|
|
Morfologická, imunohistochemická a molekulární analýza leiomyocelulárních nádorů ženského pohlavního systému
Gregová, Mária ; Dundr, Pavel (vedoucí práce) ; Mandys, Václav (oponent) ; Škarda, Jozef (oponent)
Úvod Leiomyom s bizarními jádry (LBN) a celulární leiomyom (CL) patří mezi vzácné varianty hladkosvalových nádorů dělohy. V diagnostické praxi může u LBN dojít k záměně s leiomyosarkomem (LMS) a u CL hlavně s low grade endometriálním stromálním sarkomem (LG ESS). Při stanovení diagnózy je nutné pečlivé zhodnocení morfologických znaků, v některých hraničních případech nám může pomoct imunohistochemické a molekulární vyšetření. Literární data týkající se molekulárně genetických alterací vyskytujících se u LBN a CL jsou limitovaná, ukazuje se však, že část těchto nádorů sdílí některé aberace s klasickými leiomyomy (UL) a LMS. Cíle Cílem práce je prohloubení znalostí o hladkosvalových nádorech dělohy, zejména LBN a CL, jejich komplexní morfologické, imunohistochemické (IHC) a molekulární zhodnocení. Cíle zahrnují: 1) podpoření hypotézy benigního chování LBN, 2) morfologickou analýzu LBN, 3) bližší ozřejmění tumorigeneze LBN se zaměřením na gen FH, 4) ozřejmění tumorigeneze CL, 5) využití IHC protilátky FH jako screeningové metody k identifikací mutací genu FH, 6) využití morfologického zhodnocení a výsledků IHC vyšetření k usnadnění diferenciálně diagnostické rozvahy mezi benigními a maligními hladkosvalovými nádory, a dále mezi nádory jiné histogeneze, 7) IHC analýzu prognosticko-prediktivních...
|
|
|
Analýza spektra genetických variant asociovaných s rozvojem Parkinsonovy choroby
Stočesová, Lucie ; Hirschfeldová, Kateřina (vedoucí práce) ; Fajkusová, Lenka (oponent)
Parkinsonova choroba (PD, z angl. Parkinson's disease) je jedno z nejčastějších neurodegenerativních onemocnění u lidí. Postihuje všechny věkové kategorie a počet pacientů s tímto onemocněním stále roste. Genetická příčina PD však zatím není příliš osvětlena a jsou objevovány stále nové a nové kandidátní geny. Cílem této práce je provést mutační analýzu u souboru pacientů a kontrol z české populace a nalézt tak možné genetické příčiny parkinsonismu u kohorty zkoumaných pacientů. Druhým cílem je vyhodnotit korelaci dat získaných různými metodami. Za těmito účely bylo použito sekvenování nové generace. Výsledky tohoto sekvenování byly ověřeny metodami MLPA (Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification), analýzou krátkých tandemových repetic a Sangerovou sekvenací. Pomocí uvedených metod jsme získali široké spektrum možných genetických příčin parkinsonismu ve studovaném souboru pacientů. Patogenní či rizikové varianty byly nalezeny nejen v klasických kandidátních genech typických pro PD (s označením PARK), ale také v genech spojených s jinými neurodegenerativními onemocněními. U necelé poloviny pacientů (42,64 %) nebyla genetická příčina parkinsonismu nalezena. Za použití několika metod jsme zjistili, že sekvenování nové generace je velice přesnou metodou, jež dokáže v genomu dobře odhadnout...
|
|
|
Genetické faktory ovlivňující průběh vybraných forem nefrotického syndromu
Šafaříková, Markéta ; Štekrová, Jitka (vedoucí práce) ; Král, Jiří (oponent)
Mezi hlavní znaky nefrotického syndromu (NS) patří nefrotická protenúrie, hypalbuminémie, hypercholesterolémie a otoky. NS se vyskytuje u primárních i sekundárních glomerulopatií a může být rozdělen na dvě hlavní skupiny: primární (idiopatická) a sekundární. Dědičnost nefrotického syndromu je autozomálně dominatní i autozomálně recesivní. K nejvýznamnějším genům, jejichž mutace podmiňují vznik dědičné formy nefrotického syndromu u dospělých pacientů, patří ACTN4, CD2AP, NPHS2 a TRPC6. Gen ACTN4, který kóduje protein α-aktinin 4, je zodpovědný za autozomálně dominantní formu fokální segmentální glomerulosklerózy FSGS, která patří mezi primární glomerulopatie. α-Aktinin 4 je také zmiňován v souvislosti s různými druhy karcinomů. Náplní diplomové práce je mutační analýza genu ACTN4 na souboru 48 pacientů s nefrotickým syndromem. Mutační analýza byla provedena pomocí techniky high resolution melting (HRM) a sekvenace vybraných vzorků. V rámci diplomového projektu bylo nalezeno několik popsaných i nepopsaných SNPs. Nalezena byla také jedna bodová záměna s pravděpodobným kauzálním významem pro FSGS.
|
|
|
Geneticky podmíněné faktory progrese vybraných forem chronických nefropatií.
Šafaříková, Markéta ; Reiterová, Jana (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Gaillyová, Renata (oponent)
Nefrotický syndrom je charakterizován proteinurií, hypoproteinémií, otoky a hyperlipidémií. Vyskytuje se u primárních (např. fokální segmentální glomeruloskleróza, FSGS nebo minimální změny glomerulů, MCD) i sekundárních glomerulopatií (např. amyloidóza ledvin). U primárních forem se věnuje velká pozornost možnosti genetického podkladu onemocnění a díky moderním molekulárně- genetickým metodám byly nalezeny geny, jejichž mutace zapříčiňují různé nefropatie (např. ACTN4 nebo INF2). Předkládaná dizertační práce si kladla následující cíle. Za prvé, pokračovat v mutační analýze genu ACTN4, která byla popsána v diplomové práci autorky, u dalších glomerulopatií. Za druhé, zavedení mutační analýzy genu INF2 a následně analyzovat tento gen u pacientů s FSGS/MCD a u speciální skupiny pacientů s pozitivní rodinnou anamnézou pro renální selhání (ESRD) v kombinaci s pokročilým chronickým onemocněním ledvin (CKD) nebo již vyvinutým ESRD v době diagnózy. Za třetí, provést mutační analýzu genů NPHS2 a TRPC6 (metody zavedeny v laboratoři již dříve) u vybraných pacientů ze speciální skupiny. V poslední části se předkládaná práce zabývá expresní analýzou genů, které jsou důležité pro funkčnost podocytů nebo spojené s imunitním systémem člověka. Tato část práce také ověřuje, zda je možné použít poměr expresí genů...
|
|
|
Molekulárně genetická analýza chromozomální oblasti 8q24 u pacientů s trichorhinofalangeálním syndromem nebo izolovanými exostózami
Klugerová, Michaela ; Šolc, Roman (vedoucí práce) ; Křepelová, Anna (oponent)
Trichorhinofalangeální syndrom (TRPS) je malformační syndrom charakteristický kraniofaciálními a skeletálními abnormalitami s autozomálně dominantní dědičností. Dnes se na klinické i molekulární úrovni rozlišují tři typy - TRPS I, TRPS II a TRPS III, jejichž společným rysem jsou řídké vlasy, hruškovitý tvar nosu, dlouhé a ploché philtrum, úzký horní ret, odstávající uši, malá postava a kuželovité epifýzy článků prstů. Podtypy TRPS I a TRPS III jsou výsledkem mutací v genu TRPS1, který je zamapován do oblasti 8q24. Tento gen leží proximálně od genu EXT1; delece obou těchto genů zároveň vede k třetímu podtypu, TRPS II (Langer-Giedionův syndrom, LGS), jehož pacienti kromě obecných znaků TRPS trpí ještě mnohočetnými exostózami a někdy též mentální retardací. V této diplomové práci byla provedena molekulárně genetická analýza na vzorku 16 pacientů, přičemž 8 probandů vykazovalo fenotyp TRPS a 8 probandů mělo pouze izolované exostózy. Z periferní žilní krve pacientů byla vyizolována DNA, která byla následně použita k vyšetření chromozomové oblasti 8q24 metodou MLPA ("multiplex ligation-dependent probe amplification"). Tato analýza odhalila deleci u 1 pacienta s TRPS a u 1 pacienta s exostózami. Sekvenování kódujících exonů genu TRPS1 u zbývajících 7 pacientů s TRPS odhalilo mutace u dalších 2 z nich....
|
|
|
Detekce genetických modifikací asociovaných s pankreatickým adenokarcinomem
Urbančoková, Alexandra ; Smolková, Katarína (vedoucí práce) ; Alán, Lukáš (oponent)
Pankreatický duktální adenokarcinom (PDAC) patří k nejčastějším důvodům úmrtí na nádorové onemocnění a tento trend se bude v budoucnu zhoršovat. Pěstování buněk v ex- vivo 3D kulturách ve formě organoidů představuje společně s kulturami a xenografty spolehlivý model odrážející morfologii a histologii v samotném nádoru. Nejčastěji mutované geny vyskytující se v PDAC nádorech jsou KRAS, TP53, SMAD4 a CDKN2A. Cílem práce bylo stanovit mutace vyskytující se v primárních organoidech odvozených z lidských PDAC. Za tímto účelem jsme vyhledávali studie v online genomických databázích, které obsahují data z PDAC a stanovili jsme geny a konkrétní mutace vhodné pro další analýzu. Navrhli jsme postup detekce s pomocí Sangerovi metody sekvenování, který byl optimalizovaný na buněčných liniích. S využitím metod PCR a western blotu byly stanoveny alternace v analyzovaných genech ve vzorcích odvozených od tkání pacientů, pěstovaných ex-vivo v 3D kulturách. Následně byla navrhnuta zlepšení, která by vedla k větší citlivosti detekce. Připravená mutační analýza bude využívána při analýze dalších organoidů odvozených ze vzorků PDAC pacientů a získaná data budou sloužit k stratifikaci metabolomických dat získaných z těchto vzorků.
|
|
|
Srovnání morfologie, exprese, epigenetických změn a mutací HNF1B v solidních nádorech a nenádorových lézích.
Bártů, Michaela ; Dundr, Pavel (vedoucí práce) ; Mandys, Václav (oponent) ; Škarda, Jozef (oponent)
Úvod HNF1B je tkáňově specifický transkripční faktor, který hraje zásadní roli v embryonálním vývoji celé řady orgánů, zejména ledvin, gastrointestinálního systému, pankreatu a žlučových cest. Zatímco význam HNF1B pro vznik vývojových malformací ledvin a dalších orgánů již byl poměrně dobře popsán, jeho uplatnění v patogenezi solidních nádorů dosud nebylo objasněno. Dle dostupných dat se ukazuje, že HNF1B se v závislosti na různých typech nádorů pravděpodobně může na procesu karcinogeneze podílet buď jako onkogen, nebo jako tumorsupresor. Přesný mechanismus, jakým tuto svoji roli uplatňuje, ovšem není jasný. Cíle: Práce je zaměřená na prohloubení znalostí o významu změn HNF1B u vybraných solidních nádorů i nenádorových lézí. Jednotlivé cíle zahrnují: 1) objasnění role, kterou HNF1B hraje v patogenezi těchto lézí, 2) zhodnocení možného významu HNF1B pro diferenciální diagnostiku jednotlivých lézí, 3) analýzu možného prognostického a prediktivního významu HNF1B, 4) mutační analýzu genu HNF1B u všech nádorových i nenádorových tkání s cílem identifikovat dosud nepopsané somatické patogenní mutace, 5) metylační analýzu promotoru genu HNF1B. Materiál a metody: Imunohistochemické vyšetření s protilátkou proti HNF1B bylo provedeno u celkem 516 vzorků nádorové a nenádorové tkáně. Mutační analýzy zahrnovaly...
|
|
|
Geneticky podmíněné faktory progrese vybraných forem chronických nefropatií.
Šafaříková, Markéta ; Reiterová, Jana (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Gaillyová, Renata (oponent)
Nefrotický syndrom je charakterizován proteinurií, hypoproteinémií, otoky a hyperlipidémií. Vyskytuje se u primárních (např. fokální segmentální glomeruloskleróza, FSGS nebo minimální změny glomerulů, MCD) i sekundárních glomerulopatií (např. amyloidóza ledvin). U primárních forem se věnuje velká pozornost možnosti genetického podkladu onemocnění a díky moderním molekulárně- genetickým metodám byly nalezeny geny, jejichž mutace zapříčiňují různé nefropatie (např. ACTN4 nebo INF2). Předkládaná dizertační práce si kladla následující cíle. Za prvé, pokračovat v mutační analýze genu ACTN4, která byla popsána v diplomové práci autorky, u dalších glomerulopatií. Za druhé, zavedení mutační analýzy genu INF2 a následně analyzovat tento gen u pacientů s FSGS/MCD a u speciální skupiny pacientů s pozitivní rodinnou anamnézou pro renální selhání (ESRD) v kombinaci s pokročilým chronickým onemocněním ledvin (CKD) nebo již vyvinutým ESRD v době diagnózy. Za třetí, provést mutační analýzu genů NPHS2 a TRPC6 (metody zavedeny v laboratoři již dříve) u vybraných pacientů ze speciální skupiny. V poslední části se předkládaná práce zabývá expresní analýzou genů, které jsou důležité pro funkčnost podocytů nebo spojené s imunitním systémem člověka. Tato část práce také ověřuje, zda je možné použít poměr expresí genů...
|
|
|
Spektrum mutací genu FGFR3 u hypochondroplázie
Janoušková, Simona ; Křepelová, Anna (vedoucí práce) ; Baxová, Alice (oponent)
Hypochondroplázie (MIM 146000) je skeletální dysplázie, která se projevuje různě závažným disproporčním malým vzrůstem s rhizomelickým nebo mesomelickým zkrácením horních i dolních končetin. Pacienti mají také často makrocefalii s normálními obličejovými rysy. Hypochondroplázie je onemocnění s autozomálně dominantní dědičností. U části nemocných je příčinou onemocnění zárodečná mutace v genu FGFR3, u části nemocných však příčina onemocnění zůstává stále neznámá. Gen FGFR3 kóduje tyrosin kinázový receptor, který negativně reguluje přeměnu chrupavky na kost. Mutace v genu FGFR3, které jsou příčinou hypochondroplázie, vedou ke konstitutivní aktivaci receptoru a tím inhibici růstu dlouhých kostí. V této práci byly molekulárně genetickými metodami analyzovány vybrané oblasti genu FGFR3 u 98 pacientů s disproporčním malým vzrůstem a klinickou diagnózou hypochondroplázie, z nich bylo 18 nemocných z 12 rodin s familiárním výskytem onemocnění a 80 bylo sporadických případů. U všech zařazených pacientů byla již dříve standardním molekulárně genetickým vyšetřením vyloučena přítomnost častých rekurentních zárodečných mutací v exonu 13 (v kodonu 540) a v exonu 15 (v kodonu 650). Genomová DNA pacientů byla izolována z leukocytů periferní krve, vyšetření bylo provedeno s informovaným souhlasem pacienta nebo jeho...
|
|
|
Molekulárně genetická podstata onemocnění CADASIL
Hrubá, Monika ; Vlášková, Hana (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Onemocnění CADASIL je autozomálně dominantě dědičné onemocnění s pozdním nástupem, jehož příčinou jsou mutace v genu NOTCH3. Tento gen patří do konzervované genové rodiny notch. Geny notch kódují transmembránové receptory, které se účastní Notch signální dráhy, čímž ovlivňují vývoj organismu. Onemocnění CADASIL se projevuje poškozením malých a středních arterií, nejvíce zasažené jsou mozkové artérie. První symptomy onemocnění se projevují ve středním věku a hlavními znaky jsou migrény s aurou, opakující se mrtvice, kognitivní poruchy a demence. Příčinou onemocnění jsou převážně missense mutace měnící počet konzervovaných cysteinových zbytků v EGF-like repeticích proteinu Notch3. Tato práce je zaměřená na molekulárně genetickou podstatu onemocnění CADASIL, popisuje kauzální mutace a porovnává hypotézy o patogenním mechanismu mutací. Penetrance onemocnění není zatím objasněná, ale v této práci jsou shrnuty dosavadní poznatky o vztahu mezi genotypem a fenotypem, které by mohly přispět k jejímu objasnění. Průběh onemocnění se totiž liší jak mezi rodinami, tak i mezi příslušníky jedné rodiny. Je zdokumentován rozdíl v průběhu onemocnění mezi muži a ženami i vliv environmentálních faktorů. V práci jsou navíc popsané i nejčastější diagnostické techniky spolu s jejich senzitivitou a specifitou a jsou...
|
host ::
RSS.