|
|
Changes in mitochondrial DNA in colorectal cancer patients
Danešová, Natálie ; Vodenková, Soňa (vedoucí práce) ; Büchler, Tomáš (oponent)
Změny v mitochondriální DNA (mtDNA) se v buňkách vyskytují častěji než změny v jaderné DNA (nDNA), a to v důsledku několika faktorů, jako je například těsná blízkost místa vzniku většiny reaktivních kyslíkových radikálů nebo menší repertoár opravných drah DNA. Je známo, že poškození nDNA hraje roli u kolorektálního karcinomu (CRC), ale publikací zabývajících se studiem poškození mtDNA je stále málo. Změny v počtu kopií mtDNA, možného nepřímého markeru poškození mtDNA známého jako obsah mtDNA, byly studovány u CRC, avšak studie přinesly protichůdné výsledky. Různé typy změn mtDNA, které by mohly sloužit jako potenciální biomarkery, byly pozorovány u různých typů nádorových onemocnění včetně CRC. Jejich přesná role v progresi onemocnění, určení prognózy pacientů či predikci odpovědi na léčbu však ještě nebyla odhalena. Primární hypotézou naší studie bylo, že mitochondriální dysfunkce vznikající v důsledku změn mtDNA hrají roli v karcinogenezi tlustého střeva a konečníku, a mohly by sloužit jako potenciální biomarkery CRC. K ověření naší hypotézy jsme měřili poškození mtDNA, obsah mtDNA a expresi vybraných opravných genů DNA jak v nádoru, tak v přilehlé nenádorové tkáni. Nejprve jsme provedli Pilotní studii na 7 pacientech pomocí RNA sekvenování a qPCR. Následně byla provedena Validační studie na...
|
|
|
Studium chemorezistence u pacientů s kolorektálním karcinomem léčených 5-fluorouracilem
Dostál, Petr ; Vymetálková, Veronika (vedoucí práce) ; Šeborová, Karolína (oponent)
Volba léčebné strategie u onkologických pacientů závisí na celé řadě klinických a molekulárně biologických faktorů. Ačkoliv již bylo navrženo několik molekulárních biomarkerů, v klinické praxi se jich využívá jen pár a stále jich není dostatek pro spolehlivou personifikovanou medicínu. Vzhledem k nedostatečným výsledkům úspěšnosti léčby u mnoha pacientů s kolorektálním karcinomem (CRC) je zde naléhavá potřeba personalizované medicíny s cílem identifikovat nové prediktivní biomarkery. Jednou z hlavních překážek při léčbě pokročilého stádia CRC je vývoj chemorezistence k systémové chemoterapii. Časná detekce rezistentních klonů nádorových buněk by mohla vést ke změně léčebných režimů, avšak vyžaduje dlouhodobé sledování pacientů a poznání specifických markerů chemorezistence. Náplní této diplomové práce bylo stanovení biomarkerů spjatých s chemorezistencí na 5-fluorouracil (5-FU), jedno z nejčastěji používaných chemoterapeutik v léčbě pacientů s CRC. V prvním kroku se z maternálních (sensitivních) a rezistentních DLD-1 (rezistenti na 40 µM 5-FU a rezistenti na 160 µM 5-FU) buněčných linií připravila knihovna pro sekvenování celého transkriptomu za využití sekvenování nové generace (NGS). Pomocí bioinformatických analýz se vybraly vhodné kandidátní geny (HIST1H2BE, CD44, DKK1, ALDH1L1 a ABCC2) k...
|
|
|
Proteomic analysis of posttranslation modifications in breast cancer cell line profiles
Predná, Nikola ; Laštovičková,, Markéta (oponent) ; Strouhalová,, Dana (vedoucí práce)
Estrogen and progesterone receptors, as well as HER2 protein, are currently the most clinically useful metabolic markers in breast cancer. These markers allow for the determination of the type of tumor and its best treatment options. However, one of the most aggressive types of this disease, triple-negative breast cancer (TNBC), lacks these clinically established biomarkers. This means that hormone therapy or targeted drugs are not an option, leaving fewer treatment options to choose from. In order for new tailored drugs to be developed, the understanding of the molecular basis of the disease is crucial. Recently, many studies aim their search for biomarkers at the protein level using proteomics. Proteins, notably their post-translational modifications (PTM), are at the core of many cellular events and their uncovering may help in the understanding of breast cancer mechanisms.In order to discover the molecular features of TNBC, this study aims to compare proteomic data of untreated cancer cell lines with cells that underwent retinoid therapy. The focus will be on the PTMs, notably glycosylation and phosphorylation, of Vimentin and CD44, which were proposed as potential TNBC biomarkers in previous studies. Protein separation will be carried out using 1D and 2D gel electrophoresis or by SEC-HPLC. The samples will also be subdued to enzymatic cleavage before being identified using MALDI-TOF Mass Spectrometry. In the case of phosphoprotein selective capture, enrichment will be performed by affinity chromatography using TiO2 phosphopeptide enrichment tips (TopTip). Glycosylated proteins will be enriched using WGA lectin affinity based chromatography. Proteins with significant differences in PTMs between the treated and untreated cells will be evaluated using protein databases (MASCOT, STRING, and more). The data acquired from the study will eventually be used to propose potential biomarkers for TNBC.
|
|
|
Proteomic approach for the study of cancer cell line profiles.
Predná, Nikola ; Langová, Denisa (oponent) ; Strouhalová,, Dana (vedoucí práce)
Triple-negative breast cancer (TNBC), known to be an aggressive subtype of breast cancer, has a dismal prognosis and limited treatment options. As of now, chemotherapy is considered the main treatment option. In order for new effective drugs to be developed, it is crucial to understand the molecular basis of triple-negative breast cancer. As a result, a lot of research on potentially active agents for this particular type of breast cancer have been conducted. Recently, many studies on the matter are carried out using proteomics; a means of studying the proteomes of cancer cells. Cancer cells contain key differences in proteins that regulate the mechanisms of the cell. Eventually, mapping these mechanisms can allow to define the state of an organism. This thesis focuses on the proteomic study of TNBC cells and compares untreated cells with cells that have underwent retinoid therapy. Protein and peptide separation was successfully performed using 1D and 2D gel electrophoresis. In addition, the samples were subjected to enzymatic cleavage of selected proteins which were then identified using MALDI-TOF Mass Spectrometry (MS). Proteins playing a role in the process of epithelial–mesenchymal transition (EMT) were then quantified and compared between the samples.
|
|
|
Vliv autismu na morfologii obličeje
Cenková, Klára ; Velemínská, Jana (vedoucí práce) ; Harnádková, Katarína (oponent)
Autismus (PAS) je závažné pervazivní neurovývojové onemocnění s dosud ne zcela jasnou etiologií, avšak rostoucí incidencí. Na úspěšnost jeho léčby a zvýšení kvality života jedinců s PAS má zásadní vliv raná diagnostika a včasné zahájení terapie. K usnadnění diagnostiky může výraznou měrou přispět identifikace biomarkerů v podobě specifických rysů obličeje jedinců s autismem. Tyto dysmorfologie v obličeji mají základ v prenatálním období jako důsledek společné a vzájemně se ovlivňující embryogeneze obličeje a mozku a odráží neurovývojovou podstatu autismu. Pomocí speciálních antropometrických metod lze stanovit specifické fenotypy obličeje, s jejichž pomocí je možné řadit jedince s PAS též do skupin podle závažnosti onemocnění. Klíčová slova: Autismus, dysmorfologie obličeje, PAS, biomarkery, antropometrie
|
|
|
Stenóza karotidy
Svoboda, Norbert ; Beneš, Vladimír (vedoucí práce) ; Peisker, Tomáš (oponent) ; Herzig, Roman (oponent)
Podkladem disertační práce jsou tři studie, které se zaměřují na diagnostiku stenózy karotidy. První studie se zabývá histologickou strukturou karotických plátů a jejich vztahem ke klinickým projevům. Do studie bylo zařazeno 269 pacientů s 280 analyzovanými pláty. Mnohonásobnou logistickou regresí byl prokázán významný vztah mezi symptomatickou stenózou a pěnovými buňkami (OR=1.9, p = 0.03) a trombózou v plátu (OR=3.5, p = 0.02). Byla prokázána i významná korelace mezi symptomatickým plátem a nestabilním plátem dle komplexní klasifikace plátu AHA klasifikací (OR=1.8, p = 0.03). Druhá studie se věnuje otázce přesnosti diagnostiky stenózy karotidy pomocí digitální substrakční angiografie (DSA). Všem 644 pacientům byla změřena stenóza karotidy na DSA a na histologicky zpracovaném plátu odstraněného z karotidy během endarterektomie. Ve studii nebyl prokázán vztah mezi nálezem na histologickém plátu a na DSA (korelační koeficient pro ECST 0.22 a 0.20 pro NASCET). Poslední studie se zabývá analýzou biomarkerku oxidativního stresu (malonyldialdehydu, MDA) jako prediktoru nestabilních karotických plátů. Studie se zúčastnilo 35 pacientů. Pacienti s asymptomatickou stenózou karotidy spolu s pacienty, kteří prodělali amaurosis fugax, měli významně nižší hladinu MDA než pacienti po ischemické mozkové příhodě...
|
|
|
Biomarkery mitofagie v kontinuu Alzheimorovy nemoci
Katonová, Alžbeta ; Veverová, Kateřina (vedoucí práce) ; Bohačiaková, Dáša (oponent)
Objavy posledných rokov ukazujú, že porucha mitofágie sa podieľa na patofyziológii Alzheimerovej choroby (ACH) a ostatných neurodegeneratívnych ochorení. Štúdie na mozgových biopsiách pacientov s ACH, bunkových aj zvieracích modeloch ACH ukazujú, že na veku závislý pokles kapacity mitofágie významne prispieva k patológií ACH, a že hladiny proteínov súvisiacich s mitofágiou sú zmenené. Či sa však tieto zmeny odrážajú v biofluidoch jedincov s ACH, a či by proteíny účastniace sa mitofágie mohli byť potencionálnymi biomarkermi ACH, nie je známe. Cieľom diplomovej práce bolo porovnať hladinu markerov mitofágie v krvnom sére a mozgovomiechovom moku (CSF) pacientov v rôznych štádiách ACH s kognitívne zdravými kontrolami (CU) a určiť ich vzťah k miere postihnutia kognície a štandardným biomarkerom ACH (amyloid beta 42 (Ab42), celkového tau (T-tau) a tau fosforylovaného na threoníne 181 (P-tau181)). Preukázali sme, že u jedincov s ACH je narušená mitofágia, ktorá sa prejavuje zvýšenými hladinami PINK1 a BNIP3L (aktivátory mitofágie) a zníženými hladinami TFEB (hlavný regulátor lyzozomálnej biogenézy) v porovnní s CU. Tieto zmeny boli navyše spojené s pokročilejšou patológiou ACH, ktorá sa prejavila zvýšenou pozitivitou biomarkerov ACH a postihnutím kognície. Tieto výsledky naznačujú, že pri ACH dochádza k...
|
|
|
Účast neuroimunitního systému v Alzheimerově onemocnění
Chaloupková, Barbora ; Hejnová, Lucie (vedoucí práce) ; Vašek, Daniel (oponent)
Alzheimerovo onemocnění trápí s rostoucím věkem dožití čím dál více lidí. Příčiny tohoto onemocnění stále nejsou zcela pochopeny a vysvětleny. Účinná léčba stále chybí. Důvodem je i to, že neexistují markery onemocnění v jeho raných stadiích ještě před propuknutím kognitivních deficitů. V současné době se výzkum zaměřuje na neuroimunitní systém. Ukazuje se, že změny v jeho funkci hrají v Alzheimerově onemocnění podstatnou roli. V této bakalářské práci je popsána interakce složek neuroimunitního systému v preklinických stádiích a progresi Alzheimerova onemocnění (AD). Jejich využití jako biomarkery v diagnóze preklinického a klinického stádia AD a následně jejich potencionální využití v terapeutické léčbě AD. Klíčová slova: Alzheimerovo onemocnění, neuroimunitní systém, neuroinflamace, terapeutická léčba, biomarkery
|
|
|
Detecting biomarkers of extremophiles in Martian analogues
Němečková, Kateřina ; Jehlička, Jan (vedoucí práce) ; Hauer, Tomáš (oponent) ; Vandenabeele, Peter (oponent)
Shrnutí Hlavním cílem této disertační práce je studium endolitických kolonizacích v sádrovcích na Sicílii. Tato oblast byla vybrána z důvodu velkého rozšíření sádrovcových výchozů a jejich relativní dostupností. Tyto výchozy jsou zároveň často kolonizovány organismy, a oproti většině předešlých studií se tato oblast nenachází v extrémním podmínkách. Mezi konkrétní cíle této práce patří: detekce endolitických biomarkerů, analýza jejich distribuce v horninové prostředí a přiřazení těchto biomakerů k jejich biologickému zdroji a následné studium jejich biodiverzity. Hlavní metodou, která byla použita je Ramanova spektroskopie. Pomocí přenosného Ramanova spektrometru byly detekovány karotenoidy in situ tj. přímo na sádrovcových výchozech. Dále pak (v laboratorních podmínkách) byly detekovány další pigmenty např. scytonemin a gloeocapsin. Tyto dva pigmenty mohou sloužit jako biomarkery pro taxonomické účely, jelikož jsou syntetizovány pouze některými sinicemi. Celková molekulární analýza ukázala, že diverzita endolitických kolonizací v oblasti Sicílie je (na úrovni kmene) velmi podobná jako např. kolonizace v poušti Atacama či v Arktických oblastí. Tato podobnost mezi endolitickými kolonizacemi byla dříve popsána jako "hypotéza globální komunity ".
|
|
|
Prognostické markery vývoje onemocnění u pacientů v časné fázi roztroušené sklerózy
Petržalka, Marko ; Marusič, Petr (vedoucí práce) ; Taláb, Radomír (oponent) ; Lízrová, Jana (oponent)
Prognostické markery vývoje onemocnění u pacientů v časné fázi roztroušené sklerózy ABSTRAKT Práce se zabývá možnostmi stanovení prognózy na počátku onemocnění roztroušenou sklerózou. Oblasti využití jednotlivých biomarkerů se často prolínají, proto teoretická část poskytuje přehled biomarkerů užívaných nejenom při stanovování prognózy, ale i při diagnostice a monitoraci terapie.Empirická část pojednává ovlastním výzkumu prognostického významu intrathekální syntézy imunoglobulinů třídy M, sérových a likvorových hodnot interleukinu 2, interleukinu 6, interleukinu 10, chitinase 3-like 2 proteinu a těžkých řetězců neurofilament stanovených ze vzorků získaných při diagnostice onemocnění. Do studie bylo zahrnuto 58 pacientů diagnostikovaných časně po prvním relapsu. Všichni pacienti zahájili terapii glatiramer acetátem, teriflunomidem nebo interferonem beta. Pacienti byli prospektivně sledováni po dobu dvou let klinicky a pomocí magnetické rezonance. Poměr interleukinu 2 k interleukinu 6 v likvoru ˂0,48 (p=0,0028), koncentrace interleukinu 2 v likvoru ≥1,23 (p=0,0260), koncentrace chitinase 3-like 2 proteinu v likvoru ≥7900 (p=0,0330), věk v době prvního relapsu ˂22 let (p=0,0312) a stupeň funkčního postižení (Expanded Disability Status Scale) v době zahájení terapie ≥1,5 (p=0,0481), byly shledány nezávislými...
|
host ::
RSS.