|
|
Regulation of pre-mRNA splicing in S. cerevisiae: where RNA cooperates with proteins.
Gahura, Ondřej ; Půta, František (vedoucí práce) ; Pospíšek, Martin (oponent) ; Staněk, David (oponent)
Ondřej Gahura, Dizertační práce 2011 Regulace sestřihu pre-mRNA v S. cerevisiae: kooperace RNA a proteinů Abstrakt Odstraňování intronů z transkriptů probíhá prostřednictvím sestřihu v reakci katalyzované velkým jaderným komplexem - spliceosomem. Sestřih je nesmírně komplikovaný a dynamický proces, v němž koordinované fungování pěti malých molekul RNA a řady proteinů zajišťuje splnění požadavků na extrémní přesnost a flexibilitu. Pro důkladné pochopení sestřihu pre-mRNA je nezbytné rozklíčovat role jednotlivých komponent spliceosomu a porozumět všem dílčím mechanismům. První část práce se zabývá rolí sestřihového faktoru Prp45 v kvasince Saccharomyces cerevisiae. Mapování genetických interakcí alely prp45(1-169) ukazuje na vztah mezi Prp45, NTC komplexem a druhým sestřihovým krokem. Analýza interakcí pomocí dvouhybridního systému a purifikace sestřihových komplexů dokladuje roli C-koncové části Prp45 v regulaci a/nebo vyvazování helikázy Prp22 do spliceosomu. Experimenty s reportérovými substráty prokazují, že Prp45 je vyžadován pro efektivní sestřih určité skupiny intronů. Naše pozorování podporují hypotézu, že role Prp45 v sestřihu je konzervována v evoluci. Druhá část práce je věnována studiu vlivusekundárních struktur intronů na identifikaci 3' sestřihových míst (3' splice site; 3'ss). Ukázali jsme, že...
|
|
|
Studium dynamiky snovacího aparátu vybraných zástupců slíďáků (Araneae: Lycosidae) v průběhu jejich životního cyklu
Dolejš, Petr ; Smrž, Jaroslav (vedoucí práce) ; Žďárek, Jan (oponent) ; Hajer, Jaromír (oponent)
Současné znalosti o snovacím aparátu pavouků vycházejí zejména ze studia křižáků a příbuzných čeledí, zatímco snovací aparát slíďáků stál dosud v pozadí zájmu. Proto byl pro studium dynamiky snovacího aparátu v průběhu životního cyklu zvolen právě snovací aparát čtyř zástupců slíďáků. Životní cyklus každého z nich je stenochronní, s podobným počtem instarů (7-10), ale odlišnou délkou životních cyklů (1-3 roky). Všechny čtyři druhy se rozmnožují na jaře nebo v létě. Spermie se začínají tvořit ihned po adultní ekdyzi, přičemž u dvou druhů byl pozorován nezvyklý průběh diplotene. Epigamní chování odpovídá tomu, jaké prostředí ten který druh obývá, průběh kopulace je druhově specifický. Následně byla pozorována ontogeneze snovacího aparátu vyvíjejících se mláďat: Snovací aparát začíná být funkční v prvním instaru. Spigoty sekundárních ampulátních, piriformních a téměř všech aciniformních žláz se nesvlékají in situ, ale střídají s "tartipores", což jsou nefunkční útvary vzniklé po ekdyzi ze spigotu funkčního během předchozího instaru. Objevují se proto až od druhého instaru. Žlázy, jejichž spigoty se střídají s "tartipores", fungují během proekdyze a jejich evoluce souvisí s tím, jak se pavouci během svlékání zajišťují pavučinovými vlákny. Tímto zjištěním byla objasněna dosud sporná funkce aciniformních...
|
|
|
Mobilita anorganických kontaminantů a jejich toxicita v půdních profilech v oblasti hutě Mufulira (Copperbelt, Zambie)
Konečný, Ladislav ; Ettler, Vojtěch (vedoucí práce) ; Frouz, Jan (oponent)
i ABSTRAKT Hu v Mufuli e je jedna z n kolika aktivních m ných hutí operujících v Copperbeltu, Zambii. hem jejího tém 70 letého provozu docházelo k vypoušt ní všech plynných a pevných emisí do atmosféry. Ve vzdálenosti 3,6 km, 8 km a 24 km od huti bylo zkoumáno celkem šest p dních profil , z nich se t i nácházely pod korunami strom . Každý profil se setával z 9-10 vrstev p dy, souvisle odebraných od povrchu do hloubky 60-70 cm. U všech vrstev byly ur eny následující fyzikáln - chemické parametry: pH, TC, TS a CEC, dále pak celkové koncentrace Ag, As, Al, Fe, Co, Cr, Cu, Mn, Mo, Ni, Pb, Sb, Se, Sn, V a Zn a jejich vyluhovatelnost pomocí EDTA. Celkové koncentrace kov a nekov byly stanoveny pomocí ICP-OES a kvadrupolového ICP-MS, obsah uhlíku a síry termální analýzou a mobilita kov posouzena na základ jejich extrahovatelnosti za pomoci EDTA. Cílem bylo porovnat vertikální distribuce i mobilitu p edevším Co, Cr, Cu, Pb, V, Zn mezi jednotlivými profily. U deseti vybraných vrstev p d (zahrnuje všechny povrchové vrstvy) byl proveden test toxicity, respektive stanovení vlivu látek v nich obsažených na inhibici reprodukce roupic druhu Enchytraeus crypticus. Celkové koncentrace kov v povrchových vrstvách (0-1 cm) se v tšinou zvyšovaly s klesající distancí od hut . Ve vzdálenosti 3,8 km od huti dosahovaly nejvyšších...
|
|
|
Vliv derivátů aminokyselin a ceramidů na bariérovou funkci kůže
Janůšová, Barbora ; Vávrová, Kateřina (vedoucí práce) ; Balgavý, Pavol (oponent) ; Rabišková, Miloslava (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra anorganické a organické chemie Kandidát: Mgr. Barbora Janůšová Školitel: doc. PharmDr. Kateřina Vávrová, Ph.D. Název disertační práce: Vliv derivátů aminokyselin a ceramidů na bariérovou funkci kůže Hlavním cílem této disertační práce bylo přispět k porozumění chování ceramidů a modulátorů bariérové funkce kůže na bázi derivátů aminokyselin, stejně jako osvětlit vztahy mezi jejich strukturou a účinkem. Akceleranty transdermální permeace jsou látky, které dočasně snižují funkci kožní bariéry a usnadňují tak průnik léčiv. V první části práce byly studovány akceleranty aminokyselin prolinu, sarkozinu, alaninu, β-alaninu a glycinu spojených s hydrofobním řetězcem pomocí biologicky rozložitelné esterové vazby. Dvouřetězcové akceleranty nevykázaly žádný akcelerační účinek, zatímco látky s jedním řetězcem výrazně zvýšily propustnost kůže. Nejúčinnější akcelerant, derivát prolinu L-Pro2, dosáhl hodnot akceleračního poměru až 40 při 1% koncentraci, byl aktivnější než standardní akceleranty Azon, DDAIP, DDAK a Transkarbam 12 a navíc působil synergicky s propylenglykolem. Nebyly zjištěny žádné rozdíly v účinnosti mezi jednotlivými enantiomery. Mechanismus účinku L-Pro2 studovaný infračervenou spektroskopií spočívá ve fluidizaci lipidů...
|
|
|
Panels of steroid receptor reporter cell lines for compound profiling and development of selective ligands for estrogen receptor alpha and beta
Sedlák, David ; Bartůněk, Petr (vedoucí práce) ; Anzenbacher, Pavel (oponent) ; Kasal, Alexander (oponent)
Obr 1. Porovnání odpovědí U2OS-ERα/3xERE (●), U2OS-ERαwt -LBD/9xGal4UAS (○) a U2OS- ERαG420C -LBD/9xGal4UAS ( ) z reportérových buněčných linií vystavených vzrůstající koncentraci vybraných látek. Agonistická odpověď reportérových buněčných linií v závislosti na E2 (A), DES (B) a PPT (C) je vyjádřena jako podíl naměřené luciferázové aktivity vyvolané testovanou látkou a luciferázovou aktivitou naměřenou maximální stimulací receptoru pomocí E2. V antagonistickém modu byly buňky inkubovány s různými koncentracemi ICI 182.780 (D), raloxifene hydrochloridu (E) and tamoxifen citrátu (F). Panel reportérových linií využívajících plnodélkových steroidních receptorů je zvláště vhodný pro detailní studium mechanizmů jakými látky dosahují biologických projevů vazbou na steroidní receptory. Tento systém totiž poskytuje biologicky více významnou informaci o aktivitě testované látky tím, že odráží například aktivitu jiných transkripčních faktorů, signálních drah, přítomnost různých kofaktorů v buňce atd. Užitečnost těchto buněčných linií jsme prokázali "screeningem" chemické knihovny obsahující 3700 látek a identifikací nových agonistů a antagonistů pro PR, MR a GR. Obr 3. Účinek E2 na růst myší mléčné žlázy u mladých myších samic. Prepubertálním mladým myším bylo po dobu 10 dnů podáváno subkutánně pouze olejové...
|
|
|
Lagomorpha (Mammalia) pliocénu a pleistocénu Evropy: revize vybraných taxonů
Čermák, Stanislav ; Horáček, Ivan (vedoucí práce) ; Sabol, Martin (oponent) ; Benda, Petr (oponent)
1 Lagomorpha (Mammalia) pliocénu a pleistocénu Evropy: revize vybraných taxonů Stanislav Čermák Předkládaná dizertační (uznaná jako rigorózní) práce se zabývá vybranými taxony fosilních zajícovců (starobylá konzervativní skupina býložravých savců) úseku spodního pliocénu až spodního pleistocénu (ruscin - bihar) Evropy. Technikami podrobné morfometrické analýzy (42 metrických, 14 nemetrických znaků) byl zpracován fosilní materiál (většinou nový nepublikovaný) dentálních a kraniálních pozůstatků rodů Psedobellatona, Ochotonoma, Ochotona a Hypolagus (N = 639) celkem z 38 lokalit území Česka, Slovenska, Maďarska a Ukrajiny reprezentující stratigrafický úsek spodní ruscin až svrchní bihar (MN 14 - Q2). Daná práce podává: (1) Ochotonidae - detailní revizi dosud komplexně nestudovaných taxonů pišťuch "skupiny Ochotona" spodního pliocénu (ruscin) východní a jihovýchodní Evropy (tj. taxonů Ochotona antiqua, Pseudobellatona, a Ochotonoma); v kontextu Česka a Slovenska revizi nálezů rodu Ochotona z pleistocénních (MN 17 - Q1) lokalit daného území, která podstatnou měrou rozšiřuje znalosti o těchto pišťuchách založené dosud na relativně nepočetných nálezech z lokalit Francie, Německa, Polska a Maďarska; (2) Leporidae - komplexní revizi rodu Hypolagus - stěžejního a dominantního rodu čeledi Leporidae pliocénu a...
|
|
|
Effects of chemopreventive compounds on cytochrome P450s
Křížková, Jitka ; Hodek, Petr (vedoucí práce) ; Helia, Otto (oponent) ; Václavíková, Radka (oponent)
UNIVERZITA KARLOVA V PRAZE Přírodovědecká fakulta Katedra biochemie Vliv chemopreventivních látek na cytochromy P450 Autoreferát dizertační práce RNDr. Jitka Křížková Školitel: prof. RNDr. Petr Hodek, CSc. Praha 2010 Úvod 1 Úvod Podle statistických údajů Světové zdravotnické organizace je rakovina již 50 let celosvětově jednou z hlavních příčin úmrtí v lidské populaci. Rakovina tlustého střeva a konečníku a rakovina gastrointestinálního traktu patří mezi hlavní typy rakovin přispívající k celkové úmrtnosti na rakovinu. Prevence založená na zdravém životním stylu včetně vhodné stravy jsou považovány za jeden z hlavních přístupů, jak dosáhnout snížení rizika rakoviny. V uplynulých letech se významně zvýšila spotřeba a užití potravinových doplňků s obsahem koncentrovaných chemopreventivních fytochemikálií. Flavonoidy, jako nejpopulárnější zástupci této skupiny, jsou přítomny v potravinách (ovoce, zelenina, byliny, nápoje) a v potravinových doplňcích. Je poměrně neznámým faktem, že tyto sloučeniny mohou modulovat aktivitu enzymů metabolizujících cizorodé látky (xenobiotika) [Hodek a kol., 2002]. Z celé řady proteinů reagujících s flavonoidy hrají nejvýznamnější roli právě cytochromy P450 (CYP), monooxygenázy metabolizující xenobiotika (např. léčiva a karcinogeny). Členové podrodiny CYP1A, CYP1A1 a CYP1A2, se...
|
|
|
Polimeric nanoparticles stabilised by surfactants
Pánek, Jiří ; Štěpánek, Petr (vedoucí práce) ; Pleštil, Josef (oponent) ; Sedlák, Marián (oponent)
Polymeric nanoparticles stabilised by surfactants Doctoral Thesis Abstract Jiří Pánek Supervisor: RNDr. Petr Štěpánek, DrSc. PRAGUE 2010 CHARLES UNIVERSITY IN PRAGUE Faculty of Science Department of Physical and Macromolecular Chemistry INSTITUTE OF MACROMOLECULAR CHEMISTRY AS CR, v. v. i. Department of Supramolecular Polymer Systems Polymerní nanočástice stabilizované surfaktanty Souhrn disertační práce Jiří Pánek Školitel: RNDr. Petr Štěpánek, DrSc. PRAHA 2010 UNIVERZITA KARLOVA V PRAZE Přírodovědecká fakulta Katedra fyzikální a makromolekulární chemie ÚSTAV MAKROMOLEKULÁRNÍ CHEMIE AV ČR, v. v. i. Oddělení nadmolekulárních polymerních soustav 14 15 ÚVOD V současnosti se nanotechnologie stává hybnou silou vývoje nových materiálů, jak v oblasti materiálové vědy tak v biomedicínckých aplikacích. Nanomateriály mohou být konstruovány "seshora" , tj. vytvářením nových struktur v již existujících materiálech, nebo "zespodu", tedy spontánním uspořádáváním stavebních kamenů na molekulární úrovni s využitím různých fyzikálně chemických interakcí. Pro konstrukci spontánně uspořádaných nanomateriálů jsou vhodnými stavebními kameny polymery a kopolymery, protože umožňují velké množství kombinací základních jednotek a jejich vzájemných interakcí. Cíle mé disertace sledují současný vývoj a jsou orientovány na přípravu...
|
|
|
Nové elektrolyty pro moderní elektrochemické aplikace
Reiter, Jakub ; Mička, Zdeněk (vedoucí práce) ; Opekar, František (oponent) ; Vlček, Antonín (oponent)
|{ové elektrolyty pro moderní elektrochemické aplikace RNDr. Jakub Reiter Metodou přímépolymerizace byla připravena řada aprotických polyrrerních gelových elektrolytů nabizi methakrylátů a optima|tzovánojejich složenítak, aby jejich dlouhodobé elektrochemické a mechanické vlastnosti umožnili použiti v moderních elektrochemických aplikacích. Byla vyvinuta nová metoda přípravy těchto látek pomocí tepelně nebo UV iniciované polynrerizace, které zaručujipřesně definované sloŽení vzniklého elektrolytu. Jde o temámi systémy polymer-aprotické rozpouštědlo-sůl, které jsou dlouhodobě stabilní a vykazující velmi dobrou iontovou vodivost (O,2 - 1 mS.cm-l při 20 oC) a vysokou elektrochemickou stabilitu (až4,2 V). Nová metoda přípravy rovněŽ umoŽnila pouŽití síťovacíchčinidel, což se projevuje jak zlepšenými mechanick1imi vlastnostmi, tak zvýšenou iontovou vodivostí. Iontové kapaliny na bázi l-methylimidazolu byly úspěšněpouŽity jako přídavek v polymerním elektrolýu pro zvýšeniiontovévodivosti v širokémrozsahu teplot a to při zachováni výbornéelektrochemické stability (4,2 - 4,J V). Připravené materiály byly charaktertzovány pomocí elektrochemických, optických i dalšíchmetod. ' Vzhledem k širokémupoužiti kompozitních elektrolýů a systémůna bázi polyrner- ukotvená kapalná fžne v palivových článcícha chemických sensorech...
|
|
|
Studium exprese MDR pump u kvasinek Saccharomyces cerevisiae za různých růstových podmínek: metoda s fluorescenční sondou diS-C3(3)
Zahumenský, Jakub ; Gášková, Dana (vedoucí práce) ; Krůšek, Jan (oponent)
V tejto práci sme študovali dva kvasinkové transportéry z rodiny ABC, Pdr10p a Pdr15p. V čase zadania diplomovej práce sa verilo, že tieto proteíny prispievajú ku kvasinkovému MDR fenotypu (PDR) na základe ich vysokej homológie s iným kvasinkovým MDR proteínom, Pdr5p. Aby sme tieto pumpy mohli študovať, boli pripravené dve izogénne skupiny mutantných kmeňov s deletovanými génmi kódujúcimi tieto proteíny, vo všetkých možných kombináciách delécií. Ukázalo sa, že oba tieto proteíny sú veľmi dôležité pri udržiavaní normálneho mikrookolia plazmatickej membrány pre najhojnejší, a esenciálny, kvasinkový membránový proteín, H+ -ATPázu, a tak ovplyvňujú membránový potenciál. Proteíny Pdr10p a Pdr15p tak hrajú doposiaľ neznámu úlohu pri regulácii tohoto enzýmu. Ďalej sa ukázalo, že delécia génov kódujúcich tieto proteíny výrazne znižuje možnosť aktivácie H+ -ATPázy protonofórom CCCP, ktorý je slabou kyselinou. Štúdie s imunosupresantom FK506 ďalej ukazujú, že táto látka znižuje životaschopnosť mutantného kmeňa S. cerevisiae PLY643, ktorý má deletované gény kódujúce Pdr5p, Snq2p a Yor1p. Ďalšie delécie Pdr10p a Pdr15p nezvyšujú letalitu tejto látky. Ani FK506 ani CCCP nie sú substrátmi študovaných púmp. 1
|
host ::
RSS.