|
|
Analýza inverzních repetic v genomu lidských patogenů
Hanzlíková, Anna ; Nováčková, Ivana (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Patogeny jsou organismy, které jsou příčinou různých onemocnění hostitele. Patří zde: priony, viry, bakterie, houby, prvoci a živočichové. Tato bakalářská práce je zaměřená konkrétně na viry, způsobující lidská onemocnění jako jsou závažné respirační syndromy, onemocnění jater či rakovina děložního čípku. Cílem této bakalářské práce bylo pomocí webové aplikace Palindrome analyser charakterizovat přítomnost a umístění inverzních repetic v genomech organismů, které jsou patogenní pro lidský organismus. Byly vybrány 4 viry, z nichž dva jsou ze skupiny DNA virů a dva ze skupiny RNA virů. S ohledem na propuknutí pandemie na začátku roku 2020, kterou způsobil virus SARS-CoV-2, je v této bakalářské práci zařazen. Z RNA virů byly tedy vybrány: SARS-CoV a SARS-CoV-2. Z DNA virů byly vybrány: virus Hepatitis B a lidský papilomavirus. Sekvence virových genomů byly získány z databáze NCBI (National Center for Biotechnology). Poté byly pomocí programu Palindrome analyser, který je dostupný online, analyzovány všechny čtyři viry na přítomnost inverzních repetic, jejich polohu a velikost. Největším genomem byl SARS-CoV-2 s velikostí 29 903 bp, který měl zároveň nejvíce inverzních repetic.
|
|
|
Spořič obrazovky s antivirovou kontrolou
Rebenda, Ivo ; Polášek, Petr (oponent) ; Peringer, Petr (vedoucí práce)
Obsahem této práce je vytvoření spořiče obrazovky s antivirovou kontrolou a přesunutí náročnosti antivirové kontroly na hardware, na dobu kdy uživatel s počítačem nepracuje. Použité aplikační programovací rozhraní je AVG API, programovací jazyk C++. Cílový operační systém je Microsoft Windows.
|
|
|
Diagnostika genomem podmíněných onemocnění za využití mikro a nanočástic
Mondeková, Věra ; Prášek, Jan (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Bakalářská práce pojednává o možnostech detekce virového genomu prostřednictvím biosenzorů, konkrétně pomocí magnetických částic. Úvodní část je tvořena stručnou charakteristikou virů, jakožto původců genomem podmíněných onemocnění, na kterou dále navazují kapitoly o vybraných metodách extrakce a analýz nukleových kyselin. Největší část je věnována magnetickým částicím. Praktická část se zabývá možností detekce specifické sekvence virulentního patogenu pomocí biosenzoru, výběrem biokompatibilních molekul vhodných k modifikaci magnetických částic a popisu postupu izolace specifické sekvence DNA pomocí magnetických částic.
|
|
|
Analýza lokálních struktur v molekulách DNA
Nyczová, Adéla ; Smetana, Jan (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Lokální struktury DNA jsou alternativními konformacemi, které dokáže DNA zaujímat oproti nejběžnější konformaci B-DNA. Tyto struktury hrají často zásadní roli v regulaci základních biologických procesů, jako je replikace DNA, transkripce či vazba specifických ligandů. Díky tomuto biologickému významu jsou alternativní sekundární struktury DNA potenciálním cílem řady léčiv. V této diplomové práci jsou pomocí bioinformatických nástrojů analyzovány lokální struktury v genomech virů z čeledí Flaviviridae a Retroviridae a následně jsou tyto struktury zobrazeny pomocí atomové silové mikroskopie.
|
|
| |
|
| |
|
|
Critical factors affecting pathogen development in sand flies
Jančářová, Magdaléna ; Volf, Petr (vedoucí práce) ; Ratinier, Maxime (oponent) ; Bilej, Martin (oponent)
Tato práce se zabývá bariérami a kritickými faktory při vývoji virů, leishmanií a gregarin během vývoje ve flebotomovi. Nejdříve jsme se zaměřili na vývojový cyklus virů přenášených flebotomy, jelikož dodnes není jasné, jak tyto viry dokážou kolovat v přírodě. Pro studium této problematiky jsme si zvolili Massilia virus (MASV), který je blízce příbuzný Toscana viru, hlavnímu původci meningitidy v Mediteránu během letních měsíců. Zkoušeli jsme různé způsoby nákazy Massilia virem u různých vývojových stádií flebotoma druhu Phlebotomus pernicisous a to infekci: (i) prvního a čtvrtého larválního instaru z larvální potravy, (ii) samic krví a (iii) obou pohlaví cukrem. Infekce larev z potravy a následný transstadiální přenos MASV na dospělce byl neefektivní; celkem se z larev vyvinulo 875 dospělců a pouze tři z nich byli MASV pozitivní. Po nákaze samic z krve jsme sice na počátku získali vysoké procento infikovaných jedinců, nicméně po defekaci došlo k eliminaci infekce a počet infikovaných samic poklesl na 5 z 27. Jako nejúčinnější způsob infekce MASV jsme prokázali nákazu z cukru; 72 % samic (88 ze 122) a 51 % samců (58 ze 113) bylo MASV pozitivní. Navíc, takto infikovaní flebotomové kontaminovali virem cukr, který díky tomu sloužil jako zdroj nákazy pro naivní jedince během následujících 24 hodin;...
|
|
|
Vliv rostlinných alkaloidů na virovou infekci
Šnejdarová, Aneta ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Váňová, Jana (oponent)
Rostlinné produkty jsou již odpradávna využívány k léčení různých chorob díky mnohým aktivním látkám, které obsahují. Jednou takovou skupinou látek jsou alkaloidy. Alkaloidy jsou látky biologicky aktivní, které kromě antimikrobiálních, anti-inflamatorních, antioxidačních a mnohých dalších vlastností vykazují také vlastnosti antivirotické. Díky tomu mohou pomoci léčit virové infekce, které jsou i v dnešní době velkým medicinálním problémem. Alkaloidy působí na všechny kroky replikace viru, a to jak na komponenty virové, tak především procesy buněčné, bez kterých není možný úspěšný průběh virového cyklu. V souvislosti s léčbou virových infekcí byly nejlépe prozkoumány alkaloidy tropanové, troponolové, purinové a isochinolinové, kterými se také zabývá tato práce. Tropanový alkaloid atropin působí především na obalené viry díky schopnosti měnit vlastnosti biologických membrán. Purinový alkaloid kofein díky schopnosti inhibovat buněčný enzym fosfodiestrasu, způsobuje nárůst intracelulární hladiny cAMP a to má dopad na virovou replikaci. Pro léčbu jsou přínosné i jeho vlastnosti antioxidační a imunomodulační. Protizánětlivé účinky tropanového alkaloidu kolchicinu pramení ze schopností inhibovat dynamiku buněčných mikrotubulů. Díky tomu nejen že brání sekreci prozánětlivých cytokinů prostřednictvím...
|
|
|
Analýza lokálních struktur v molekulách DNA
Nyczová, Adéla ; Smetana, Jan (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Lokální struktury DNA jsou alternativními konformacemi, které dokáže DNA zaujímat oproti nejběžnější konformaci B-DNA. Tyto struktury hrají často zásadní roli v regulaci základních biologických procesů, jako je replikace DNA, transkripce či vazba specifických ligandů. Díky tomuto biologickému významu jsou alternativní sekundární struktury DNA potenciálním cílem řady léčiv. V této diplomové práci jsou pomocí bioinformatických nástrojů analyzovány lokální struktury v genomech virů z čeledí Flaviviridae a Retroviridae a následně jsou tyto struktury zobrazeny pomocí atomové silové mikroskopie.
|
|
|
Critical factors affecting pathogen development in sand flies
Jančářová, Magdaléna
Tato práce se zabývá bariérami a kritickými faktory při vývoji virů, leishmanií a gregarin během vývoje ve flebotomovi. Nejdříve jsme se zaměřili na vývojový cyklus virů přenášených flebotomy, jelikož dodnes není jasné, jak tyto viry dokážou kolovat v přírodě. Pro studium této problematiky jsme si zvolili Massilia virus (MASV), který je blízce příbuzný Toscana viru, hlavnímu původci meningitidy v Mediteránu během letních měsíců. Zkoušeli jsme různé způsoby nákazy Massilia virem u různých vývojových stádií flebotoma druhu Phlebotomus pernicisous a to infekci: (i) prvního a čtvrtého larválního instaru z larvální potravy, (ii) samic krví a (iii) obou pohlaví cukrem. Infekce larev z potravy a následný transstadiální přenos MASV na dospělce byl neefektivní; celkem se z larev vyvinulo 875 dospělců a pouze tři z nich byli MASV pozitivní. Po nákaze samic z krve jsme sice na počátku získali vysoké procento infikovaných jedinců, nicméně po defekaci došlo k eliminaci infekce a počet infikovaných samic poklesl na 5 z 27. Jako nejúčinnější způsob infekce MASV jsme prokázali nákazu z cukru; 72 % samic (88 ze 122) a 51 % samců (58 ze 113) bylo MASV pozitivní. Navíc, takto infikovaní flebotomové kontaminovali virem cukr, který díky tomu sloužil jako zdroj nákazy pro naivní jedince během následujících 24 hodin;...
|
host ::
RSS.