|
|
Exprese genu TP53 na úrovni mRNA u pacientů s myelodysplastickým syndromem
Šeborová, Karolína ; Beličková, Monika (vedoucí práce) ; Španielová, Hana (oponent)
Myelodysplastický syndrom (MDS) je heterogenní skupinou onemocnění, pro které je charakteristická neefektivní hematopoéza zapříčiněná poškozením diferenciace pluripotentní hematopoetické kmenové buňky. Mutace v genu TP53 se nacházející přibližně u 10 % MDS pacientů a jsou negativním prognostickým faktorem. Stejný efekt jako mutace může mít i změněná exprese genu TP53. Mutace či deregulovaná exprese tohoto genu mají vliv na mnoho buněčných procesů včetně apoptózy, procesu oprav DNA, růstu buněk a angiogeneze. V této práci byly studovány hladiny expresí mRNA jednotlivých genů zahrnutých v signální dráze p53 v CD34+ pluripotentních hematopoetických buňkách kostní dřeně pacientů s MDS v nízkém riziku. Pacienti s MDS vykazovali ve srovnání se zdravými jedinci zvýšenou expresi genů indukující apoptózu, regulující buněčný cyklus a opravy DNA (BAX, BBC3, CCNE1, CDC25A, CDKN1A, FAS, GADD45A). Pacienti s mutací TP53 měli sníženou expresi apoptotických genů (BAX, PIDD, TRAF2) a zvýšenou expresi genu inhibujícího apoptózu (BCL2A1), což ukazuje na sníženou aktivitu drah apoptózy, čímž může patologický klon buněk získat růstovou výhodu. Deregulace 21 genů (BAX, BBC3, EGR1, KAT2B, MDM2 atd.) byla pozorována při porovnání pacientů s del(5q) a bez delece. Z univariantní analýzy vyplynulo, že kromě mutace TP53 má i...
|
|
|
A study of the HCV IRES variability: An experimental approach coupled with design of a large-scale mutation database
Khawaja, Anas Ahmad ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Hirsch, Ivan (oponent) ; Valášek, Leoš (oponent)
Iniciace translace u viru hepatitidy C (HCV) probíhá mechanismem nezávislým na čepičce, který využívá vnitřního vazebného místo pro ribozom (IRES), které interaguje s eukaryotním translačním aparátem a je schopné jej využívat. V našem výzkumu jsme se zaměřili na strukturní konformaci jednotlivých domén HCV-IRES a na dopad primární sekvence IRES na konzervovanost a funkci této sekundární struktury. Za tímto účelem byl proveden screening pacientů infikovaných virem hepatitidy C pro zjištění míry heterogenity a celkové variability HCV-IRES vzniklé u pacientů v průběhu jejich nemoci pomocí optimalizování metod, jako jsou gelové elektroforézy s denaturačním nebo teplotním gradientem. Účinnost translace mutovaných HCV-IRES sekvencí byla měřena pomocí průtokové cytometrie. V některých případech jsme zjistili, že několikanásobné mutace, včetně těch, které jsou rozesety mezi různé domény HCV-IRES, vedly k obnově translační aktivity, ačkoli tyto mutace účinnost translace snižovaly, pokud byly analyzovány jednotlivě. Navrhujeme, že tato pozorování by mohla být vysvětlena potenciálními mezi- a/nebo vnitro-doménovými funkčními interakcemi působícími na velkou vzdálenost. Také jsme nalezli nové mutace, jejichž vliv na účinnost translace HCV-IRES byl experimentálně ověřen. Vytvoření rozsáhlé databáze variací...
|
|
|
Genetické příčiny medulárního karcinomu štítné žlázy a Hirschsprungovy choroby
Václavíková, Eliška ; Bendlová, Běla (vedoucí práce) ; Dvořáková, Lenka (oponent) ; Stárka, Luboslav (oponent)
Genetické příčiny medulárního karcinomu štítné žlázy a Hirschsprungovy choroby Abstrakt Medulární karcinom štítné žlázy (MTC) a Hirschsprungovu chorobu (HSCR) spojuje jejich společné zařazení mezi neurokristopatie, čili onemocnění spjatá s tkáněmi a buňkami, jejichž původ je v neurální liště. Právě v buňkách pocházejících z neurální lišty, kam patří i parafolikulární buňky štítné žlázy, jejichž zmnožením vzniká MTC, a enterické gangliové buňky, jejichž absencí v gastrointestinálním traktu se manifestuje Hirschsprungova choroba, se exprimuje membránový tyrozinkinázový receptor RET. Tento receptor má významnou úlohu při proliferaci, diferenciaci a přežívání těchto buněk a jeho prostřednictvím je aktivováno mnoho signálních drah. Pokud dojde k porušení přísně regulované aktivace, např. vlivem mutací v konkrétních místech jeho genu, stává se RET velmi účinným onkogenem. Aktivující zárodečné mutace v RET proto-onkogenu vedou ke vzniku familiárních forem MTC, zatímco sporadické formy MTC jsou způsobeny somatickými mutacemi v nádorové tkáni. Naopak inhibující mutace vyvolají poruchu migrace prekurzorů gangliových buněk při vývoji enterického nervového systému a vznik HSCR. V ojedinělých případech se obě onemocnění u pacienta sdružují vlivem mutací schopných aktivace i inaktivace. I v případech, kdy kauzální mutace...
|
|
|
Genetické příčiny medulárního karcinomu štítné žlázy a Hirschsprungovy choroby
Václavíková, Eliška
Genetické příčiny medulárního karcinomu štítné žlázy a Hirschsprungovy choroby Abstrakt Medulární karcinom štítné žlázy (MTC) a Hirschsprungovu chorobu (HSCR) spojuje jejich společné zařazení mezi neurokristopatie, čili onemocnění spjatá s tkáněmi a buňkami, jejichž původ je v neurální liště. Právě v buňkách pocházejících z neurální lišty, kam patří i parafolikulární buňky štítné žlázy, jejichž zmnožením vzniká MTC, a enterické gangliové buňky, jejichž absencí v gastrointestinálním traktu se manifestuje Hirschsprungova choroba, se exprimuje membránový tyrozinkinázový receptor RET. Tento receptor má významnou úlohu při proliferaci, diferenciaci a přežívání těchto buněk a jeho prostřednictvím je aktivováno mnoho signálních drah. Pokud dojde k porušení přísně regulované aktivace, např. vlivem mutací v konkrétních místech jeho genu, stává se RET velmi účinným onkogenem. Aktivující zárodečné mutace v RET proto-onkogenu vedou ke vzniku familiárních forem MTC, zatímco sporadické formy MTC jsou způsobeny somatickými mutacemi v nádorové tkáni. Naopak inhibující mutace vyvolají poruchu migrace prekurzorů gangliových buněk při vývoji enterického nervového systému a vznik HSCR. V ojedinělých případech se obě onemocnění u pacienta sdružují vlivem mutací schopných aktivace i inaktivace. I v případech, kdy kauzální mutace...
|
|
|
Spektrum mutací genu FGFR3 u hypochondroplázie
Janoušková, Simona ; Křepelová, Anna (vedoucí práce) ; Baxová, Alice (oponent)
Hypochondroplázie (MIM 146000) je skeletální dysplázie, která se projevuje různě závažným disproporčním malým vzrůstem s rhizomelickým nebo mesomelickým zkrácením horních i dolních končetin. Pacienti mají také často makrocefalii s normálními obličejovými rysy. Hypochondroplázie je onemocnění s autozomálně dominantní dědičností. U části nemocných je příčinou onemocnění zárodečná mutace v genu FGFR3, u části nemocných však příčina onemocnění zůstává stále neznámá. Gen FGFR3 kóduje tyrosin kinázový receptor, který negativně reguluje přeměnu chrupavky na kost. Mutace v genu FGFR3, které jsou příčinou hypochondroplázie, vedou ke konstitutivní aktivaci receptoru a tím inhibici růstu dlouhých kostí. V této práci byly molekulárně genetickými metodami analyzovány vybrané oblasti genu FGFR3 u 98 pacientů s disproporčním malým vzrůstem a klinickou diagnózou hypochondroplázie, z nich bylo 18 nemocných z 12 rodin s familiárním výskytem onemocnění a 80 bylo sporadických případů. U všech zařazených pacientů byla již dříve standardním molekulárně genetickým vyšetřením vyloučena přítomnost častých rekurentních zárodečných mutací v exonu 13 (v kodonu 540) a v exonu 15 (v kodonu 650). Genomová DNA pacientů byla izolována z leukocytů periferní krve, vyšetření bylo provedeno s informovaným souhlasem pacienta nebo jeho...
|
|
|
Replikátorová rovnice s mutacemi
Hrnčíř, Jakub ; Pražák, Dalibor (vedoucí práce) ; Kaplický, Petr (oponent)
Tato práce se věnuje tématu zavedení zjednodušeného principu mutace do replikátorové rovnice. V práci jsem ukázal odvození základní replikátorové rovnice a na jeho základě odvodil zobecněnou replikátorovou rovnici s deterministickým modelem mutací. Práce dále obsahuje analýzu obecných vlastností těchto dvou modelů. Důsledky zavedení mutací jsou pak demonstrovány pomocí analýzy tří typických příkladů z evoluční teorie her. Jedná se o modely Jestřábi-holubice, Kámen-nůžky-papír a největší pozornost jsem věnoval upravenému modelu tzv. Opakovaného vězňova dilematu. Analýza ukazuje, jakým způsobem se mění množství stacionárních bodů modelů a jak je ovlivněna jejich stabilita. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Nádory štítné žlázy a jejich molekulárně genetické příčiny.
Šmídová, Barbora ; Dvořáková, Šárka (vedoucí práce) ; Soták, Matúš (oponent)
Cílem této práce je vypracovat aktuální literární rešerši a zpracovat nejnovější poznatky o genetických příčinách vzniku karcinomů štítné žlázy. Karcinomy štítné žlázy představují nejčastější endokrinní malignitu a jejich incidence neustále stoupá. Práce se zabývá jednotlivými typy karcinomů štítné žlázy, které se od sebe liší v původu buněk a stupněm diferenciace. V práci jsou popsány hlavní genetické změny v nádorové tkáni medulárního, papilárního, folikulárního a anaplastického karcinomu štítné žlázy. Karcinomy štítné žlázy se vyskytují většinou sporadicky, vzácně jako familiární onemocnění. Jsou zde shrnuty také příčiny familiárních forem karcinomů štítné žlázy a popsány hlavní mutace v zárodečné DNA. Klíčová slova: genetika, karcinomy, mutace, štítná žláza
|
|
|
Nádory štítné žlázy a jejich molekulárně genetické příčiny.
Šmídová, Barbora ; Dvořáková, Šárka (vedoucí práce) ; Koudelková, Lenka (oponent)
Cílem této práce je vypracovat aktuální literární rešerši a zpracovat nejnovější poznatky o genetických příčinách vzniku karcinomů štítné žlázy. Karcinomy štítné žlázy představují nejčastější endokrinní malignitu a jejich incidence neustále stoupá. Práce se zabývá jednotlivými typy karcinomů štítné žlázy, které se od sebe liší v původu buněk a stupněm diferenciace. V práci jsou popsány hlavní genetické změny v nádorové tkáni medulárního, papilárního, folikulárního a anaplastického karcinomu štítné žlázy. Karcinomy štítné žlázy se vyskytují většinou sporadicky, vzácně jako familiární onemocnění. Jsou zde shrnuty také příčiny familiárních forem karcinomů štítné žlázy a popsány hlavní mutace v zárodečné DNA. Klíčová slova: genetika, karcinomy, mutace, štítná žláza
|
|
|
Specifické funkce podjednotek ARP2/3 komplexu
Fišerová, Kamila ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce) ; Oulehlová, Denisa (oponent)
Aktin je jedním z nejrozšířenějších proteinů v živých organismech. Regulaci aktinového cytoskeletu zajišťuje mnoho mechanismů, jedním z regulátorů dynamiky aktinu u rostlin i živočichů je vysoce konzervovaný - Arp2/3 komplex. U všech organismů je tvořen dvěma velkými podjednotkami (Arp2 a Arp3) a pěti malými podjednotkami (ArpC1- ArpC5). Arp2/3 komplex řídí větvení aktinových filament v úhlu 70o . V předložené práci jsou popsány funkce jednotlivých podjednotek se zvláštním důrazem na ty, které jsou pro jednotlivé podjednotky specifické. Vytvořený souhrn překračuje hranice rostlinné říše a věnuje se i živočichům a kvasinkám, u kterých je tento komplex aktivně zkoumán, a je dostupná řada informací o mechanismech jeho regulace. V práci jsou shrnuty vzájemné interakce mezi podjednotkami i jejich interakce s regulátory Arp2/3 komplexu a dalšími proteiny. Některé z podjednotek jsou u některých organismů kódovány i více než jedním genem, v takových případech mohou mít tyto izoformy i rozdílné funkce. Arp2/3 komplex je pro živočichy nezbytný k životu, u rostlin mají však mutace v podjednotkách tohoto komplexu mírnější projevy. V rostlinách se Arp2/3 komplex uplatňuje především v rychlém a orientovaném růstu, mutace podjednotek se proto projevují typickým poškozením trichomů. Klíčová slova - Arp2/3 komplex,...
|
|
|
Doménová a strukturní charakterizace tyrozinových fosforylačních míst proteinů v nádorových buňkách
Vávra, Dan ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Brábek, Jan (oponent)
Fosforylace je důležitým mechanismem regulace funkce a aktivity proteinů. Fosforylace tyrosinu má zásadní roli v signálních drahách. U mnoha nádorových onemocnění byla zjištěna aberantní fosfotyrosinová signalizace. Má práce se zabývá charakterizací patologických vlastností tyrosinových fosforylačních míst v plicních a kolorektálních nádorech z hlediska aminokyselinové sekvence, sekundární struktury, doménové příslušnosti, exprese, výskytu u modelových organismů. To vše na základě literárních ůdajů a dat proteinových databází. Zjistil jsem, že v nádorech nevznikla nová fosforylační místa. α-helixy a β-listy jsou ve srovnání se smyčkami fosforylovány výraznou měrou. Nejvíce fosforylovány jsou kinázové domény a Annexin. V nádorech dochází ke změně exprese fosforylovaných proteinů. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
host ::
RSS.