|
|
Bakteriální populace ve sliznicích myši domácí
Ptáčníková, Aneta ; Stopka, Pavel (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Mikrobiota se v posledních letech stává důležitým předmětem biologického výzkumu. Ukazuje se, že významně ovlivňuje široké spektrum funkcí různých organismů. Tato diplomová práce se zabývá bakteriální složkou mikrobioty nacházející se ve vybraných sliznicích u samců a samic divoké populace myši domácí (Mus musculus musculus). Zkoumané vzorky obsahovaly výplachy z nosní sliznice, ústní dutiny, moč, výplachy vaginální sliznice a trus. Cílem této práce bylo detekovat kvantitativní a kvalitativní změny bakteriálních populací mezi sliznicemi a taktéž mezi fázemi estrálního cyklu ve vaginální sliznici. Další cíl byl zaměřen na detekci pohlavních rozdílů týkající se bakterií v jednotlivých sliznicích. S využitím qPCR byla odhadnuta bakteriální abundance a následnou sekvenací variabilní oblasti genu pro 16S rRNA byla detekována bakteriální diverzita sliznic. Výsledky prokázaly, že sliznice se odlišují v odhadovaném množství bakterií a také hodnotami alfa diverzity. Zatímco trus byl místem s největším počtem bakterií, nosní sliznice a moč obsahovaly bakterií nejméně. Taktéž nejvyšší alfa diverzita byla detekována ve vzorcích trusu, naopak nejnižší hodnotu alfa diverzity měly vzorky moči. Dále bylo prokázáno, že každá sliznice je specifická svým bakteriálním složením, dokonce i na rodové úrovni. Signifikantní...
|
|
|
Conserved Mechanisms of Gene Expression Regulation by Nuclear Receptors.
Novotný, Jan Philipp ; Kostrouch, Zdeněk (vedoucí práce) ; Stopka, Pavel (oponent) ; Lazar, Jozef (oponent)
8 Abstrakt Od samého počátku života na planetě Zemi se organismy, k tomu, aby přežily, musely adaptovat měnícím se podmínkám prostředí. S výskytem metazoické mnohobuněčnosti se skupiny buněk mohly adaptovat k tomu, aby vykonávaly specifickou biologickou funkci, ze které těží celý organismus. To vyžadovalo nejen časoprostorovou regulaci exprese genů během vývoje, ale i integraci specifických požadavků tkání s celkovým stavem organismu. V rámci souboru vývojově zachovaných regulačních systémů vy- čnívá rodina transkripčních faktorů jaderných receptorů (NR). Důvodem je její vysoký stupeň evoluční konzervace, plasticita a jedinečnost ve vztahu k živočišné říši a účast při regulaci exprese genů v odezvě na ligand, či jeho nepřítomnost, genomovými a negenomovými mechanismy. Se zvyšujícím se počtem molekul, které jsou považovány za ligandy těchto receptorů, se dnes předpokládá, že původní receptory byly pravděpo- dobně charakterizovány nízkou specifičností vazby ligandu a eventuálně sloužily jako environmentální senzory, které integrovaly dostupnost živin a expresi genů na samém začátku evoluce Metazoa. Charakteristika sítě NR v jednom z nejjednodušších metazo- ických organismů, Trichoplax adhaerens, odhalila nejen funkční síť a sub-specializaci genové regulace závisející na NR, ale i výjimečnou citlivost na 9-cis...
|
|
|
Hledání nových biomarkerů neplodnosti mužů pomocí transkriptomu spermií
Semyakina, Anastasiya ; Liška, František (vedoucí práce) ; Stopka, Pavel (oponent)
S problémem neplodnosti v současně době se setkává 10 až 15 procent párů. Přitom přibližně v 50 procentech případů se na problému podílí mužský faktor. Většina příčin mužské neplodnosti zůstává neznámá. Proto je velmi aktuální otázka nalezení jednoduchých a v klinické praxi použitelných nástrojů diagnostiky mužské neplodnosti. V této práci jsme se na základě analýzy transkriptomu spermií pokusili najít geny, u nichž by mohl rozdíl v expresi mezi normálními a patologickými spermiemi poskytnout informace o molekulární podstatě patologie. Stanovení exprese takových genů by mohlo sloužit pro neinvazivní diagnostiku mužské infertility. Do této studie bylo zahrnuto 67 vzorků spermií včetně 16 kontrolních od zdravých mužů. Vzorky neplodných pacientů byly rozděleny do tří skupin podle morfologie a motility na základě údajů spermiogramu. Do skupiny astenoteratozoospermie bylo zařazeno 20 vzorků vykazujících sníženou motilitu a abnormální morfologii, do skupiny astenozoospermie bylo zařazeno 15 vzorků spermií s normální morfologií, ale sníženou motilitou, do třetí skupiny, normospermie, bylo zařazeno 16 vzorků neplodných pacientů s normálním spermiogramem z hlediska počtu spermií, motility i morfologie. Dvacet čtyři vzorků ze všech čtyř skupin (tři skupiny infertilních mužů a jedna skupina kontrolní - sedm...
|
|
| |
|
|
Analýza vlivu genové dávky myšího speciačního genu Prdm9 na fertilitu hybridů
Flachs, Petr ; Trachtulec, Zdeněk (vedoucí práce) ; Stopka, Pavel (oponent) ; Král, Jiří (oponent)
(cz) Fenomén hybridní sterility představuje jeden z evolučních mechanismů umožňující speciaci, tedy vznik nových druhů. Zatím bylo popsáno jen málo speciačních genů a Prdm9 (PR-domain 9) je první a zatím jediný identifikovaný u savců. Hraje totiž roli ve sterilitě hybridů vznikajících křížením poddruhů myši domácí. Ohledně vlivu Prdm9 na plodnost semifertilních hybridních samců bylo ale dosud publikováno jen omezené množství poznatků, přitom v přírodě jsou takoví samci daleko četnější než samci zcela sterilní. Pomocí panelu genetických nástrojů a baterií fenotypizačních testů dokazuje tato disertace ústřední roli Prdm9 v hybridní sterilitě na mnoha typech mezi-poddruhových kříženců s různě postiženou plodností a věkovým omezením. Přidáváním ale i ubíráním genové dávky Prdm9 se fenotyp snížené plodnosti vylepší. Také zvýšení genové dávky Prdm9 alely, která v jedné kopii zapříčiňuje sterilitu, zlepšuje parametry fertility F1 hybridů. PRDM9 protein hraje roli i v určování míst meiotické rekombinace. Práce poukazuje na princip interakce soutěže alel v určování rekombinančně preferovaných genomických lokusů - hotspotů, a tím možné způsoby propojení obou rolí Prdm9. Tato disertace shrnuje sestavu tří logicky propojených publikací, které mají ambici být významnými díly skládačky poznání mechanismu...
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Pohlavní dimorfismus v olfaktorickém systému u myši
Kuntová, Barbora ; Stopka, Pavel (vedoucí práce) ; Havlíček, Jan (oponent) ; Žídek, Lukáš (oponent)
Pohlavně dimorfní chování myši domácí (Mus musculus musculus) je ovlivňováno různými fyzikálními a chemickými podněty. Chemické signály jsou však nejpodstatnější pro individuální rozpoznávání a vyvolávají různé efekty v reprodukčním chování příjemce. Myši patří mezi makrosmatické savce, tudíž je jejich čich velmi dobře vyvinut a jsou schopné rozpoznávat široké spektrum ligandů od ostatních jedinců, ale také z okolního prostředí. Těkavé signály patří mezi organické látky produkované většinou tkání. Mohou mít škodlivý vliv na buňky, a proto jsou transportovány ven z těla lipokalinovými transportéry, přičemž některé mohou fungovat jako signály. Tyto těkavé signály jsou schopné stimulovat chemosenserické neurální receptory a tak vyvolávat odpověď v neurálních drahách. Vnímání ligandů má odlišný efekt na samce a samice, ačkoliv dosud nebylo u divoce žijící myši prokázano, zda jsou tyto rozdíly způsobeny variabilitou v receptorech a neurálních procesech či spíše rozdíly v expresi pohlavně specifických signálů. Cílem této disertační práce bylo provést srovnávací analýzu orofaciálních tkání a určit specifitu v expresi lipokalinů. Poprvé jsme ukázali, že slzy, nosní sekret a sliny obsahují lipokaliny, které byly původně detekovány pouze v moči. Dokázali jsme, že lipokaliny jsou hojně zastoupené v těchto...
|
host ::
RSS.