|
|
Studium nukleových kyselin a jejich interakcí pomocí Ramanovy mikrospektroskopie kapkově nanášených povlaků (DCDR)
Souček, Pavel ; Kopecký, Vladimír (vedoucí práce) ; Mojzeš, Peter (oponent)
Práce je zaměřena na možnosti využití nové techniky nerezonanční Ramanovy spektroskopie - Ramanovy spektroskopie kapkově nanášených povlaků (drop coating deposition Raman - DCDR) při studiu nukleových kyselin. DCDR spektroskopie je založena na depozici malé kapky roztoku studované látky na hydrofobní povrch, kde po odpaření rozpouštědla, vznikne kroužek látky ve skelné fázi. Tak dojde k zakoncentrování látky a při měření pomocí Ramanova mikrospektrometru i k několika řádovému zvýšení signálu oproti standardní technice měření vzorků v kapalné fázi. V práci jsme studovali chování 12-merů DNA a DNA o délce 3000 párů bází. Náš výzkum ukázal, že DCDR spektra DNA rozpuštěné v deionizované vodě lze měřit až do koncentrace 30 M na bázi. DCDR Spektra jsou blízká spektrům měřeným z kapalné fáze, avšak deponovaný vzorek nikdy nevytváří kroužek. Ukázalo se, že dominantní roli při vzniku kroužku u nukleových kyselin hraje nikoli velikost molekul, ale jejich náboj, který vede k vzájemnému odpuzování molekul. Po přidání iontů sodíku a následně též iontů hořčíku byl pozorován vznik prstence. Faktorová analýza spektrálních map ale ukázala, že vzniklé prstence DNA nejsou spektrálně zcela homogenní a při jejich vzniku může hrát roli např. kondenzace DNA.
|
|
|
Spektroskopické studium interakce antibakteriálních peptidů s modelovými membránami
Tesař, Adam ; Kopecký, Vladimír (vedoucí práce) ; Kočišová, Eva (oponent)
Antimikrobiální peptidy (AMP) mají obrovský potenciál užití v medicíně a farmacii. Mechanismus účinku je dán interakcí s buněčnou stěnou, která vede k penetraci membrány. Způsob narušení buněčné membrány však není plně pochopen, proto jsme se v práci zaměřili na interakci AMP HAL-1, izolovaného z jedu vosy Halictus sexctinctus, s modelovou membránou 100nm lipozomů složených z fosfatidylcholinu a fosfatidyl-glycerolu. Cirkulární dichroismus a infračervená spektroskopie (FTIR) prokázaly změnu sekundární struktury z neuspořádané, u volného HAL-1, na -helikální v interakci s membránou. Dalším krokem byla příprava lipidové dvojvrstvy na povrchu ATR hranolu, která by v budoucnu umožňovala užití polarizované FTIR spektroskopie ke studiu interakce AMP s modelovými membránami. Proto jsme pomocí ATR-FTIR spektrokopie, za použití faktorové analýzy, studovali dynamiku vysychání lipozomů a jejich opětovnou hydrataci, a to i za přidání HAL-1. Zaměřili jsme se na stabilizaci systému vzorku. Hydratace lipidové dvojvrstvy 2 µl vzorku vykazovala stabilitu po desítky minut, přičemž ředěním lipozomů stabilita klesá až k minutám. Rovněž jsme pozorovali protektivní vliv peptidu na lipidovou dvojvrstvu a zpomalení vysychání systému, což by mohlo být způsobeno vznikem kobercové struktury na povrchu. Nicméně, systém není zcela...
|
|
|
Diagnostika neurodegenerativních chorob pomocí Ramanovy spektroskopie
Klener, Jakub ; Kopecký, Vladimír (vedoucí práce) ; Matějka, Pavel (oponent)
Léčba neurodegenerativních chorob je často velmi obtížná a její úspěšnost závisí na včasné diagnóze. Proto jsme v této práci vyvíjeli novou diagnostickou metodu roztroušené sklerózy a Alzheimerovy nemoci pomocí Ramanovy spek- troskopie kapkově nanášených povlaků (DCDR) mozkomíšního moku (CSF). Podařilo se nám nalézt podmínky měření, za kterých byla měřená spektra dostatečně reprodukovatelná a které jsou přijatelné pro běžnou diagnostickou praxi. Přitom jsme zjistili, že CSF podléhá poměrně rychlé degradaci při pokojové teplotě, která byla ve spektrech s jistotou detekovatelná již po 5 ho- dinách, a degradaci vlivem opakovaného zamrazování. DCDR spektra CSF od jednotlivých pacientů byla analyzována pomocí faktorové a shlukové analýzy. Roztroušená skleróza se ve spektrech projevovala sníženou intenzitou Rama- nova pásu na 1080 cm−1 , který pravděpodobně souvisí s nějakým obecnějším patologickým stavem. Spektrální změny způsobené Alzheimerovou nemocí byly mnohem komplexnější a kromě změn ve výše zmíněném páse zde byly identifikovány také změny na intervalu 1200-1800 cm−1 a 2870-2950 cm−1 související se změnami ve skladbě a konformacích proteinů. Navíc se nám podařilo pomocí DCDR spekter rozlišit mladé zdravé pacienty od starších ročníků. V této práci bylo tedy ověřeno, že DCDR spektroskopie je vhodnou...
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Komparace klimatické politiky Spojených států amerických a Čínské lidové republiky mezi lety 2004 a 2009
Kopecký, Václav ; Kozák, Kryštof (vedoucí práce) ; Sehnálková, Jana (oponent)
Bakalářská práce "Komparace klimatické politiky Spojených států amerických a Čínské lidové republiky mezi lety 2004 a 2009" pojednává o vývoji, hlavních aktérech a základních dokumentech klimatické politiky zmíněných dvou států mezi lety 2004 a 2009. Přes odlišné socioekonomické podmínky, politický systém, i odlišnou rétoriku, vykazovaly obě dvě administrativy překvapivě mnoho podobností v přístupu ke změnám klimatu, respektive politice mitigace. Především se jednalo o neochotu k závaznému snižování emisí skleníkových plynů, ale zároveň podporu obnovitelných zdrojů energie, snižování energetické intenzity v průmyslu, zvyšování efektivity v energetice a zavádění přísnějších ekologických standardů. Rozbor základních strategických dokumentů a klíčových aktérů decision-makingu ukazuje, že na těchto úrovních příliš podobností neexistuje, přesto jsou výsledky politik velice podobné. Změna nastala až s nástupem prezidenta Baracka Obamy, který začal prosazovat jiný přístup ke klimatu včetně povinného snižování emisí. Práce je ohraničena obdobím před klimatickým summitem v Kodani, kterému se již nevěnuje.
|
|
|
Studium dynamiky proteinů pomocí optické spektroskopie
Pazderka, Tomáš ; Kopecký, Vladimír (vedoucí práce) ; Maloň, Petr (oponent)
V rámci diplomové práce byl vytvořen a otestován software pro dvoudimenzionální korelační spektroskopii (2DKoS). Na modelových případech byly otestovány jednotlivé možné jevy v 2DKoS analýze vibračního cirkulárního dichroismu. Pro účely praktické aplikace 2DKoS byly změny teplotní a časové závislosti Ramanových spekter a spekter Ramanovy optické aktivity proteinu lysozymu. Fibrilace a teplotní denaturace lysozymu byla analyzována pomocí 2DKoS a faktorové analýzy (FA). Druhým studovaným systémem byly proteiny NKR_P1A a NKR_P1C, jejich teplotní dynamika byla monitorována pomocí infračervené spektroskopie s Fourierovou transformací a Ramanovy spektroskopie. Pomocí 2DKoS se podařilo charakterizovat dynamické chování všech studovaných protein.
|
|
| |
host ::
RSS.