|
|
Blechy jako hostitelé a přenašeči bakterií
Hovorková, Jana ; Hammerbauerová, Iva (vedoucí práce) ; Myslivcová Fučíková, Alena (oponent)
Blechy (Siphonaptera) jsou celosvětově významnými ektoparazity a přenašeči mnoha lidských patogenů. Mezi původce nejzávažnějších infekcí přenášené blechami patří Yersinia pestis, Rickettsia spp. a Bartonella spp. způsobující mor, rickettsiózy a bartonellózy. V této práci jsem se zaměřila na mikrobiom blech s důrazem na vzájemné interakce bakterií, které jsou blechami přenášeny nebo jsou ve vztahu ke svému blešímu hostiteli patogenní, mutualistické či komenzální. Složení blešího mikrobiomu může být ovlivňováno jak vzájemnými interakcemi jednotlivých bakterií, tak mnoha různými faktory, mezi které patří například druh a pohlaví blechy či jejího hostitele, vlhkost a teplota vnějšího prostředí či geografická lokalita.
|
|
|
Aktivita bakteriálních enzymů a molekulární mechanismy při dekompozici kostní tkáně
Vočadlová, Michelle ; Sládek, Vladimír (vedoucí práce) ; Mihalčinová, Zuzana (oponent)
Abstrakt Dekompozice kostní tkáně je komplexní proces, ve kterém hrají zásadní roli bakteriální enzymy. Enzymy jsou biologické katalyzátory, které se účastní všech biochemických reakcí v živých organismech. Ve této bakalářské práci jsou identifikovány a charakterizovány bakteriální enzymy účastnící se rozkladu kostní tkáně. Hlavní pozornost je věnována enzymům, kterými jsou různé kolagenázy, které mají klíčovou roli v degradaci organických komponent kosti. Dále jsou v práci popsány molekulární mechanismy, kterými tyto enzymy působí. Práce je zaměřena na specifické interakce mezi bakteriálními enzymy a kostní matrix, včetně adhezivních interakcí a syntézy enzymů reagující na specifické mikroprostředí kostní tkáně. Těmito faktory jsou pH, teplota, a přítomnost potenciálních inhibitorů ovlivňují aktivitu těchto bakteriálních enzymů. Tyto faktory přispívají variabilitě dekompozičních procesů. Následné porozumění molekulárním mechanismům, kterými bakteriální enzymy degradují kostní tkáň, má významné aplikace ve forenzní vědě pro přibližné stanovení času úmrtí, v archeologii pro interpretaci historických a předhistorických nálezů, či v medicíně, kde může mít tento výzkum důležitý význam pro diagnostiku a léčbu onemocnění kostí. Klíčová slova: aktivita enzymů, bakterie, bakteriální enzymy, enzym, kolagen, kost,...
|
|
|
Identifikace neznámých bakteriálních genomů pomocí online databázového nástroje
Nejezchlebová, Julie ; Čejková, Darina (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá vytvořením automatického softwarového nástroje Bacterial Explorer, který umožňuje odhalení nových bakterií za pomoci dostupných bioinformatických nástrojů. Nástroj je vytvořen v souladu s požadavky Výzkumného ústavu veterinárního lékařství (VÚVeL) a je testován na datech z poskytnuté VÚVeL databáze. Teoretická část je věnována popisu bakteriální typizace, metodám, které se používají pro genomickou analýzu a již dostupným nástrojům pro bakteriální typizaci. V praktické části se práce zaměřuje na implementaci automatického softwarového nástroje s názvem Bacterial Explorer zahrnující popis nástrojů na pozadí vytvořeného nástroje, uživatelské prostředí a implementaci do online databáze VÚVeL. V poslední části se praktická část zabývá testováním nástroje a diskusí výsledků.
|
|
|
Simulátor čtení pro bakteriální RNA-Seq
Fialová, Adéla ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Tato práce se zaměřuje na analýzu bakteriálního genomu, měření jeho exprese především prostřednictvím technologie RNA-Seq a na simulaci RNA-Seq dat. První část práce poskytuje teoretický základ o struktuře bakteriálního genomu, jeho expresi a metodách jejího studia, včetně moderních sekvenačních technik. Pozornost je věnována i několika vybraným simulátorům RNA-Seq dat. V druhé části je představena vlastní implementace simulátoru, navržená pro zohlednění charakteristik bakteriálního genomu, zejména přítomnosti operonů.
|
|
|
Laboratorní databáze pro katalogizaci bakteriálních vzorků
Podrazký, David ; Bezdíček, Matěj (oponent) ; Vítková, Helena (vedoucí práce)
Správné nakládání s výsledky typizačních metod pro klasifikaci bakterií má zásadní význam pro diagnostiku a sledování šíření infekcí v nemocničním prostředí. Řešením pro jejich správu je relační databáze. Problémem je ukládání velkého množství vícerozměrných dat kvůli variabilitě typizačních metod. Současně je potřeba přizpůsobit práci s databází požadavkům konkrétního zdravotnického zařízení. Tato práce popisuje návrh a tvorbu relační databáze pro Centrum molekulární biologie a genetiky ve FN Brno. Pojednává o klíčových krocích při vývoji databáze, včetně strukturování dat, tvorby tabulek a relací a návrhu uživatelského rozhraní.
|
|
|
Pseudomonas aeruginosa jako původce močových infekcí
ŽÁČEK, Jakub
Tato bakalářská práce se zabývá mikrobiologickou laboratorní diagnostikou močových bakteriálních infekcí, s důrazem na gramnegativní bakterii Pseudomonas aeruginosa. Tato bakterie je známá svou vysokou rezistencí a často se vyskytuje jako původce močových infekcí u imunokompromitovaných pacientů. V teoretické části této bakalářské práce je popsána stavba vylučovací soustavy, bakteriální močové infekce jako celek a samotná bakterie Pseudomonas aeruginosa. Metodická část, provedena v sekci mikrobiologie laboratoře SYNLAB České Budějovice, následně popisuje postupy zpracování vzorků moči pro bakteriologické vyšetření, včetně odběru, transportu a příjmu vzorků, předkultivačního screeningu a metod kultivace. Dále jsou zde popsány způsoby identifikace založené na biochemických vlastnostech bakterií a identifikace pomocí MALDI-TOF. Součástí metodické části je také stanovení citlivosti bakterií k antimikrobiálním látkám pomocí diskové difuzní metody. Výsledky získané z laboratorního informačního systému laboratoře, za období listopadu a prosince roku 2023 a ledna roku 2024, jsou vyhodnoceny a porovnány s výsledky jiných autorů. Tato práce slouží k verifikaci používaných metod a zdůrazňuje využívání moderních metod v diagnostice bakteriálních močových infekcí.
|
|
|
Molekulární detekce Mycoplasma gallisepticum na základě celogenomových dat
KURÁŽ, Jakub
Tato práce shrnuje základní poznatky o druhu Mycoplasma gallisepticum a navrhuje detekčně-rozlišovací metodu, která odlišuje tento druh od ostatních druhů rodu Mycoplasma. Optimalizací metody real time PCR bylo umožněno zpřesnění a zvýšení efektivity detekce unikátních sekvencí z genomu M. gallisepticum. Funkčnost a správnost metody byla posléze ověřena detekcí M. gallisepticum ve směsných vzor-cích ptačích a myších mykoplazem.
|
|
|
Změny růstu mikoroorganismů v rouškách z různého materiálu v průběhu použití
Korvasová, Lucie ; Hoová, Julie (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Na českém trhu se kvůli momentálnímu šíření onemocnění Covid-19 nachází mnoho druhů pomůcek na ochranu dýchacích cest. Kvůli podmínkám, které dech v roušce vytváří, ale mohou být ideálním místem pro množení mikroorganismů jako jsou kvasinky, plísně a zejména bakterie. Jelikož se roušky liší svými materiály, tak i bakteriální osídlení nebude vždy stejné. Předmětem předkládané práce je srovnání jednotlivých typů roušek a respirátorů s ohledem na množení mikroorganismů v jejich struktuře, které byly testovány pomocí otiskové metody na agarových plotnách a dále v tekutém médiu. Při práci byla nutnost sterilního prostředí, aby se zamezilo vnější kontaminaci. Pro získání dat se využívaly metody otisku na agarové plotny a skutečnost, že s rostoucím počtem mikroorganismů roste i zákal a tím i měřitelná absorbance v tekutém médiu. Výsledkem práce bylo zjištění, že již z výroby roušky obsahují nějakou míru kontaminace. Jako nejlepší materiál roušek z hlediska množení mikroorganismů vyšla bavlna, která množení v zaočkované kultuře zabraňovala. Zároveň byl u každého nárůstu proveden test viability, kde bylo zjištěno, kolik daný vzorek obsahuje životaschopných buněk oproti plně narostlé kultuře.
|
|
|
Functional annotation of non-model bacteria based on sequential homology
Polakovičová, Petra ; Musilová, Jana (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
The genome sequence is an essential informational resource in the field of biology and it is, therefore, a constant subject of scientific research. Bioinformatics offers computational methods for genome’s automatic analysis and processing. The bachelor thesis is dedicated to the bacterial genome, its organization, and fundamental characteristics, and subsequently description of its annotation. It mainly focuses on functional annotation (description of the biological function of predicted genes) using assignment to clusters of orthologous genes (COG) based on sequential homology. It describes the most commonly used tools and databases that use this type of annotation and then compares some of them by annotating seven bacterial genomes. Its main task is to propose a new method that improves COG annotation and makes it easy to visualize.
|
|
|
Studium chemických procesů při výrobě kombuchy
Chludilová, Markéta ; Obruča, Stanislav (oponent) ; Pořízka, Jaromír (vedoucí práce)
Kombuchový nápoj je označován výluh čaje s přidanou houbou kombucha nazývanou scoby. Takto se získá nízkoalkoholický nápoj, který získává značnou popularitu, a to zejména díky údajným prospěšným vlastnostem na lidské zdraví. Mikrobiální složení tohoto nápoje je velmi bohaté, skládající se s bakterií a kvasinek žijících v zájemné symbióze [11]. Mikrobiální složení nápoje a jeho příznivé účinky na lidské zdraví spolu velmi úzce souvisí. Tato práce se zabývá analýzou chemického složení kombuchového nápoje, a to zejména se zaměřením na obsah majoritních složek jako jsou organické kyseliny, sacharidy a ethanol. Tyto analyty patří mezi nejčastěji a nejhojněji se nacházející látky v kombuchovém nápoji a jsou velmi úzce propojeny s mikrobiálním složením scoby samotné [3]. Vzorky kombuchového nápoje byly dodány firmou RebornFood, která se jako jedna z mála zaobírá komerční výrobou tohoto nápoje na českém trhu. Zároveň si tato firma zakládá na čistě přírodní fermentaci nápoje, tudíž do procesu výroby není nijak zvláště zasahováno. Výsledky této diplomové práce poukazují na vliv používané scoby a s tím spojený výskyt analytů v nápoji a zároveň je potvrzen výrobní proces, spojený se vznikem analytů, který je popsán v několika článcích. Předpokládá se, že tato práce poskytne informace jak z hlediska výrobních podmínek, tak chemických vlastností vyrobeného nápoje související se stavem scoby, které budou využity dále, jak pro firmu RebornFood, tak jako materiál k využití vyřešení technických problémů výroby tohoto nápoje.
|
host ::
RSS.