|
|
Study of nucleic-acid structure and interactions by resonance Raman scattering
Klener, Jakub ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce)
Navzdory desetiletím intenzivního výzkumu jsou nukleové kyseliny (NK) stále před- mětem strukturních studií. V průběhu této doktorské práce byl postaven a optimalizován přístroj na měření rezonančních Ramanových spekter buzených v UV oblasti (UV RRS). Na základě analýzy publikovaných dat a rozsáhlého souboru měření UV RRS modelových struktur NK, mononukleotidů a plynukleotidů, byla vytvořena komplexní interpretační tabulka. Navržená metodologie byla ověřena nasazením v několika strukturních studiích nukleových kyselin, především při studiu vlivu hořečnatých iontů na chemickou rovnováhu mezi duplexy a triplexy tvořenými PolyA a PolyU homopolynukleotidy, studiu teplotně indukovaných strukturních změn u DNA dvoušroubovice a DNA vlásenek a výzkumu po- malého konformačního přechodu guaninového kvadruplexu kontrolovaného přítomností draselných iontů. Výsledky ověřovacích měření a výše zmíněných studií prokázaly že na- vržená metodologie pro studium UV RRS NK umožňuje využití většiny předností rezo- nančního buzení: možnosti měření Ramanova rozptylu při stejných koncentracích jako pro měření UV absorpce, velké citlivosti na drobné strukturní změny způsobené změnou teploty a dobré interpretovatelnosti naměřených spekter. 1
|
|
|
Study of nucleic-acid structure and interactions by resonance Raman scattering
Klener, Jakub ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Michl, Martin (oponent) ; Vlčková, Blanka (oponent)
Navzdory desetiletím intenzivního výzkumu jsou nukleové kyseliny (NK) stále před- mětem strukturních studií. V průběhu této doktorské práce byl postaven a optimalizován přístroj na měření rezonančních Ramanových spekter buzených v UV oblasti (UV RRS). Na základě analýzy publikovaných dat a rozsáhlého souboru měření UV RRS modelových struktur NK, mononukleotidů a plynukleotidů, byla vytvořena komplexní interpretační tabulka. Navržená metodologie byla ověřena nasazením v několika strukturních studiích nukleových kyselin, především při studiu vlivu hořečnatých iontů na chemickou rovnováhu mezi duplexy a triplexy tvořenými PolyA a PolyU homopolynukleotidy, studiu teplotně indukovaných strukturních změn u DNA dvoušroubovice a DNA vlásenek a výzkumu po- malého konformačního přechodu guaninového kvadruplexu kontrolovaného přítomností draselných iontů. Výsledky ověřovacích měření a výše zmíněných studií prokázaly že na- vržená metodologie pro studium UV RRS NK umožňuje využití většiny předností rezo- nančního buzení: možnosti měření Ramanova rozptylu při stejných koncentracích jako pro měření UV absorpce, velké citlivosti na drobné strukturní změny způsobené změnou teploty a dobré interpretovatelnosti naměřených spekter. 1
|
|
|
Diagnostika neurodegenerativních chorob pomocí Ramanovy spektroskopie
Klener, Jakub ; Kopecký, Vladimír (vedoucí práce) ; Matějka, Pavel (oponent)
Léčba neurodegenerativních chorob je často velmi obtížná a její úspěšnost závisí na včasné diagnóze. Proto jsme v této práci vyvíjeli novou diagnostickou metodu roztroušené sklerózy a Alzheimerovy nemoci pomocí Ramanovy spek- troskopie kapkově nanášených povlaků (DCDR) mozkomíšního moku (CSF). Podařilo se nám nalézt podmínky měření, za kterých byla měřená spektra dostatečně reprodukovatelná a které jsou přijatelné pro běžnou diagnostickou praxi. Přitom jsme zjistili, že CSF podléhá poměrně rychlé degradaci při pokojové teplotě, která byla ve spektrech s jistotou detekovatelná již po 5 ho- dinách, a degradaci vlivem opakovaného zamrazování. DCDR spektra CSF od jednotlivých pacientů byla analyzována pomocí faktorové a shlukové analýzy. Roztroušená skleróza se ve spektrech projevovala sníženou intenzitou Rama- nova pásu na 1080 cm−1 , který pravděpodobně souvisí s nějakým obecnějším patologickým stavem. Spektrální změny způsobené Alzheimerovou nemocí byly mnohem komplexnější a kromě změn ve výše zmíněném páse zde byly identifikovány také změny na intervalu 1200-1800 cm−1 a 2870-2950 cm−1 související se změnami ve skladbě a konformacích proteinů. Navíc se nám podařilo pomocí DCDR spekter rozlišit mladé zdravé pacienty od starších ročníků. V této práci bylo tedy ověřeno, že DCDR spektroskopie je vhodnou...
|
|
| |
host ::
RSS.