|
|
Způsoby měření hustoty kostních tkání
Konvalinka, Jan ; Valášek, Jiří (oponent) ; Marcián, Petr (vedoucí práce)
Předkládaná bakalářská práce se zabývá měřením hustoty kosti a důsledky jejích změn na biomechanické vlastnosti kostní tkáně. První část je věnována popisu metod kostní densitometrie, zejména metod radiologických, které jsou v současnosti nejrozšířenější. V druhé části je měřena hustota spongiózní kosti v Hounsfieldových jednotkách z CT snímků (femur prasete, zdravý a nemocný femur člověka a bederní obratel) v programu ROI Analysis. V třetí části práce je analyzován vliv změn hustoty kosti na deformačně-napěťové veličiny spongiózní kosti. K posouzení byl využit 2D výpočtový model kyčle řešený pomocí MKP.
|
|
|
Deformačně napěťová analýza tumorózní totální endoprotézy kyčelního kloubu
Vystrk, Tomáš ; Konvalinka, Jan (oponent) ; Marcián, Petr (vedoucí práce)
Tumorózní totální endoprotézy kyčelního kloubu slouží k rekonstrukci a navrácení funkce končetiny postižené kostním nádorem. Při rekonstrukci je třeba uvažovat dlouhodobé zatížení a zároveň umožnit pohyblivost kloubu. Vhodnost náhrady závisí na konstrukci z hlediska tvaru a materiálu a s nimi souvisejícími mechanickými vlastnostmi. Předložená práce se zabývá tvorbou výpočtového modelu totální tumorózní náhrady kyčelního kloubu a jeho deformačně napěťovou analýzou. V práci jsou modelovány dva odlišné typy endoprotéz se třemi různými délkami náhrady resekované kosti. Na základě deformačně napěťové analýzy je pak provedeno vymezení vůči možným mezním stavům.
|
|
|
Souvislost silového působení a deformačních charakteristik s energií deformovaného systému
Kupka, Oldřich ; Konvalinka, Jan (oponent) ; Horníková, Jana (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá popisem energií v deformovaných soustavách a jejich využitím pro určení síly působící na soustavu a posuvů způsobených silami. V úvodní části jsou popsány základní druhy namáhání a jak lze u nich určit energii napjatosti a posuvy. Dále jsou popsány energie napjatosti a potenciální energie včetně jejich komplementárních složek. Následuje objasnění principu virtuálních prací, Bettiho věty a Maxwellova teorému reciprocity. Poté je odvozen první a druhý Castiglianův teorém. Ty jsou následně aplikovány na staticky určitou a neurčitou úlohu.
|
|
|
Analýza vlivu mechanických vlastností komponent patologické stěny tepny na její napjatost
Bartoňová, Petra ; Konvalinka, Jan (oponent) ; Burša, Jiří (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá problematikou zkoušek mechanických vlastností aterosklerotických plátů krčních tepen s ohledem na využití při zlepšování jejich konstitutivních modelů a dále vlivem použití těchto modelů na napjatost ve fibrózním krytu plátu. Úvodní část je stručným přehledem potřebných lékařských poznatků důležitých pro pochopení problematiky vzniku ateromu a s ním spojených rizik. Dále je pozornost věnována rešerši používaných mechanických zkoušek a jejich výsledků v podobě vlastností těchto tkání. Zároveň jsou zmíněny již používané konstitutivní modely tkání. Hlavní část této práce je věnována popisu zpracování získaných ateromů na zkušební vzorky, průběhu a metodice provedených zkoušek a následnému zpracování experimentálních dat pro vyhodnocení chování jednotlivých složek aterosklerotické tkáně. Poté jsou diskutovány a zhodnoceny získané výsledky a poznatky. Spolu s vyhodnocenými mechanickými vlastnostmi jsou prezentována nafitovaná experimentální data s ohledem na predikční schopnosti konstitutivních modelů. Závěrečná část je věnována MKP analýze idealizovaného 2D modelu s důrazem na posouzení vlivu vlastností nekrotického jádra a fibrózní tkáně na hodnoty redukovaného napětí ve fibrózním krytu dle von Misesovy podmínky.
|
|
| |
|
|
Deformačně napěťová analýza femuru s distrakčním intramedulárním hřebem
Konvalinka, Jan ; Marcián, Petr (oponent) ; Florian, Zdeněk (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá stanovením a analýzou deformace a napětí femuru s aplikovaným distrakčním intramedulárním hřebem pro léčbu nestejné délky končetin metodou distrakční osteogeneze. Práce je zaměřena především na stavy po ukončení distrakce s následnou konsolidací svalku. Problém stanovení deformace a napětí soustavy je řešen výpočtovým modelováním s využitím MKP. Součástí práce je detailní popis tvorby modelu jednotlivých prvků soustavy, k získání trojrozměrné geometrie kosti byly použity CT snímky. Výpočtový model je řešen pro 4 různé geometrie svalku a měněny jsou materiálové charakteristiky svalku. Dále je také analyzován vliv použití 3 a 2 distálních šroubů na deformaci a napětí.
|
|
|
Studies on structure and biological functions of NKR-P1 receptors
Rozbeský, Daniel ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Konvalinka, Jan (oponent) ; Drbal, Karel (oponent)
Významnou součástí imunitního systému jsou NK buňky, které jsou schopny rozpoznávat a zabíjet některé nádorové a virem infikované buňky. Rozpoznávání abnormálních buněk je zprostředkováno sofistikovaným repertoárem aktivačních a inhibičních receptorů, které se nachází na povrchu NK buněk. Mezi nejznámější receptory patří rodina C-lektinových receptorů NKR-P1, o kterých se předpokládá, že jsou transmembránové proteiny II. typu vyskytující se na membráně v podobě disulfidicky vázaných homodimerů. Ačkoliv od jejich objevu uplynulo více než 20 let, jejich struktura a funkce je stále zahalená rouškou tajemství. Cílem disertační práce byl strukturní výzkum myších NKR-P1 receptorů za účelem poznat jejich funkce. V první části jsme vyvinuli metodu pro přípravu rekombinantních receptorů myší rodiny NKR-P1. Dále jsme se detailně zabývali receptorem NKR-P1A, jehož struktura byla vyřešena pomocí rentgenové strukturní analýzy s rozlišením 1,7 A. Unikátní vlastností struktury byla smyčka extendovaná z konzervované C-lektinové domény, která v krystalu interagovala se symetricky sdruženou molekulou. Konformace a flexibilita smyčky byla dále studována v roztoku pomocí vodík/deuteriové výměny a chemického síťování ve spojení s hmotnostní spektrometrií. Jednotlivé analýzy potvrdily, že struktura NKR-P1A se v roztoku liší od...
|
|
|
Produkce a charakterizace lidského inhibitoru C1 a rekombinantních proteinů z Plasmodium falciparum PfMSP3.1 pro strukturní studia
Čápová, Kateřina ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent)
PfMSP3.1 je jedním z povrchových proteinů intracelulárního parazita Plasmodium falciparum, který způsobuje malárii. Protein v rámci strategie úniku parazita před imunitním systémem lidského hostitele váže jeden z regulátorů systému komplementu - C1 inhibitor. Zjištění přesného místa vazby a jeho strukturální stanovení by napomohlo k pochopení interakce mezi parazitem a hostitelem, která je důležitá pro rozvoj nemoci, a tím i pro návrh možné terapie. V teoretické části práce je přiblížen životní cyklus Plasmodia falciparum, role vývojového stádia parazita zvaného merozoit, jeho povrchových proteinů a s tím i přímo merozoitového povrchového proteinu 3 při napadání červených krvinek parazitem. Dále je v ní stručně popsán systém komplementu, jeho aktivace a regulace. Experimentální část zahrnuje klonování plasmidů pro tvorbu C1 inhibitoru a různých forem povrchového proteinu merozoitu PfMSP3.1, transfekci S2 hmyzích buněk těmito plasmidy, následnou expresi proteinů v S2 buňkách a jejich purifikaci. V druhé polovině experimentální části byly provedeny pokusy o vytvoření komplexů C1 inhibitoru s jednotlivými formami povrchového proteinu merozoitu PfMSP3.1 a krystalizaci tohoto proteinu. Klíčová slova Proteinová exprese, inhibice enzymů, krystalizace proteinů, malárie. komplement, C1 inhibitor
|
|
|
Synthesis and characterization of binding ligands for the study of targeted lysosomal protein degradation
Sidej, Natan ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Baszczyňski, Ondřej (oponent)
Cílená degradace proteinů je novým konceptem chemické biologie, jehož základy byly položeny zhruba před 20 lety. Ústřední myšlenka konceptu spočívá v tom, že namísto potlačování aktivity vybraných proteinů pomocí jejich nízkomolekulárních inhibitorů můžeme sestrojit molekulární nástroje, kterými hostitelský organismus dokážeme donutit ke zničení těchto cílových proteinů prostřednictvím jeho přirozených degradačních drah. Tato diplomová práce se zabývá přípravou biokompatibilních polymerních konjugátů zvaných "iBodies", které budou použity pro indukci cílené lysosomární degradace dvou modelových enzymů, fibroblastového aktivačního proteinu α a glutamátkarboxypeptidasy II. V rámci této práce byly standardními metodami organické syntézy připraveny a následně plně charakterizovány celkem čtyři nízkomolekulární ligandy. První dva jsou deriváty mannosa-6-fosfonátu, které slouží jako spouštěče degradace proteinů skrze buněčnou endosomální-lysosomální degradační dráhu. Zbylé dva jsou známými a potentními inhibitory vybraných modelových enzymů, které budou v rámci této práce využity jako cílící ligandy. Připravené sloučeniny byly následně použity pro syntézu celkem osmi poly-N-(2- hydroxypropyl)methakrylamidových konjugátů zvaných iBodies. Tyto polymerní konjugáty byly následně plně charakterizovány...
|
|
|
Functional Characterization of SCFFBXO38 Ubiquitin Ligase-dependent Protein Degradation
Dibus, Nikol ; Čermák, Lukáš (vedoucí práce) ; Konvalinka, Jan (oponent) ; D´Angiolella, Vincenzo (oponent)
Ubikvitin ligázy jsou zodpovědné za specifické rozpoznání proteinů určených k odstranění pomocí proteazomu. Cílem našeho projektu byla molekulární a funkční charakterizace ubikvitin ligázy SCFFBXO38 . Podobně jako u mnoha jiných není její biologická funkce dosud podrobně objasněna, přestože se jedná o jedinou ubikvitin ligázu, jejíž mutace vedou k rozvoji distální formy svalové atrofie. V první části našeho projektu jsme identifikovali nové substráty této ubikvitin ligázy, a to jaderné proteiny ZXDA a ZXDB, jejichž funkce není dosud popsána. Pomocí genetických a biochemických metod jsme prokázali, že proteiny ZXDA/B jsou pozitivními regulátory integrity centromerického chromatinu, a že experimentální inaktivace ubikvitin ligázy SCFFBXO38 vede ke stabilizaci proteinů CENP-A a CENP-B v oblasti centromer, a to v závislosti na ZXDA/B. Ve druhé části projektu jsme se zaměřili na analýzu myšího modelu s delecí genu Fbxo38. Prokázali jsme, že ztráta Fbxo38 vede k poruchám růstu, které postihují různé orgány včetně samčí reprodukční soustavy. Podrobnou histologickou analýzou jsme odhalili patologické změny v semenotvorných kanálcích doprovázené nižší produkcí spermií a sníženou fertilitou. Dále jsme ukázali, že FBXO38 je funkčně exprimována v Sertoliho buňkách, které jsou nezbytným regulátorem...
|
host ::
RSS.