|
|
Implementace algoritmu pro hledání podobností DNA řetězců v FPGA
Pařenica, Martin ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Fučík, Otto (vedoucí práce)
Tato práce popisuje způsoby porovnání nukleotidových řetězců s využitím párového a vícenásobného porovnání. V práci jsou popsány algoritmy párového porovnávání pro hledání nad daty v databázích a nebo algoritmy využívající dynamické programování. Dále jsou popsány způsoby vícenásobného porovnání. Mezi základními algoritmy je uvedeno dynamickým programováním a nebo algoritmy, které s využitím určité míry nepřesnosti postupně sestavují porovnání. Teoretickou část práce uzavírá popis technologie FPGA. Další část práce, praktická část, je věnována implementaci jednoho z vícenásobných algoritmů. Závěrečná část shrnuje vlastnosti vybraného algoritmu.
|
|
|
Metody vícenásobného zarovnávání nukleotidových sekvencí
Trněný, Ondřej ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Ke správnému pochopení vlastností a účelu biologických sekvencí je nezbytně nutné mít možnost je mezi s sebou porovnávat a ze získaných informací vyvozovat jejich vlastnosti, účel a evoluční historii. K rozšíření již existující báze znalostí mohou velkou mírou přispět metody pro vícenásobné zarovnávaní sekvencí, které umožňují nahlížet na již známá fakta ve zcela novém světle dosud neznámých informací o vztazích mezi často na první pohled nepodobnými sekvencemi. Pro provádění této analýzy proto bylo navrženo několik algoritmů, na jejichž základě následně vznikly programy umožňující komplexní analýzu obsáhlých dat. Jedním z nich je algoritmus progresivního zarovnání, který je v rámci této práce implementován.
|
|
|
Hardwarová akcelerace algoritmu pro hledání podobnosti dvou DNA řetězců
Nosek, Ondřej ; Kořenek, Jan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Metody pro zarovnání různých typů bioinformatických sekvencí jsou klíčovou součástí výzkumu v této oblasti. Úlohy jsou časově velmi náročné, a proto má smysl vytvořit hardwarovou platformu pro urychlení těchto výpoětů. Cílem této práce je navržení obecné architektury založené na FPGA technologii, která dokáže pracovat s několika různými druhy sekvencí. Metody, které bude navržená akcelerační karta používat budou především dynamické algoritmy Needleman-Wunsch a Smith-Waterman.
|
|
|
Hardwarová akcelerace algoritmu pro hledání podobnosti dvou DNA řetězců
Nosek, Ondřej ; Kořenek, Jan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Metody pro zarovnání různých typů bioinformatických sekvencí jsou klíčovou součástí výzkumu v této oblasti. Úlohy jsou časově velmi náročné, a proto má smysl vytvořit hardwarovou platformu pro urychlení těchto výpoětů. Cílem této práce je navržení obecné architektury založené na FPGA technologii, která dokáže pracovat s několika různými druhy sekvencí. Metody, které bude navržená akcelerační karta používat budou především dynamické algoritmy Needleman-Wunsch a Smith-Waterman.
|
|
|
Implementace algoritmu pro hledání podobností DNA řetězců v FPGA
Pařenica, Martin ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Fučík, Otto (vedoucí práce)
Tato práce popisuje způsoby porovnání nukleotidových řetězců s využitím párového a vícenásobného porovnání. V práci jsou popsány algoritmy párového porovnávání pro hledání nad daty v databázích a nebo algoritmy využívající dynamické programování. Dále jsou popsány způsoby vícenásobného porovnání. Mezi základními algoritmy je uvedeno dynamickým programováním a nebo algoritmy, které s využitím určité míry nepřesnosti postupně sestavují porovnání. Teoretickou část práce uzavírá popis technologie FPGA. Další část práce, praktická část, je věnována implementaci jednoho z vícenásobných algoritmů. Závěrečná část shrnuje vlastnosti vybraného algoritmu.
|
|
|
Metody vícenásobného zarovnávání nukleotidových sekvencí
Trněný, Ondřej ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Ke správnému pochopení vlastností a účelu biologických sekvencí je nezbytně nutné mít možnost je mezi s sebou porovnávat a ze získaných informací vyvozovat jejich vlastnosti, účel a evoluční historii. K rozšíření již existující báze znalostí mohou velkou mírou přispět metody pro vícenásobné zarovnávaní sekvencí, které umožňují nahlížet na již známá fakta ve zcela novém světle dosud neznámých informací o vztazích mezi často na první pohled nepodobnými sekvencemi. Pro provádění této analýzy proto bylo navrženo několik algoritmů, na jejichž základě následně vznikly programy umožňující komplexní analýzu obsáhlých dat. Jedním z nich je algoritmus progresivního zarovnání, který je v rámci této práce implementován.
|
host ::
RSS.