Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 56 záznamů.  1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.00 vteřin. 
Proteomika pro začátečníky
Hubálek, Martin ; Vrbacký, M. ; Křenková, Alena
Náplní kurzu bude úvod do proteomiky s cílem ukázat současné metody a nástroje použitelné k akvizici a vyhodnocení proteomických dat. Ve dvou na sebe navazujících částech kurzu budeme\nklást důraz na interpretaci proteomických spekter, pochopení principů identifikace peptidů a proteinů a kvantifikační postupy. Na praktických příkladech vysvětlíme De-novo sekvenaci peptidů a použití volně dostupných programů MaxQuant a Perseus na identifikaci, kvantifikaci a vizualizaci dat.
Charakterizace nových HILIC stacionárních fází
Vaclová, Jana
Hydrofilní interakční kapalinová chromatografie (HILIC) je často využívanou separační metodou pro analýzu polárních látek. Představuje alternativu k chromatografii na reverzních fázích, kde tyto látky vykazují nedostatečnou či žádnou retenci. V současné době je pro HILIC dostupná řada stacionárních fází a stále se vyvíjejí nové. Cílem této diplomové práce byla charakterizace a vzájemné porovnání stacionárních fází tří relativně nových HILIC kolon obsahujících jako stacionární fázi nemodifikovaný silikagel (HILIC-A), silikagel modifikovaný aminopropylovými skupinami (HILIC-B) a silikagel modifikovaný polyhydroxylovým řetězcem (HILIC-N). Na základě studia vlivu obsahu acetonitrilu v mobilní fázi na retenci modelové sady peptidů byl prokázán multimodální retenční mechanismus. Analýzou 18 modelových analytů s rozdílnými hodnotami pKa bylo zjištěno, že složení vodné složky mobilní fáze (pufru), konkrétně její koncentrace a hodnota pH, má významný dopad na retenci ionizovaných analytů i peptidů na studovaných stacionárních fázích. Významný příspěvek iontových interakcí k retenci byl pozorován na kolonách HILIC-B a HILIC-A. Retence bazických látek na koloně HILIC-B stoupala se zvyšující se iontovou silou, naopak u kolony HILIC-A klesala. S rostoucím pH pufru mobilní fáze výrazně vzrostla retence...
Determination of structure and dynamics of biomolecules by theoretical calculations of NMR spectroscopic parameters
Benda, Ladislav ; Sychrovský, Vladimír (vedoucí práce) ; Munzarová, Markéta (oponent) ; Hrabal, Richard (oponent)
iii Abstrakt Název: Určování strukturních a dynamických vlastností biomolekul pomocí teoretických výpočtů parametrů spekter NMR Autor: Ladislav Benda, ladislav.benda@gmail.com Katedra/Ústav: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i. Vedoucí doktorské práce: Dr. Vladimír Sychrovský, Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i., vladimir.sychrovsky@uochb.cas.cz Abstrakt: Předkládaná doktorská práce se zaměřuje na teoretické modelování parametrů spekter nukleární magnetické rezonance (NMR) v peptidech a nukleových kyselinách. Mo- delovány byly především závislosti NMR parametrů na molekulární struktuře a solvataci. Velký důraz byl kladen na porovnání vypočtených dat s experimentem. Studovanými modely byly především di-peptid l-alanyl-l-alanin (AA) a fosfátová skupina páteře nuk- leových kyselin. Na základě výpočtů se podařilo určit konformace všech tří nabitých forem AA v roztoku a vysvětlit experimentálně pozorované změny NMR parametrů při změnách pH. Byly kalibrovány závislosti NMR kros-korelovaných relaxačních rychlostí na geometrii molekuly AA. 31 P NMR parametry ve fosfátu nukleových kyselin byly systema- ticky modelovány v závislosti na konformaci a solvataci fosfátu. Navrhli jsme pravidla pro...
Vliv látek produkovaných sinicemi na koagulaci huminových vod
Brabenec, Tomáš ; Pivokonský, Martin (vedoucí práce) ; Benešová, Libuše (oponent)
Diplomová práce se zabývá koagulací přírodních vod s obsahem huminových látek a peptidů/proteinů produkovaných sinicí Microcystis aeruginosa během procesu úpravy vody při použití hlinitého koagulačního činidla. Bylo prokázáno, že účinnost koagulačního mechanismu huminových látek i peptidů/proteinů je značně závislá na hodnotě pH. Hodnota pH ovlivňuje nejen velikost a znaménko povrchového náboje huminových látek a peptidů/proteinů ale také charakter a náboj produktů hydrolýzy kovů (Al) koagulačních činidel. Optimální hodnoty pH byly 5 až 6 pro koagulaci huminových látek a 5 až 6,5 pro peptidy/proteiny. V obou případech byly jako dominantní koagulační mechanismus identifikovány elektrostatické interakce mezi organickými látkami a hydrolytickými produkty hliníku vedoucí k vzájemné nábojové neutralizaci a adsorpci. Koagulace huminových látek v přítomnosti sinicových peptidů/proteinů probíhala, obdobně jako u samotných huminových látek, při pH 5 až 6. Přítomnost peptidů/proteinů však měla na účinnost jejich koagulace značně pozitivní vliv, což se projevilo snížením původní dávky hlinitého koagulačního činidla na polovinu (DAl = 2,8 mg.l-1 ). Byla prokázána vzájemná interakce mezi huminovými látkami a peptidy/proteiny, která je příčinou pozitivního vlivu peptidů/proteinů na koagulaci vod s obsahem...
Modeling of bio-inorganic interfaces
Trachta, Michal ; Bludský, Ota (vedoucí práce) ; Nachtigall, Petr (oponent)
Detailní atomistický popis bioanorganických rozhraní zahrnující dynamický pohled je jednou z výzev současné výpočetní chemie. Analýza procesů na rozhraní mezi biomolekulami a anorganickým materiálem může pomoci našemu porozumění nejrůznějších procesů, chromatografií a separací proteinů počínaje a imobilizací proteinů a efektem na konformační stabilitu proteinů konče. Složitost bioanorganických rozhraní bohužel brání rozsáhlejšímu nasazení nejpřesnějších metod výpočetní chemie. Vzhledem k tomu, že kvalitní empirické potenciály pro tyto systémy nejsou k dispozici, je naším cílem tyto potenciály vyvinout a s tím i obecnou metodologii pro jejich vývoj. Parametrizace těchto potenciálů byla provedena automatizovaným postupem, přičemž vzorkování struktur bylo založeno na simulacích molekulové dynamiky. Výsledné potenciály byly použity na zkoumání konformačních závislostí polypeptidů interagujících s anorganickými materiály.
Charakterizace extracelulárních a intracelulárních organických látek produkovaných fytoplanktonem ve vztahu k procesům úpravy vody
Zezulová, Tereza ; Pivokonský, Martin (vedoucí práce) ; Janda, Václav (oponent)
Práce se zabývá charakterizací látek produkovaných fytoplanktonem (AOM - Algal Organic Matter) čtyř druhů mikroorganismů: sinicemi Microcystis aeruginosa a Merismopedia tenuissima, rozsivkou Fragilaria crotonensis a zelenou řasou Chlamydomonas geitleri. Druhy M. aeruginosa, F. crotonensis a Chl. geitleri byly vybrány jako dominantní zástupci fytoplanktonu nejvýznamnější vodárenské nádrže v ČR Švihov (Úpravna vody Želivka) a M. tenuissima jako dominantní zástupce fytoplanktonu ve vodárenské nádrži Josefův Důl (Jizerské hory). Uvedené mikroorganismy byly kultivovány v laboratorních podmínkách a průběh kultivace (růst biomasy) byl monitorován pomocí počtu buněk, chlorofylu-a a optické hustoty. Látky produkované fytoplanktonem byly monitorovány pomocí rozpuštěného organického uhlíku a dále byly charakterizovány pomocí specifické UV absorbance, množství peptidové/proteinové a nepeptidové (sacharidové) složky, afinity k vodě a molekulových hmotností (MW). Bylo zjištěno, že AOM všech studovaných mikroorganismů jsou tvořeny převážně hydrofilními látkami s nízkými hodnotami specifické UV absorbance (< 2 L/(m.mg)). Dominantní podíly obou skupin AOM, tj. extracelulárních i celulárních organických látek představují látky s MW < 1 kDa a s MW > 100 kDa, avšak celkové množství a složení AOM se významně liší v...
Charakterizace nových HILIC stacionárních fází
Vaclová, Jana ; Kozlík, Petr (vedoucí práce) ; Kubíčková, Anna (oponent)
Hydrofilní interakční kapalinová chromatografie (HILIC) je často využívanou separační metodou pro analýzu polárních látek. Představuje alternativu k chromatografii na reverzních fázích, kde tyto látky vykazují nedostatečnou či žádnou retenci. V současné době je pro HILIC dostupná řada stacionárních fází a stále se vyvíjejí nové. Cílem této diplomové práce byla charakterizace a vzájemné porovnání stacionárních fází tří relativně nových HILIC kolon obsahujících jako stacionární fázi nemodifikovaný silikagel (HILIC-A), silikagel modifikovaný aminopropylovými skupinami (HILIC-B) a silikagel modifikovaný polyhydroxylovým řetězcem (HILIC-N). Na základě studia vlivu obsahu acetonitrilu v mobilní fázi na retenci modelové sady peptidů byl prokázán multimodální retenční mechanismus. Analýzou 18 modelových analytů s rozdílnými hodnotami pKa bylo zjištěno, že složení vodné složky mobilní fáze (pufru), konkrétně její koncentrace a hodnota pH, má významný dopad na retenci ionizovaných analytů i peptidů na studovaných stacionárních fázích. Významný příspěvek iontových interakcí k retenci byl pozorován na kolonách HILIC-B a HILIC-A. Retence bazických látek na koloně HILIC-B stoupala se zvyšující se iontovou silou, naopak u kolony HILIC-A klesala. S rostoucím pH pufru mobilní fáze výrazně vzrostla retence...
Peptidové hormony ovlivňující příjem potravy a jejich analogy jako potenciální látky pro léčbu obezity
Nagelová, Veronika ; Maletínská, Lenka (vedoucí práce) ; Vybíral, Stanislav (oponent)
Obezita je v dnešní době významným celosvětovým zdravotním problémem. Každoročně se zvyšuje množství osob s obezitou (BMI > 30 kg . m-2 ) a nadváhou (BMI > 25 kg . m-2 ). Obezita není jen kosmetickým nedostatkem, ale vede k mnoha závažným zdravotním komplikacím, především ke kardiovaskulárním chorobám, metabolickým poruchám apod. Můžeme ji definovat jako nadměrné množství tělesné tukové tkáně. Její rozvoj je často ovlivněn energetickým příjmem, který převažuje nad energetickým výdejem. Mnohé studie se v současnosti zabývají vlivem různých látek, které by potenciálně mohly působit jako léky pro snižování hmotnosti. Peptidové hormony, jimiž se tato práce zabývá, můžeme rozdělit na dlouhodobě působící (leptin, inzulín, ghrelin) a krátkodobě působící (např. cholecystokinin, glukagonu podobný peptid 1, peptid YY, peptidy CART, melanokortinový systém, neuropeptid Y a hormon koncentrující melanin). Dále lze peptidy rozdělit podle jejich působení na příjem potravy na anorexigenní a orexigenní. Anorexigenní peptidy snižují příjem potravy, orexigenní působí opačně.
Nanostructured Modifcation of Material Surfaces for Controlled Cell Cultivation
Kotelnikov, Ilya ; Proks, Vladimír (vedoucí práce) ; Chytil, Petr (oponent) ; Šebestová Janoušková, Olga (oponent)
Komerčně dostupné materiály a média pro kultivaci buněk neumožnují kultivaci a růst buněk s využitím specifických interakcí buňka-povrch. Cílem této práce je vývoj povrchů pro kultivaci buněk, které napodobují podmínky v živých tkáních a vytvoření povrchů pro kultivaci specifického typu buněk. Přístup zavedený v této práci je založen na aplikaci biomimetických peptidových ligandů na inertní nosné materiály s non-fouling vlastnostmi. Vzhledem k tomu, že volba sekvence ligandu a vzdálenost mezi peptidy má vážný vliv, bylo syntetizováno a zkoumáno několik modelových peptidů s různými parametry. Adhezivní peptidy byly syntetizovány syntézou peptidů na pevné fázi. Také byly syntetizovány a testovány peptidy s kontrolními peptidovými sekvencemi bez biologické aktivity. Nedílnou částí práce je dále prostorová distribuce peptidů na povrchu. 'Click'-reakce byla použita pro úspěšnou imobilizaci peptidů na modifikovaných površích. Vzdálenost mezi molekulami peptidů na povrchu byly řízeny jejich koncentrací v reakční směsi. Referenční vzorky byly imobilizovány radioaktivně značenými peptidy pro kvantitativní odhad přítomných peptidů. Dále byly materiály s různými typy peptidů a rozsahem koncentrací využity pro kultivace buněčných kultur, kdy experimenty byly zaměřeny na zkoumání interakcí buněk s připravenými...

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 56 záznamů.   1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam:
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.