|
|
Dlouhodobý mírný stres v koloniích Saccharomyces cerevisiae s delecí WHI3
Krampotová, Ester ; Schierová, Michaela (vedoucí práce) ; Dušková, Michala (oponent)
Druh Saccharomyces cerevisiae je vhodným modelem pro studium mnoha biologických procesů, včetně adaptace na stresové podmínky. V posledních 40 letech byla u S. cerevisiae popsána interak- ce mnoha signálních drah při odpovědi na akutní stres vyvolaný vysokou teplotou, osmotickým stresem nebo vysokou koncentrací kovů. Méně dostupných informací je o vlivu subletálních dávek stresoru. Výhodou kmene s delecí WHI3, který jsem v této práci použila, je schopnost reagovat na změnu ve složení média nejen snížením rychlosti růstu, ale i změnou morfologie kolonie. Protein Whi3 nejen stimuluje produkci flokulinu Flo11, ale i aktivitu obecných transkripčních faktorů Msn2 a Msn4. Cílem práce bylo zjistit, zda jsou změny exprese genů kódujících stresové proteiny vyvolané subletálními dávkami inhibitoru závislé na genotypu WHI3, YAP6 a MPT5. Transkripční faktor Yap6 i RNA vazebný protein Mpt5 jsou zapojeny do odpovědi na stres a mají negativní vliv na expresi FLO11. Jejich hladina je závislá na Whi3. K navození stresu jsem využívala nízké koncentrace NaCl a CdSO4, kterými jsem působila po dobu 4 a 6 dnů na kolonie, které se lišily genotypem v genech WHI3, YAP6 a MPT5. Z našich experimentů vyplývá, že i při mírném stresu dochází k aktivaci stresové odpovědi a ke změně morfologie kolonií. Zatímco u všech pěti...
|
|
|
Studium produkce PHB-HV bakterií Cupriavidus necator za využití hroznových výlisků jako uhlíkového zdroje
Jakešová, Michaela ; Kučera, Dan (oponent) ; Kovalčík, Adriána (vedoucí práce)
Předložená bakalářská práce se zabývá produkcí kopolymeru PHB-HV za využití bakterie Cupriavidus necator H16. Mikroorganismus byl nejdříve kultivován v Erlenmeyerových baňkách za využití čisté fruktózy jako uhlíkového zdroje, přičemž byl studován režim přidávání kyseliny valerové na syntézu PHB-HV. Dále byl sledován vliv stresového faktoru (ethanolu) na syntézu PHB-HV tímto mikroorganismem. Metoda, získaná na základě optimalizace v Erlenmeyerových baňkách, byla aplikována na syntézu kopolymeru PHB-HV v bioreaktoru, taktéž za využití fruktózy jako uhlíkového zdroje. Dále byl z hroznových výlisků získán po enzymatické hydrolýze cukerný extrakt, který byl využit jako uhlíkový zdroj pro syntézu PHB-HV. Fermentace za využití extraktu z hroznových výlisků byly provedeny jak v Erlemeyerových baňkách, tak v bioreaktoru. Za využití tohoto alternativního uhlíkového zdroje bylo v Erlenmeyerových baňkách vyprodukováno 3,51 g/l kopolymeru PHB-HV a v bioreaktoru pak 5,06 g/l. Podíl 3-hydroxyvalerátu v rámci kopolymeru činil v prvním případě 23,78 mol. %, ve druhém pak 9,39 mol. %.
|
|
|
Produkce vybraných metabolitů pomocí kvasinek a řas kultivovaných ve stresových podmínkách
Mariničová, Veronika ; Kočí, Radka (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Předložená práce se věnovala především srovnání produkce vybraných metabolitů pomocí karotenogenních kvasinek a mikrořas kultivovaných v podmínkách externího stresu. Mezi hlavní sledované metabolity patřily karotenoidy, dále další lipofilní látky a lipidy. Biotechnologická nadprodukce těchto metabolitů by mohla sloužit jako zdroj potenciálně prospěšných látek nejen pro farmaceutický, kosmetický a potravinářský průmysl, ale rovněž pro produkci biopaliv třetí generace. V poslední době se zvyšuje zájem o biopaliva především z mikrořas, které mají vysoký potenciál v produkci biopaliv, které se zdají být nadějným zdrojem. Teoretická část se zabývá popisem jednotlivých rodů karotenogenních kvasinek, mikrořas, sinic, chemickým složením produkovaných metabolitů a stručnou biosyntézou. Dále byly popsány jednotlivé metody, které sloužily pro analýzu produkce sledovaných metabolitů. Experimentální část je zaměřena na srovnání produkce karotenoidů, koenzymu Q, ergosterolů (fytosterolů) a lipidů pomocí kvasinek, mikrořas a sinic. Jako zdroj externího stresu byl zvolen teplotní, solný a světelný stres. Z kvasinkových kmenů byly prostudovány kmeny Rhodotorula glutinis, Rhodotorula mucilaginosa, Sporidiobolus pararoseus a Cystofilobasidium macerans. V případě mikrořas a sinic se jednalo o kmen Scenedesmus obliqus, Scenedesmus dimorphus, Chlorella sorokiniana, Chlorella saccharophila, Botryococcus brauni, Synechococcus nidulans a Arthrospira maxima. U kvasinkových a řasových kmenů bylo stanoveno optimum pro růst, produkci karotenoidů a lipidů. Aplikovaný solný stres vykazoval výrazný likvidační efekt na řasové a sinicové kmeny. V rámci diplomové práce byl rovněž sledován stres biologický, tzv. ko-kutlivace mikrořas a kvasinek. Další experimenty budou předmětem navazujících prací.
|
|
|
Mezifázová reologie jakožto účinný nástroj k popisu mezifázového chování biofilmů
Kachlířová, Helena ; Kráčalík, Milan (oponent) ; Smilek, Jiří (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je zaměřena na optimalizaci metody mezifázové reologie pro její využití ke studiu chování mikrobiálních biofilmů na rozhraní kapalina-vzduch a jejím následném využití ke studiu tvorby biofilmu za optimálních a stresových podmínek. Pro studium tvorby biofilmu byla zvolena mikrobiální kultura Kombucha, která vytváří na mezifázovém rozhraní celulózový biofilm. K vytvoření stresových podmínek pro růst biofilmu bylo vybráno snížení koncentrace živin, změna pH a iontové síly. Dále byla zjišťována schopnost regenerace vzniklého biofilmu. Tvorba biofilmu byla pozorována ve všech případech kromě zvyšování iontové síly, kdy k tvorbě biofilmu nedošlo. Nejlépe biofilm rostl podle očekávání za optimálních podmínek, tedy při koncentraci sacharózy 100 g/l.
|
|
|
Analýza změn genomu C. necator po evoluční adaptaci
Kroupa, Štěpán ; Obruča, Stanislav (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá analýzou mutačních změn bakteriálních populací Cupriavidus necator H16 po evoluci za různých stresových podmínek. Tato analýza byla provedena zpracováním dat z metody sekvenování genomu „Next Generation Sequencing“, která byla provedena externí společností DNALink. Na základě bioinformatického postupu byl sestaven seznam mutačních změn pro každou adaptovanou populaci. Dále byly stanovené mutační změny asociovány s konkrétními oblastmi referenčního genomu Cupriavidus necator H16 z NCBI a analyzovány dle dostupných informací. Na závěr byl diskutován případný vliv stanovených mutací na produkci zásobních polymerů polyhydroxyalkanoátů.
|
|
|
Dlouhodobý mírný stres v koloniích Saccharomyces cerevisae s delecí WHI3
Krampotová, Ester ; Schierová, Michaela (vedoucí práce) ; Dušková, Michala (oponent)
Diplomová práce se zabývá vývojem kolonií přírodního nepatogenního kmene kvasinky Saccharomyces cerevisae s delecí WHI3 při dlouhodobém mírném stresu. Kmeny s delecí WHI3 jsou výrazně citlivější ke změnám kultivačních podmínek než rodičovský kmen, a proto mohou být dobrým modelem pro studium vlivu nestandardních podmínek kultivace na zvýšení virulence u patogenních kvasinek. Delecí WHI3 u kmene BR-F dochází k výraznému potlačení schopnosti tvorby strukturovaných kolonií způsobené především sníženou hladinou Flo11. Absence Whi3 má negativní vliv i na expresi genů zapojených do stresové odpovědi. Cílem práce bylo zjistit, zda jsou změny exprese genů kódujících stresové proteiny vyvolané subletálními dávkami inhibitoru závislé na genotypu WHI3, YAP6 a MPT5. K navození stresu u kvasinek využíváme NaCl nebo CdSO4. Geny YAP6 a MPT5 kódují regulační proteiny zapojené do stresové odpovědi a zároveň je jejich hladina ovlivněna proteinem Whi3. U kmene s delecí WHI3 byla hladina Hsp26, Tsa1, Pab1 i Gre2 nižší než u rodičovského kmene. Protein Yap6 ovlivňuje reakci na přítomnost Cd2+ v médiu, ačkoliv podle SGD je popsána pouze jeho funkce při zajištění tolerance k sodným a lithným iontům. Podstatné zjištění, které vyplývá z našich experimentů, je, že i při mírném stresu dochází k aktivaci stresové odpovědi a...
|
|
|
Autofagie jako mechanismus adaptace kvasinek
Zieglerová, Leona ; Váchová, Libuše (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Autofagie je degradační cesta, zachovalá od kvasinek až po savce. Výjimečnost této cesty tkví v její funkci, uplatňuje se v buňce především za nepříznivých podmínek. Pomáhá buňce obstarávat esenciální živiny pro život, odstraňuje poškozené nebo nadbytečné organely, agregáty proteinů a pomáhá s jejich recyklací a udržuje stálé vnitřní prostředí. Těmito funkcemi může buňce prodloužit život a ta přečká nepříznivé podmínky. Autofagie může vyvolávat i buněčnou programovanou smrt typu II. Tato práce se zabývá popisem základního autofagního procesu, regulací a vlivem autofagie na adaptaci kvasinek k stresovým podmínkám. Také představuje jednotlivé druhy specifické autofagie. Pochopení mechanismu a regulace autofagie u kvasinek může pomoci se studiem autofagie u savců. U nichž poruchy této degradační cesty způsobují řadu onemocnění (především neurodegenerativních), autofagie také ovlivňuje vznik nádorů. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Degradace aktivní farmaceutické látky canagliflozinu pomocí elektrochemické oxidace
Bolíková, Markéta ; Křížek, Tomáš (vedoucí práce) ; Kozlík, Petr (oponent)
Tato bakalářská práce je zaměřena na degradaci aktivní farmaceutické látky canagliflozinu prostřednictvím elektrochemické oxidace. Cílem je prozkoumat vliv daných podmínek měření na samotný průběh a výsledek elektrochemické oxidace a zjistit, za jakých podmínek vzniká největší procento degradačních produktů. Zmiňovanými podmínkami jsou například koncentrace a hodnoty pH pufrů použitých pro rozpuštění vzorků canagliflozinu, rychlost průtoku roztoku elektrochemicky stresované látky průtokovou celou nebo tloušťka těsnění vkládaného před pracovní elektrodu. Canagliflozin je orálně podávané antidiabetikum snižující hladinu glukosy v krvi a využívá se k léčbě onemocnění diabetes mellitus 2. typu. Řadí se mezi inhibitory sodíko - glukosového transportéru typu 2. Pro separaci degradačních produktů této farmaceuticky aktivní látky byla zvolena metoda vysokoúčinné kapalinové chromatografie (HPLC) s UV/VIS detektorem s diodovým polem za použití chromatografické kolony Agilent Poroshell 120 SB-Aq (2,1 × 100 mm; 2,7 µm). Mobilní fáze byla tvořena vodnou složkou, kterou představoval 10 mM mravenčanový pufr o pH 3,5 a organickou složkou, kterou tvořil acetonitril. Elektrochemická oxidace canagliflozinu probíhala v radiální průtokové cele a podmínky, za kterých vzniká největší procento degradačních produktů, byly...
|
|
|
Analýza změn genomu C. necator po evoluční adaptaci
Kroupa, Štěpán ; Obruča, Stanislav (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá analýzou mutačních změn bakteriálních populací Cupriavidus necator H16 po evoluci za různých stresových podmínek. Tato analýza byla provedena zpracováním dat z metody sekvenování genomu „Next Generation Sequencing“, která byla provedena externí společností DNALink. Na základě bioinformatického postupu byl sestaven seznam mutačních změn pro každou adaptovanou populaci. Dále byly stanovené mutační změny asociovány s konkrétními oblastmi referenčního genomu Cupriavidus necator H16 z NCBI a analyzovány dle dostupných informací. Na závěr byl diskutován případný vliv stanovených mutací na produkci zásobních polymerů polyhydroxyalkanoátů.
|
|
|
Studium produkce PHB-HV bakterií Cupriavidus necator za využití hroznových výlisků jako uhlíkového zdroje
Jakešová, Michaela ; Kučera, Dan (oponent) ; Kovalčík, Adriána (vedoucí práce)
Předložená bakalářská práce se zabývá produkcí kopolymeru PHB-HV za využití bakterie Cupriavidus necator H16. Mikroorganismus byl nejdříve kultivován v Erlenmeyerových baňkách za využití čisté fruktózy jako uhlíkového zdroje, přičemž byl studován režim přidávání kyseliny valerové na syntézu PHB-HV. Dále byl sledován vliv stresového faktoru (ethanolu) na syntézu PHB-HV tímto mikroorganismem. Metoda, získaná na základě optimalizace v Erlenmeyerových baňkách, byla aplikována na syntézu kopolymeru PHB-HV v bioreaktoru, taktéž za využití fruktózy jako uhlíkového zdroje. Dále byl z hroznových výlisků získán po enzymatické hydrolýze cukerný extrakt, který byl využit jako uhlíkový zdroj pro syntézu PHB-HV. Fermentace za využití extraktu z hroznových výlisků byly provedeny jak v Erlemeyerových baňkách, tak v bioreaktoru. Za využití tohoto alternativního uhlíkového zdroje bylo v Erlenmeyerových baňkách vyprodukováno 3,51 g/l kopolymeru PHB-HV a v bioreaktoru pak 5,06 g/l. Podíl 3-hydroxyvalerátu v rámci kopolymeru činil v prvním případě 23,78 mol. %, ve druhém pak 9,39 mol. %.
|
host ::
RSS.