|
|
Molekulárně genetické přístupy užívané pro preimplantační genetickou analýzu lidských embryí v asistované reprodukci
Limbergová, Jana ; Machoň, Ondřej (vedoucí práce) ; Šimoník, Ondřej (oponent)
Preimplantační genetické testování je jednou z hlavních klinických procedur, které probíhají v centrech asistované reprodukce na celém světě. Vyhledávají ho páry z mnoha různých důvodů. Příčiny problémů párů se mohou týkat dědičných chorob, které budoucí rodiče nechtějí přenést na potomky, či mohu zahrnovat riziko přenosu chromozomálních přestaveb. Dále se může jednat o neplodnost způsobenou zvýšeným rizikem aneuploidie embryí, která koreluje s vyšším věkem pacientky a dalšími faktory, které tato bakalářská práce diskutuje. Tato bakalářská práce se dále soustřeďuje na přístupy cytogenetických vyšetřeních pro reprodukční genetiku a diskutuje moderní klinické molekulární metody užívané ke zlepšení diagnostiky a terapie neplodných párů. To jsou například microarray metody, kvantitativní real-time PCR či sekvenování nové generace a způsoby celogenomové amplifikace. Dále práce zmiňuje metody, od kterých se postupně opouští, např. fluorescenční in situ hybridizaci a porovnává jejich výhody a nevýhody. Klíčová slova: preimplantační genetické testování, aneuploidie, strukturální přestavby, monogenní choroby, biopsie, fluorescenční in situ hybridizace, microarray metody, komparativní genomová hybridizace, kvantitativní PCR, sekvenování nové generace, karyomapping
|
|
|
Identifikace membránových transportérů účastnících se toku uhlíku v arbuskulárně mykorhizní symbióze
Konečný, Jan ; Kohout, Petr (oponent)
Arbuskulárně mykorhizní symbióza je jednou z nejstarších a přitom stále nejrozšířenějších interakcí. Tento vztah mezi pro člověka nepatrnými půdními houbami a kořeny rostlin, především bylin, je předmětem výzkumu s mj. nadějným využitím v trvale udržitelném zemědělství. Intenzivní výzkum však probíhá i na úrovni buněčné a molekulární, neboť přesné mechanismy fungování této symbiózy jsou stále zastřeny tajemstvím. Pochopení těchto pochodů je žádoucí nejenom v době rozmachu genového inženýrství. Běžně využívaným modelovým organismem pro výzkum rostlinných symbióz je menší bobovitá rostlina z rodu tolice - Medicago truncatula. Využitím DNA čipu na všechny známé geny M. truncatula a porovnáním mykorhizních a nemykorhizních rostlin autor vytipoval několik genů, které by se symbiózy mohly účastnit, a z výsledků sepsal diplomovou práci. Navazujícím experimentem se zásahem do fyziologie rostliny poukazují autoři článku (Konečný a kol., 2019) na pravděpodobné zapojení některých dříve nehlášených genů v symbióze, ale také na rozdílné módy regulace u genů, jejichž pravděpodobná symbiotická funkce je publikována. Tato rigorózní práce se zaměřuje na uvození prvoautorské publikace, bližší výklad experimentu, který není součástí diplomové práce a je stěžejní informací v recenzovaném článku, a komentář k pracím, které...
|
|
|
Practical aspects of single-cell RT-qPCR analysis
Žucha, Daniel ; Valihrach, Lukáš (vedoucí práce) ; Pavlínková, Gabriela (oponent)
Prelomové objavy spojené s kvantifikáciou RNA z jednotlivých buniek menia aktuálny pohľad na biológiu a medicínu. Vhodnou metódou pre ich analýzu je modifikovateľná a vysoko senzitívna metóda reverznej transkripcie a kvantitatívnej PCR (RT-qPCR), ktorej limitácie však neboli doposiaľ plne preskúmané v kontexte tak nízkych množstiev vstupného materiálu. Táto práca sa zameriava na objasnenie vplyvu rôznorodých faktorov, ktoré by mohli ovplyvniť správnosť fungovania RT-qPCR, zahrňujúc podmienky pre zber vzoriek a ich spracovanie, kontroly kvality, výkonnosť reverznej transkripcie, preamplifikácie a rolu qPCR esejí. Naše výsledky ukazujú, že predĺžené časy pri zbere buniek ako aj opakované zmrazovanie a rozmrazovanie vzoriek malo zanedbateľný dopad na kvalitu RT-qPCR dát. Priama lýza buniek, bežne využívaná pri extrakcii RNA z jednotlivých buniek, je taktiež vhodná pre vzorky obsahujúce až 256 buniek. Porovnanie 11 revererzných transkriptáz s minimálnym množstvom vstupného materiálu identifikovalo 2 enzýmy s nadštandardným výkonom. Zníženie reakčného objemu preamplifikácie či neoptimálny dizajn primerov viedol k zníženiu senzitivity reakcie. Na záver bola optimalizovaná RT-qPCR použitá k profilovaniu génovej expresie astrocytov v myšom modeli amyotrofickej laterálnej sklerózy (ALS), ktorou sme...
|
|
| |
|
|
Stanovení relativní změny délky telomer pomocí qPCR: výhody a nevýhody metodiky a úskalí používaných referenčních markerů
Krajzingrová, Tereza ; Velová, Hana (vedoucí práce) ; Králová, Tereza (oponent)
Telomery, sestávající se z repetitivních sekvencí, chrání konce eukaryotických chromozomů před erozí. V běžných somatických buňkách se telomery zkracují s každým buněčným dělením. Délka telomer přímo odpovídá stárnutí na buněčné úrovni. Rychlost zkracování telomer, a tím rychlost stárnutí organismu, je individuální. Liší se nejen mezi druhy, ale i mezi jedinci, a může být ovlivněna mnoha faktory jako je stres, nemoci, reprodukce, či vliv vnějších podmínek. Ke stanovení délky telomer můžeme použít různé metody a každá z nich má své limitace, které je dobré znát a vyhnout se jejich negativnímu dopadu na získané výsledky. V současnosti patří mezi nejpoužívanější metody kvantitativní PCR (qPCR). Mezi nejdůležitější faktory, které mohou ovlivnit výsledky měření délky telomer pomocí qPCR, je množství vmezeřených (tzv. intersticiálních) telomerických sekvencí, správný výběr referenčního markeru, či následné navržení vysoce specifických primerů. I přesto je qPCR vhodná především pro poměrně rychlé a levné stanovení relativní délky telomer u velkého množství vzorků nemodelových organismů. V práci se věnuji i konkrétním výsledkům studií zabývajících se změnou délky telomer u ptáků a možným příčinám, které dynamiku v délce telomer ovlivňují a to z důvodu, že metoda qPCR je právě ve studiích prováděných na ptácích...
|
|
|
Složení a aktivita mikrobiálních společenstev v půdě kontaminované těžkými kovy
Průchová, Pavla ; Kopecký, Jan (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Diplomová práce je zaměřena na změny v mikrobiálním společenstvu v půdě dlouhodobě kontaminované těžkými kovy. Na Příbramsku byly vybrány dvě lokality s různým stupněm zatížení. U vzorků půdy byla měřena respirační aktivita in vitro s přídavky různých zdrojů uhlíku a různých koncentrací kadmia. Hodnoty respirace ukázaly, že i při koncentraci kadmia 1000 mg.kg-1 je společenstvo životaschopné a přídavky substrátů ještě respiraci zvýšily. Ze vzorků půdy byla izolována environmentální DNA a byl amplifikován gen pro 16S rRNA aktinobakterií. Analýza polymorfismu délky terminálního restrikčního fragmentu ukázala jasný rozdíl mezi profily obou lokalit. U vzorků s přídavky substrátů došlo k různě výrazným posunům v profilu společenstva. Byla provedena kvantifikace celkových bakterií a aktinobakterií metodou kvantitativní PCR, na základě amplifikace části genu pro 16S rRNA. Ve více zatížené lokalitě je o něco více bakterií, ale téměř dvojnásobek aktinobakterií než v méně kontaminované lokalitě. Sekvenování amplikonů části genu pro 16S rRNA na platformě firmy Illumina ukázalo zvýšení podílu aktinobakterií a změny struktury jejich společenstva u více kontaminované lokality. Výsledkem je zjištění, že vyšší dlouhodobá kontaminace těžkými kovů zvyšuje respirační aktivitu i při navození stresových podmínek přídavkem kadmia...
|
|
|
Vliv proteinu IDGF2 na expresi vybraných genů u buněčné linie Cl.8+
ROUHOVÁ, Lenka
Růstové faktory imaginálních terčků (IDGF) jsou proteiny, které jsou schopny ve spolupráci s inzulínem indukovat proliferaci u buněk z linie Cl.8+. Rovněž jsou zapojeny v odpovědi na hladovění a ve vrozené imunitě. Analýza transkripce na úrovni celého genomu provedená naší laboratoří ukázala, že aplikace proteinu IDGF2 na buňky Cl.8+ má positivní vliv na expresi desítek genů. Cílem mé práce bylo ověřit tento vliv na několika vybraných genech pomocí kvantitativní PCR
|
host ::
RSS.