|
|
One Health approach to understand emerging zoonotic pathogens in the Trichophyton benhamiae complex
Čmoková, Adéla ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Buchta, Vladimír (oponent) ; Gené, Josepa (oponent)
Komplex druhů Trichophyton benhamiae zahrnuje několik zoonotických patogenů, které vědeckou komunitu stále více znepokojují kvůli svému epidemickému šíření mezi domácími zvířaty a jejich majiteli. Zvláštní obavy vzbuzuje náhlé objevení a rychlé šíření kmenů se žlutým fenotypem druhu T. benhamiae v Evropě. U patogenů z tohoto komplexu byla zjištěna značná genetická a fenotypová variabilita, avšak druhové hranice a hostitelské spektrum nebyly dosud jasně objasněny. Abychom prozkoumali rozmanitost, epidemiologii a taxonomii komplexu T. benhamiae, vytvořili jsme s kolegy mezinárodní mezioborový tým a uplatnili holistický "One Health" přístup. Shromáždili jsme rozsáhlý set kmenů z několika kontinentů spolu se souvisejícími údaji o hostitelích, klinickém obrazu a lokalitě. Vzhledem k vysoké míře klonality u běžně používaných DNA markerů jsem vyvinula nové typizační schéma založené na deseti mikrosatelitních a čtyřech sekvenčních markerech. Pro zjištění druhových hranic v komplexu T. benhamiae jsme využili polyfázický přístup, ve kterém jsme zohlednili data z fylogenetických, a populačně-genetických, fenotypových a fyziologických analýz spolu s charakterizací příslušnosti k jedné ze dvou křížících idiomorf a s ekologickými údaji. Díky našemu přístupu se nám podařilo uvnitř komplexu popsat čtyři nové...
|
|
|
Populační a ochranářská genetika rysa ostrovida na okraji Západních Karpat
Stehlíková, Monika
Diplomová práce se zabývá populační a ochranářskou genetikou ryse ostrovida na okraji Západních Karpat, zahrnujícím území Chráněné krajinné oblasti Beskydy na české straně a Chráněné krajinné oblasti Kysuce na slovenské straně (celkem ?1500 km2). Cílem práce bylo s využitím především neinvazivních genetických vzorků vyhodnotit trend vývoje genetické diverzity a početnosti této okrajové rysí subpopulace obývající Moravskoslezské Beskydy, Vsetínské Beskydy a Javorníky za období posledních pěti sezón 2016/17 až 2020/21. Vyhodnoceny byly i příbuzenské vztahy a prostorová aktivita vybraných jedinců. Získané genotypy byly doplněny o již dříve genotypované jedince. Celkem tak bylo za období pěti sezón zachyceno 37 jedinců (12 samic a 25 samců). Odhadovaná průměrná početnost populace činila 14 jedinců a efektivní velikost populace kolísala mezi 3,7 – 7 jedinci. Získané výsledky dokládají postupně se snižující genetickou diverzitu populace a zvyšující se příbuzenské páření, kdy koeficient inbreedingu v poslední sezóně 2020/21 zaznamenal nejvyšší hodnotu FIS= 0,169. Výsledky dále ukazují, že se zde jedinci aktivně rozmnožují, bylo zachyceno minimálně 15 potomků v průběhu sledovaného období, z nichž část se v oblasti usadila a rozmnožila. Prostorová aktivita rysů potvrdila propojenost horských celků i napojení na západokarpatskou populaci, kterou dokládá příchod několika nepříbuzných jedinců. Ve sledovaném období byli také zaznamenání čtyři jedinci, jenž migrovali směrem na západ mimo sledované území, ovšem při této cestě všichni až na jednoho zahynuly při střetu s dopravním prostředkem.
|
|
|
Conservation genetics of Galápagos mockingbirds: from immune genes to genomes
VLČEK, Jakub
In this thesis I have dealt with the population genetic processes of mockingbirds in the Galápagos Islands ( Mimus ) in relation to the limited island area, from the perspective of two types of immune genes and the genome-wide approach. The thesis starts with an introduction to population genetic concepts relevant to conservation genetics followed by description of immune genes: the major histocompatibility complex (MHC) and the Toll-like receptors (TLR). In the final part of the introduction, I address how genetic drift, selection and inbreeding shape genome-wide genetic patterns in small populations. The introduction is followed by four chapters, beginning with an examination of MHCII polymorphism in populations of mockingbirds in the Galápagos Islands. The study of the relationship between MHCII and the abundance of ectoparasites is the content of the second chapter. The third chapter shows how polymorphism of TLRs is shaped by interaction of genetic drift and natural selection. The last chapter deals with the effects of limited island size on inbreeding and genetic load, supported by inferences of the past demography of mockingbirds. The thesis concludes with a summary of the results and their potential implications in the field of conservation genetics.
|
|
|
Reprodukční strategie termita Silvestritermes minutus a její důsledky pro životní cyklus a ekologický úspěch
Křivánek, Jan ; Hanus, Robert (vedoucí práce) ; Klimeš, Petr (oponent)
Smíšené reprodukční strategie jsou unikátním způsobem, jak pomocí střídání pohlavně a nepohlavně vzniklých generací potomstva získat výhody z obou mechanismů. U termitů byla taková strategie poprvé popsána v roce 2009 a pojmenována Asexual Queen Succession (AQS). Rozmnožování většiny termitích druhů je založeno na přítomnosti jediného páru dlouhověkých pohlavních jedinců, primárního krále a královny, kteří ve striktní monogamii produkují všechny ostatní členy kolonie klasickým sexuálním procesem. U několika málo druhů však bylo pozorováno, že královna zakladatelka je v určité fázi nahrazena harémem neotenických královen, které vznikají z neoplozených vajíček s pomocí thelytokní partenogeneze a rozmnožují se s původním králem. Zatímco dělníci, vojáci a okřídlení králové a královny jsou i nadále produkováni pohlavní cestou, další generace neotenických královen opět vznikají partenogeneticky a doplňují přítomný harém. Dokud žije původní král, zůstává genetická struktura většiny potomstva v kolonii stejná, jako by byla královna zakladatelka stále přítomna. Díky velkému počtu královen však stoupá celková plodnost kolonie, kontinuální obnova harému partenogenů zároveň nabízí teoreticky neomezené prodloužení plodného života kolonie. Ve své práci jsem se podílel na popisu AQS u neotropického termita...
|
|
|
Genetic analysis of dicyemid infrapopulations suggests sexual reproduction and host colonization by multiple individuals is common
FLEGROVÁ, Tereza
This study explores the infrapopulation structure of Dicyema moschatum in its host Eledone moschata with the use of microsatellite markers. In order to assess the infrapopulation diversity, set of eight microsatellite markers was selected and respective oligonucleotides were designed for this population genetics study. Fragmentation method was used to analyze various microsatellite markers and the results were analyzed in bioinformatic programs that focus on standard population genetic metrics. Obtained results proved to provide new information about D. moschatum mating system and infection strategy.
|
|
|
Evolution and Phylogeny of Mesozoa
DRÁBKOVÁ, Marie
This thesis focuses on the phylogenetic position of Mesozoa (Orthonectida and Dicyemida) based on phylogenomics, and on dicyemid life-history traits revealed by molecular methods used in population genetics. The thesis is introduced by the review of biology of both groups, complemented by up to now development of views on their phylogenetic position and notes concerning the study of the population structure of marine invertebrates. The introduction is followed by a study focusing on the phylogenetic position of Mesozoa, a comparison of population structure between the cephalopod host and its dicyemid parasite, and a case study of dicyemid parasite infrapopulation. The thesis wraps up with a review on cephalopod parasites and a summary.
|
|
|
Population Genetics of Parasites and Their Arthropod Hosts
Bezányiová, Kateřina ; Straka, Jakub (vedoucí práce) ; Votýpka, Jan (oponent)
Členovci (Arthropoda) jsou momentálně největším živočišným kmenem. Vzhledem k tomu, že paraziti nejspíše představují většinu druhů na Zemi, není těžké si představit, že na členovcích parazituje ohromné množství organismů. Paraziti členovců jsou však studováni nepoměrně méně v porovnání s parazity obratlovců, a to navzdory jejich množství, diverzitě, důležitosti a potenciálnímu využití. Paraziti totiž mohou, mimo jiné, sloužit jako dodatečný zdroj informací o biologii hostitele a o událostech, které v minulosti postihly populace hostitele. Genetická struktura populace parazitů a dalších symbiontů může odrážet tyto události a vlastnosti hostitele, a to díky úzkému soužití symbionta s hostitelem. Ačkoliv jsou paraziti ekologickou skupinou zahrnující řadu různých taxonů, je možné v jejich životních strategiích pozorovat konvergentně vzniklé vzorce. Modely popisující kostrukturování genetické struktury populací parazita a hostitele tedy vycházejí z několika málo proměnných jako je hostitelská specificita, komplexita životního cyklu parazita nebo dispersní schopnost hostitele či parazita. Někdy může parazit poskytnout detailnější obraz populační genetiky hostitele než hostitel sám. Takový parazit může sloužit jako zdroj informací pro plánování ochrany hostitele i parazita, jak se již stalo u některých obratlovců....
|
|
|
Y chromosomální charakteristika současné vesnické populace na Klatovsku
Doležalová, Veronika ; Ehler, Edvard (vedoucí práce) ; Stenzl, Vlastimil (oponent)
Využití genetických markerů v nerekombinující části Y chromosomu se ukázalo jako vhodný nástroj pro studium historie, diverzity a migrace populací. Vhodnými markery na Y chromosomu se ukázaly být především SNP a STR polymorfismy. V rámci této práce bylo sebráno 53 vzorků DNA od nepříbuzných mužů-starousedlíků z 9 vesnic z okolí Klatov. Vzorky byly analyzovány, a byly stanoveny hodnoty 17 STR markerů pomocí AmpFLSTR® Yfiler® Direct Kit. Celkem jsem zaznamenala výskyt 7 haploskupin. Dále byly výsledky vzorků z vesnic Klatovska analyzovány metodou AMOVA a porovnány s okolními populacemi ze Spolkové republiky Německo, Rakouska, Středních a Jižních Čech. Nebyly nalezeny žádné významné rozdíly v genetickém profilu této populace vůči okolním populacím.
|
|
|
Genetická struktura mediteránních populací kaloně Rousettus aegyptiacus
Marešová, Tereza ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent)
6 Abstrakt Rod Rousettus představuje jediný rod kaloně, který se vyskytuje v Asii i v Africe a dosahuje severního okraje areálu čeledi. Toto neobvyklé rozšíření je spojeno se schopností echolokace, následným obýváním jeskyní a pravděpodobně s dalšími etologickými a termoregulačními adaptacemi k životu v poměrně chladném a suchém klimatu. Pro tuto studii byly použity metody k rozpoznání jednotlivých geneticky odlišných populací za účelem lepšího pochopení cest kolonizace a současného disperzního a migračního chování kaloně egyptského (Rousettus aegyptiacus) v Mediteránních a jim přilehlých oblastech. Moderními postupy populační a krajinné genetiky bylo analyzováno 553 jedinců ze 72 lokalit za použití 20 jaderných mikrosatelitů. Naše výsledky ukázaly významnou genetickou vzdálenost jedinců z východní Afriky a další dělení v severní části areálu. Výrazně se oddělují kyperské populace a pro vyšší K se dále vymezují kolonie z egyptských oáz. V rozporu s dosavadní taxonomií druhu je genetická blízkost populací z jihu Arabského poloostrova a ze Sinajského poloostrova. Naše zjištění upozorňují na roli mořských a pouštních oblastí jakožto bariér zabraňujících genovému toku a na vývoj populační struktury u kaloňů, která je v souladu s biogeografickými schématy známými v rámci dané čeledi i v dalších oblastech. Je...
|
|
|
Genetické důsledky dramatických změn kontaktu a velikosti populací bobra evropského (Castor fiber)
Náhlovský, Jan ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Hulva, Pavel (oponent)
Bobři prošli v posledních několika staletích dramatickým snížením velikosti populací následovaným expanzí podpořenou reintrodukcemi. V důsledku tohoto bottlenecku je zřejmě genetická variabilita velmi ochuzena. Je známo 31 recentních mitochondriálních haplotypů, přičemž některé byly popsány vícekrát nezávisle na sobě. Tyto haplotypy jsou rozděleny do dvou větví, na jejichž základě je rozpoznávána západní a východní ESU. Lokusy mikrosatelitů mají středně velkou variabilitu, naopak diverzita lokusů na chromozomu Y je velmi nízká. U druhého exonu MHC genu DRB bylo popsáno pouze deset alel. Žádný mitochondriální haplotyp ani MHC alela nejsou sdíleny napříč reliktními populacemi. Tato výrazná genetická struktura není u vzorků z doby před bottleneckem patrná. Popsané poddruhy bobra evropského jsou tedy pouze artefaktem posledního bottlenecku. Nově ustavené populace jsou často tvořeny bobry s různým původem a jsou více či méně prokřížené. Zdá se, že tyto admixované populace vykazují vyšší životaschopnost, a naopak u některých reliktních populací lze najít známky inbrední deprese. Při reintrodukcích je tedy výhodné použít jedince z několika zdrojových reliktních populací, popřípadě použít bobry z admixovaných populací. Více druhů prošlých bottleneckem a recentní expanzí vykazuje podobnosti s populační strukturou...
|
host ::
RSS.