|
|
Kvantitavní detekce exprese genu WT1: prognostický význam a sledování reziduální nemoci u dětských hematologických onemocnění
Kalinová, Markéta ; Trka, Jan (vedoucí práce) ; Zemanová, Zuzana (oponent) ; Haškovec, Cedrick (oponent) ; Mareš, Jaroslav (oponent)
Význam exprese genu WT1 v blastech akutních leukémií a MDS byl opakovaně prověřován s nejednoznačnými výsledky. V naší studii jsme se zaměřili na stanovení exprese WT1 pomocí kvantitativní PCR ve vzorcích dětských pacientů s akutními leukémiemi, myelodysplastickým syndromem, aplastickou anémií a anaplastickým velkobuněčným lymfomem. Jako kontroly byly vyšetřeny vzorky kostních dření zdravých dárců, vzorky pupečníkových krví a vzorky regenerující se kostní dřeně, které exprimují gen WT1 na velice nízké nebo nedetekovatelné hladině. Exprese genu WT1 v blastech akutních myeloidních i lymfoblastických leukémií se pohybovala v širokém rozpětí. Vysoká exprese byla u lymfoblastických leukémií spojena s přítomností hybridního genu MLL/AF4, zatímco BCR/ABL a TEL/AML1 pozitivní pacienti měli expresi nízkou. T buněčné lymfoblastické leukémie exprimovaly gen WT1 na vyšších hladinách než pacienti s B buněčnou akutní lymfoblastickou leukémií. U myeloidních leukémií byla vysoká exprese spojena s méně zralými subtypy (zejména se subtypem M3), naopak leukémie subtypu M5 exprimovaly gen WT1 na signifikantně nízkých hladinách. Statisticky signifikantně horší prognózu jsme nalezli u dětí s ALL s velmi vysokou a s velmi nízkou expresí genu WT1. U dětských pacientů s AML jsme nalezli signifikantně lepší přežití bez leukémie pro...
|
|
|
Studium genetických změn u dětí s akutními lymfoblastickými leukémiemi (ALL) za využití metod mFISH/mBAND a čipových technologií.
Bártů, Linda ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Březinová, Jana (oponent)
Akutní lymfoblastická leukémie patří k nejčastějším maligním onemocněním u dětí. K nejdůležitějším vyšetřením v době stanovení diagnózy patří sestavení karyotypu leukemických buněk, které rozděluje nemocné do prognostických skupin dle cytogenetického nálezu. Až u 90 % nemocných jsou popisovány chromosomové aberace, u většiny z nich je přesně znám jejich klinický význam. Důležitým cytogenetickým nálezem je tzv. vysoká hyperdiploidie (51-68 chromosomů), která je spojena s velmi dobrou prognózou. Přesto i u těchto dětí dochází k relapsům onemocnění. Jedním z vysvětlení by mohla být zvýšená nestabilita genomu leukemických buněk, která je příčinou vzniku kryptických strukturních přestaveb. V retrospektivní studii jsme celkem vyšetřili 232 dětí s nově diagnostikovanou B-ALL pomocí konvenční cytogenetické analýzy a metodou interfázní fluorescenční in situ hybridizace (I-FISH) s panelem DNA sond (Abbott Vysis) pro detekci heteroploidních buněk. U nemocných s podezřením na kryptické strukturní chromosomové aberace jsme karyotypy podrobně analyzovali metodou mnohobarevné FISH a mnohobarevného pruhování (mFISH/mBAND; MetaSystems), rozsah aberací jsme určili metodou komparativní genomové hybridizace na BAC čipech (array CGH; BlueGnome). Buněčné klony s vysokou hyperdiploidií jsme prokázali celkem u 102 dětí (44 %), u...
|
|
|
Nebalancované změny v genomu nádorových buněk a jejich úloha v patogenezi onemocnění
Lhotská, Halka ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Jarošová, Marie (oponent) ; Kuglík, Petr (oponent)
Genomová nestabilita projevující se mimo jiné přítomností nebalancovaných změn je charakteristickým rysem maligní transformace buňky. Metodami I-FISH, mFISH, mBAND, CGH array, SNP array, MLPA, MS-MLPA a MS-PCR jsme analyzovali genomové aberace, metylační a mutační stav některých klinicky významných genů. Zaměřili jsme se na dvě skupiny nemocných, u kterých se často setkáváme s nebalancovanými změnami - pacienty s maligními mozkovými nádory (gliomy) a nemocné s myelodysplastickými syndromy (MDS). U pacientů s nízkostupňovými gliomy (WHO grade I-II) patřila k nejčastějším nálezům kodelece 1p/19q (82,6 % nemocných s oligodendrogliomy a oligoastrocytomy), mutace IDH1/IDH2 genů (87 % s WHO grade I-II gliomy), získaná UPD 17p (72,2 % pacientů s astrocytomy) a obecně vyšší výskyt nebalancovaných změn u nemocných s astrocytomy. Popsali jsme dosud nepublikovanou metylaci promotoru genu MLH3 u 60,9 % nemocných s oligodendrogliomy a 27,3 % pacientů s astrocytomy. Rovněž jsme sledovali zisk chromosomových aberací u nemocných s recidivujícími nádory. V souboru nemocných s MDS a komplexním karyotypem jsme studovali přestavby deletovaného chromosomu 5 a popsali jsme jeho nejčastější translokační partnery. U 49 % pacientů z tohoto souboru jsme pozorovali znaky chromotripsis spojené s vysokým počtem delecí/...
|
|
|
Aberace chromosomu 5 u dospělých nemocných s myelodysplastickými syndromy (MDS)
Šejgunovová, Nikola ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Urbánková, Helena (oponent)
Myelodysplastické syndromy (MDS) jsou klonální onemocnění krvetvorby vznikající v důsledku poškození kmenové hematopoetické buňky. Nejčastější rekurentní chromosomovou aberací u nemocných s MDS je delece dlouhých ramen chromosomu 5, del(5q). Cílem práce je studovat nebalancované aberace chromosomu 5 u pacientů s MDS, porovnat rozsah delece 5q ve skupinách nemocných s izolovanou del(5q) a s del(5q) v komplexních karyotypech a studovat vliv rozsahu del(5q) na celkové přežití pacientů a prognózu onemocnění. Kombinací cytogenomických metod jsme vyšetřili 88 vzorků kostní dřeně pacientů s MDS a del(5q) potvrzenou na základě konvenčních pruhovacích metod. Del(5q) byla v karyotypu přítomna jako izolovaná aberace u 31 pacientů (35,2 %), v kombinaci s jednou další klonální aberací u 9 pacientů (10,2 %) a jako součást komplexních karyotypů u 48 pacientů (54,6 %). Nemocní s komplexními karyotypy měli nižší dobu celkového přežití než pacienti s izolovanou del(5q). Výskyt komplexních karyotypů byl asociován s velkým rozsahem delece 5q. Při zohlednění výskytu komplexních karyotypů i rozsahu delece 5q má signifikantní vliv na celkové přežití pacientů pouze komplexita karyotypu. Samotný rozsah delece vliv na přežití nemocných nemá. Nelze však vyloučit možnost, že izolované delece 5q velkého rozsahu mohou pro...
|
|
|
Přínos molekulárně genetických a cytogenetických analýz k diagnostice a predikci léčebné odpovědi u pacientů s non-Hodgkinskými lymfomy
Berková, Adéla ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Goetz, Petr (oponent) ; Smolej, Lukáš (oponent)
Maligní lymofoproliferace zahrnují vysoce heterogenní skupinu nádorů vycházejících z lymfocytů, tj. lymfomů (Non-Hodgkinových - NHL, i Hodgkinova), leukémií, mnohočetného myelomu a dalších. V současnosti je známa řada chromosomových aberací jak s diagnostickým, tak prognostickým významem, což zařadilo molekulárně cytogenetické analýzy genomu nádorových buněk mezi důležitá vyšetření. Disertace se věnuje především chronické lymfocytární leukémii (CLL), která patří mezi periferní B lymfoproliferace a je nejčastějším typem leukémie. Metodou fluorescenční in situ hybridizace (FISH) jsme vyšetřovali přítomnost čtyř nejčastějších aberací (delece 13q14, delece genu ATM a TP53 a trisomie 12), doplněnou u části pacientů o detekci aberací genu IgH, a porovnali jsme nálezy s dalšími faktory a klinickými charakteristikami. Práce ukazuje, že vyšetření klasického karyotypu je relativně málo relevantní. Metoda FISH byla pro záchyt aberací u CLL mnohem přínosnější. Přítomnost žádné ze čtyř zmíněných aberací není pro CLL specifická, má však prognostický význam, zejména delece TP53. Detekce některých translokací IgH genu je nepostradatelná v diferenciální diagnostice CLL a dalších NHL (velkobuněčného, folikulárního, Burkittova lymfomu, lymfomu z buněk plášťové zóny). Věnovali jsme se potvrzení významu jednotlivých...
|
|
|
Klonální vývoj leukemických buněk a jeho úloha při progresi leukémií a preleukémií
Svobodová, Karla ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Urbánková, Helena (oponent) ; Šubrt, Ivan (oponent)
Klonální vývoj je vícestupňový proces, který je spojen s progresí choroby, zhoršenou prognózou a kratším celkovým přežitím pacientů. Cílem disertační práce byla detailní charakterizace změn nalezených u pacientů s myelodysplastickými syndromy (MDS) a klonálním vývojem a zhodnocení jejich prognostického významu. Detailní cytogenomickou analýzu jsme provedli u 36/469 (8 %) nemocných s potvrzeným lineárním klonálním vývojem. V diagnostických vzorcích jsme popsali 57 primárních abnormalit (32 % MDS specifické), z toho nejpočetněji delece dlouhých ramen chromosomu 5. V průběhu klonálního vývoje jsme prokázali 156 sekundárních aberací (21 % MDS specifické), z nichž nejčastější byla trisomie/tetrasomie chromosomu 8. U 19 % pacientů jsme identifikovali oblasti získané uniparentální disomie (aUPD). U MDS specifických aUPD 4q, 11q a 17p jsme prokázali homozygotní mutace genů TET2, c-CBL a TP53. Nalezli jsme statisticky významný rozdíl v celkovém přežití mezi skupinami pacientů rozdělených podle nálezu aberací viditelných v mikroskopu a kryptických změn v době diagnózy. U pacientů s klonálním vývojem před léčbou bylo 54 % aberací charakteru nadpočetných kopií celých chromosomů, naopak u nemocných s klonálním vývojem po léčbě jsme až ve 44 % identifikovali monosomie nebo delece. Studium klonálního vývoje...
|
|
|
Vznik komplexních chromozomových přestaveb v nádorových buňkách a jejich význam
Rochlová, Kristina ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Rothová, Olga (oponent)
Chromoanageneze je souhrnné označení recentně popsaných katastrofických událostí vedoucích ke vzniku komplexních karyotypů. Tyto události se dle charakteristických znaků dělí na chromothripsis, chromoplexis a chromoanasynthesis. Chromothripsis představuje rozpad chromozomů nebo jejich částí až na stovky malých fragmentů. Ty jsou posléze znovu chybně spojovány. Přestavby typu chromoplexis se od chromothripsis příliš neliší. Hlavní rozdíl představuje nižší počet zlomových míst a distribuce aberací v celém genomu. Během chromoanasynthesis dochází k chybným replikačním procesům, jejichž následkem vznikají četné strukturní varianty. Existuje několik mechanizmů zodpovědných za vznik zlomů v molekule DNA. V případě chromothripsis je pravděpodobně nejdůležitějším mechanizmem formace mikrojádra. U chromoplexis má hlavní roli transkripční stres. Replikační stres je spjat s chromoanasynthesis. Výsledkem všech těchto procesů jsou vysoce přestavěné chromozomy s četnými ztrátami, nebo zisky genetického materiálu. Tato práce shrnuje současné poznatky o uvedených mechanizmech vzniku komplexních aberací. Zároveň představuje souvislost mezi komplexním karyotypem a klonálním vývojem buněk. Dále jsou uvedeny cytogenomické metody používané k detekci chromozomových abnormalit včetně jejich charakteristiky.
|
|
|
Frekvence a význam genetických změn v genomu leukemických buněk u dětí s T-ALL
Sládková, Lucie ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Březinová, Jana (oponent)
T-ALL (T-buněčné akutní lymfoblastické leukemie) představují 10−15 % dětských akutních lymfoblastických leukemií a jedná se o klinicky i geneticky heterogenní onemocnění. Zhruba 50 % nemocných má normální karyotyp, a přestože byla popsána řada kryptických rekurentních chromosomových aberací, jejich prognostický význam není zcela jasný. Cílem studie bylo detailně analyzovat buňky kostní dřeně dětí s T-ALL pomocí cytogenomických metod, určit frekvenci kryptických aberací a posoudit jejich význam pro prognózu onemocnění. Vyšetřili jsme diagnostické vzorky u 67 dětí s T-ALL (19 dívek a 48 chlapců, medián věku 8 let). Získané změny jsme analyzovali metodami G-pruhování, I-FISH (Dako, Abbott) a MLPA (MRC-Holland). Chromosomové aberace jsme detekovali u 60 dětí (91 %). Nejčastějšími změnami byly delece genu CDKN2A (48×), které jsme pozorovali obvykle v kombinaci s dalšími změnami. Dále přestavby lokusů pro TCR geny (20×). Přestavby genu TLX3 jsme detekovali v 18 případech a nikdy nebyly asociovány s přestavbami TCR lokusů. Komplexní karyotyp jsme prokázali u 10 nemocných s rekurentními zlomovými místy 5q35 a 10q24. 47 pacientů žije v první nebo druhé kompletní remisi, relaps onemocnění se vyskytl u 14 dětí a 20 jich zemřelo. Statistická analýza OS i EFS se významně lišila pouze pro parametr TRA/TRD (p =...
|
|
|
MikroRNA v patogenezi AML
Koutová, Linda ; Korabečná, Marie (vedoucí práce) ; Zemanová, Zuzana (oponent) ; Kotyza, Jaromír (oponent)
Akutní myeloidní leukemie (AML) je značně heterogenní onemocnění, za jehož vznikem leží cytogenetické či molekulárně genetické aberace. Množství těchto změn bylo již odhaleno a jejich detekce je běžnou součástí diagnostického procesu. Mezi méně známé a pro diagnostiku zatím nepoužívané abnormality patří změny expresního profilu malých, nekódujících RNA, tzv. mikroRNA (miRNA). Tyto RNA 19-24 nukleotidů dlouhé se podílejí na regulaci exprese různých genů prostřednictvím komplementární vazby k 3'netranslatovanému konci (3'UTR) cílové messenger RNA (mRNA). Dokážou ovlivňovat klíčové procesy buňky, jako jsou diferenciace, proliferace, apoptóza. Změny v expresi různých miRNA jsou popsány u odlišných typů nádorových onemocnění. U solidních nádorů jsou obvykle detekovány z bioptických vzorků, v současnosti se věnuje velká pozornost vyšetření plazmy jako tzv. tekuté biopsie schopné podat informace o molekulárně genetických dějích v organismu. Nemalé množství studií odhalilo deregulované miRNA v kostní dřeni, plné krvi či izolovaných progenitorových buňkách (CD34+ buňky) pacientů s AML, pouze čtyři studie byly zaměřeny na analýzu plazmy. Zaměřili jsme se na vyšetření plazmy s cílem najít miRNA, jejichž hladiny se výrazně liší při záchytu AML a po prodělané chemoterapii. Z více než 750 testovaných miRNA jsme...
|
|
|
Molekulárně cytogenetická diagnostika marker chromozomů
Tesner, Pavel ; Kočárek, Eduard (vedoucí práce) ; Zemanová, Zuzana (oponent) ; Šubrt, Ivan (oponent)
Nadpočetné marker chromozomy (sSMC) jsou relativně vzácným cytogenetickým fenoménem. Jejich laboratorní analýza není jednoduchá, a ještě náročnější je klinická interpretace výsledků. Hlavním důvodem je především to, že většina nosičů sSMC nemá žádné klinické projevy. Svoji roli hraje chromozomový původ a přesný rozsah aberace, ale také to, že se sSMC velmi často nacházejí v mozaice, která může ovlivňovat fenotyp i interpretaci výsledků. Prenatální nález sSMC představuje jednu z nejnáročnějších situací v klinické, ale i laboratorní genetice. Práce se zabývá vyšetřovacím procesem při nálezu sSMC s použitím molekulárně cytogenetických technik, zejména fluorescenční in situ hybridizace (FISH). Prospektivně i retrospektivně bylo vyšetřeno celkem 67 rodin a bylo nalezeno 70 jedinečných sSMC u celkem 74 osob. Šest případů bylo familiárních a ve třech případech byly nalezeny dva sSMC u jednoho jedince. Podle vstupního nálezu v karyotypu byly případy rozděleny do dvou skupin, na sSMC nadpočetné k normálnímu karyotypu (skupina A) a sSMCT nadpočetné k turnerovskému karyotypu (skupina B). Chromozomový původ byl úspěšně stanoven u 88,6 % sSMC. Ve skupině A byly nejčastějším nálezem sSMC pocházející z chromozomu 15, na druhém místě pak sSMC pocházející z ostatních akrocentrů. Klinické hodnocení vlivu sSMC na...
|
host ::
RSS.