|
|
Evolution of vipers and the role of key innovations in their diversification
Waldhauser, Vojtěch ; Šmíd, Jiří (vedoucí práce) ; Gvoždík, Václav (oponent)
Čeleď zmijovitých se skládá z 36 rodů, které společně obsahují přes 350 druhů. Vyskytuje napříč Afrikou a většinou Eurasie, největší druhovou diverzitu ovšem najdeme v Severní a Jižní Americe, kde se vyskytuje přes 40 % všech druhů zmijí. Tato čeleď tedy chybí pouze v Austrálii, na Nové Guineji, Novém Zélandu, Madagaskaru a několika dalších ostrovech a souostrovích. Pochopitelně je také zpravidla nenalezneme ani v polárních oblastech. Výjimkou je zmije obecná (Vipera berus), která se jako jediný had vydala i za polární kruh. Relativní evoluční úspěch zmijí se přisuzuje množství "klíčových inovací", mezi které se řadí třeba solenoglyfní dentice, živorodost, přítomná v mnoha liniích, či termorecepční orgány u zástupců podčeledi Crotalinae. Zmijovití ovšem nejsou zajímaví jen pro svou evoluční historii, jsou také předmětem důležitých medicinálních studií zabývajících se jejich jedy a toxicitou. WHO totiž předpokládá, že více než 100 000 lidí zemře ročně v důsledku uštknutí hady a zmije mají na tomto čísle nezanedbatelný podíl. Tato bakalářská práce představuje shrnutí našeho poznání o evoluční historii této čeledi, včetně fylogeneze a biogeografie, a přemítá o mechanismech zodpovědných za její úžasnou diverzitu.
|
|
|
Systematics, Phylogeny and Biogeography of the gecko genus Hemidactylus (Reptilia, Gekkonidae) in Arabia and the Near East.
Šmíd, Jiří ; Moravec, Jiří (vedoucí práce) ; Kotlík, Petr (oponent) ; Rehák, Ivan (oponent)
(in Czech) Donedávna byli gekoni rodu Hemidactylus vyskytující se v oblasti východního Mediteránu a na Arabském poloostrově považováni za relativně nediverzifikovanou skupinu. Jednak to bylo způsobeno jejich výraznou morfologickou uniformitou a zároveň jejich často synantropním způsobem života, díky kterému byly některé druhy rozšířeny na velké vzdálenosti. Nicméně s nástupem molekulárně-fylogenetických metod jakožto běžné techniky rutinně používané k odhalování fylogenetických vztahů mezi organismy se naše poznání diverzity tohoto rodu radikálně změnilo. Cílem této práce bylo odhalit fylogenetické a biogeografické vztahy a systematiku arabských zástupců rodu Hemidactylus. Analýzou přes 500 jedinců více než 40 druhů pocházejících z východního Mediteránu, Arabského poloostrova, Sokotry, severní a východní Afriky a Íránu a sekvencí šesti genů (dva mitochondriální - 12S rRNA, cyt b; čtyři jaderné - cmos, mc1r, rag1, rag2) se podařilo rekonstruovat kalibrovanou fylogenezi tzv. aridního kladu rodu Hemidactylus, odvodit jeho komplexní biogeografickou historii a odhalit sedm potenciálně nových druhů. Výsledky biogeografické analýzy naznačují, že současné rozšíření rodu bylo formováno jak vikariančními tak disperzními událostmi. Vikarianční události je možné dát do souvislosti s kontinentálním rozpadem v...
|
|
| |
|
|
Klimatické determinanty elevačního rozšíření tropických obratlovců
Vobořilová, Kateřina ; Hořák, David (vedoucí práce) ; Šmíd, Jiří (oponent)
Tropické oblasti jsou jedny z druhově nejbohatších ekosystémů na Zemi. Výrazná druhová bohatost těchto ekosystémů je patrná v počtu druhů obratlovců vzhledem k jejich rozmístění podél výškových gradientů. Rozšíření obratlovců podél nadmořských výšek je přirozeným jevem, kterým obratlovci reagují na různorodost abiotických podmínek. Ty spolu s geografickým rozmístěním hor, biotickými vlivy, termální fyziologií jednotlivých skupin obratlovců nebo také klimatickými změnami vytváří pro obratlovce specifické podmínky. Všechny tyto faktory mohou přispívat k rozšíření obratlovců do nižších, nebo naopak do vyšších nadmořských výšek. Rovněž mohou ovlivňovat altitudiální (výškovou) migraci, podle toho, jak jsou na ně jednotlivé druhy obratlovců přizpůsobení. V této práci jsem se zaměřila na to, jak mohou jednotlivé abiotické determinanty jako je teplota, srážky a vzdušná vlhkost, ale také klimatické změny pozitivně, nebo negativně ovlivňovat areály rozšíření u čtyř skupin obratlovců podél výškových gradientů tropických hor. Klíčová slova: teplota, srážky, oblačnost, tropy, nadmořská výška, geografické rozšíření druhová bohatost
|
|
|
Systematika a biogeografie užovek rodu Platyceps se zvláštním důrazem na druhy Blízkého a Středního Východu
Velenská, Doubravka ; Šmíd, Jiří (vedoucí práce) ; Rehák, Ivan (oponent)
Rod Platyceps patří k jedné z nejstarších linií podčeledi Colubrinae (Serpentes, Colubridae). I přes to, že byl rod často zařazován do fylogenetických studií čeledi Colubridae, nejsou fylogenetické vztahy mezi jednotlivými druhy dosud uspokojivě rozhřešeny. Hlavní vinu nese nedostatečné pokrytí druhů v genetických analýzách. V této práci jsem analyzovala 90 jedinců z celkem čtrnácti druhů, z nichž některé druhy nebyly v žádné předchozí analýze zastoupeny. Celkově jsme osekvenovala čtyři mitochondriální (12S rRNA, cyt b, COI, ND4) a dva jaderné (cmos, NT3) geny, což mi umožnilo získat obsáhlou fylogenezi rodu. Moje výsledky potvrzují monofýlii rodu a zároveň ho rozdělují do tří velkých kladů - Indický klad (P. bholanathi, P. gracilis, P. ladacensis, P. ventromaculatus a P. sp_central_asia), Západoasijský klad (P. karelini, P. rogersi, P. saharicus a P. rhodorachis) a Disperzní klad (P. plinii, P. josephi, P. florulentus, P. taylori, P. najadum, P. collaris, P. elegantissimus, P. manseri, P. sinai, P. variabilis). K velkým změnám došlo u několika druhů. Zatímco Platyceps thomasi vychází jako barevná forma P. variabilis, poddruh P. variabilis manseri naopak povyšuje na samostatný druh. Platyceps atayevi a Platyceps schmidtleri byly recentně povýšeny z poddruhů P. najadum na samostatné druhy. Moje...
|
|
|
Fylogeografie gekonů rodu Bunopus (Squamata, Gekkonidae) na Arabském poloostrově
Pola, Lukáš ; Šmíd, Jiří (vedoucí práce) ; Rehák, Ivan (oponent)
Arabský poloostrov představuje most mezi třemi kontinenty, Evropou, Asii a Afrikou a zároveň mezi dvěma zoogeografickými oblastmi, Palearktickou a Afro-tropickou (Etiopskou). Je proslulý svou bohatostí a endemicitou nejen mezi gekony, ale mezi šupinatými plazy obecně. Vedle impozantních endemických druhů v horách jsou i takové, které jsou hojně rozšířeny napříč celým Arabským poloostrovem (pan-arabské rozšíření) a z hlediska výzkumu zůstávají opomíjenými. Mezi arabskými gekony jsou ideálním příkladem gekoni rodu Bunopus, jejichž systematika a taxonomie je problematická, ačkoli se vyskytují široce po celém poloostrově. Ve snaze odpovědět na otázku možné kryptické diverzity těchto gekonů na Arabském poloostrově byla zrekonstruována fylogenetická pozice více než 80 vzorků pokrývajících převážnou část arabského areálu rozšíření, na základě sekvencí fragmentů dvou mitochondriálních (12S rRNA a COI) a dvou jaderných (RAG2 a c-mos) genů. Pro vizualizaci genealogických vztahů byly ze sekvencí jaderných genů zrekonstruovány haplotypové sítě. Výsledky fylogenetických analýz ukazují, že v porovnání s kryptickou diverzitou, jež byla dříve zjištěna na členitém území Íránu, je celý Arabský poloostrov obýván pouze dvěma liniemi, které v obou studovaných jaderných genech sdílí alely. Relativní genetickou...
|
|
|
Fylogeneze, diverzifikační dynamika a biogeografie gekonů rodu Hemidactylus
Janák, Vojtěch ; Šmíd, Jiří (vedoucí práce) ; Kratochvíl, Lukáš (oponent)
Hemidactylus je druhým nejpočetnějším rodem gekonů, který navíc dobře vystihuje většinu charakteristik této skupiny, jako je téměř celosvětové rozšíření nebo vysoká druhová diverzita. V nedávné době bylo popsáno mnoho nových druhů, jejichž počet se tak zdvojnásobil. Ukazuje se, že ačkoliv v posledních letech úroveň znalostí o tomto rodu výrazně vzrostla, stále existují nevyřešené otázky ohledně vztahů mezi hlavními klady i v rámci menších skupin. Cílem práce je shrnout současné znalosti o fylogenezi a biogeografii rodu a jeho podskupin.
|
|
|
Modelování dopravních systémů
Šmíd, Jiří ; Martinek, David (oponent) ; Peringer, Petr (vedoucí práce)
Tato práce pojednává o modelování transportních a dopravních systémů. V první části popisuje rozšíření existující knihovny Simlib/C++ o podporu pro vytváření transportních systémů. Druhá část je věnována analýze celulárních automatů. Důraz je kladen zejména na to, aby modely dopravních systémů vytvořené pomocí této knihovny se co nejvíce přibližovaly svým reálným protějškům. Snadno modifikovatelný systém pro sběr a zpracování statistických dat umožňuje uživateli analyzovat nejen fundamentální statistická data, nýbrž i samotný pohyb vozidel v jednotlivých krocích. Vozidla různých rozměrů jsou schopna sama vyhledat cestu k cíli. Obě knihovny poskytují uživateli pro tvorbu modelů dopravních systémů maximální možnou volnost.
|
|
|
Fylogeneze a biogeografie užovek rodu Platyceps (Squamata, Colubridae)
Velenská, Doubravka ; Šmíd, Jiří (vedoucí práce) ; Smolinský, Radovan (oponent)
Rod Platyceps patří do čeledi Colubridae, řádu Squamata, a zahrnuje 26 druhů. Jeho charakteristikou je štíhlé tělo, plochá hlava a ocas nepřekračující šestinu celkové délky těla. Areál výskytu tohoto rodu je poměrně velký, zahrnuje Saharo-Sindský region, zasahující od severu Afriky po jih Asie, a také oblast Středozemního moře a východní Afriky. Fylogeneze rodu Platyceps není zcela jasná. I přes to, že byly snahy ji rozluštit, autoři zabývající se genetikou pracovali s omezeným materiálem (ani jedna práce nezahrnovala všechny druhy), navíc si jsou taxony, zejména z komplexu P. rhodorachis-ventromaculatus, velmi podobné, takže může lehce dojít k záměně. Dalším problémem je chaotické popisování nových druhů, ale i přejmenování druhů stávajících, jejichž popisy jsou z velké části založeny pouze na morfologii, bez genetického potvrzení. V rámci snahy vnést řád do vztahů mezi taxony se rod rozdělil do tří skupin, toto rozdělení je ovšem založeno na morfologii a biogeografii a genetické studie ho ne vždy podporují.
|
|
|
Evoluce způsobů určení pohlaví a pohlavních chromosomů hadů
Charvát, Tomáš ; Kratochvíl, Lukáš (vedoucí práce) ; Šmíd, Jiří (oponent)
Hadi tvoří se svými téměř 3700 popsanými druhy více než třetinu všech šupinatých plazů. Naprostá většina hadích druhů patří do skupiny Caenophidia, která je nejlépe prozkoumanou skupinou hadů co se týče pohlavních chromozomů. Naproti tomu pohlavním chromozomům dvou ostatních skupin hadů - Scolecophidia a Henophidia byla zatím věnována jen malá pozornost. Všichni dosud studovaní hadi mají genotypové určení pohlaví. U zástupců všech čeledí Caenophidia byl pozorován systém určení pohlaví se samičí heterogamií (ZZ/ZW) a dlouho bylo obecně přijímáno, že je tento systém všem hadům společný. Toto tvrzení bylo nedávno vyvráceno, když byl u krajty Python bivittatus a hroznýše Boa imperator, dvou zástupců Henophidia, potvrzen systém určení pohlaví se samčí heterogamií (XX/XY). Ve skupině Henophidia kromě XX/XY systému povrzen i ZZ/ZW systém a to u jediného známého zástupce této skupiny s heteromorfními pohlavními chromozomy - A. sp. cf. dumerili. Pohlavní chromozomy ani systém určení pohlaví není znám u žádého zástupce skupiny Scolecophidia. Heteromorfní pohlavní chromozomy skupiny Caenophidia umožnily studium jevů spojených s postupnou diferenciací pohlavních chromozomů. Mezi tyto jevy patří degenerace W chromozomu, akumulace repetitivní elementů, fenomén rychlého Z chromozomu, kompenzace genové dávky a...
|
host ::
RSS.