|
Studium dynamiky proteinů pomocí optické spektroskopie
Pazderka, Tomáš ; Kopecký, Vladimír (vedoucí práce) ; Maloň, Petr (oponent)
V rámci diplomové práce byl vytvořen a otestován software pro dvoudimenzionální korelační spektroskopii (2DKoS). Na modelových případech byly otestovány jednotlivé možné jevy v 2DKoS analýze vibračního cirkulárního dichroismu. Pro účely praktické aplikace 2DKoS byly změny teplotní a časové závislosti Ramanových spekter a spekter Ramanovy optické aktivity proteinu lysozymu. Fibrilace a teplotní denaturace lysozymu byla analyzována pomocí 2DKoS a faktorové analýzy (FA). Druhým studovaným systémem byly proteiny NKR_P1A a NKR_P1C, jejich teplotní dynamika byla monitorována pomocí infračervené spektroskopie s Fourierovou transformací a Ramanovy spektroskopie. Pomocí 2DKoS se podařilo charakterizovat dynamické chování všech studovaných protein.
|
|
Spektroskopické studium struktury a interakcí miRNA
Homolka, Radim ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Maloň, Petr (oponent)
MiRNA jsou krátké molekuly RNA post-transkripčně regulující genovou expresi prostřednictvím vazby na cílovou mRNA. V této práci byly především spektroskopickými metodami, dále pak pomocí gelové elektroforézy, charakterizovány některé strukturní vlastnosti a termodynamické parametry (teplota tání, změna entalpie ∆H a entropie ∆S při přechodu mezi jednotlivými konformacemi) oligonukleotidů simulujících komplex miRNA a mRNA. Byly měřeny teplotní závislosti UV a Ramanových spekter, výsledky zpracovány pomocí faktorové analýzy a fitem na vhodný model určeny zmíněné termodynamické parametry. Výsledky ukázaly možnosti těchto metod pro určování termodynamických a strukturních vlastností nekanonických komplexů RNA. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
Studium dynamiky proteinů pomocí optické spektroskopie
Pazderka, Tomáš ; Kopecký, Vladimír (vedoucí práce) ; Maloň, Petr (oponent)
V rámci diplomové práce byl vytvořen a otestován software pro dvoudimenzionální korelační spektroskopii (2DKoS). Na modelových případech byly otestovány jednotlivé možné jevy v 2DKoS analýze vibračního cirkulárního dichroismu. Pro účely praktické aplikace 2DKoS byly změny teplotní a časové závislosti Ramanových spekter a spekter Ramanovy optické aktivity proteinu lysozymu. Fibrilace a teplotní denaturace lysozymu byla analyzována pomocí 2DKoS a faktorové analýzy (FA). Druhým studovaným systémem byly proteiny NKR_P1A a NKR_P1C, jejich teplotní dynamika byla monitorována pomocí infračervené spektroskopie s Fourierovou transformací a Ramanovy spektroskopie. Pomocí 2DKoS se podařilo charakterizovat dynamické chování všech studovaných protein.
|
| |
|
New peptides with antimicrobial activity isolated from the venom of the bumblebee Bombus pascuorum (Hymenoptera: Apidae)
Ježek, Rudolf ; Janechová, D. ; Cvačka, Josef ; Slaninová, Jiřina ; Voburka, Zdeněk ; Hovorka, Oldřich ; Fučík, Vladimír ; Borovičková, Lenka ; Maloň, Petr ; Čeřovský, Václav
Six new heptadecapeptides were isolated and synthesized by standard Fmoc solid phase peptide synthesistogether with several structural analogues. Antimicrobial activities were correlated with the peptides hydrophobicity, hydrophobic moment, alpha-helicity and HPLC retention time.
|
| |