|
|
Predikce vazebních míst proteinu p53
Radakovič, Jozef ; Vogel, Ivan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Proteín p53, ktorý je kódovaný génom TP53 zohráva významnú úlohu v bunečnom cykle, ako regulátor transkripcie génov pri reakcii bunky na stresové podnety, čím funguje ako potláčateľ rakoviny. Pochopenie spôsobu jeho regulácie ako aj jeho väzby na regulovaný gén je jedným z hlavných záujmov moderného výskumu v genetike a bioinformatike. V prvej časti tejto práce predstavujeme nevyhnutné poznatky z molekulárnej biológie nutné k pochopeniu spôsobu regulácie proteínu p53 a úvod do analýzy a predikcie väzobných miest transkripčných faktorov. V druhej časti sa venujeme implementovaniu a testovaniu nami vytvoreného nástroja, ktorý bude schopný tieto väzobné miesta pre proteín p53 predikovať.
|
|
|
Functional analysis of the ERK signaling pathway in epithelial cells
Galvánková, Kristína ; Vomastek, Tomáš (vedoucí práce) ; Rösel, Daniel (oponent)
Signální dráha MAPK/ERK, která je v rámci eukaryot evolučně konzervovaná, je jednou z nejintenzivněji studovaných signálních drah a skládá se z třístupňové kaskády proteinkináz Raf-MEK-ERK. Široká škála extracelulárních signálů je prostřednictvím sekvenčních fosforylací jednotlivých členů této dráhy přenášena od receptorů k stovkám substrátů. Díky přesné časové a prostorové regulaci jednotlivých fosforylačních událostí je docíleno specifické odpovědi buňky, která vede ke správnému průběhu fyziologických procesů včetně genové exprese, proliferace, diferenciace, migrace a apoptózy. Narušení regulačních mechanismů této dráhy může vést k patologické signalizaci, například k nádorové transformaci. Specifická regulace signalizace je mimo jiné zajištěna existencí více izoforem na každé úrovni signální dráhy ERK. Funkční rozdíly mezi efektorovými proteinkinázami ERK1 a ERK2 jsou již dlouho diskutovanou problematikou, nicméně stále není jasné, jaký význam mají v dosažení správné buněčné odpovědi. V této práci jsme se zaměřili na funkční charakterizaci izoforem ERK1 a ERK2 v epiteliálních buňkách MDCK. Konkrétně jsme sledovali vliv inaktivace izoformy ERK2 na morfologii a expresi vybraných substrátů. Zjistili jsme, že inaktivace izoformy ERK2 vede k poruchám formování epitelu, jelikož buňky ztrácejí svůj...
|
|
|
Kde se transkripce setkává s translací
Hegrová, Karolína ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Mašek, Tomáš (oponent)
Transkripce a translace patří ke stěžejním krokům genové exprese. V procesu transkripce má hlavní roli enzym RNA polymeráza (RNAP), zatímco translace probíhá na ribozomu. U bakterií tyto dva děje nejsou odděleny, RNAP a ribozom na sebe vzájemně působí, a dochází k tzv. transkripčně- translačnímu spojení. V této práci se věnuji mechanismu transkripce a translace, s hlavním zaměřením na transkripčně-translační vazby. Tyto vazby rozděluji na nepřímé, které jsou způsobeny regulačními molekulami, a přímé, kdy se ribozom přímo váže s RNAP. Při fyzickém spojení dochází buď k těsnému propojení mezi těmito molekulami, nebo vzniku mostu, který je tvořen transkripčními faktory. Dále popisuji regulační funkci tohoto spojení a vysvětluji výjimky, kdy se transkripce a translace nespojují. V poslední části práce se soustředím na elongační faktor Tu (EF-Tu), jeho významnou roli v metabolismu, interakce s proteinem MreB a také na to, jak tento faktor využívají některé bakteriofágy. Konečně, zmiňuji jeho možnou roli v transkripčně-translačních vazbách. Klíčová slova: transkripce, translace, transkripčně-translační spojení, RNA polymeráza, ribozom, transkripční faktory, elongační faktor Tu
|
|
|
Molekulární mechanismy ve vývoji kochley
Procházková, Šárka ; Pavlínková, Gabriela (vedoucí práce) ; Novák, Josef (oponent)
Molekulární mechanismy ve vývoji kochley Kochlea je základní strukturou pro vnímání zvuku. Kochlea obsahuje sluchový orgán, Cortiho orgán, který je inervován neurony spirálního ganglia. Cortiho orgán je tvořen vláskovými buňkami, představující smyslové receptory vnitřního ucha, které jsou zodpovědné za mechanickou transdukci zvukových vln na elektrické signály. Vývoj kochley je regulován buněčnými a molekulárními procesy, včetně kochleárního růstu, buněčné diferenciace a specifikace. Přesná koordinace mnoha procesů během přeměny plochého embryonálního epitelu v buněčnou mozaiku dospělé struktury vyžaduje regulační síť transkripčních faktorů a signálních drah. Tyto regulační sítě diktují rozhodnutí o osudu a načasování buněk během vývoje kochley. Je zajímavé, že tyto mechanismy fungují i během regenerace buněk senzorického epitelu po poškození a během diferenciace kmenových buněk, díky čemuž jsou vývojové studie důležité pro zlepšení buněčné terapie sluchových poruch.
|
|
|
Algorithmic prediction of functional changes within protein sequence
TOLAR, Nikolas
The Following thesis provides a theoretical background to the biology of a naked mole-rat (Heterocephalus glaber), highlighting its unique characteristics that could potentially be explained by altered epigenetic mechanisms. In order to identify potentially functional evolutionarily changed sites in epigenetic modifiers, we developed a novel approach to protein scanning through the utilization of multiple-sequence alignments and protein annotations available in public databases. The key result is computer software and analysis of the obtained results, identifying candidate proteins with potentially altered functions.
|
|
|
Novel non-coding transcripts at imprinted loci in mammalian oocytes and embryos
NENIN, Nina
Aims of this thesis were to annotate novel transcripts within clusters of imprinted genes in mouse oocytes and embryo, to analyze expression changes of these transcripts during mouse embryonic development, to identify enriched sequence motifs and potential transcription factors binding sites at promoters of transcripts within imprinted gene clusters as well as transposable elements acting as promoters of these transcripts and to identify potential candidates for further functional studies, using bioinformatic methods.
|
|
|
Peak identification from ChIP-nexus data.
Drahoňovská, Lucie ; Převorovský, Martin (vedoucí práce) ; Gahurová, Lenka (oponent)
Proteiny hrají v živých organismech velice důležitou roli. Zastávají například funkce strukturní, transportní, regulační či katalytické. To, které geny se budou exprimovat a kterým proteinům to dá vzniknout a v jakém množství může mít zásadní vliv na funkci, či dokonce zdraví celého organismu. Regulaci genové exprese mají mimo jiné na starosti transkripční faktory, které tedy svou aktivitou způsobit řadu nemocí, či poruch (Latchman 1997). Jejich studium je tedy velice důležité. K tomuto účelu bylo vyvinuto několik technologií, jako je ChIP-chip, ChIP-seq, ChIP-exo a ChIP-nexus, které nám umožňují s větší či menší přesností zkoumat vazebná místa transkripčních faktorů a dalších DNA vazebných proteinů. V této práci se budu věnovat výše zmíněným technologiím a peak callerům, tedy softwarům využívaným k analýze dat získaných těmito metodami. Také se na nich pokusím provést peak calling ChIP-nexus dat proteinu Cbf11 a porovnat jejich výsledky.
|
|
|
Potenciál genového inženýrství pro šlechtění rostlin odolných k abiotickým stresům: tolerance k chladu u rýže
Lotová, Gabriela ; Lipavská, Helena (vedoucí práce) ; Janská, Anna (oponent)
S rostoucí populací a klimatickými změnami stoupá i snaha o vyšlechtění výkonnějších plodin. Genové inženýrství otevřelo nebývalé šlechtitelské možnosti ve vyvíjení rostlin s požadovanými vlastnostmi. Transgenní plodiny s lepšími vlastnostmi včetně odolnosti k nepříznivým podmínkám prostředí mohou přispět k řešení problému hladomoru a malnutrice v rozvojových zemích. Ačkoliv společnost vnímá geneticky modifikované plodiny spíše negativně, hojně se jich využívá jako krmiva pro hospodářská zvířata a mimo Evropu i pro výživu lidí. Vzhledem ke komplexní povaze odolnosti vůči abiotickým stresům se dříve nepředpokládala využitelnost genových manipulací pro šlechtění odolných rostlin. Ukázalo se však, že modifikace stresové signalizační kaskády či transkripčních faktorů může vést k úspěchu. Tato práce shrnuje možnosti genetické modifikace plodin, jež mohou vyústit v lepší toleranci vůči chladu, a je orientována zejména na rýži. Část práce se zabývá transdukcí chladového signálu, jejíž modifikací lze také docílit zvýšené tolerance vůči chladu. Další část se zabývá transkripčními faktory, jež aktivují expresi genů zvyšujících odolnost vůči nízké teplotě. Největší pozornost věnuji transkripčním faktorům CBF/DREB, jež hrají v odolnosti vůči chladu klíčovou roli. Klíčová slova: CBF/DREB, genové inženýrství,...
|
|
|
Chromatinová imunoprecipitace vybraných transkripčních faktorů
Smetanová, Jitka ; Vališ, Karel (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Rodina transkripčních faktorů TEAD ovlivňuje expresi genů, které regulují buněčnou proliferaci, diferenciaci a apoptózu. Aktivita proteinu TEAD1 je řízena prostřednictvím signální dráhy Hippo. Obecný mechanismus suprese nádorových buněk skrze signální dráhu Hippo zůstává nejasný. Geny MYC a GLUT1, které kódují dva klíčové regulátory glykolýzy, byly recentně popsány v lidských leukemických buňkách jako potenciální cíle signální dráhy Hippo. V této diplomové práci jsem se pomocí ChIP analýzy v lidských leukemických buňkách snažila experimentálně potvrdit předpokládanou vazbu transkripčního faktoru TEAD1 k regulačním sekvencím genů MYC a GLUT1. I přes veškerou snahu se mi nepovedlo provést chromatinovou imunoprecipitaci transkripčního faktoru TEAD1. V rámci diplomové práce jsem navrhla několik možných důvodů, které mohly vést k získaným negativním výsledkům. Klíčová slova: transkripční regulace, TEAD transkripční faktory, chromatinová imunoprecipitace, leukemie
|
|
|
The transcription factor C/EBPƴ as a novel regulator in mast cell development and function
Jedlička, Marek ; Alberich Jorda, Meritxell (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
Žírné buňky jsou důležitou součástí vrozeného i adaptivního imunitního systému. Podílejí se na zánětlivých reakcích namířených proti široké škále patogenů, jako jsou parazité, bakterie a další typy cizorodých agens. Na druhou stranu žírné buňky přispívají k řadě patologických stavů, mezi něž patří například astma, autoimunitní choroby, anafylaxe nebo systémová mastocytóza. Poznání biologie žírných buněk je proto zásadní pro vývoj nových přístupů k léčbě výše zmíněných chorob. Navzdory tomu je naše znalost molekulárních mechanismů, které vývoj a funkci žírných buněk regulují, stále neúplná. Naše předběžné výsledky ukazují, že jedním z klíčových elementů v biologii žírných buněk je transkripční faktor C/EBP. Za použití in vitro a in vivo modelů určíme, jakým způsobem C/EBP reguluje diferenciaci hematopoetických progenitorů do mastocytární linie a jaký má vliv na funkci žírných buněk. Tato studie přinese nové poznatky o úloze C/EBP ve vývoji žírných buněk a přispěje k lepšímu pochopení mechanismů řídících biologii žírných buněk. Klíčová slova Žírné buňky, C/EBP, transkripční faktory, vývoj žírných buněk, Cebpg kondicionální knockout, kultury žírných buněk odvozené z kostní dřeně
|
host ::
RSS.