|
|
Molekulárně genetická analýza vybraných kryptických přestaveb lidských chromozómů
Šolc, Roman ; Hirschfeldová, Kateřina (vedoucí práce) ; Zemanová, Zuzana (oponent) ; Kuglík, Petr (oponent)
Předkládaná práce shrnuje výsledky výzkumu zaměřeného na studium kryptických přestaveb lidských chromosomů. Konkrétně se zaměřuje na tři základní oblasti výzkumu. První oblast představuje výzkum kryptických přestaveb identifikovaných jako kauzální příčiny onemocnění u mentálně retardovaných pacientů s původně neznámou etiologií. Nejčastěji se jedná o tzv. mikrodeleční sydromy. Velká variabilita fenotypu a často překrývající se symptomy mikrodelečních syndromů vyžadují celogenomový přístup. V rámci výzkumu bylo vyšetřeno 64 probandů a u 10 (16 %) z nich byly nalezeny kryptické přestavby, jež byly dále analyzovány. Druhou oblast představuje výzkum kryptických přestaveb asociovaných s pseudoautosomálním regionem 1 (konkrétně s oblastí genu SHOX), jež mohou být přirozenou součástí variability genomu i příčinami vzniku onemocnění. V rámci výzkumu bylo vyšetřeno 98 pacientů s Léri-Weillovou dyschondrosteózou nebo idiopatickým malým vzrůstem, přičemž kauzální mutace byla nalezena u 68,8 %, resp. 7,8 % probandů. Současně byla drobná delece, tzv. delece L05101 nalézající se v blízkosti regulačních oblastí genu SHOX, vyhodnocena jako populační polymorfismus bez zjevného fenotypového dopadu. Komparativní analýza duplikací detekovaných v souboru 250 zdravých jedinců v porovnání s rozsahem a umístěním duplikací...
|
|
|
Nebalancované změny v genomu nádorových buněk a jejich úloha v patogenezi onemocnění
Lhotská, Halka ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Jarošová, Marie (oponent) ; Kuglík, Petr (oponent)
Genomová nestabilita projevující se mimo jiné přítomností nebalancovaných změn je charakteristickým rysem maligní transformace buňky. Metodami I-FISH, mFISH, mBAND, CGH array, SNP array, MLPA, MS-MLPA a MS-PCR jsme analyzovali genomové aberace, metylační a mutační stav některých klinicky významných genů. Zaměřili jsme se na dvě skupiny nemocných, u kterých se často setkáváme s nebalancovanými změnami - pacienty s maligními mozkovými nádory (gliomy) a nemocné s myelodysplastickými syndromy (MDS). U pacientů s nízkostupňovými gliomy (WHO grade I-II) patřila k nejčastějším nálezům kodelece 1p/19q (82,6 % nemocných s oligodendrogliomy a oligoastrocytomy), mutace IDH1/IDH2 genů (87 % s WHO grade I-II gliomy), získaná UPD 17p (72,2 % pacientů s astrocytomy) a obecně vyšší výskyt nebalancovaných změn u nemocných s astrocytomy. Popsali jsme dosud nepublikovanou metylaci promotoru genu MLH3 u 60,9 % nemocných s oligodendrogliomy a 27,3 % pacientů s astrocytomy. Rovněž jsme sledovali zisk chromosomových aberací u nemocných s recidivujícími nádory. V souboru nemocných s MDS a komplexním karyotypem jsme studovali přestavby deletovaného chromosomu 5 a popsali jsme jeho nejčastější translokační partnery. U 49 % pacientů z tohoto souboru jsme pozorovali znaky chromotripsis spojené s vysokým počtem delecí/...
|
|
| |
|
|
Chromosomové aberace u akutních leukémií dětského věku.
Sládková, Lucie ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Šárová, Iveta (oponent)
Leukémie jsou nejčastějším nádorovým onemocněním, které se v dětském věku vyskytuje. Většina případů tvoří leukémie akutní, z nichž nejčastější je akutní lymfoblastická leukémie (ALL), druhou nejčastější formou je akutní myeloidní leukémie (AML). Jedním ze základních vyšetření při stanovení diagnózy je analýza karyotypu leukemických buněk, při které hledáme rekurentní chromosomové aberace. Tyto změny ve struktuře či počtu chromosomů lze nalézt až u 90 % nemocných a u většiny z nich je znám i jejich prognostický význam. U ALL jsou za prognosticky nejvýznamnější cytogenetické změny považovány nálezy tzv. vysoké hyperdiploidie (>50 chromosomů) a translokace t(12;21)(p13;q22), které jsou spojené s dobrou prognózou, a dále translokace zahrnující gen KMT2A v oblasti 11q23 spojené se špatnou prognózou. U AML se k nejčastějším aberacím řadí t(8;21)(q22;q22), t(15;17)(q24;q21) a inv(16)(p13;q22), které jsou považovány za ukazatel dobré prognózy. Významným prognosticky nepříznivým nálezem u AML jsou rovněž přestavby genu KMT2A, z nichž k nejčastějším patří translokace t(9;11)(q23;p13.1). V dnešní době existuje mnoho možností, jak chromosomové aberace v leukemických buňkách detekovat. Z klasických cytogenetických metod se nejčastěji používá G-pruhování, které má nespornou výhodu v tom, že umožňuje zároveň...
|
|
| |
|
|
Molekulárně cytogenetická analýza gliálních buněk a její přínos pro klasifikaci mozkových nádorů.
Šediváková, Kristýna ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Král, Jiří (oponent)
Difúzní gliomy jsou heterogenní skupina mozkových nádorů, které se liší odezvou na léčbu a prognózou. Nejpočetněji jsou zastoupeny nádory derivující z astrocytárních a oligodendrogliálních buněk. Histologická klasifikace gliomů je často subjektivní a rovněž jejich léčba je dnes stále problematická. Cílem práce bylo provést detailní molekulárně cytogenetickou analýzu genomu nádorových buněk u nemocných s histologicky potvrzenými mozkovými gliomy různých subtypů a stupňů malignity, hledat rekurentní aberace specifické pro jednotlivé subtypy a posoudit jejich potenciální úlohu při vzniku a progresi nádoru. Ke sledování frekvence známých specifických aberací v různých subtypech mozkových nádorů jsme použili metodu interfázní FISH (I-FISH) s panelem lokus specifických a/nebo centromerických DNA sond. K celogenomové analýze a k detekci kryptických nebalancovaných změn v genomu nádorových buněk jsme použili metodu SNP array. Kombinací metod I- FISH a SNP array jsme detekovali nejen známé chromosomové změny, které jsou typické pro jednotlivé subtypy nádorů, ale také nové nebo méně časté rekurentní aberace. U nemocných s nízkostupňovými gliomy jsme nejčastěji pozorovali získanou UPD (aUPD) na krátkých ramenech chromosomu 17. Zajímavý byl rovněž nález mnohočetné fragmentace dlouhých ramen chromosomu 10 u...
|
|
|
Využití cytogenetických a molekulárně cytogenetických metod v prenatální diagnostice
Rašpličková, Tereza ; Novotná, Drahuše (vedoucí práce) ; Zemanová, Zuzana (oponent)
Abnormální ultrazvukový nález u plodu zvyšuje pravděpodobnost záchytu chromozomových odchylek. Ty jsou příčinou až jedné čtvrtiny spontánních potratů a mrtvěrozených plodů a rozvoje řady vrozených vývojových vad životaschopných plodů a novorozenců. Karyotypování je technika využívaná pro chromozomovou analýzu prenatálních vzorků jako metoda první volby. Naproti tomu array CGH je v prenatální diagnostice prozatím používaná obvykle jako metoda doplňková a ověřovací, následující až po karyotypování. Cílem této práce bylo dokázat, že metodou array CGH je možné zachytit více chromozomových nálezů v porovnání s karyotypováním. Při splnění tohoto předpokladu mohou čipové metody nahradit konvenční karyotypování jako primární screeningovou metodu genetického vyšetřování plodů s ultrazvukovým nálezem. Současně oběma metodami bylo vyšetřeno celkem 45 prenatálních vzorků fetální DNA, indikovaných k invazivnímu vyšetření z důvodu abnormálního nálezu na ultrazvuku. Karyotypováním byly identifikovány aberace u dvou (4,4 %) plodů a metodou array CGH u pěti (11,1 %) plodů, přičemž oba nálezy detekované pomocí karyotypování byly též nalezeny i metodou array CGH; tzn., že metoda array CGH zachytila o 6,7 % více nálezů ve srovnání s karyotypováním. Výsledky této práce se shodují se závěry odborných článků, které...
|
|
|
Přínos molekulárně genetických a cytogenetických analýz k diagnostice a predikci léčebné odpovědi u pacientů s non-Hodgkinskými lymfomy
Berková, Adéla ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Goetz, Petr (oponent) ; Smolej, Lukáš (oponent)
Maligní lymofoproliferace zahrnují vysoce heterogenní skupinu nádorů vycházejících z lymfocytů, tj. lymfomů (Non-Hodgkinových - NHL, i Hodgkinova), leukémií, mnohočetného myelomu a dalších. V současnosti je známa řada chromosomových aberací jak s diagnostickým, tak prognostickým významem, což zařadilo molekulárně cytogenetické analýzy genomu nádorových buněk mezi důležitá vyšetření. Disertace se věnuje především chronické lymfocytární leukémii (CLL), která patří mezi periferní B lymfoproliferace a je nejčastějším typem leukémie. Metodou fluorescenční in situ hybridizace (FISH) jsme vyšetřovali přítomnost čtyř nejčastějších aberací (delece 13q14, delece genu ATM a TP53 a trisomie 12), doplněnou u části pacientů o detekci aberací genu IgH, a porovnali jsme nálezy s dalšími faktory a klinickými charakteristikami. Práce ukazuje, že vyšetření klasického karyotypu je relativně málo relevantní. Metoda FISH byla pro záchyt aberací u CLL mnohem přínosnější. Přítomnost žádné ze čtyř zmíněných aberací není pro CLL specifická, má však prognostický význam, zejména delece TP53. Detekce některých translokací IgH genu je nepostradatelná v diferenciální diagnostice CLL a dalších NHL (velkobuněčného, folikulárního, Burkittova lymfomu, lymfomu z buněk plášťové zóny). Věnovali jsme se potvrzení významu jednotlivých...
|
|
|
Podmíněné zastavení trestního stíhání
Zemanová, Zuzana ; Herczeg, Jiří (vedoucí práce) ; Tlapák Navrátilová, Jana (oponent)
Tématem této diplomové práce je podmíněné zastavení trestního stíhání. Tento institut je jedním z alternativních způsobů vyřízení trestní věci, které souhrnně označujeme termínem odklon. Jejich teoretickým základem je koncept tzv. restorativní justice. Podmíněné zastavení trestního stíhání je institutem trestního práva procesního, který je významným projevem subsidiarity trestní represe. Představuje poskytnutí určitého privilegia obviněnému spočívajícího v tom, že trestní řízení není dovedeno do svého standardního konce výměnou za to, že dojde k reparaci trestným činem narušených vztahů s poškozeným. Tato práce je rozčleněna do šesti kapitol, které se snaží postihnout především zvolené téma i některé jeho širší souvislosti. Na úvod je pozornost věnována koncepci restorativní justice a koncepci odklonů. Stěžejní část této práce se nachází v kapitole třetí a je celá věnována výhradně podmíněnému zastavení trestního stíhání. Autorka se zde snaží postihnout všechny aspekty tohoto institutu a jeho aplikace. Následující kapitola je věnována i ostatním typům odklonů. Vzhledem k omezenému rozsahu této práce je však tato pozornost pouze okrajová. V rámci předposlední kapitoly je zpracována a analyzována zevrubná statistika. Závěrečná kapitola se zabývá možným vývojem odklonů de lege ferenda. Cílem této...
|
|
|
Heteroploidie v buňkách kostní dřeně u dětí s akutní lymfoblastickou leukemií (ALL)
Matějčková, Nicole ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Krylov, Vladimír (oponent)
Akutní lymfoblastická leukemie je nejčastějším nádorovým onemocněním u dětí. Jedná se o heterogenní onemocnění, u kterého byla popsána celá řada rekurentních chromosomových aberací. Mezi nejvýznamnější aberace spojené s dobrou prognózou patří translokace t(12;21)(p13;q22), při které vzniká fúzní gen ETV6/RUNX1 a tzv. hyperdiploidie. Naopak nejvýznamnější prognosticky nepříznivé nálezy jsou translokace t(9;22)(q34;q11) vedoucí ke vzniku fúzního genu BCR/ABL1, přestavby MLL genu a tzv. hypodiploidie. Tzv. heteroploidie, patří mezi nejčastější cytogenetické nálezy u dětských ALL. Charakteristickým rysem je nenáhodné zmnožení či ztráta chromozomů z diploidní sady. K nejvýznamnějším nálezům patří hyperdiploidie, při které dochází k nenáhodnému zmnožení některých chromozomů. Hyperdiploidie je spojena s velmi dobrou prognózou, vliv dalších strukturních aberací na prognózu je předmětem dalšího zkoumání. Další prognosticky významnou skupinou v rámci heteroploidií je hypodiploidie. Jedná se o poměrně vzácný nález, který je doprovázen obvykle velmi špatnou prognózou. U hypodiploidie dochází k nenáhodným ztrátám chromozomů. Hypodiploidie může být v některých případech maskovaná zdvojeným hyperdiploidním klonem, což ztěžuje její identifikaci. Přesná a včasná cytogenetická analýza heteroploidních buněk je velmi důležitá,...
|
host ::
RSS.