|
|
Ojnice čtyřdobého vznětového motoru pro užitkový automobil
Židek, Lukáš ; Svída, David (oponent) ; Dundálek, Radim (vedoucí práce)
Stručný přehled řešené problematiky, trendy a nové technologie. Zpracování základních rozměrů a uspořádaní motoru a jeho využití. Návrh rozměrů ojnice a její konstrukční řešení s ohledem na pevnost, funkční vlastnosti, výrobu, servis a životnost. Kontrolní pevnostní výpočty oka, dříku, hlavy, víka a šroubů ojnice.
|
|
| |
|
|
Dynamical Behaviour of Matrix Proteins from Mason-Pfizer Monkey Virus
Srb, Pavel ; Lang, Jan (vedoucí práce) ; Žídek, Lukáš (oponent) ; Brus, Jiří (oponent)
Název práce: Dynamické chování matrixových proteinů Mason-Pfizerova opičího viru Autor: Pavel Srb Katedra: Katedra fyziky nízkých teplot Vedoucí disertační práce: doc. RNDr. Jan Lang, Ph.D Abstrakt: Studovali jsme oligomerizační vlastnosti betaretrovirového non- myristoylovaného matrixového proteinu a jeho mutantu R55F z Mason- Pfizerova opičího viru metodami NMR spektroskopie v kapalné fázi. Bylo prokázáno, že divoký typ (WT) v roztoku oligomerizuje. Detailní model oligomerizace byl získán pomocí společné analýzy koncentračně závislých chemických posunů a translačních difúzních koeficientů. Bylo zjišťeno, že WT se v roztoku nachází v rovnováze mezi monomerem, dimerem a trimerem. Dále bylo využito kombinace NMR relaxačních měření a molekulové dynamiky k detailnímu studiu lokálních pohybů v proteinu. Výsledky ukazují, že oligomerizace je úzce svázána se zvýšenou pohyblivostí molekuly WT v oblasti smyčky mezi helixy α2 and α3 a v C-terminální části helixu α3. Tyto části molekuly zároveň tvoří oligomerizační rozhraní. Mutantní pro- tein R55F, který nevykazuje specifickou oligomerizaci byl shledán podstatně rigidnějším. Z analýzy vyplývá, že mechanismy konformační selekce, in- dukovaného fitu a strukturní...
|
|
| |
|
|
Pohlavní dimorfismus v olfaktorickém systému u myši
Kuntová, Barbora ; Stopka, Pavel (vedoucí práce) ; Havlíček, Jan (oponent) ; Žídek, Lukáš (oponent)
Pohlavně dimorfní chování myši domácí (Mus musculus musculus) je ovlivňováno různými fyzikálními a chemickými podněty. Chemické signály jsou však nejpodstatnější pro individuální rozpoznávání a vyvolávají různé efekty v reprodukčním chování příjemce. Myši patří mezi makrosmatické savce, tudíž je jejich čich velmi dobře vyvinut a jsou schopné rozpoznávat široké spektrum ligandů od ostatních jedinců, ale také z okolního prostředí. Těkavé signály patří mezi organické látky produkované většinou tkání. Mohou mít škodlivý vliv na buňky, a proto jsou transportovány ven z těla lipokalinovými transportéry, přičemž některé mohou fungovat jako signály. Tyto těkavé signály jsou schopné stimulovat chemosenserické neurální receptory a tak vyvolávat odpověď v neurálních drahách. Vnímání ligandů má odlišný efekt na samce a samice, ačkoliv dosud nebylo u divoce žijící myši prokázano, zda jsou tyto rozdíly způsobeny variabilitou v receptorech a neurálních procesech či spíše rozdíly v expresi pohlavně specifických signálů. Cílem této disertační práce bylo provést srovnávací analýzu orofaciálních tkání a určit specifitu v expresi lipokalinů. Poprvé jsme ukázali, že slzy, nosní sekret a sliny obsahují lipokaliny, které byly původně detekovány pouze v moči. Dokázali jsme, že lipokaliny jsou hojně zastoupené v těchto...
|
|
|
Struktura a funkce vybraných lipokalinů a jejich role v chemické komunikaci savců
Stopková, Romana ; Stopka, Pavel (vedoucí práce) ; Sedláček, František (oponent) ; Žídek, Lukáš (oponent)
SouHrulolsBnrnčnipnÁcE Komunikace zprostředkovanáruznými chemickými substancemise vyskytuje u organismůjiŽ od buněčnéúrovně.V průběhuevoluce vznikajíspecifickésystémy přenosu a zachyceníinformačníchmolekul, zahmujícívznik čichovýchreceptoru nebo diverzifikacipřenašečůtěchtosubstancí(např. lipokaliny)'Lipokalinyjsou proteiny,kterédíkysvékonzervativníterciámístruktuřemajíschopnostviuat ma|é těkavéligandya na základětétov|astnostije jim častopřisuzovánavýznunnárolepři přenosusigná|ů(odorantuneboferomonů)v chemickékomunikaci. Nejznámějšía nejlépeprostudovanélipokalinyjsou Hlavnímočovéproteiny(Mupy) u myšia odorantvžuajiciproteiny(obp),existujeale mnohodalšíchlipokalinů,o jejichŽfunkci se speku|ujenebonenívůbeczniima.Cílemméprácebylo přispět k pochopenívariabiliý lipokalinůa utvořit tak komplexnějšíobraz o těchto proteinech.V rámci tétodisertačnípráce předkládám dvě publikace,kteréprošly recenmímřizenim a třetípub|ikacipředloŽenoudo časopisu.Součástítřetípublikace jsou tři novésekvencegenůpro lipoka|iny,kteréjsme identifikovaliu nomíkarudého (Myodesglareolus)'předloŽenédo databazeGenBank.Charakteristikatěchtonových lipokalinůvede k dalšímúvahámo jejich funkci a můŽetak přispět k upřesnění představyo mechanismechpachovékomunikace. Stopková R.' StopkaP.,JanotováK., JedelskýP.L.2007 Druhověspecifickáexprese...
|
|
|
Investigation and inhibition of α-synuclein aggregation
Afitska, Kseniia ; Yushchenko, Dmytro (vedoucí práce) ; Žídek, Lukáš (oponent) ; Bařinka, Cyril (oponent)
Alfa-synuklein (AS) je malý, vnitřně neuspořádaný protein exprimovaný v neuronech a hojně přítomný v synapsích, kde se podílí na regulaci transportu proteinů zprostředkovaném synaptickými vezikuly. Chybné poskládání AS do amyloidních fibril je klíčovým procesem v progresi Parkinsonovy choroby (PD), druhé nejběžnější neurodegenerativní nemoci, která je dosud neléčitelná. Inhibice agregace AS a blokování šíření těchto fibril z buňky do buňky je slibná strategie pro léčbu PD. Racionální design těchto inhibitorů však zůstává komplikovaný vzhledem k nedostatku detailních znalostí o mechanismech agregace. Cílem této práce bylo proto získat hlubší znalosti o agregaci AS a aplikovat je na vývoj inhibitorů fibrilizace. Při studiu mechanismů agregace AS jsem nejprve zjistila, že kritická koncentrace AS pro růst fibril je o řád nižší než kritická koncentrace AS pro počáteční tvorbu fibril z monomerů. Zkoumala jsem rozpad fibril při koncentracích nižších než Kd a charakterizovala jsem agregaci AS při mikromolárních koncentracích. Poté jsem zkoumala, jak různé modifikace C-terminálu AS (zejména extenze o různé velikosti a náboji) ovlivňují růst fibril a ukázala jsem, že fúze AS s proteiny, jako je GFP, potlačují agregaci AS. Na základě těchto zjištění jsem ve spolupráci s kolegy vytvořila první racionálně...
|
|
|
Pohlavní dimorfismus v olfaktorickém systému u myši
Kuntová, Barbora ; Stopka, Pavel (vedoucí práce) ; Havlíček, Jan (oponent) ; Žídek, Lukáš (oponent)
Pohlavně dimorfní chování myši domácí (Mus musculus musculus) je ovlivňováno různými fyzikálními a chemickými podněty. Chemické signály jsou však nejpodstatnější pro individuální rozpoznávání a vyvolávají různé efekty v reprodukčním chování příjemce. Myši patří mezi makrosmatické savce, tudíž je jejich čich velmi dobře vyvinut a jsou schopné rozpoznávat široké spektrum ligandů od ostatních jedinců, ale také z okolního prostředí. Těkavé signály patří mezi organické látky produkované většinou tkání. Mohou mít škodlivý vliv na buňky, a proto jsou transportovány ven z těla lipokalinovými transportéry, přičemž některé mohou fungovat jako signály. Tyto těkavé signály jsou schopné stimulovat chemosenserické neurální receptory a tak vyvolávat odpověď v neurálních drahách. Vnímání ligandů má odlišný efekt na samce a samice, ačkoliv dosud nebylo u divoce žijící myši prokázano, zda jsou tyto rozdíly způsobeny variabilitou v receptorech a neurálních procesech či spíše rozdíly v expresi pohlavně specifických signálů. Cílem této disertační práce bylo provést srovnávací analýzu orofaciálních tkání a určit specifitu v expresi lipokalinů. Poprvé jsme ukázali, že slzy, nosní sekret a sliny obsahují lipokaliny, které byly původně detekovány pouze v moči. Dokázali jsme, že lipokaliny jsou hojně zastoupené v těchto...
|
|
|
Dynamical Behaviour of Matrix Proteins from Mason-Pfizer Monkey Virus
Srb, Pavel ; Lang, Jan (vedoucí práce) ; Žídek, Lukáš (oponent) ; Brus, Jiří (oponent)
Název práce: Dynamické chování matrixových proteinů Mason-Pfizerova opičího viru Autor: Pavel Srb Katedra: Katedra fyziky nízkých teplot Vedoucí disertační práce: doc. RNDr. Jan Lang, Ph.D Abstrakt: Studovali jsme oligomerizační vlastnosti betaretrovirového non- myristoylovaného matrixového proteinu a jeho mutantu R55F z Mason- Pfizerova opičího viru metodami NMR spektroskopie v kapalné fázi. Bylo prokázáno, že divoký typ (WT) v roztoku oligomerizuje. Detailní model oligomerizace byl získán pomocí společné analýzy koncentračně závislých chemických posunů a translačních difúzních koeficientů. Bylo zjišťeno, že WT se v roztoku nachází v rovnováze mezi monomerem, dimerem a trimerem. Dále bylo využito kombinace NMR relaxačních měření a molekulové dynamiky k detailnímu studiu lokálních pohybů v proteinu. Výsledky ukazují, že oligomerizace je úzce svázána se zvýšenou pohyblivostí molekuly WT v oblasti smyčky mezi helixy α2 and α3 a v C-terminální části helixu α3. Tyto části molekuly zároveň tvoří oligomerizační rozhraní. Mutantní pro- tein R55F, který nevykazuje specifickou oligomerizaci byl shledán podstatně rigidnějším. Z analýzy vyplývá, že mechanismy konformační selekce, in- dukovaného fitu a strukturní...
|
|
| |
host ::
RSS.