|
|
Elucidating the interactions of interleukin-1alpha with components of the eukaryotic transcription machinery
Zámostná, Blanka ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent) ; Mělková, Zora (oponent)
5 ABSTRAKT Interleukin-1α (IL-1α) je pleiotropní cytokin, který hraje klíčovou roli v imunitní odpovědi organismu. Je produkován jako prekursor o molekulové hmotnosti 31 kDa, který je štěpen cysteinovou proteázou calpainem za vzniku maturovaného IL-1α (17 kDa) a tzv. N-terminálního peptidu IL-1α (IL-1αNTP; 16 kDa). Ačkoliv IL-1α může být sekretován a spouštět dráhu signální transdukce skrze povrchové receptory cílových buněk, bylo zjištěno, že IL-1α se účastní také některých procesů v buněčném jádře. IL-1αNTP je u vyšších eukaryot vysoce konzervován a obsahuje jaderný lokalizační signál, díky kterému prekursor i samotný IL-1αNTP vstupují do buněčného jádra. Při předchozím výzkumu byla popsána genetická interakce IL-1α s jadernými histonacetyltransferázovými (HAT) komplexy v savčích buňkách a překvapivě také v heterologním kvasinkovém modelu. Tato disertační práce se dále věnuje výzkumu jaderné funkce IL-1α a přináší důkazy o fyzické interakci IL-1α s "HAT/Core" modulem kvasinkových histonacetyltransferáz SAGA a ADA. Výsledky pokusů zahrnujících knock-out jednotlivých podjednotek kvasinkových HAT komplexů a následné koimunoprecipitace poukazují na nový model skládání SAGA komplexu, ve kterém ADA představuje pravděpodobně jen částečně aktivní HAT komplex. V savčích buňkách jakožto přirozeném modelu pro...
|
|
|
Charakterizace proteinu HelD z Bacillus subtilis
Sudzinová, Petra ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Lichá, Irena (oponent)
ÚVOD: Bakteriální RNA polymeráza (RNAP) je intenzivně studovaný enzym, který je klíčový pro genovou expresi. V Laboratoři molekulární genetiky bakterií byl objeven nový protein, HelD, interagující s RNAP z bakterie Bacillus subtilis - tedy potenciální transkripční faktor. HelD je protein o velikosti cca 90 kDa, který je příbuzný s proteiny helikázové rodiny UvrD/Rep, rozplétajících DNA ve směru 3'-5'. Role proteinu HelD v buňce nicméně ještě není známá a rovněž nebyla dosud studována případná role HelD v transkripci. CÍLE: Cílem této diplomové práce bylo charakterizovat protein HelD. PŘÍSTUPY: Charakterizace HelD probíhala na třech úrovních: (i) bioinformatická analýza in silico byla použita k nalezení homologů proteinu HelD v jiných bakteriálních druzích; (ii) růstové testy in vivo byly použity pro nalezení fenotypu ΔHelD kmene v porovnání s divokým typem a (iii) biochemické experimenty in vitro byly použity k popsání efektu HelD na transkripci a k otestování, zda dokáže HelD vázat a rozplétat DNA. VÝSLEDKY: Bioinformatická analýza in silico ukázala, že protein HelD se vyskytuje u kmene Firmicutes G+ bakterií důležitých pro průmysl i medicínu. Fenotypové růstové testy odkryly, že HelD je protein důležitý pro rychlou adaptaci buňky na změny v prostředí. Biochemické experimenty ukázaly, že HelD...
|
|
|
Charakterizace transkripčního aparátu lineárních plasmidů kvasinky Kluyveromyces lactis
Sýkora, Michal ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Krásný, Libor (oponent)
Transkripce je zásadním krokem exprese genetické informace. Tento proces závisí na proteinovém komplexu vícepodjednotkových RNA polymeráz, které jsou mimořádně konzervované mezi všemi buněčnými organismy. Tyto enzymy, spolu s RNA dependentními RNA polymerázami podílejícími se na umlčování genů, tvoří monofyletickou proteinovou rodinu, jejíž členové obsahují ve svém aktivním centru dva double-ψ β-barrel strukturní motivy. Do této rodiny patří také skupina převážně in silico predikovaných nekanonických DNA dependentních RNA polymeráz, které se od vícepodjednotkových RNA polymeráz odlišují redukovaným složením. Předpokládaná nekanonická RNA polymeráza, skládající se ze dvou podjednotek, je kódována také lineárními cytoplasmatickými plasmidy kvasinky Kluyveromyces lactis a velmi pravděpodobně přepisuje geny těchto plasmidů. Charakterizace unikátního transkripčního aparátu plasmidů Kluyveromyces lactis, s hlavním důrazem na nekanonickou RNA polymerázu, se stala cílem této práce. Bioinformatická analýza in silico byla použita k prověření důkazů vedoucích k předpokladu existence specifické RNA polymerázy. Následné genetické a biochemické metody byly použity pro: 1) produkci podjednotek předpokládané RNA polymerázy v několika expresních systémech; 2) testování interakce mezi některými komponentami...
|
|
|
Příprava poezie 19. století k edici (případová studie)
Novotná, Anna ; Šebesta, Karel (vedoucí práce) ; Andrlová Fidlerová, Alena (oponent)
Bakalářská práce se zabývá úpravou poezie 19. stol., nastiňuje mimo jiné i historicko- společenské podmínky pro vydávání literatury té doby a snaží se postihnout vše, co mohlo ovlivnit tehdejší situaci a následně podmínit i některé úpravy. Autorka se v práci také zamýšlí nad tím, co by měl editor při vydávání poezie této doby zvážit a vědět; jaké chyby mohou nastat lidským faktorem, autorským či neautorským. Na krátké básni z 1. pol. 19. stol. bude poukázána vhodnost či nevhodnost některých úprav a zároveň jejich nutnost či voluntativnost.
|
|
| |
|
|
Nuclear dynamics and interactions of myosin 1c
Dzijak, Rastislav ; Hozák, Pavel (vedoucí práce) ; Hašek, Jiří (oponent) ; Kaňka, Jiří (oponent)
1. ABSTRAKT Myosiny jsou proteiny, které přeměňují chemickou energii uloženou v ATP na mechanickou sílu, která se aplikuje na vlákna aktinu. Jaderný myosin 1 (NM1) byl první myosin detekován v jádře buňky. Spolu s jaderným aktinem hraje důležitou roli při transkripci DNA a remodelaci chromatinu. Nicméně, molekulární mechanismy funkce NM1 jsou zatím neznámé. K získání dalších poznatků o tomto molekulárním motoru jsme studovali expresi a distribuci NM1 v tkáních, mechanismus jeho jaderné lokalizace a také jeho další molekulární interakce. V první části byla studována exprese NM1 v různých tkáních myší. Bylo prokázáno, že NM1 se vyskytuje v buněčných jádrech všech myších tkání, přičemž do studia nebyly zahrnuty buňky v terminálním stádiu spermatogeneze. Kvantitativní PCR a western blot prokázaly, že exprese NM1 je různá v jednotlivých myších tkáních a nejvyšší je v plicích. NM1 je izoforma dříve objeveného myosinu 1c (Myo1c), který byl popsán nejprve jako protein cytosolový. Jediný známý rozdíl mezi těmito dvěma proteiny je přítomnost 16 aminokyselin na N-konci NM1. V další části byl proto studován vliv NM1 domén, včetně N-koncového peptidu, na subcelulární lokalizaci tohoto proteinu. Zjistili jsme, že N-koncový peptid NM1 není nezbytný pro jeho vstup do jádra. Jaderný lokalizační signál jsme objevili v...
|
|
|
Transcriptional regulation of PIN4 protein, membrane transporter of plant hormone auxin.
Hurný, Andrej ; Petrášek, Jan (vedoucí práce) ; Holá, Dana (oponent)
PIN-FORMED (PIN) proteíny patria medzi sekundárne prenášače rastlinného hormónu auxínu a podieľajú sa na jeho exporte z buniek. Asymetrická lokalizácia týchto prenášačov v bunke určuje smerovaný transport auxínu a tým ovplyvňuje vývin rastliny. Aktivita PIN proteínov môže byť regulovaná na mnohých úrovniach, no prvým krokom v ich regulácií je samotná génová transkripcia. Preto sa aj táto diplomová práca zameriava na charakterizáciu transkripčnej regulácie PIN proteínov, a to konkrétne PIN4 proteínu. Pozorovaním rastlín nesúcich transkripčnú fúziu rôzne veľkých častí promótora génu PIN4 s génom pre zelený fluorescenčný proteín (GFP) sa podarilo určiť, ktorá jeho časť je potrebná pre nasadanie transkripčných faktorov a spustenie samotnej transkripcie. Tento úsek promótora PIN4 sa následne využil ako návnada pre transkripčné faktory v jednohybridnom kvasinkovom systéme. Celkovo sa podarilo identifikovať 24 transkripčných faktorov, v ktorých najpočetnejšie zastúpenie mali rodiny transkripčných faktorov GATA a APETALA2 (AP2)/ETHYLENE RESPONSE FACTOR (ERF). K overeniu interakcií medzi promótorom PIN4 a získanými transkripčnými faktormi bola využitá metóda transfekcie protoplastov so sledovaním expresie luciferázy. Transfekované boli protoplasty z listov rastlín Arabidopsis thaliana a z tabákovej bunkovej kultúry...
|
|
| |
|
|
Promoter-terminator interactions in eukaryotic RNA polymerase II transcription
Petr, Martin ; Hozák, Pavel (vedoucí práce) ; Vaňková Hausnerová, Viola (oponent)
Genové smyčky jsou chromatinové struktury, k jejichž vzniku dochází při fyzické interakci vzdálených oblastí DNA. Jelikož se tyto oblasti často podílejí na kontrole transkripčního cyklu, genové smyčky tvoří další úroveň regulace genové exprese. Tato práce shrnuje aktuální znalosti o genových smyčkách, přičemž se zaměřuje speciálně na smyčky vzniklé interakcemi promotorových a terminátorových oblastí genů transkribovaných pomocí eukaryotické polymerázy II. Jsou rozebrány smyčky objevené u kvasinkových genů, u savčího tumor supresoru BRCA1 a také u integrovaného genomu viru HIV-1, a to včetně mechanismů, jež pravděpodobně vedou k jejich vzniku. Jelikož byla nalezena spojitost mezi genovými smyčkami a transkripční pamětí u kvasinek, je popsán jejich fyziologický význam při tomto jevu. V souvislosti s přímým spojením BRCA1 a HIV-1 se závažnými lidskými chorobami je dále navržen obecný význam poruch ve funkci genových smyček při vzniku závažných patologických stavů. Klíčová slova: genové smyčky, chromatinové smyčky, konformace chromatinu, transkripční paměť, transkripce, genová exprese, regulace
|
|
|
Přepis a jazykový rozbor 13. kapitoly proroka Daniela z Mikulovské bible
Jendelová, Alice ; Rejzek, Jiří (vedoucí práce) ; Dittmann, Robert (oponent)
Tato bakalářská práce zpracovává téma Přepis a jazykový rozbor 13. kapitoly proroka Daniela z Mikulovské bible. Jejím cílem je stručně shrnout historii překladatelství bible v českých zemích. Dále představit zkoumaný text z Mikulovské Bible, který dosud nebyl zpracován a jeho literární a historické zařazení. Práce zahrnuje také transliteraci a transkripci textu včetně jejího okomentování. Dále se již zabývá jazykovým rozborem zkoumaného textu z hlediska pravopisu, hláskosloví, tvarosloví a syntaxe. Klíčová slova Mikulovská bible, transliterace, transkripce, jazykový rozbor, pravopis, hláskosloví, tvarosloví, syntax
|
host ::
RSS.