následně analyzovat tento gen u pacientů s FSGS/MCD a u speciální skupiny pacientů s pozitivní rodinnou anamnézou pro renální selhání (ESRD) v kombinaci s pokročilým chronickým onemocněním ledvin (CKD) nebo již vyvinutým ESRD v době diagnózy. Za třetí, provést mutační analýzu genů NPHS2 a TRPC6 (metody zavedeny v laboratoři již dříve) u vybraných pacientů ze speciální skupiny. V poslední části se předkládaná práce zabývá expresní analýzou genů, které jsou důležité pro funkčnost podocytů nebo spojené s imunitním systémem člověka. Tato část práce také ověřuje, zda je možné použít poměr expresí genů...
|
|
| |
|
|
Y chromosomální polymorfismy v české populaci se zaměřením na moravské Valašsko: evolučně antropologická studie
Ehler, Edvard ; Vančata, Václav (vedoucí práce) ; Černý, Viktor (oponent) ; Brdička, Radim (oponent)
1 Abstrakt Cíl: Tato studie se zabývá historií moravských Valachů z hlediska evoluční antropologie. Jejím cílem je zjistit původ moravských Valachů a prozkoumat, které mateřské populace daly vzniknout charakteristické populaci moravských Valachů. Metody a materiál: Práce je zaměřena na porovnání Y chromosomálních haplotypů evropských populací s moravskými Valachy. Tyto haplotypy jsou tvořeny setem 12 Y-STR polymorfismů. Z jejich frekvencí byly vypočteny intrapopulační a interpopulační statistiky, stejně jako byly určeny Y chromosomální haploskupiny a provedena admixture analýza. Srovnávací soubor zahrnuje informace z celkově 44 evropských populací s 4757 dárci DNA. Moravští Valaši jsou zastoupeni 94 vzorky. Výsledky: Analýza genetických dat odhalila sníženou genetickou diverzitu, sníženou průměrnou genetickou diverzitu na lokus a snížené mean number of pairwise differences valašské populace ve srovnání s okolními středoevropskými populacemi. To je zřejmě způsobeno izolací valašské populace. Vícerozměrné škálování a porovnání FST párových genetických vzdáleností odhalilo, že Valaši jsou blízcí populacím z Polska, Makedonie a Rumunska. Porovnání sdílených holotypů, AMOVA, admixture analýza, stejně jako demografická a historická data, dokládají silný vliv autochtonní moravské populace na vznikající populaci...
|
|
|
Využití moderních molekulárně-biologických metod v prevenci, časné diagnóze, predikci léčby a prognóze nádorových chorob
Benešová, Lucie ; Minárik, Marek (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Klepárník, Karel (oponent)
55 5 Závěr V prezentovaných pracích jsme se zabývali vývojem a praktickou aplikací metod pro rychlou, citlivou, vysokokapacitní detekci molekulárních markerů u různých typů nádorových onemocnění. Vyvinuli jsme v této souvislosti dvě nové metodiky. První je založená na cyklujícím teplotním gradientu, který poskytuje efektivnější separaci DNA molekul a možnost opakovaného dávkování v jedné analýze a tedy výrazné zvýšení celkového počtu analyzovaných vzorků 1 . Druhá metodika založená na dynamickém značení DNA molekul interkalačním činidlem během elektroforetické analýzy odstraňuje potřebu fluorescenčně značených primerů a dělá tak analýzy finančně i prakticky dostupnějšími 3 . Obě tyto metodiky jsme následně použili při analýzách klinických vzorků pacientů s nádorovým onemocněním. Výsledky uvedených publikací zaměřených na klinické aplikace ukazují, že vyšetření molekulárních markerů zahrnující mutace, alelické ztráty a jednonukleotidové polymorfismy má široké uplatnění. Charakterizace vzorků kolorekta na molekulární úrovni, jehož optimalizaci jsme provedli, může mít význam při popisu stádia transformace adenomu v karcinom nebo při odhadu prognózy onemocnění na základě detekovaných typů mutací 2 . U pacientů s podezřením na karcinom pankreatu může molekulárně-biologické vyšetření v kombinaci s cytologickým...
|
host ::
RSS.