|
|
Genetická struktura mediteránních populací kaloně Rousettus aegyptiacus
Marešová, Tereza ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent)
6 Abstrakt Rod Rousettus představuje jediný rod kaloně, který se vyskytuje v Asii i v Africe a dosahuje severního okraje areálu čeledi. Toto neobvyklé rozšíření je spojeno se schopností echolokace, následným obýváním jeskyní a pravděpodobně s dalšími etologickými a termoregulačními adaptacemi k životu v poměrně chladném a suchém klimatu. Pro tuto studii byly použity metody k rozpoznání jednotlivých geneticky odlišných populací za účelem lepšího pochopení cest kolonizace a současného disperzního a migračního chování kaloně egyptského (Rousettus aegyptiacus) v Mediteránních a jim přilehlých oblastech. Moderními postupy populační a krajinné genetiky bylo analyzováno 553 jedinců ze 72 lokalit za použití 20 jaderných mikrosatelitů. Naše výsledky ukázaly významnou genetickou vzdálenost jedinců z východní Afriky a další dělení v severní části areálu. Výrazně se oddělují kyperské populace a pro vyšší K se dále vymezují kolonie z egyptských oáz. V rozporu s dosavadní taxonomií druhu je genetická blízkost populací z jihu Arabského poloostrova a ze Sinajského poloostrova. Naše zjištění upozorňují na roli mořských a pouštních oblastí jakožto bariér zabraňujících genovému toku a na vývoj populační struktury u kaloňů, která je v souladu s biogeografickými schématy známými v rámci dané čeledi i v dalších oblastech. Je...
|
|
|
Dříve evoluční zatracenci, nyní tvůrci reprodukční strategie: původ a reprodukce samčí linie vodních skokanů Pelophylax esculentus
Doležálková, Marie ; Choleva, Lukáš (vedoucí práce) ; Mikulíček, Peter (oponent) ; Kratochvíl, Lukáš (oponent)
Asexuální způsoby reprodukce jsou obvykle založeny na principu kopírování (klonování) samičí DNA do potomstva. U většiny asexuálně se množících obratlovců se potomstvo vyvíjí z neredukovaného a často neoplozeného vajíčka. Umožňuje to mechanismus partenogenetické a gynogenetické reprodukce. Zatímco v prvním případě se klonální pohlavní buňka vyvíjí spontánně a samostatně, v druhém případě je zapotřebí pohlavní partner, který aktivuje rýhování vajíčka. Ani v jednom případě však nedochází k oplodnění (splynutí spermie s vajíčkem). Klonální potomstvo proto tvoří výhradně dcery a dosavadní výzkum probíhal jen na asexuálních liniích samičího pohlaví. Vzácně mohou vznikat při pravém oplodnění klonálního vajíčka asexuální samci, ti však bývají často neplodní. Na světě jsou známí diploidní zástupci pouze tří rodů obratlovců hybridního původu, kteří disponují plodnými asexuálními samci. Jedním z nich jsou evropští zelení vodní skokani rodu Pelophylax, žijící také na území České republiky. V oblastech kolem horního toku řeky Odry byly nedávno objeveny populace hybridních samců, kteří po vzoru asexuálních samic vytváří stabilní vše-samčí linie. Výsledky této studie ukázaly, že samci tvoří klonální spermie procesem hybridogeneze, během níž je z pohlavních buněk vymazán genom matky. Pravou fertilizací dochází k oplodnění...
|
|
|
Vnitřní struktura balkánského refugia na modelu Erinaceus roumanicus
Eliášová, Kristýna ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Zemanová, Barbora (oponent)
Tato práce byla zaměřená na popis prostorové distribuce genetické variability ježka východního (E. roumanicus) zejména v rámci Balkánského poloostrova a střední Evropy, neboť tyto oblasti jsou klíčové pro pochopení vlivů pleistocénních oscilací klimatu na genetickou architekturu druhu. Na základě této prostorové distribuce byly vytvořeny hypotézy ohledně možné strukturovanosti balkánského refugia. K analýze bylo použito celkem 260 jedinců a 9 mikrosatelitových lokusů. S pomocí postupů krajinné a populační genetiky bylo identifikováno několik možných izolovaných subpopulací v rámci zkoumaného areálu. Unikátní se ukázala být populace původem z Kréty, ovlivněná patrně mechanismy ostrovní evoluce. Výrazněji odlišná od zbytku areálu se jeví také populace z České republiky, nacházející se v sekundární kontaktní zóně s druhem E. europeaus, kde se mohou projevovat mezidruhové interakce a případná introgrese. V oblasti Rumunska a oblasti jihu Balkánského poloostrova byly identifikovány největší genetické distance mezi jedinci, související s výskytem geografických bariér a možnou přítomností glaciálního subrefugia. Další identifikované subpopulace pocházely z oblasti Slovenska a Maďarska, Slovinska, Chorvatska a Bosny a Hercegoviny, Rumunska a jihu Balkánského poloostrova. Klíčová slova: Balkánský...
|
|
|
Ohrožení jabloně lesní hybridizací s jabloní domácí
Portl, Jiří ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Prančl, Jan (oponent)
Tato bakalářská práce má za úkol shrnout všechny známé informace o hybridizaci (antropohybridizaci) jabloně lesní s jabloní domácí. Práce se dále zabývá převážné genetickými a morfometrickými metodami, které zatím byly při studiu hybridizace použity. Jabloň lesní (Malus sylvestris) je jediný původní druh rodu Malus v Evropě. Nicméně v posledních několika desítkách let jsou její populace ohroženy jabloní domácí (Malus ×domestica), jež pochází původně ze střední Asie. Často se ovšem dostává také do volné přírody, a tím i do užšího kontaktu s jabloní domácí, což umožňuje snazší hybridizaci těchto dvou dřevin. Tento proces vede k ubývání geneticky čistých jedinců jabloně lesní a pomalému šíření hybridních rostlin. Tento trend, který byl nazván antropohybridizací, lze pozorovat také například u rodu Prunus, kde dochází k hybridizaci mezi třešní křovitou Prunus fruticosa s třešní višní Prunus cerasus. Poslední studie však poukazují na další genetické aspekty jabloně domácí, a sice její vznik trojitou hybridizací. V posledních několika letech bylo prozkoumáno a analyzováno několik lokalit jabloně lesní v Evropě, aby se zjistilo jaký je stupeň antropohybridizace s jabloní domácí. Na těchto lokalitách byli pozorováni hybridi společně s geneticky potvrzenou jabloní lesní. Klíčová slova: jabloň lesní, jabloň...
|
|
|
Ovlivnění genetické diverzity rákosových porostů strukturou říčních systémů
Fuxová, Gabriela ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Kubátová, Barbora (oponent)
Řada rostlinných druhů je vázána na biotopy související s říčním prostředím nebo krajinou ovlivňovanou řekami. Říční systémy vytváří v ekosystémech významné lineární koridory a přímo nebo nepřímo ovlivňují rozšíření řady druhů v krajině. Nabízí se tak řada otázek ohledně šíření druhů v tomto prostředí. Jednou z možností, jak hledat odpovědi na tyto otázky, je využití molekulárních metod. Pomocí 10 mikrosatelitových jaderných primerů byla provedena analýza 202 vzorků rákosu obecného ze 60 populací České republiky. Tato analýza umožnila odhalit příbuzenské vztahy mezi jedinci, získat informace o prostorovém rozložení populací a šíření rákosu obecného. Phragmites australis tvoří jak monoklonální populace, tak populace tvořené z několika klonů. Byla odhalena závislost míry klonality na prostředí, ve kterém se populace nachází. Populace rostoucí na březích řek byly spíše monoklonální, rybniční polyklonální. Jednotlivé populace vykazují vysoký stupeň izolovanosti. Nejvyšší procento variability bylo vysvětleno na mezipopulační úrovni, což je běžné u druhů lehce šiřitelných větrem. Dochází ke komunikaci mezi populacemi, ve větší míře na krátké vzdálenosti. Mezi populacemi byl nalezen důkaz vegetativního šíření na krátké vzdálenosti, mnohem častěji ale dochází ke generativnímu šíření. K šíření na velké vzdálenosti...
|
|
|
Detailní taxonomická a klonální struktura druhového komplexu Daphnia longispina na podélném gradientu přehradní nádrže Želivka
Stodola, Jakub ; Petrusek, Adam (vedoucí práce) ; Vaníčková, Ivana (oponent)
Korytovité přehradní nádrže jsou charakteristické výskytem specifických horizontálních environmentálních gradientů a umožňují tím výskyt několika druhů perlooček komplexu Daphnia longispina v jedné nádrži. V důsledku preference rozdílných podmínek se vyskytují jednotlivé druhy na rozdílných lokalitách. Mým cílem bylo zanalyzovat pomocí deseti mikrosatelitových markerů detailní taxonomickou a klonální strukturu těchto perlooček na podélném gradientu přehradní nádrže Želivka a porovnat ji mezi dvěma sezónami. Zároveň mi byly poskytnuty vzorky nově objevené kryptické mitochondriální linie právě ze Želivky. Byla potvrzena nenáhodnost výskytu jednotlivých druhů i jejich hybridů v přehradní nádrži. Zároveň se potvrdilo, že taxonomické složení nádrže je ve dvou po sobě následujících sezónách v prostoru relativně stálé. Distribuce jednotlivých klonů se naopak ukázala jako značně heterogenní, a to jak v čase, tak v prostoru. Klonální diverzita rodičovských druhů byla prokazatelně vyšší než u jejich hybridů. To by mohlo znamenat, že mezi rodičovskými genomy existují reprodukční bariéry. Bylo nalezeno i několik klonů, které se vyskytovaly opakovaně na podobných lokalitách, což naznačuje, že jsou některé klony schopné přezimovat u dna nádrží a další sezónu se znovu vyskytují na podobné lokalitě.
|
|
|
Příprava mikrosatelitových markerů pro studium koroptve polní (Perdix perdix)
Vaněčková, Dominika ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Burri, Marta (oponent)
Cílem mé práce byla konstrukce setu mikrosatelitových markerů pro koroptev polní (Perdix perdix). Podařilo se mi vyizolovat sedm nových mikrosatelitů specifických pro tento druh a další lokusy jsem pak převzala od blízce příbuzných druhů ze třídy hrabavých (Galliformes). Celkově jsem tak získala set 18ti lokusů, který jsem následně použila k otestování charakteristik populační struktury tří studovaných populací koroptví ze Stodůlek, Písecka a Milešína. Analýza ukázala jasnou strukturovanost populací a překvapivě malé (menší než 100) efektivní populační velikosti. Vybraných sedm mikrosatelitových lokusů jsem pak použila k provedení analýzy paternity u vybraného vzorku hnízd. V některých hnízdech se mi skutečně podařilo nalézt důkaz o existenci mimopárové paternity u tohoto domněle monogamního kura. Na závěr jsem na základě sekvenace kontrolní oblasti mitochondriální DNA několika vzorků z každé z populací dospěla k názoru, že studované populace koroptví náleží k západní linii mitochondriální DNA.
|
|
|
Genetická variabilita a evoluční vztahy českých endemických zástupců rodu Dianthus
Kalůsková, Jana ; Suda, Jan (vedoucí práce) ; Chrtek, Jindřich (oponent)
Abstrakt Předkládaná diplomová práce se zabývá karyologickou, genetickou a fenotypovou variabilitou vybraných taxonů rodu Dianthus L. v České republice a sousedních zemích. Důležitou roli v evoluční historii rodu hrálo několik mikroevolučních procesů, jako jsou hybridizace, genomová duplikace či edafická speciace. Tyto procesy vedly ke vzniku velkého množství fenotypově podobných taxonů, které jsou často omezeny na malý areál. V České republice rostou 3 endemické hvozdíky a jeden subendemický. Tyto (pod)druhy posloužily jako modelová skupina pro studium mikroevolučních procesů v malých populacích. Práce se skládá ze tří částí, zabývající se každá jiným evolučním procesem: Dianthus arenarius subsp. bohemicus je kriticky ohroženou endemickou psamofytní rostlinou rostoucí na jediné původní lokalitě v Polabí sympatricky se široce rozšířeným D. carthusianorum. Hybridizace byla předpokládána na základě morfologických znaků, ale nebyla nikdy potvrzena jinou metodou. Vzhledem k odlišnému počtu chromozomů obou druhů byla hybridizace detekována pomocí průtokové cytometrie s barvivem DAPI (stanovení relativního obsahu DNA většiny rostliny z lokality). Na karyologicky potvrzených hybridech byly provedeny morfometrické analýzy a, s použitím sekvenace cpDNA, určen směr hybridizace. Výsledky ukázaly, že k...
|
|
|
Ekologické důsledky polyploidizace u mokřadní rostliny šmelu okoličnatého (Butomus umbellatus)
Rydlo, Jan ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Trávníček, Pavel (oponent)
Cílem této práce bylo srovnat environmentální požadavky, morfologické a biologické vlastnosti diploidního a triploidního cytotypu mokřadní rostliny šmelu okoličnatého (Butomus umbellatus) v oblasti Východoslovenské nížiny, kde tento druh tvoří unikátní cytotypově smíšené populace, a vyvinout primery pro variabilní mikrosatelitové lokusy vhodné k dalším populačně genetickým studiím. Celkem bylo objeveno 72 populací šmelu okoličnatého. Pomocí analýzy relativní velikosti genomu (průtoková cytometrie, FCM) bylo odhaleno 34 populací tvořených pouze triploidním cytotypem, 8 bylo tvořeno pouze diploidním cytotypem a 30 populací bylo smíšených. Ve smíšených populacích jsou počty jedinců obou cytotypů často velmi vyrovnané a tvoří prorůstající se kompaktní porosty. Na základě analýz environmentálních charakteristik lokalit cytotypů (PCA, RDA, ANOVA) nebyl prokázán rozdíl mezi stanovištními nároky diploidních a triploidních rostlin. Na základě morfometrických analýz (PCA, CDA) souboru znaků 36 diploidních a 54 triploidních rostlin byl ověřen rozdíl v morfologii obou cytotypů v přírodě. Po následném přesazení rostlin do kultivace a přeměření znaků se tento rozdíl ještě prohloubil. Nejspolehlivějším znakem, který odlišuje diploidní a triploidní rostliny je poměr šířky a délky vnitřního okvětního lístku, který...
|
|
|
Ochranářská genetika rysa ostrovida v Západních Karpatech
Ungrová, Lenka ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Kaňuch, Peter (oponent)
Robustní monitoring spolu s genetickými analýzami populací velkých šelem je důležitým nástrojem pro účinnou ochranu a management jednotlivých druhů. Tato práce si klade za cíl vůbec poprvé geneticky zmapovat celou slovenskou populaci rysa ostrovida, a to za použití celkem 15 mikrosatelitových lokusů. Neinvazivní genetika je účinným prostředkem pro genetický výzkum druhů s velkými domovskými okrsky a nízkou populační hustotou. Z tohoto důvodu byly v této práci zpracovány vzorky trusu, srsti, moči a bukálních stěrů získané v terénu, doplněné o tkáně z uhynulých jedinců. V průběhu let 2017-2019 bylo získáno celkem 187 vzorků, z nichž se podařilo získat 59 genotypů. Z úspěšně genotypovaných vzorků byly vyřazeny dva v terénu chybně determinované vzorky, které patřily kočce divoké. Data získaná z projektu Veľké šelmy 2 byla pro analýzy populační genetiky a demografie doplněna o 98 genotypů z projektu Šelmy SKCZ ve spolupráci s ÚBO AV ČR. Z celkového datasetu 155 genotypů bylo detekováno 68 jedinců rysa ostrovida. Analýza příbuznosti odhalila celkem 67 signifikantních příbuzenských vztahů 1. stupně a 9 signifikantních vztahů 2. stupně. Slovenská populace má dle výsledků této práce třetí nejnižší genetickou diverzitu ve srovnání se všemi evropskými autochtonními populacemi a nižší genetickou diverzitu než...
|
host ::
RSS.