|
|
Analýza databází vhodných do prostředí IoT
Kohout, Petr ; Vrána, Roman (oponent) ; Kořenek, Jan (vedoucí práce)
V posledních letech výrazně narůstá objem ukládaných dat v aplikacích všech typů. Se vzrůstajícím objemem dat rostou i požadavky na databáze. Klasické relačních databáze přestávají vyhovovat, a proto se přechází na nová, nerelační úložiště (tzv. NoSQL). V rámci této práce byla provedena analýza NoSQL databází zaměřujících se na zpracování velkého objemu dat, porovnání jejich výkonností a systémových nároků. Dále proběhla specifikace požadavků na nové úložiště senzorických dat pro projekt IoTCloud, implementace ovladače pro databázi Cassandra a integrace do projektu IoTCloud.
|
|
|
Identifikace proteinových tunelů s využitím molekulárních dynamik
Kohout, Petr ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Musil, Miloš (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá analýzou proteinových struktur. Cílem je navrhnout Caver Web 2.0 -- novou verzi webové aplikace, která začlení další vědecké nástroje a uživatelům umožní projít komplikovaný pracovní protokol za poskytnutí relevantních výsledků bez nutnosti hlubší znalosti integrovaných nástrojů. Vše bude zprostředkováno prostřednictvím jednoduchého a interaktivního uživatelského rozhraní. Aplikace rozšiřuje původní aplikaci Caver Web 1.0 o nové vlastnosti. Caver Web 1.0 je webový server vhodný pro identifikaci proteinových tunelů a kanálů, pro které umožňuje spustit analýzy transportu ligandů. Program se vyznačuje intuitivním a uživatelsky přívětivým rozhraním s minimem požadovaných vstupů od uživatele. Server je vhodný i pro výzkumníky bez pokročilých bioinformatických nebo technických znalostí. Jeho současná verze je ve vědecké komunitě dobře zavedená a velmi využívaná (35 000 dokončených výpočtů během dvou let provozu). Nejvýznamnějším omezením současné verze je možnost analyzovat pouze statickou strukturu, což často poskytuje neúplný biologický obraz. Proto bylo rozhodnuto o rozšíření nástroje o výpočet molekulárních dynamik, které poskytnou ucelený obraz na proměny proteinových struktur.
|
|
|
Vývoj mykorhizních společenstev v průběhu primární sukcese
Mádle, Jan ; Kohout, Petr (vedoucí práce) ; Ponert, Jan (oponent)
Primární sukcese je proces vývoje ekosystému, který probíhá v lokalitách, která nebyla vhod- ná pro kolonizaci rostlinami a organismy na nich závislých. Tyto lokality vznikají přirozeným způso- bem, například po sopečné erupci nebo ústupu ledovce, anebo antropogenním způsobem, například povrchovou těžbou. V průběhu primární sukcese rostliny kolonizují holý substrát a postupně upravují jeho abiotické i biotické podmínky. Během primární sukcese dochází k interakcím mezi rostlinami a půdním mikrobiomem, zejména s houbami a bakteriemi. Rostliny a půdní mikroorganismy navzájem ovlivňují svůj růst a vývoj prostřednictvím různých interakcí. Rostliny, respektive jejich kořeny, utvá- ří specifickou niku pro široké spektrum půdních mikrobiálních společenstev. Rostliny poskytují skrze své kořeny široké množství látek, a to organické kyseliny, cukry, aminokyseliny a další často na uhlík bohaté sloučeniny, které mohou sloužit jako substrát pro mikroorganismy. Rostliny jsou toho schop- ny díky produkcí opadu, kořenových exsudátů, translokací cukrů pro symbiotické houby a bakterie. Půdní mikrorganismy přispívají k uvolňování živin a rozkladu organických materiálů, které by jinak pro rostliny nebyly dostupné. Mnoho půdních mikroorganismů může vytvářet symbiotický vztah s rostlinu. Tento vztah může mít mutualistický...
|
|
|
Role of exotic woody plant species in introductions of non-native symbiontic fungi
Vlk, Lukáš ; Kohout, Petr (vedoucí práce) ; Bárta, Jiří (oponent) ; Anthony, Mark (oponent)
Zavlékání nepůvodních mikroorganismů byla dosud věnována mnohem menší pozornost ve srovnání s makroorganismy. Zavlečení nepůvodních hub je v současnosti považováno za důležitou a nedostatečně prozkoumanou součást globální změny životního prostředí. Ohniska zavlečených houbových patogenů ohrožují původní rostlinná a živočišná společenstva a způsobují nesmírné ekologické i ekonomické škody. Zavlečení mykorhizních hub umožňuje invazi jejich hostitelů a může významně měnit klíčové funkce ekosystémů a biogeochemii půdy zasažených ekosystémů. Důkazy naznačují, že zavlékání nepůvodních rostlin slouží jako hlavní transportní cesta pro šíření nepůvodních hub. Hlavním cílem této disertační práce bylo významně přispět k pochopení fenoménu zavlékání nepůvodních hub. Konkrétně si tato práce klade za cíl (1) posoudit rozdíl ve strategii dvou celosvětově nejčastěji zavlékaných nepůvodních skupin stromů, borovic a eukalyptů, k získání vhodných ektomykorhizních houbových partnerů v nových oblastech, (2) určit převládající ekologii zavlečených ektomykorhizních hub v celosvětovém měřítku a (3) zjistit míru zavlečení nepůvodních hub asociovaných s nepůvodními stromy v zámeckých parcích ČR a identifikovat faktory prostředí, které ovlivňují jejich relativní početnost, druhovou bohatost a úspěšnou naturalizaci. Studium...
|
|
|
Faktory ovlivňující druhovou bohatost ektomykorhizních hub na velkých prostorových škálách
Petr, Andrej ; Kohout, Petr (vedoucí práce) ; Šímová, Irena (oponent)
Ektomykorhizní (EcM) houby tvoří mutualistické vztahy s částí nahosemenných a krytosemenných dřevin, které mají významnou roli pro fungování většiny terestrických ekosystémů. Pomocí enzymů schopných vyvazovat dusík a fosfor z komplexních organických sloučenin zpřístupňují EcM houby tyto prvky svým hostitelským rostlinám, které jim na oplátku poskytují uhlíkaté látky, na nichž jsou EcM houby životně závislé. Jednotlivé druhy EcM hub se však mezi sebou vzájemně liší ve své schopnosti vyvazovat dusík a fosfor z organických sloučenin, podobně jako ve svých požadavcích na uhlíkaté látky od rostlin. Význam EcM symbiózy pro ekosystém proto závisí na druhové bohatosti přítomných EcM hub, kterou na velkých prostorových škálách ovlivňuje řada vzájemně interagujících faktorů, mezi něž patří zejména hustota a diverzita hostitelských rostlin, klima a vlastnosti půdy. Jelikož EcM houby vykazují obecně nízké hostitelské preference, má na jejich druhovou bohatost na globální škále hustota hostitelské vegetace a s tím spojená vyšší dostupnost živin pro EcM houby větší vliv než fylogenetická diverzita hostitelských rostlin. Kromě těchto environmentálních faktorů se však rozšíření EcM hub silně odvíjí od jejich biogeografické historie. V kontextu současné klimatické změny nabývá výzkum druhové bohatosti EcM hub...
|
|
| |
|
|
The effect of alien mycorrhizal plants on the community composition of mycorrhizal fungi
Kubove, Eva ; Kohout, Petr (vedoucí práce) ; Kolaříková, Zuzana (oponent)
Jednou z najvýznamnejších zmien biotických podmienok prostredia je globalizácia biosféry a presúvanie organizmov do ich nepôvodného areálu, čo ovplyvňuje miestnu biocenózu a predstavuje hrozbu ekologickému aj ekonomickému blahobytu. Kedže pod mykorhízne rastliny spadá väčšina druhov, dôležitý aspekt, s ktorým sa rastlina musí pri zavlečení a kolonizácii nových území vysporiadať, je mykorhízna symbióza. Táto asociácia, spolu so zložením komunity symbiotických húb, sa môže v dynamickom procese meniť, často negatívnym spôsobom. Invázne rastliny alelopatickými látkami narušujú symbiózu, znižujú abundanciu mykorhíznych húb aj fitness hostiteľa. Tiež môžu preberať pôvodným druhom symbiontov či meniť ich komunitu. Pri získaní monodominancie v spoločenstve môžu pozmeňovať dynamiku celého ekosystému. Bakalárska práca si kladie za cieľ charakterizovať a popísať rolu mykorhízy v inváziách rastlín a vplyv týchto rastlín na zloženie spoločenstva mykorhízneho mikrobiómu.
|
|
|
Mykobionti vegetativních orgánů dominantní středomořské trávy posidonie Neptunovy
Soperová, Beáta ; Vohník, Martin (vedoucí práce) ; Kohout, Petr (oponent)
Posidonie Neptunova je dominantní mořskou travou Středozemního moře a její mykobiom je zejména v posledních letech studován stále intenzivněji. Byly již popsány desítky hub asociovaných s kořeny, oddenky nebo listy, zcela však chybí studie mykobiomu listových pochev. Jedním z mykobiontů asociovaných s kořeny je i Posidoniomyces atricolor, který dosud nebyl izolován z žádného jiného orgánů. Tato práce se snažila popsat mykobiom vegetativních orgánů p. Neptunovy dvěma různými metodickými přístupy. Mikroskopické pozorování potvrdilo výskyt houbové kolonizace ve všech vegetativních orgánech s výjimkou listů. Závěry z mikroskopické části se následně podařilo ověřit izolací a identifikací celé řady endomykobiontů, včetně P. atricolor, který byl poprvé izolován také z oddenků a listových pochev. Mykobiom listových pochev byl pak popsán vůbec poprvé.
|
|
|
Identifikace proteinových tunelů s využitím molekulárních dynamik
Kohout, Petr ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Musil, Miloš (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá analýzou proteinových struktur. Cílem je navrhnout Caver Web 2.0 -- novou verzi webové aplikace, která začlení další vědecké nástroje a uživatelům umožní projít komplikovaný pracovní protokol za poskytnutí relevantních výsledků bez nutnosti hlubší znalosti integrovaných nástrojů. Vše bude zprostředkováno prostřednictvím jednoduchého a interaktivního uživatelského rozhraní. Aplikace rozšiřuje původní aplikaci Caver Web 1.0 o nové vlastnosti. Caver Web 1.0 je webový server vhodný pro identifikaci proteinových tunelů a kanálů, pro které umožňuje spustit analýzy transportu ligandů. Program se vyznačuje intuitivním a uživatelsky přívětivým rozhraním s minimem požadovaných vstupů od uživatele. Server je vhodný i pro výzkumníky bez pokročilých bioinformatických nebo technických znalostí. Jeho současná verze je ve vědecké komunitě dobře zavedená a velmi využívaná (35 000 dokončených výpočtů během dvou let provozu). Nejvýznamnějším omezením současné verze je možnost analyzovat pouze statickou strukturu, což často poskytuje neúplný biologický obraz. Proto bylo rozhodnuto o rozšíření nástroje o výpočet molekulárních dynamik, které poskytnou ucelený obraz na proměny proteinových struktur.
|
|
|
Význam mykorhizní symbiózy v invazivnosti borovice vejmutovky
Antl, Tomáš ; Kohout, Petr (vedoucí práce) ; Baláž, Milan (oponent)
5 Abstrakt Předkládaná práce si klade za cíl porovnat komunity ektomykorhizních (EcM) hub, které kolonizují kořenový systém invazní borovice vejmutovky a domácí borovice lesní. Cílem práce bylo posoudit, jaký má mykorhizní symbióza vliv na invazivitu borovice vejmutovky na území Národního Parku České Švýcarsko a určit jak borovice vejmutovka působí na druhové složení a četnost EcM hub. Porovnáváno bylo také množství alokovaného uhlíku do nadzemních a podzemních ektomykorhizních struktur, jehličí ve formě opadu a do jemných kořínků obou druhů borovic. Měřena byla i produkce extramatrikálního (EMM) mycelia v experimentálních nylonových sáčcích, pomocí stanovení obsahu ergosterolu - specifické složky houbových membrán. Jednotlivé polní experimenty probíhaly během dvou let na lokalitách, kde se monodominantně vyskytovaly jednotlivé druhy borovic. Oproti očekávání, byla druhová bohatost EcM hub na kořenech borovice vejmutovky poměrně vysoká, jelikož byla srovnatelná s druhovou bohatostí původní borovice lesní. Výsledky prokázaly významný rozdíl v produkci ectomykorhizních plodnic. Oproti plochám, kde se vyskytuje nepůvodní borovice vejmutovka, byl zaznamenán o 100% nižší výskyt EcM plodnic, ve srovnání s plochami obývanými borovicí lesní. Průkazně nižší byl i obsah ergosterolu ve vzorcích pocházejících ze...
|
host ::
RSS.