|
|
Bakteriofágová terapie se zaměřením na biofilmy močových katetrů
Ludvík, Vojtěch ; Drda Morávková, Alena (vedoucí práce) ; Grantz Šašková, Klára (oponent)
Pod pojmem bakteriofágová terapie se rozumí využití virů k ničení bakterií. V mé práci pojednávám především o využití bakteriofágové terapie pro léčbu nozokomiálních infekcí způsobených katetrizací močových cest. Zaměřuji se na bakterie, které se vyskytují v biofilmech katetrů a na možný výběr bakteriofágů schopných enzymatické degradace biofilmu a lýzu přítomných bakterií. Po kontaktu tělních tekutin s povrchem katetru se začne vytvářet prostředí pro tvorbu biofilmu vedoucí k jeho rychlému rozvoji a vzniku infekce. Četnost výskytu dosahuje při nesprávné hygieně a nepřiměřené délce katetrizace až 100 %. Bakterie díky biofilmu vykazují vysokou rezistenci vůči ATB, infekce tak v mnoha případech nebývá potlačena a může se stát pro pacienta smrtelnou. Využití bakteriofágového koktejlu a geneticky upravených bakteriofágů může vést k vyléčení infekce nebo k preventivnímu zabránění jejího vzniku. Klíčová slova: Bakteriofágová terapie, infekce močových cest, katetrizace, biofilm, EPS
|
|
|
Hledání fysiologického partnera proteinu Ddi2 (DNA damage-inducible protein homolog 2)
Kurfürst, Jaroslav ; Grantz Šašková, Klára (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
Jedním z nejdůležitějších buněčných procesů, a to nejen pro degradaci proteinů, je takzvaný ubikvitin-proteasomový systém. V něm hraje klíčovou úlohu ubikvitin, malý protein s jedinečnou schopností řetězit se. Buněčné proteiny, označené daným ubikvitinovým řetězcem a tím předurčené k degradaci, se dále dostávají do proteasomu dvojím způsobem. Buď přímou interakcí polyubikvitinového řetězce značícího daný protein s jedním z receptorů proteasomu, nebo pomocí tzv. adaptorových proteinů. Tyto proteiny jsou charakteristické doménou, která je ubikvitinu podobná a doménou, která jej váže. Zejména pomocí těchto domén zprostředkovávají adaptorové proteiny doručování určitých substrátů do proteasomu. Adaptorový protein Ddi2 z této proteinové skupiny vyčnívá přítomností další domény, jež je strukturně podobná například protease viru HIV a jejíž proteolytická aktivita byla teprve nedávno objevena. Doménové uspořádání a zejména přítomnost proteolytické domény proteinu Ddi2 dává vzniknout hypotéze, že by Ddi2 mohl být deubikvitinačním enzymem. Tato hypotéza byla v předkládané práci ověřována sledováním možného štěpení diubikvitinových řetězců rekombinantně připraveným Ddi2 proteinem. Bylo zjištěno, že Ddi2 v daném uspořádání nemá deubikvitinační aktivitu.
|
|
|
Ddi1-like proteins: a novel family of retroviral-like aspartyl proteases
Šmilauerová, Kristýna ; Grantz Šašková, Klára (vedoucí práce) ; Šmahel, Michal (oponent)
Ubikvitin-proteasomový systém je jedním z klíčových procesů podílejících se na udržení homeostáze buňky. Jeho hlavním úkolem je degradovat poškozené, špatně sbalené či nepotřebné proteiny. Podílí se ale také na celé řadě dalších procesů jako jsou například opravy DNA, regulace buněčného cyklu či signalizace. Celý systém se skládá z mnoha komponent, které jsou vzájemně úzce regulovány. Jednou ze skupin účastnících se ubikvitin- proteasomového systému jsou tzv. proteasomové adaptorové proteiny. Ty rozpoznávají substráty určené k degradaci a transportují je k proteasomu - místu degradace. Mezi tyto proteiny se řadí i rodina Ddi1 podobných proteinů (z angl. DNA damage-inducible protein 1), která se vyznačuje doménou podobnou retrovirovým aspartátovým proteasam. Biologické funkce této proteinové rodiny jsou objasněny jen částečně, a to zejména u Ddi1 pocházející z kvasinky Sacharomyces cerevisiae, a jsou proto předmětem aktivního výzkumu. Tato práce shrnuje dosavadní poznatky a publikované informace o této proteinové rodině, popisuje její obecné charakteristiky, známé funkce, zasazuje je do kontextu buněčných procesů a tím poukazuje na další možné směry výzkumu.
|
|
|
Určení trojrozměrné struktury helikální domény proteinu Ddi2 (DNA damage-inducible protein 2)
Staníček, Jakub ; Grantz Šašková, Klára (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent)
Lidský Ddi2 protein a jeho homology jsou málo prozkoumanou skupinou UBL/UBA proteinů obsahujících navíc doménu, jejíž struktura je příbuzná s dimerními aspartátovými proteasami retrovirů. Nejprozkoumanějším homologem je Ddi1 ze Saccharomyces cerevisiae, protein fungující v rámci ubikvitin-proteasomového systému. Tento klíčový buněčný systém využívá přísně regulovaný enzymatický aparát k vysoce selektivním posttranslačním modifikacím proteinů pomocí ubikvitinu. Ten následně funguje jako nitrobuněčný signál, rozhodující o dalších osudech označeného proteinu, přičemž nejčastějším důsledkem ubikvitinace bývá proteasomální degradace. Ddi1 v tomto kontextu zřejmě hraje roli adaptoru, napomáhajícího vazbě ubikvitinovaného substrátu na proteasom. Ač je funkce adaptoru v ubikvitin-proteasomovém systému možná i v případě lidského Ddi2, vzhledem k evolučním proměnám může být jeho úloha značně pozměněna. Jedním z důležitých bodů pro pochopení nitrobuněčné role Ddi2 je odhalení funkce jeho jednotlivých domén. Tato práce se zabývá strukturní analysou části proteinu Ddi2 přímo sousedící s proteasovou doménou, kde se nachází helikální oblast nazvaná HDD doména. Tato část byla naklonována, exprimována a změřena pomocí NMR spektroskopie. Strukturní data založená na údajích z NMR byla dále využita ke strukturním...
|
|
|
Nanoparticles for gene editing
Kružíková, Zuzana ; Grantz Šašková, Klára (vedoucí práce) ; Beranová, Jana (oponent)
Časné genové terapie založené na DNA byly testovány pro terapeutické účely, dříve či později se ovšem objevila řada překážek a rizik spojených s jejich využíváním, což zastavilo další klinické testování. Poměrně nedávno byly tyto metody nahrazeny rychle se rozvíjejícím genovým editováním za pomoci programovaných nukleas, které jsou schopny štěpit specifické sekvence DNA a tak vytvořit přesné genomové modifikace. Jako potenciální terapeutika jsou testovány nukleasy s motivem zinkového prstu (ZFN), dále tzv. "transcription activator-like effector" nukleasy (TALEN) či CRISPR/Cas9 systémy. Největším rizikem, kterému je nutné zabránit, jsou chybná štěpení mimo cílové sekvence. Jako nejvhodnější metoda pro aplikaci do buněk se jeví cílené dopravování nukleas ve formě mRNA. Nanočástice různých typů umožňují přenos mRNA a usnadňují tak dopravování nukleas do buněk. Tato bakalářská práce popisuje některé z těchto nanočástic společně s charakterizací programovaných nukleas.
|
|
|
DNA damage-inducible protein: interakce s proteinovými partnery a potenciální role v proteasomální degradaci proteinů
Belza, Jan ; Grantz Šašková, Klára (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
Proteiny podobné Ddi1 ( z angl. "DNA damage-inducible proteins") byly zatím nejlépe charakterisovány v kvasince (protein Ddi1 ze Saccharomyces cerevisiae), v octomilce (protein Rngo z D. melanogaster) a nedávno i v člověku (protein Ddi2). Podle své doménové architektury jsou přiřazovány k proteasomálním adaptorovým proteinům, jejichž funkcí je dopravovat ubikvitinylované substráty k degradaci do proteasomu. Obsahují totiž domény podobné ubikvitinu (UBL) zodpovědné za vazbu na proteasom a domény asociované s ubikvitinem (UBA), zodpovědné za vazbu na ubikvitinované proteiny. Vedle toho však zřejmě mají v organismu i další funkce. Kvasinkový homolog Ddi1 je zapojen do řízení buněčného cyklu, hraje roli při degradaci HO endonukleasy a pravděpodobně také jako negativní regulátor exocytosy. Buněčné funkce nedávno identifikovaného lidského homologu Ddi2 zatím nejsou známy. Abychom přispěli k pochopení fysiologických funkcí lidského proteinu Ddi2, rozhodli jsme se identifikovat možné interakční partnery tohoto proteinu. Připravili jsme proto DNA konstrukty pro expresi proteinu Ddi2 v savčích buňkách HEK293 ve fúzi s afinitními značkami FLAG, HA a Myc, umožňujícími jejich snadnou visualizaci a purifikaci. Afinitní chromatografií spřaženou s hmotnostní spektrometrií (AP-MS) jsme identifikovali několik...
|
|
|
Vliv iontů železa na metabolismus prvoka Trypanosoma brucei
Arbon, Dominik ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Grantz Šašková, Klára (oponent)
Ionty železa jsou esenciální součástí správné funkce mnoha buněčných dějů. Jejich utilizace je buňkou striktně regulována, a narušení těchto procesů vede až k možné destrukci buňky. Ionty železa se v organismech nevyskytují volně, ale jsou vždy vázány na proteiny určené k jejich uskladnění a transportu nebo jako součást katalytických center enzymů. Transport iontů železa do buňky a mezi jednotlivými buněčnými kompartmenty je zásadní pro správné fungování buňky. V nedávné době byl popsán mitochondriální přenašeč iontů železa u kvasinky, který je nezbytný pro syntézu železosirných center využívaných jako koenzymy. V této práci je zkoumána lokalizace a funkce homologu tohoto přenašeče u parazitického organismu Trypanosoma brucei, který způsobuje onemocnění africká trypanosomiáza, známé jako spavá nemoc. Tento parazit je zcela závislý na příjmu iontů železa ze svého hostitele, a proto je utilizace iontů železa zkoumána jako potencionální cíl pro možný terapeutický zásah. Tato práce je zaměřena na charakterizaci proteinu Mcp17, u kterého se předpokládá, že se podílí na přenosu iontů železa do mitochondrie T. brucei. Pomocí exprese značeného Mcp17 byla potvrzena mitochondriální lokalizace proteinu u T. brucei. Měřením aktivit vybraných enzymů bylo zjištěno, že buňky s inhibovanou expresí genu mcp17...
|
|
|
Radikalizace východoněmecké mládeže na příkladu teroristické buňky Nationalsozialistischer Untergrund
Šašková, Klára ; Nigrin, Tomáš (vedoucí práce) ; Handl, Vladimír (oponent)
Odhalení teroristické buňky Nationalsozialistischer Untergrund (Národněsocialistické podzemí, NSU) v listopadu 2011 upozornilo na stále aktuální problematiku pravicového extremismu v současném Německu. Skupina Nationalsozialistischer Untergrund byla tvořená třemi mladými lidmi: Beate Zschäpe, Uwe Mundlosem a Uwe Böhnhardtem. Tato buňka se dokázala přes deset let ukrývat před policií a úřady a má na svědomí minimálně deset vražd, patnáct loupežných přepadení a dva bombové útoky. Její odhalení znovu otevřelo otázku, jak se Spolková republika Německo vyrovnává se svou nacistickou minulostí i současnou pravicově extremistickou scénou. Tato bakalářská práce se zabývá radikalizací východoněmecké mládeže v 90. letech a ukazuje tento trend na příkladu výše zmíněného uskupení. Práce se nejprve věnuje charakteristice pravicového extremismu a následně jeho specifikám v NDR a nových spolkových zemí. Následně se zaměřuje na životy tria pachatelů před vznikem buňky, její fungování v utajení a popisuje také trestné činy, které jsou s ní spojeny. Bakalářská práce nejprve popisuje loupežná přepadení, prostřednictvím kterých skupina získávala finanční prostředky, poté je pozornost věnována vražedné sérii spojené s lety 2001 až 2007 a nakonec jsou popsány i dva bombové útoky v Kolíně nad Rýnem, které má trio na...
|
|
|
HIV - 1 Protease: Insights into Drug Resistance Development
Grantz Šašková, Klára ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Forstová, Jitka (oponent) ; Dohnálek, Jan (oponent) ; Schiffer, Celia (oponent)
Aminokyselinové záměny v HIV proteáze či jejím substrátu, které snižují citlivost k proteázovým inhibitorům, představují celkem složitý problém, který není jasně charakterizován. Četné mechanismy, jakými mnohdy velmi komplikovaná skladba mutací ovlivňuje vazbu inhibitoru, musí nutně být analyzovány na molekulární úrovni, a to nejlépe sérií metod, počínaje experimenty s rekombinantními viry, enzymovými esejemi, strukturálními a termodynamickými studiemi či molekulární dynamikou. Každý výsledek pak může pomoci sestavit dohromady jakousi mozaiku evoluce vzniku rezistence k proteázovým inhibitorům, a tím se nepřímo podílet na vývoji ještě účinnějších léků tzv. třetí generace cílených proti HIV/AIDS. Tato dizertační práce představuje několik analýz zabývajících se vznikem rezistence u HIV viru právě na molekulární úrovni. Zaměřili jsme se konkrétně na evoluční dráhu vedoucí k rezistenci k proteázovému inhibitoru nelfinaviru, dále na tzv. lopinavirové mutační skóre, poté na výskyt aminokyselinových inzercí v genu HIV proteázy a jejich vliv na rezistenci k proteázovým inhibitorům a v neposlední řadě jsme analyzovali vysoce mutované varianty HIV proteázy izolované z pacientů, u kterých již nebyla účinná terapie darunavirem. Jelikož jsme byli schopni pracovat s širokou škálou technik, podařilo se nám...
|
|
|
Historie dolování uranového ložiska Příbram
SASKOVÁ, Klára
Oblast, kterou jsem si vybrala pro tuto diplomovou práci, se rozkládá na hranici Poberounské a Česko-moravské soustavy, geomorfologické jednotky Česká vysočina. Ve své době nejbohatší uranový rudní revír Československa charakterizuje geologická struktura středočeského plutonu v rámci geologického celku Český masiv, na jehož kontaktu se nachází rozsáhlé hydrotermální uranové ložisko. Toto ložisko se člení na celkem devět úseků (Třebsko, Kamenná, Lešetice, Brod, Jeruzalém, Háje, Svatá Hora, Bytíz, Skalka a Obořiště), které náleží územně do příbramského okresu. Město Příbram je proslavené dlouholetou hornickou tradicí nejen polymetalických, ale především uranových rud, která dosáhla ve 2. polovině 20. století obrovských úspěchů světové úrovně. Po druhé světové válce bylo na tomto ložisku podrobnými průzkumnými pracemi objeveno mnoho hydrotermálních žil obsahujících žádanou strategickou surovinu- uraninit (smolinec, nasturan), která mířila výhradně na sovětský hospodářský trh. Těžba uraninitu a jeho zpracování započalo svoji éru v 2. polovině 40. let 20. století a působilo zde až do uzavření poslední šachty dne 30.9.1991. Za celé období bylo vytěženo na povrch neuvěřitelných 50 200,8 tun uranu. Uranové ložisko Příbram se může pyšnit i nejvyšší dosaženou hloubkou 1838,4 metrů na šachtě č. 16. V souvislosti s těžbou se formoval i život místních obyvatel a život lidí mířících za prací z celého bývalého Československa. V současnosti jsou všechny jámy uzavřeny a přirozeným způsobem zatopeny. V určitém úseku ložiska byl vybudován kavernový zásobník plynu. Do budoucnosti již není těžba možná. Státní podnik Diamo uskutečňuje revitalizační práce na bývalých úsecích těžby a monitoruje stav životního prostředí v okolí.
|
host ::
RSS.