|
| |
|
|
Mikrobiom sýru zrajícího pod mazem a jeho proměna v závislosti na jednotlivých fázích výroby
Jandová, Karolína ; Mikešová,, Martina (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Teoretická část popisuje sýry zrající pod mazem, dále se věnuje technologii výroby těchto sýrů s důrazem na vývoj mikrobiomu a popisuje jejich nejčastější žádoucí mikroorganismy a kontaminanty. Krátce se také věnuje legislativním požadavkům na mikrobiální nezávadnost těchto sýrů. V experimentální části je zkoumán vývoj mikrobiomu a kontaminace plísní sýru zrajícího pod mazem. Nejdříve byly ve výrobním závodu odebrány vzorky z jednotlivých kroků výroby. V první části bylo provedeno kultivační a mikroskopické vyšetření. V druhé části bylo ze vzorků izolováno DNA pomocí komerčního kitu a fenol-chloroformové extrakce. Spektrofotometricky byla stanovena koncentrace a čistota izolátů. Izoláty DNA byly použity jako matrice pro qPCR pro zkoumání stěžejního mikrobiomu a kontaminace plísněmi. V rámci kultivačního a mikroskopického vyšetření byly stanoveny očekávané bakterie, kvasinek bylo nalezeno několik druhů, oproti očekávaného jednoho. Byly nalezeny také kontaminace plísní. Pomocí molekulárních diagnostických technik byla prokázána přítomnost bakterií, kvasinek, plísní a rodů Brevibacterium a Candida.
|
|
|
Testování primerů pro real-time PCR-HRM analýzu autenticity jednodruhových ovocných výrobků
Boháčová, Barbora ; Dzurendová, Simona (oponent) ; Fialová, Lenka (vedoucí práce)
Stanovení autenticity ovocných výrobků, u kterých často dochází k falšování náhradou části dražšího ovocného druhu levnějším, avšak druhově podobným ovocem, je aktuálním tématem potravinářského průmyslu. Ukázkovým příkladem je ředění výrobků z meruněk broskvovým pyré. Tato práce se zabývá testováním specifických primerů AGS18 a PdCass pro odhalení skutečného podílu meruňkové složky v modelových výrobcích ve směsi právě s broskvovým pyré pomocí PCR analýzy následované HRM analýzou. Testování těchto primerů pro stanovení autenticity odhalilo malou využitelnost primerů AGS18 z důvodu tvorby malého nebo žádného množství specifických produktů při reakcích s ovocnou DNA. Primery PdCass vyžadovaly optimalizaci podmínek PCR, avšak poté s nimi bylo možné amplifikovat specifické sekvence DNA z ovocných listů v dostatečném množství. PCR analýza DNA z modelových výrobků s primery PdCass poskytla specifické produkty v případě vzorků s obsahem meruňky 70 % a méně. HRM analýzou vzorků ani výpočtem GCP nebylo možné odlišit pyré s 0%, 10% a 30% obsahem meruňky. Pyré s 50% a 70% podílem meruňky poskytly křivky tání výrazně odlišné od ostatních vzorků.
|
|
|
Selektivní izolace bakterií rodu Bifidobacterium z potravin
Mizerovská, Lucie ; Šárka, Havlíková (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Probiotické bakterie mléčného kvašení (BMK) jsou ve velké míře využívány v potravinářském průmyslu například při výrobě mléčných výrobků, sýrů a fermentovaných salámů, dále se využívají ke konzervaci zeleniny. V diplomové práci byly testovány synbiotické doplňky stravy od různých výrobců. Byla provedena izolace celkové DNA z hrubých lyzátů buněk pomocí magnetických nosičů P(HEMA-co-GMA) ze šesti doplňků stravy. Ze všech výrobků byla izolována DNA v kvalitě pro polymerázovozu řetězovou reakci (PCR). V souladu s údaji deklarovanými výrobcem byla pomocí PCR prokázána přítomnost bakterií rodu Bifidobacterium. Dále byla provedena imunomagnetická separace buněk rodu Bifidobacterium ze dvou výrobků a jejich identifikace pomocí PCR. U obou výrobků byla prokázána přítomnost bakterií rodu Bifidobacterium.
|
|
|
Mikroextrakce DNA z rostlinných tkání zeleniny
Cesnak, Filip ; Španová, Alena (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Diplomová práca bola zameraná na porovnanie dvoch mikroizolačných metód DNA s využitím magnetických častíc z potravín rastlinného pôvodu. Vzorky mali rôznorodé, komplexné matrice a boli v surovom (brokolica, list z jahodníka obecného) alebo technologicky opracovanom stave (jahodový džem). Prvá metóda využíva na manipuláciu magnetických častíc magnetický separátor a slúžila ako štandart pri porovnaní. Druhá metóda využíva paramagnetickú ihlu, ktorej výhodou by mala byť možnosť izolácie DNA vo vyššej kvalite bez výraznej kontaminácie polyfenolickými látkami či proteínmi. Vhodnosť metódy bola vyhodnotená štatistickým porovnaním výsledkov získaných obidvomi metódami. Kvalita DNA bola posúdená testovaním amplifikovatelnosti izolovanej DNA pomocou PCR. Amplifikované produkty boli vizualizované na agarózovom gély pomocou elektroforézy.
|
|
|
Selektivní izolace bakterií rodu Lactobacillus z potravin
Novotná, Eva ; Šárka, Havlíková (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Probiotické druhy bakterií mléčného kvašení rodu Lactobacillus hrají důležitou roli v trávicím traktu člověka. Používají se v potravinářském průmyslu a jsou rovněž součástí stravy. K identifikaci baktérií mléčného kvašení rodu Lactobacillus lze použít polymerázovou řetězovou reakci (PCR). V experimentální části práce byla izolována DNA z hrubých lyzátů buněk 4 synbiotických doplňků stravy pomocí magnetických částic P(HEMA-co-GMA). Izolovaná DNA byla amplifikována v PCR pomocí rodově a druhově specifických primerů. V další části práce byly testovány magnetické nosiče s imobilizovanou protilátkou proti bakteriím rodu Lactobacillus. Uvedené částice byly použity k izolaci cílových buněk z výrobků následně identifikovaných pomocí rodově specifické PCR.
|
|
|
Identifikace bakterií druhu Lactobacillus acidophilus v probiotických výrobcích
Sznapková, Veronika ; Trachtová, Štěpánka (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Probiotické bakterie mléčného kvašení (BMK) jsou významnou součastí především fermentovaných mléčných výrobků, farmaceutických preparátů a doplňků stravy. V současné době se k rychlé a přesné identifikaci bakterií využívají molekulárně biologické metody založené na amplifikaci DNA. Cílem diplomové práce bylo nekultivačními postupy identifikovat bakterie rodu Lactobacillus a druhu Lactobacillus acidophilus v komplexních matricích celkem sedmi různých doplňků stravy. Celková DNA byla izolována z hrubých lyzátů buněk ve výrobcích s využitím magnetického nosiče P(HEMA-co-GMA). Amplifikovatelnost DNA byla ověřena v PCR s primery specifickými pro doménu Bacteria. Izolovaná DNA byla dále amplifikována s použitím primerů specifických pro rod Lactobacillus a druh Lactobacillus acidophilus s cílem prokázat přítomnost tohoto bakteriálního rodu a druhu, jež jsou deklarovány výrobci. Výsledky identifikace bakterií získané pomocí PCR byly porovnány s údaji deklarovanými výrobci.
|
|
|
Vliv typu matrice na stanovení autenticity potravin obsahujících ovocnou složku
Kopková, Pavlína ; Strečanská, Paulína (oponent) ; Fialová, Lenka (vedoucí práce)
Některé druhy potravin, převážně ty dražší, bývají často falšovány za účelem snížení jejich výrobní ceny. Tím se snižuje jejich kvalita a mohou mít i negativní vliv na zdraví konzumenta. Terčem podvodných výrobců jsou i dětské ovocné výrobky, kde je nejčastěji nahrazováno deklarované ovoce levnější variantou. Tato práce je zaměřená na odhalování falšovaných potravin pomocí různých analytických metod, zejména metodou PCR. Teoretická část je zaměřena na problematiku falšování potravin, na analytické metody, které jsou pro odhalování falšování používané a také na mango a banán, které jsou v této práci stanovovány [1]. Cílem práce bylo stanovit vliv typu matrice na stanovení ovocné složky v potravinách metodou PCR. Pro tento účel byly použity tři typy matrice – ovocné pyré, smoothie a tyčinky. Důležitým úkolem bylo optimalizovat izolaci DNA, aby bylo dosaženo odpovídající čistoty a koncentrace DNA. Poté byla stanovena amplifikovatelnost získané DNA. Tato DNA byla následně analyzována pomocí duplex PCR s primery specifickými pro banán a mango. Výsledky byly ověřovány agarózovou gelovou elektroforézou. Následně bylo možné určit, že nejlépe se stanovuje ovocná složka v tyčinkách a čerstvém smoothie, a naopak problematické stanovení je u pyré. Instrumentální část byla zaměřena na stanovení fenolických látek ve výrobcích metodou HPLC. Pro tento účel byla nutná optimalizace extrakce fenolických látek. Touto metodou se podařilo detekovat přítomnost manga ve všech vzorcích.
|
|
|
Probiotika a jejich využití v potravinářství
Diado, Aleksandra ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Probiotické bakterie jsou definovány jako živé mikroorganismy, které, pokud jsou konzumované ve stanoveném množství, mají zdraví prospěšné účinky. Většina probiotik patří k bakteriím rodu Lactobacillus a Bifidobacteria. Tyto a řada jiných mikroorganismů se v současnosti úspěšně využívají v průmyslu, včetně potravinářského. V potravinářství se probiotika využívají v první řadě v mléčných výrobcích a doplňcích stravy. Probiotické bakterie, lze stejně jako ostatní mikroorganismy, idenfikovat metodou PCR, která umožňuje amplifikovat specifické úseky DNA. Polymerázová řetězová reakce byla provedena po izolaci DNA z bakteriálních kulturních kmenů metodou fenolové extrakce. PCR pro doménu Bakteria byla použita pro ověření amplifikovatelnosti DNA a rodově specifická PCR pro důkaz přítomnosti bakterií rodu Lactobacillus.
|
|
|
PROBIOTICKÉ GENY POTRAVINÁŘSKY VÝZNAMNÝCH BAKTERIÍ MLÉČNÉHO KVAŠENÍ
Konečná, Jana ; Ševčovičová,, Andrea (oponent) ; Doškař, Jiří (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Izolace deoxyribonukleové kyseliny (DNA) je velmi důležitým krokem v molekulární diagnostice mikroorganismů. Pro amplifikaci DNA polymerázovou řetězovou reakcí (PCR) je nezbytná vysoká kvalita izolované DNA. Izolace DNA pomocí konvenční fenol–chloroformové extrakce a srážení DNA ethanolem je časově náročná a vyžaduje použití toxického fenolu. Magnetické separační techniky využívající magnetické pevné částice jsou jednou z moderních metod, které urychlují izolaci nukleových kyselin. Cílem této práce bylo ověřit použití dvou různých typů magnetických částic pro extrakci DNA na pevné fázi. Množství DNA v separační směsi bylo měřeno za použití ultrafialové spektrofotometrie (UV). Metoda byla testována nejprve na DNA z kuřecích erytrocytů. Pro adsorpci DNA na magnetické částice byl použit fosfátový pufr (pH 7, 7,6 a 8). Ukázalo se, že přibližně polovina DNA byla adsorbována na částice. Eluční podmínky DNA byly také optimalizovány. Poté byla testována bakteriální DNA a metoda použita k izolaci z reálných vzorku potravinových doplňků stravy. Tato DNA eluovaná z částic byla v kvalitě pro PCR. Vysokorozlišovací analýza křivek tání (HRM) je jednoduchá a levná metoda, použivána pro diskriminaci amplikonů po polymerázové řetězové reakci (PCR) v reálném čase. V této práci byla testována HRM-PCR pro rychlou identifikaci kmenů patřících do skupiny Lactobacillus. Byly použity tři různé metody izolace DNA: fenolová extrakce, separace pomocí magnetických částic a izolace pomocí komerčního kitu. K amplifikaci genu 16S rRNA bylo testováno 10 párů primerů pro cílové genové fragmenty (LAC1 - LAC2, LAC2 - LAC4, P1V1 - P2V1, Gro F - GroR, 3BA - 338f - Primer 1, V1F - V1R, CHAU - V3F - CHAU - V3R, CHAU - V6F - CHAU - V6R, poxcDNAFw - poxPromRVC, poxcDNAFw - poxPromRVT). Použitím párů primerů GroF/R a LAC2/4 byly úspěšně identifikovány druhy patřící do rodu Lactobacillus. Byly zjištěny rozdíly mezi použitými metodami extrakce z křivek tání HRM – PCR analýz.
|
host ::
RSS.