|
| |
|
|
Dynamic metabolomic prediction from genetic variation
Nemčeková, Petra ; Weckwerth, Wolfram (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Hordeum vulgare, like many other crops, suffers from the reduction of genetic diversity caused by climate changes. Therefore, it is necessary to improve the performance of its breeding. Nowadays, the area of interest in current research focuses on indirect selection methods based on computational prediction modeling. This thesis deals with dynamic metabolomic prediction based on genomic data consisting of 33,005 single nucleotide polymorphisms. Metabolomic data include 128 metabolites belonging to 25 Halle exotic barley families. The main goal of this thesis is to create dynamic metabolomic predictions using different approaches chosen from relevant publications. The created models can be helpful for the prediction of phenotype or for revealing important traits of Hordeum vulgare.
|
|
|
Bioinformatic analysis of single nucleotide polymorphisms in the 1000 Genomes Project database
Parobková, Viktória ; Roy, Sudeep (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
The whole-Genome sequencing and its variations discovery were challenging for many years. The knowledge of all genetic variations is remarkably beneficial in disease research. The bachelor thesis is dedicated to human genetic variations and its two main research projects, the HapMap Project and the 1000 Genomes Project which notably helped the disease analyses. The first part describes both Projects and the following part explains the structure of their databases and presents software which enables to browse and download data from these projects. At last, statistical, population and bioinformatic analyses are performed on structural variant dataset assembled by the 1000 Genomes Project.
|
|
|
Příprava a studium Alitu
Jančíků, Andrea ; Gazdič, Dominik (oponent) ; Dvořák, Karel (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá, převážně teoreticky a částečně prakticky, přípravě hlavního slínkového minerálu trikalciumsilikátu (Alitu-C3S). V teoretické části jsou shrnuty hlavní poznatky z posledních let výzkumů polymorfních fází tohoto minerálu. Praktická část se věnuje přípravě polymorfní fáze alitu M1. Hlavním cílem bylo připravit monoklinickou fázi alitu M1 a analyzovat jejich vlastnosti dostupnými analytickými metodami.
|
|
|
Studium struktury a stability Alitu
Pernicová, Kateřina ; Všianský,, Dalibor (oponent) ; Dvořák, Karel (vedoucí práce)
Diplomová práce pojednává o laboratorní přípravě hlavního slínkového minerálu alitu. V teoretické části jsou shrnuty hlavní poznatky z posledních výzkumů. Praktická část se věnuje přípravě a optimalizaci metodiky přípravy polymorfu alitu. Hlavním cílem bylo připravit monoklinické fáze alitu M1 a M3 a analyzovat jejich vlastnosti dostupnými analytickými metodami.
|
|
|
Studium struktury a stability belitu
Adameková, Paulína ; Kalivoda,, Karel (oponent) ; Gazdič, Dominik (vedoucí práce)
Predkladaná diplomová práca sa zaoberá prípravou slinkového minerálu belitu. Cieľom je optimalizovať prípravu belitu s následným sledovaním vplyvu vedľajších oxidov, spôsobu prípravy a tiež režimu výpalu na stabilitu ß – C2S. Práca sa primárne zameriava na prípravu ß – C2S bez stabilizácie, pričom vychádza z predchádzajúceho výskumu v oblasti slinkových minerálov na ÚTHD, kde na základe výsledkov došlo k úprave metódy prípravy surovinovej múčky a optimalizácií navrhnutých páliacich režimov.
|
|
|
Dynamic metabolomic prediction from genetic variation
Nemčeková, Petra ; Weckwerth, Wolfram (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Hordeum vulgare, like many other crops, suffers from the reduction of genetic diversity caused by climate changes. Therefore, it is necessary to improve the performance of its breeding. Nowadays, the area of interest in current research focuses on indirect selection methods based on computational prediction modeling. This thesis deals with dynamic metabolomic prediction based on genomic data consisting of 33,005 single nucleotide polymorphisms. Metabolomic data include 128 metabolites belonging to 25 Halle exotic barley families. The main goal of this thesis is to create dynamic metabolomic predictions using different approaches chosen from relevant publications. The created models can be helpful for the prediction of phenotype or for revealing important traits of Hordeum vulgare.
|
|
|
Asociace vybraných polymorfismů genů oxidativního stresu s diabetes mellitus 1. a 2. typu
Kloboučková, Lucie ; Kotrbová - Kozak, Anna Katarzyna (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
Diabetes mellitus je chronické onemocnění s komplexní patogenezí vznikající buď v důsledku nedostatku inzulinu nebo zhoršené odezvy na inzulin. Jedná se o poruchu metabolizmu sacharidů charakterizovanou zhoršenou schopností udržet správnou hladinu cukru (glukózy) v krvi. Chronická hyperglykémie indukuje zvýšenou produkci reaktivních forem kyslíku (ROS, Reactive Oxygen Species), což vede ke snížení hladiny přirozených antioxidantů v krvi, a tím přispívá ke vzniku komplikací diabetu (např. cévních nebo plicních). V důsledku oxidativního stresu dochází zároveň k zánětům pankreatu s poškozením ß-buněk Langerhansových ostrůvků. Cíle: Cílem diplomové práce bylo zjistit, zda se určité kombinace genotypů nevyskytují s vyšší frekvencí mezi skupinami diabetiků 1. a 2. typu než u zdravých kontrol. Metody: Do studie bylo zahrnuto 40 diabetiků 1. typu, 40 diabetiků 2. typu a 45 zdravých kontrol. Nejdříve byly analyzovány polymorfizmy vybraných genů zodpovědných za oxidativní stres, např. geny kódující enzymy superoxiddismutázy SOD1, SOD3, glutathion- S-transferázy GSTM1, GSTT1, GSTP1, glutathionperoxidáza GPX1 a kataláza CAT. Vybrané polymorfizmy byly stanoveny pomocí metod RFLP, TaqMan sond a alelově specifické PCR. Následně bylo pomocí kapalinové chromatografie měřeno množství malondialdehydu v plazmě jako...
|
|
|
Prevalence vybraných polymorfizmů v genu pro receptor luteinizačního hormonu v české populaci a u pacientek s ovariálním hyperstimulačním syndromem
Chrudimská, Jana ; Macek, Milan (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Ovariální hyperstimulační syndrom (OHSS) je komplikací technik asistované reprodukce (ART), která potenciálně může ohrozit život pacientky. Je způsoben zvýšenou citlivostí ovarií na léčbu gonadotropiny při kontrolované hyperstimulaci ovarií (COH). Míru ovariální odezvy přitom mohou jemně regulovat polymorfizmy v genech pro gonadotropiny a jejich receptory. Cílem této studie je zjistit prevalenci polymorfizmů Asn291Ser (rs1470652), Ser312Asn (rs2293275) a insLQ (inzerce leucinu a glutaminu, rs58356637) v genu pro receptor luteinizačního hormonu a choriového gonadotropinu (LHCGR) u 102 českých fertilních mužů, 149 fertilních žen a u 58 pacientek, u kterých se rozvinul závažný stupeň OHSS. Polymorfizmy Asn291Ser a Ser312Asn byly detekovány pomocí TaqMan SNP Genotyping Assay, insLQ na kapilární elektroforéze s fluorescenčně značenými primery. Zjištěné prevalence studovaných polymorfizmů v české fertilní populaci jsou ve shodě s většinou výsledů z ostatních evropských studií. Nebyl zjištěn rozdíl v jejich prevalenci mezi muži a ženami, stejně jako nebyl objeven žádný vztah těchto polymorfizmů k rozvoji OHSS. Na provedení haplotypové analýzy byl počet analyzovaných vzorků příliš nízký. Získaná data budou použita pro následné asociační studie v oblasti dysfertility, hormonálně dependentních onemocnění a nádorů...
|
|
|
Vztah úspěšnosti redukční terapie dětské obezity k vybraným genetickým polymorfizmům.
Janoudová, Veronika ; Sedlak, Petr (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
Cílem diplomové práce je analyzovat vztah polymorfizmů Ala54Thr FABP2 (protein vázající dlouhé řetězce mastných kyselin v enterocytech tenkého střeva), Gln27Glu B2AR (lipolytický receptor v bílé tukové tkáni) a A-3826G UCP1 (rozpřahovací protein ve vnitřní membráně mitochondrie v hnědé tukové tkáni) ke sledovaným antropometrickým a biochemickým markerům a zhodnotit jejich vliv na úspěšnost redukční terapie u dětí a adolescentů. Asociace sledovaných polymorfizmů s obezitou byla prokazována v jiných studiích, výsledky jsou však nejednotné a většina studií se zabývala dospělou populací. Studie zahrnuje celkem 335 jedinců (216 dívek a 119 chlapců), kteří absolvovali redukční pobyt v Dětské léčebně Dr. Filipa v Poděbradech v letech 2000 - 2004. U jedinců byly sledovány antropometrické a biochemické markery na začátku a na konci absolvování redukčního pobytu. Genetická analýza polymorfizmů byly provedena metodou PCR- RFLP. Dívky Thr/Thr v polymorfizmu Ala54Thr FABP2 vykazovaly vyšší tloušťku kožní řasy na břiše (p = 0,009) a vyšší procentuální podíl tuku na tělesném složení (p = 0,023). Byla u nich prokázána signifikantně vyšší redukce obou zmíněných markerů (p = 0,008; p = 0,040). U chlapců byl zaznamenán vztah homozygotů Ala/Ala k nižší redukci tělesné hmotnosti (p = 0,040). V polymorfizmu Gln27Glu...
|
host ::
RSS.