|
|
Korelace genotyp-fenotyp u vybraných vzácných onemocnění s využitím molekulární analýzy genomových a genových variant
Vlčková, Markéta ; Sedláček, Zdeněk (vedoucí práce) ; Gaillyová, Renata (oponent) ; Baxová, Alice (oponent)
Práce byla zaměřena na podrobnou analýzu pacientů se vzácnými genomovými a genovými variantami. Studován byl vliv těchto variant na fenotyp pacientů. Vzhledem k tomu, že většina našich pacientů, ať už syndromických nebo nesyndromických, byla k podrobnějšímu vyšetření indikována z důvodu mentální retardace a/nebo poruchy autistického spektra, byla práce zaměřena na tyto dvě klinické jednotky. Nejprve byli k analýze vybráni pacienti s mikroskopicky detekovanými chromozomálními aberacemi, jejichž rozsah, genový obsah a mechanismus vzniku byly upřesněny pomocí molekulárně genetických metod, nejčastěji array CGH s vysokým rozlišením. Později byli analyzováni pacienti se vzácnými nebo jedinečnými submikroskopickými aberacemi, zjištěnými právě pomocí aCGH nebo SNP array. S využitím těchto metod jsme v průběhu práce analyzovali pacienty s delecemi Xp22.1-p22.3, 6q11-q13, 6q14-q16, Xq25, 1q21.1, Xp21.2-p21.3, 2p14-p15, 17q21.31, 9q21.3 a 2p15-p16.1, a pacientku s duplikací Xp21.2-p21.3. V posledních letech jsme přistoupili k analýze syndromických pacientů metodami sekvenování nové generace. Tak byly odhaleny varianty v genech HCFC1, KAT6B, SOS2 a KMT2D, které byly dále studovány. Práce přispěla k poznatkům o vlivu nalezených genomových a genových variant na fenotyp pacientů, o mechanismech vzniku genomových...
|
|
|
Analýza variant v počte kópií (CNV) v genómoch pacientov s mentálnou retardáciou
Hančárová, Miroslava ; Sedláček, Zdeněk (vedoucí práce) ; Gaillyová, Renata (oponent) ; Michalová, Kyra (oponent)
Mentálna retardácia (MR) je časté veľmi heterogénne neurovývojové ochorenie, s prevalenciou v populácii 2,5-3 %. Prispenie genetických faktorov k rozvoju MR je vysoké, ale v mnohých prípadoch zostáva etiológia ochorenia neobjasnená. Najnovšie štúdie prostredníctvom arrayových metód poukázali na častejší výskyt variant v počte kópií (copy number variants - CNV) u pacientov s týmto ochorením. Patogénne CNV boli identifikované u 10-15 % pacientov s idiopatickou MR a normálnym karyotypom. Cieľom práce bola celogenómová analýza ziskov a strát genetického materiálu v súbore českých pacientov s MR a dôkladná bioinformatická analýza zistených genetických zmien pre určenie ich pravdepodobného klinického významu. Celogenómová analýza s využitím HumanCytoSNP-12 BeadChips (Illumina) bola prevedená u 183 pacientov s idiopatickou MR, normálnym karyotypom a bez expanzie v géne FMR1. Získané dáta boli analyzované dvoma nezávislými programami, a to GenomeStudio a QuantiSNP a ich výsledky boli následne podrobené dvom kolám dôkladnej bioinformatickej analýze. Výsledkom tejto analýzy bola klasifikácia CNV do 4 rôznych kategórií: patogénne CNV, pravdepodobne patogénne CNV, CNV s nejasnou klinickou signifikanciou a benígne CNV. S výnimkou benígnych CNV boli všetky ostatné CNV potvrdzované nezávislou metódou ako FISH, MLPA, QFPCR...
|
|
|
Geneticky podmíněné faktory progrese vybraných forem chronických nefropatií.
Šafaříková, Markéta ; Reiterová, Jana (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Gaillyová, Renata (oponent)
Nefrotický syndrom je charakterizován proteinurií, hypoproteinémií, otoky a hyperlipidémií. Vyskytuje se u primárních (např. fokální segmentální glomeruloskleróza, FSGS nebo minimální změny glomerulů, MCD) i sekundárních glomerulopatií (např. amyloidóza ledvin). U primárních forem se věnuje velká pozornost možnosti genetického podkladu onemocnění a díky moderním molekulárně- genetickým metodám byly nalezeny geny, jejichž mutace zapříčiňují různé nefropatie (např. ACTN4 nebo INF2). Předkládaná dizertační práce si kladla následující cíle. Za prvé, pokračovat v mutační analýze genu ACTN4, která byla popsána v diplomové práci autorky, u dalších glomerulopatií. Za druhé, zavedení mutační analýzy genu INF2 a následně analyzovat tento gen u pacientů s FSGS/MCD a u speciální skupiny pacientů s pozitivní rodinnou anamnézou pro renální selhání (ESRD) v kombinaci s pokročilým chronickým onemocněním ledvin (CKD) nebo již vyvinutým ESRD v době diagnózy. Za třetí, provést mutační analýzu genů NPHS2 a TRPC6 (metody zavedeny v laboratoři již dříve) u vybraných pacientů ze speciální skupiny. V poslední části se předkládaná práce zabývá expresní analýzou genů, které jsou důležité pro funkčnost podocytů nebo spojené s imunitním systémem člověka. Tato část práce také ověřuje, zda je možné použít poměr expresí genů...
|
|
|
Geneticky podmíněné faktory progrese vybraných forem chronických nefropatií.
Šafaříková, Markéta ; Reiterová, Jana (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Gaillyová, Renata (oponent)
Nefrotický syndrom je charakterizován proteinurií, hypoproteinémií, otoky a hyperlipidémií. Vyskytuje se u primárních (např. fokální segmentální glomeruloskleróza, FSGS nebo minimální změny glomerulů, MCD) i sekundárních glomerulopatií (např. amyloidóza ledvin). U primárních forem se věnuje velká pozornost možnosti genetického podkladu onemocnění a díky moderním molekulárně- genetickým metodám byly nalezeny geny, jejichž mutace zapříčiňují různé nefropatie (např. ACTN4 nebo INF2). Předkládaná dizertační práce si kladla následující cíle. Za prvé, pokračovat v mutační analýze genu ACTN4, která byla popsána v diplomové práci autorky, u dalších glomerulopatií. Za druhé, zavedení mutační analýzy genu INF2 a následně analyzovat tento gen u pacientů s FSGS/MCD a u speciální skupiny pacientů s pozitivní rodinnou anamnézou pro renální selhání (ESRD) v kombinaci s pokročilým chronickým onemocněním ledvin (CKD) nebo již vyvinutým ESRD v době diagnózy. Za třetí, provést mutační analýzu genů NPHS2 a TRPC6 (metody zavedeny v laboratoři již dříve) u vybraných pacientů ze speciální skupiny. V poslední části se předkládaná práce zabývá expresní analýzou genů, které jsou důležité pro funkčnost podocytů nebo spojené s imunitním systémem člověka. Tato část práce také ověřuje, zda je možné použít poměr expresí genů...
|
|
|
Korelace genotyp-fenotyp u vybraných vzácných onemocnění s využitím molekulární analýzy genomových a genových variant
Vlčková, Markéta ; Sedláček, Zdeněk (vedoucí práce) ; Gaillyová, Renata (oponent) ; Baxová, Alice (oponent)
Práce byla zaměřena na podrobnou analýzu pacientů se vzácnými genomovými a genovými variantami. Studován byl vliv těchto variant na fenotyp pacientů. Vzhledem k tomu, že většina našich pacientů, ať už syndromických nebo nesyndromických, byla k podrobnějšímu vyšetření indikována z důvodu mentální retardace a/nebo poruchy autistického spektra, byla práce zaměřena na tyto dvě klinické jednotky. Nejprve byli k analýze vybráni pacienti s mikroskopicky detekovanými chromozomálními aberacemi, jejichž rozsah, genový obsah a mechanismus vzniku byly upřesněny pomocí molekulárně genetických metod, nejčastěji array CGH s vysokým rozlišením. Později byli analyzováni pacienti se vzácnými nebo jedinečnými submikroskopickými aberacemi, zjištěnými právě pomocí aCGH nebo SNP array. S využitím těchto metod jsme v průběhu práce analyzovali pacienty s delecemi Xp22.1-p22.3, 6q11-q13, 6q14-q16, Xq25, 1q21.1, Xp21.2-p21.3, 2p14-p15, 17q21.31, 9q21.3 a 2p15-p16.1, a pacientku s duplikací Xp21.2-p21.3. V posledních letech jsme přistoupili k analýze syndromických pacientů metodami sekvenování nové generace. Tak byly odhaleny varianty v genech HCFC1, KAT6B, SOS2 a KMT2D, které byly dále studovány. Práce přispěla k poznatkům o vlivu nalezených genomových a genových variant na fenotyp pacientů, o mechanismech vzniku genomových...
|
|
|
Molekulárně genetická vyšetření u českých pacientů a rodin s vrozenou ztrátou sluchu a bez mutací v GJB2 genu.
Pourová, Radka ; Seeman, Pavel (vedoucí práce) ; Gaillyová, Renata (oponent) ; Plzák, Jan (oponent)
Vrozená ztráta sluchu je nejčastější smyslovou vadou postihující 1 ze 300 novorozenců. Genetické příčiny jsou zodpovědné za 50-75 %. Nejčastější příčinou hereditární ztráty sluchu (HHL) jsou mutace v genu GJB2, které jsou zodpovědné za 43 % nesyndromové ztráty sluchu v ČR. V literatuře jsou za druhou nejčastější genetickou příčinu vrozené ztráty sluchu považovány mutace v genu SLC26A4. Bialelické mutace v tomto genu způsobují nesyndromovou ztrátu sluchu typu 4 (DFNB4) a Pendredův syndrom (PS), což je porucha sluchu spojená s poruchou štítné žlázy. Typickou známkou obou jednotek je rozšíření vestibulárního akveduktu (EVA) a Mondiniho dysplázie (MD) na HRCT pyramid. V DNA laboratoři Kliniky dětské neurologie 2.LF UK a FN Motol byl v rámci dřívější studie mutací v genu GJB2 shromážděn rozsáhlý soubor pacientů s nesyndromovou ztrátou sluchu, ve kterém zůstalo stále 57 % pacientů s neobjasněnou příčinou ztráty sluchu. Pomocí sekvenace genu SLC26A4 bylo vyšetřeno 315 neslyšících pacientů s vyloučenými bialelickými mutacemi v GJB2 genu, z toho 30 familiárních a 285 sporadických případů. Alespoň jedna patogenní mutace genu SLC26A4 byla zjištěna u 6,9 % pacientů a bialelické patogenní mutace u 2,6 %, u familiárních případů to však bylo již 14,8 % pacientů s alespoň jednou mutací, resp. 7,4 % pacientů s oběma...
|
|
|
Analýza variant v počte kópií (CNV) v genómoch pacientov s mentálnou retardáciou
Hančárová, Miroslava ; Sedláček, Zdeněk (vedoucí práce) ; Gaillyová, Renata (oponent) ; Michalová, Kyra (oponent)
Mentálna retardácia (MR) je časté veľmi heterogénne neurovývojové ochorenie, s prevalenciou v populácii 2,5-3 %. Prispenie genetických faktorov k rozvoju MR je vysoké, ale v mnohých prípadoch zostáva etiológia ochorenia neobjasnená. Najnovšie štúdie prostredníctvom arrayových metód poukázali na častejší výskyt variant v počte kópií (copy number variants - CNV) u pacientov s týmto ochorením. Patogénne CNV boli identifikované u 10-15 % pacientov s idiopatickou MR a normálnym karyotypom. Cieľom práce bola celogenómová analýza ziskov a strát genetického materiálu v súbore českých pacientov s MR a dôkladná bioinformatická analýza zistených genetických zmien pre určenie ich pravdepodobného klinického významu. Celogenómová analýza s využitím HumanCytoSNP-12 BeadChips (Illumina) bola prevedená u 183 pacientov s idiopatickou MR, normálnym karyotypom a bez expanzie v géne FMR1. Získané dáta boli analyzované dvoma nezávislými programami, a to GenomeStudio a QuantiSNP a ich výsledky boli následne podrobené dvom kolám dôkladnej bioinformatickej analýze. Výsledkom tejto analýzy bola klasifikácia CNV do 4 rôznych kategórií: patogénne CNV, pravdepodobne patogénne CNV, CNV s nejasnou klinickou signifikanciou a benígne CNV. S výnimkou benígnych CNV boli všetky ostatné CNV potvrdzované nezávislou metódou ako FISH, MLPA, QFPCR...
|
|
| |
host ::
RSS.