|
|
Mechanisms of immune dysregulation leading to inflammatory bowel disease
Horáčková, Klára ; Froňková, Eva (vedoucí práce) ; Filipp, Dominik (oponent)
Bc. Klára Horáčková DIPLOMOVÁ PRÁCE Mechanismy imunitní dysregulace vedoucí k nespecifickému střevnímu zánětu Abstrakt Nespecifický střevní zánět (IBD) je chronické zánětlivé onemocnění gastrointestinálního traktu. Klasický IBD má multifaktoriální charakter s nástupem v dospělosti nebo pozdním dětství. Dětští pacienti s velmi brzkým nástupem (VEO-IBD, do 6 let věku) jsou ale specifickou podskupinou, jejíž onemocnění je často způsobené závažnými mutacemi v genech souvisejících s imunitní homeostázou ve střevech. Cílem této práce bylo identifikovat kauzální genetické varianty u 20 pacientů s pediatrickým IBD (s nástupem onemocnění od 3 do 154 měsíců) s využitím celoexomového sekvenování.. Vyhodnocovali jsme použití několika bioinformatických postupů pro zpracování celoexomových dat. To zahrnovalo porovnání rozdílů v identifikaci variant pomocí dvou bioinformatických postupů využívajících v prvním případě nástroje VarScan2 nebo ve druhém případě založeném na GATK4. Také jsme srovnávali úspešnost filtrování nalezených kauzálních variant pomocí čtyř virtuálních panelů genů, z nichž jeden panel byl vytvořen speciálně pro účely této diplomové práce. Identifikovali a validovali jsme 5 kauzálních variant ve 4 genech (DUOX2 složený heterozygot, FOXP3, NLRP3 and NOD2), které zastupují 20 % z analyzované kohorty...
|
|
|
Cell signaling aberrations in primary immunodeficiencies
Fejtková, Martina ; Kanderová, Veronika (vedoucí práce) ; Vlková, Marcela (oponent)
Primární imunodeficience (PID) jsou charakterizovány zvýšenou náchylností k infekcím a různě závažnými imunologickými poruchami. S rozvojem masivně paralelního sekvenování je ve skupině PID identifikováno stále více poruch v genech asociovaných s imunitním systémem. Biologická podstata mnoha nalezených mutací je ale často neznámá. Je proto nezbytné vyvíjet metodické nástroje, které pomohou objasnit kauzalitu daných mutací a mohou pomoci nalézt optimální terapii. Jedněmi z nově objevených mutací jsou aktivační, tzv. gain-of-function, mutace v genu pro STAT1 způsobující chronickou mukokutánní kandidózu. Kandidózu mohou zmírňovat antimykotika nebo cílený JAK-STAT inhibitor, ruxolitinib. Pro našeho pacienta s nově nalezenou mutací ve STAT1 jsme vyvinuli jednoduchý test pro detekci fosforylace STAT molekul v lymfocytech plné periferní krve. Tímto testem jsme potvrdili aktivační charakter dané mutace a použili jej i pro monitorování cílené léčby ruxolitinibem. U druhého pacienta, který trpí lymfadenopatií a imunodeficitem, byla identifikována dosud nepopsaná mutace v genu pro kaspázu-8. Prokázali jsme inhibiční, tzv. loss-of-function character dané mutace projevující se sníženým štěpením samotné kaspázy-8 i jejího substrátu kaspázy-3, poruchou v buněčné apoptóze a sníženou signalizací NFB. U třetí...
|
|
|
Mechanisms of immune dysregulation leading to inflammatory bowel disease
Horáčková, Klára ; Froňková, Eva (vedoucí práce) ; Filipp, Dominik (oponent)
Bc. Klára Horáčková DIPLOMOVÁ PRÁCE Mechanismy imunitní dysregulace vedoucí k nespecifickému střevnímu zánětu Abstrakt Nespecifický střevní zánět (IBD) je chronické zánětlivé onemocnění gastrointestinálního traktu. Klasický IBD má multifaktoriální charakter s nástupem v dospělosti nebo pozdním dětství. Dětští pacienti s velmi brzkým nástupem (VEO-IBD, do 6 let věku) jsou ale specifickou podskupinou, jejíž onemocnění je často způsobené závažnými mutacemi v genech souvisejících s imunitní homeostázou ve střevech. Cílem této práce bylo identifikovat kauzální genetické varianty u 20 pacientů s pediatrickým IBD (s nástupem onemocnění od 3 do 154 měsíců) s využitím celoexomového sekvenování.. Vyhodnocovali jsme použití několika bioinformatických postupů pro zpracování celoexomových dat. To zahrnovalo porovnání rozdílů v identifikaci variant pomocí dvou bioinformatických postupů využívajících v prvním případě nástroje VarScan2 nebo ve druhém případě založeném na GATK4. Také jsme srovnávali úspešnost filtrování nalezených kauzálních variant pomocí čtyř virtuálních panelů genů, z nichž jeden panel byl vytvořen speciálně pro účely této diplomové práce. Identifikovali a validovali jsme 5 kauzálních variant ve 4 genech (DUOX2 složený heterozygot, FOXP3, NLRP3 and NOD2), které zastupují 20 % z analyzované kohorty...
|
|
|
Cell signaling aberrations in primary immunodeficiencies
Fejtková, Martina ; Kanderová, Veronika (vedoucí práce) ; Vlková, Marcela (oponent)
Primární imunodeficience (PID) jsou charakterizovány zvýšenou náchylností k infekcím a různě závažnými imunologickými poruchami. S rozvojem masivně paralelního sekvenování je ve skupině PID identifikováno stále více poruch v genech asociovaných s imunitním systémem. Biologická podstata mnoha nalezených mutací je ale často neznámá. Je proto nezbytné vyvíjet metodické nástroje, které pomohou objasnit kauzalitu daných mutací a mohou pomoci nalézt optimální terapii. Jedněmi z nově objevených mutací jsou aktivační, tzv. gain-of-function, mutace v genu pro STAT1 způsobující chronickou mukokutánní kandidózu. Kandidózu mohou zmírňovat antimykotika nebo cílený JAK-STAT inhibitor, ruxolitinib. Pro našeho pacienta s nově nalezenou mutací ve STAT1 jsme vyvinuli jednoduchý test pro detekci fosforylace STAT molekul v lymfocytech plné periferní krve. Tímto testem jsme potvrdili aktivační charakter dané mutace a použili jej i pro monitorování cílené léčby ruxolitinibem. U druhého pacienta, který trpí lymfadenopatií a imunodeficitem, byla identifikována dosud nepopsaná mutace v genu pro kaspázu-8. Prokázali jsme inhibiční, tzv. loss-of-function character dané mutace projevující se sníženým štěpením samotné kaspázy-8 i jejího substrátu kaspázy-3, poruchou v buněčné apoptóze a sníženou signalizací NFB. U třetí...
|
|
|
Vývoj metody 8-mi barevného cytometrického testování pacientů s primárním imunodeficitem
Šinkorová, Vendula ; Kalina, Tomáš (vedoucí práce) ; Brdička, Tomáš (oponent)
Primární imunodeficity jsou způsobeny vrozenou poruchou imunitního systému a tvoří heterogenní skupinu onemocnění s velmi variabilním projevem. Multiparametrická cytometrie se stala velmi účinným nástrojem při diagnóze a výzkumu primárních imunodeficitů, protože poskytuje podrobný náhled na fenotyp jednotlivých imunitních buněk a jejich zastoupení. Vyvinuli jsme panel složený z pěti osmibarevných zkumavek určených pro imunofenotypizaci základních lymfocytárních subpopulací a k další podrobnější analýze B a T lymfocytárních subpopulací. Panely jsme optimalizovali a standardizovali tak, aby umožnily detekci jakýchkoliv změn způsobených primárním imunodeficitem a poskytovaly srovnatelná data na úrovni spolupráce více laboratoří. Toho bylo docíleno spoluprací s dalšími šesti evropskými laboratořemi, které jsou součástí projektu Euroflow. Funkčnost a spolehlivost panelů jsme ověřili na vzorcích periferní krve zdravých kontrol, pacientů s molekulárně definovanou mutací způsobující primární imunodeficit a pacientů s běžným variabilním imunodeficitem. Klíčová slova: T lymfocyt, B lymfocyt, primární imunodeficit, průtoková cytometrie, imunofenotypizace, Euroflow, optimalizace, standardizace
|
host ::
RSS.