|
|
Koevoluce kartézských genetických algoritmů a neuronových sítí
Kolář, Adam ; Král, Jiří (oponent) ; Zbořil, František (vedoucí práce)
Cílem práce bylo ověřit možnost spojení metod kartézského genetického programování a neuronových sítí. Výsledek práce reprezentuje sada experimentů s úlohami vyvažování tyče, průchodu agenta bludištěm a detekce buňek rakoviny prsu, provedených za pomocí implementované knihovny. Použil jsem jak nepřímé, tak přímé zakódování dopředné i rekurentní sítě. Zaměřil jsem se na nalezení nejlepší konfigurace výpočtu, detekci přeučování jedinců během evoluce, míru robustnosti řešení a možnosti stimulace řešení pomocí fitness funkce. Zjistil jsem, že obecně nejlépe konvergují řešení s nižšími hodnotami parametru n_c a n_r a jsou také méně náchylné k přeučování. Úpravami fitness funkce jsem evolvoval kontrolér, který redukoval rozkmit vyvažované tyče. Klasifikátor buňek rakoviny rozpoznával korektně více než 98% vzorků, čímž překonal většinu srovnávaných metod. Podařilo se také navrhnout model bludiště, ve kterém agent úspěšně plnil vícekrokové úlohy.
|
|
|
Karyotypová evoluce u vybraných čeledí entelegynních pavouků
Kotz, Matěj ; Král, Jiří (vedoucí práce) ; Nguyen, Petr (oponent)
Araneoidea je nadčeledí entelegynních pavouků s obrovskou druhovou diverzitou. Celá nadčeleď je však velmi konzervativní, co se pozorovaného karyotypu týče. Pravděpodobně ancestrálním stavem celé skupiny je v případě samců 24 akrocentrických chromozomů s chromozomovým systémem určení pohlaví X1X20. Cílem této práce bylo zmapovat karyotypovou diverzitu dvou čeledí - Araneidae a Mimetidae. Většina studovaných druhů odpovídá svým karyotypem ancestrálnímu stavu. V rámci těchto čeledí bylo však u některých zástupců pozorováno skokové zvýšení počtu chromozomů, u Araneidae až 2n♂ = 52, v případě Mimetidae až na 2n♂ = 57. Což představuje vůbec nejvyšší pozorovaný počet u Entelegynae. Zvýšené 2n je doprovázeno i zvyšováním počtu pohlavních chromozomů, vedoucí až k X1X2X3X40 u Araneidae, respektive k X1X2X3X4X5X6X70 u Mimetidae. Jako možný mechanismus zvyšování počtu chromozomů navrhuji polyploidii. Tato hypotéza je v práci testována pomocí měření velikosti genomu za použití průtokové cytometrie a fluorescenční in situ hybridizace se sondami pro 18S rRNA a 5S rRNA geny. Pro jeden druh byla optimalizována sonda také pro U2 snRNA gen. U velké části studovaných druhů byly tyto techniky použity vůbec poprvé. V případě čeledi Mimetidae se podařilo odhalit zatím největší genomy v rámci Entelegynae. Všechny...
|
|
|
Karyotypová evoluce u astrildovitých pěvců rodu Lonchura
Janáková, Šárka ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Augstenová, Barbora (oponent)
Karyotyp, čili soubor všech chromosomů v buňce, je důležitou charakteristikou jednotlivých druhů jak živočichů, tak rostlin. Karyotyp ptáků je typický svou stabilitou co do počtu chromozomů i jejich velikosti a přestavby mezi různými chromozomy jsou vzácné. Změny, které se mezi karyotypy ptačích druhů projevují, jsou častěji intrachromozomální, jako například inverze či duplikace a delece. Stále není jasné, jak často se takové změny vyskytují mezi blízce příbuznými druhy a zda mohou přispět ke speciaci. Tato práce si klade za cíl srovnání karyotypů celkem pěti druhů pěvců rodu Lonchura (panenka), které jsou si blízce příbuzné, a srovnávání chromozomálních změn tak umožňuje pozorovat změny, které by mohly ke speciaci přispívat. Studie je založena na analýze karyotypu metodou imunofluorescenčního barvení synapsovaných pachytenních chromozomů a následného určení a srovnání typů chromozomů. Tato metoda umožnuje dobře určit změny, kterými se projevují pericentrické inverze, kdy dochází ke změně pozice centromery. Výsledky potvrzují všeobecnou představu o ptačích karyotypech jakožto velmi konzervativních co se týká počtu chromozomů a jejich velikosti. Nicméně, u některých chromozomů se mezi zkoumanými druhy lišila pozice centromery, což by mohlo být způsobeno pericentrickými inverzemi. U čtyř z pěti...
|
|
| |
|
|
Karyotypy Giardia intestinalis
Hudosová, Lenka ; Nohýnková, Eva (vedoucí práce) ; Král, Jiří (oponent)
Giardia intestinalis je parazitický prvok způsobující jedno z nejrozšířenějších průjmových onemocnění parazitárního původu. Buňka giardií obsahuje dvě jádra, u kterých donedávna nebyl znám počet chromozomů. Použitím klasické cytogenetické metody byl karyotyp určen před pěti lety Tůmovou a kol. V mé práci byl pomocí této metody, určen karyotyp čtyř izolátů, šesti linií a tří klonálních populací. Bylo potvrzeno, že jádra jedné buňky mohou být aneuploidní a mohou se navzájem v počtu chromozomů lišit. Mezi jádry byl zjištěn rozdíl v počtu o 1, 2 a 6 chromozomů. Pokud byl v obou jádrech jedné buňky zjištěn stejný počet chromozomů, každé jádro obsahovalo 10 chromozomů. Bylo také zjištěno, že asambláže (v této práci A a E) není možné charakterizovat pomocí karyotypu. Karyotypy se mohou lišit i mezi liniemi a klonálními populacemi odvozených od stejného izolátu. U tří kultur byla zjištěna změna karyotypu během kultivace in vitro. Výsledky práce jsou diskutovány ve vztahu k výsledkům dosud publikovaných prací.
|
|
|
Analýza karyotypu u vybraných bičovců řádů Amblypygi a Uropygi
Sember, Alexandr ; Král, Jiří (vedoucí práce) ; Ráb, Petr (oponent)
Karyotype analysis of selected species from arachnid orders Amblypygi and Uropygi Whip spiders (Amblypygi) and whip scorpions (Uropygi) represent relict arachnid orders which has been found already at Upper Carboniferous strata. Although cytogenetic data from amblypygids and uropygids might be important to reconstruct karyotype evolution of arachnids, cytogenetics of these orders is almost unknown. Presented study is aimed in analysis of karyotype and meiosis in 16 species of Amblypygi and 4 species of Uropygi. Both groups are characterized by considerable range of diploid chromosome numbers (2n = 24 - 86 in Amblypygi and 36 - 66 in Uropygi). Analysed species does not exhibit morfologically differentiated sex chromosomes. Differentiation of sex chromosomes on molecular level was revealed in amblypygid Paraphrynus mexicanus by comparative genome hybridization. Obtained data indicate XY/XX sex chromosome system in this species. Comparison of karyotype data indicates reduction of chromosome numbers during evolution of both orders. In Amblypygi, this reduction was accompanied by increase of number of biarmed chromosomes. This trend is not apparent in Uropygi. Karyotypes of most analysed amblypygids and uropygids are also characterized by low amount of heterochromatin. Most studied species exhibit two pairs...
|
|
| |
|
|
Evolution of sex determination in skinks and related lineages
Kostmann, Alexander ; Rovatsos, Michail (vedoucí práce) ; de Bello Cioffi, Marcelo (oponent) ; Liehr, Thomas (oponent)
7 Abstrakt Ještěři skupiny Scincoidea, tj. kruhochvosti (Cordylidae), ještěrkovci (Gerrhosauridae), scinci (Scincidae) a xantusie (Xantusiidae), mají pozoruhodnou ekologickou a morfologickou variabilitou. Předpokládalo se, že přinejmenším u skinků jsou systémy určení pohlaví také velmi variabilní. U ostatních tří čeledí byly důkazy pro přítomnost nebo nepřítomnost pohlavních chromozomů vzácné, přičemž výjimkou byly dva druhy xantusií s pohlavními chromozomy typu ZZ/ZW. V této práci byly k identifikaci cytogeneticky odlišitelných pohlavních chromosomů použity konvenční a molekulární cytogenetické metody včetně C-pruhování, fluorescenční in situ hybridizace (FISH) se sondami pro telomerické motivy a rDNA lokusy a komparativní genomová hybridizace. Většina studovaných druhů nevykazovala pohlavně-specifické rozdíly zjistitelné cytogenetickým vyšetřením. Nicméně jsme prokázali akumulaci lokusů rDNA na páru makrochromosomů a páru mikrochromosomů u samců, zatímco opět na páru makrochromosomů a jediném mikrochromosomu u samic druhu Tracheloptychus petersi. Pohlavně-specifická distribuce rDNA lokusů naznačuje, že tento druh má ZZ/ZW pohlavní chromosomy, což představuje první doklad o pohlavních chromosomech u zástupce čeledi Gerrhosauridae. U dalšího zástupce této čeledi, konkrétně u druhu Zonosaurus...
|
|
|
Karyotype analysis of mesothelid spiders
Prokopcová, Lenka ; Král, Jiří (vedoucí práce) ; Zrzavá, Magda (oponent)
Podrad mesothelidných pavúkov je z cytogenetického hľadiska veľmi málo prebádaný. Predkladaná diplomová práca je zameraná na karyotypovú evolúciu týchto pavúkov. Vzhľadom k tomu, že sa jedná o najbazálnejšiu skupinu pavúkov, môže analýza ich cytogenetiky priniesť dôležité údaje o ancestrálnom karyotype pavúkov. U jednotlivých zástupcov sú v práci popísané diploidné počty a morfológia chromozómov, meiotické delenie, pohlavné chromozómy a tiež vzor vybraných molekulárnych markerov, ktoré boli detekované pomocou techniky fluorescenčnej in situ hybridizácie. Podľa mojich výsledkov, mesothelidné pavúky disponujú vysokým počtom chromozómov a prevahou jednoramenných chromozómov. Na rozdiel od ostatných pavúkov majú málo diferencované pohlavné chomozómy. Kľúčové slová: evolúcia, pavúk, chromozóm, karyotyp, fluorescenčná in situ hybridizácia, nukleolárny organizátor, pohlavné chromozómy
|
|
|
Karyotype evolution of the family Araneidae
Pajpach, Filip ; Král, Jiří (vedoucí práce) ; Sember, Alexandr (oponent)
Križiakovití (Araneidae) sú početnou čeľaďou pavúkov zahŕňajúcou viac ako 3100 druhov v 170 rodoch. Spolu s 13 ďalšími čeľaďami tvoria nadčeľaď Araneoi- dea. Predložená práca je zameraná na karyotypovú evolúciu čeľade Araneidae, vrá- tane jej porovnania s príbuznou čeľaďou čeľustnatkovití (Tetragnathidae). Vý- sledky získané z 19 druhov križiakov a štyroch druhov čeľustnatiek potvrdzujú pub- likovanú hypotézu, že pôvodný karyotyp nadčeľade Araneoidea (vrátane čeľade Araneidae) pozostáva z 24 akrocentrických chromozómov u samcov, vrátane dvoch akrocentrických chromozómov X systému X1X20. U rady križiakov však dochádza k výraznému zníženiu 2n prostredníctvom centrických fúzií. Centrické fúzie zasiahli väčšinu autozómov (a niekedy aj gonozómy); počet párov klesol z 11 na šesť. V pred- loženej práci boli zistené tri takéto redukčné udalosti. Súčasťou práce bol aj výskum nukleolárnych organizátorov (NOR) s použitím fluorescenčnej hybridizácie in situ, nakoľko dostupné údaje o evolúcii tohto znaku u pavúkov sú obmedzené. Počet NOR bol veľmi variabilný, s rozpätím jeden až 13 lokusov. Mnohonásobné centrické fúzie boli vždy sprevádzané významným zvýšením počtu NOR. Frekvencia chiazmat na chromozóm bola u križiakov a čeľustnatiek s ancestrálnym karyotypom nízka. Na druhej strane u druhov vykazujúcich...
|
host ::
RSS.