|
|
Mikroextrakce DNA z rostlinných tkání zeleniny
Cesnak, Filip ; Španová, Alena (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Diplomová práca bola zameraná na porovnanie dvoch mikroizolačných metód DNA s využitím magnetických častíc z potravín rastlinného pôvodu. Vzorky mali rôznorodé, komplexné matrice a boli v surovom (brokolica, list z jahodníka obecného) alebo technologicky opracovanom stave (jahodový džem). Prvá metóda využíva na manipuláciu magnetických častíc magnetický separátor a slúžila ako štandart pri porovnaní. Druhá metóda využíva paramagnetickú ihlu, ktorej výhodou by mala byť možnosť izolácie DNA vo vyššej kvalite bez výraznej kontaminácie polyfenolickými látkami či proteínmi. Vhodnosť metódy bola vyhodnotená štatistickým porovnaním výsledkov získaných obidvomi metódami. Kvalita DNA bola posúdená testovaním amplifikovatelnosti izolovanej DNA pomocou PCR. Amplifikované produkty boli vizualizované na agarózovom gély pomocou elektroforézy.
|
|
|
Metody molekulární cytogenetiky: vývoj, rozbor, srovnání
Budková, Kateřina ; Šolc, Roman (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
Cytogenetika je věda zabývající se strukturou a funkcí chromosomů a to zejména v průběhu buněčného dělení. Chromosomální abnormality, které při tomto dělení mohou vznikat, jsou často spojeny se vznikem různých onemocnění. Cytogenetické metody slouží tak především k detekci těchto abnormalit. Zatímco klasické metody umožňovaly po dlouhá léta rozlišení na úrovni celých chromosomů, zavedení nových molekulárních metod vedlo k výraznému zpřesnění těchto analýz. Dnešní metody umožňují snadnou analýzu chromosomů až na úrovni jednotlivých sekvencí. I přes značné rozdíly mezi klasickými a moderními cytogenetickými metodami, nejsou klasické cytogenetické metody zatracovány, ale stále jsou široce používány. Výjimkou není ani kombinování klasických a molekulárních metod s cílem získání komplexní analýzy chromosomových přestaveb.
|
|
|
Molekulárně genetická diagnostika cystické fibrózy
Matějčková, Iva ; Krkavcová, Miroslava (vedoucí práce) ; Kotlas, Jaroslav (oponent)
Cystická fibróza (CF) je velmi rozšířené a závažné onemocnění. Jde o autozomálně recesivní chorobu s incidencí 1 : 2500 - 1 : 4500. Při tomto onemocnění dochází k mutacím CFTR genu, které jsou zodpovědné za poruchu chloridových kanálů. Jde o multiorgánové postižení, které postihuje především respirační a gastrointestinální systém, dále ale i hepatobiliární systém, reprodukční systém a potní žlázy. Cystickou fibrózu lze diagnostikovat pomocí potního testu, molekulárně genetické diagnostiky, výjimečně také pomocí transepiteliálních rozdílů potenciálů, tato metoda ale není dosud v České republice prováděna. Od roku 2009 se v České republice provádí novorozenecký screening CF, který napomáhá k rychlejší diagnóze a následně k rychlému zavedení vhodné terapie. Zavedení včasné terapie totiž výrazně zlepšuje prognózu pacienta. V současné době se pacienti s CF dožívají v průměru třiceti až čtyřiceti let. Pro diagnostické vyšetření CFTR genu se využívá postnatální, prenatální nebo preimplantační materiál. Z těchto vzorků se izoluje DNA, která se dále vyšetřuje pomocí genetických metod, které jsou založeny na principu PCR, reverzní hybridizace, restrikční analýzy, sekvenování DNA nebo MLPA. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Problematika cytomegalovirové infekce u transplantovaných pacientů.
Dvořák, Jan ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Harant, Karel (oponent)
Cytomegalovirus (HCMV ) je běžný lidský -herpesvirus, který vykazuje vysokou prevalenci v populaci. K přenosu dochází těsným kontaktem mezi osobami, u kterých způsobuje převážně asymptomatickou primární infekci, která poté přechází v latentní infekci. Problémy tento virus způsobuje během těhotenství, kde může způsobit potraty, defekty plodu a vrozené defekty novorozenců. Mnohem větším nebezpečím je infekce tímto virem u imunokompromitovaných pacientů převážně u pacientů s infekcí HIV a u transplantovaných pacientů. Tato práce je komplexním pojednáním o biologii HCMV se zaměřením především na rizika, která HCMV způsobuje u pacientů po orgánové transplantaci a transplantaci hematopoetických kmenových buněk, včetně přehledu metod používaných pro diagnostiku a monitorování HCMV infekce a možností prevence vzniku HCMV asociovaných onemocnění. Klíčová slova: Cytomegalovirus, transplantace hematopoetických kmenových buněk, orgánová transplantace, detekce, monitorování, polymerázová řetězová reakce, buněčná imunita, protilátková imunita
|
|
|
Využití magnetických částic při izolaci DNA z vybraných probiotických výrobků pro děti
Vozárová, Petra ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
V potravinárskom priemysle je dôležité správne identifikovať druhy baktérií a ich vlastnosti, aby mohli byť použité ako probiotikum v doplnkoch stravy. Na to sa využívajú metódy DNA diagnostiky. V experimentálnej časti práce bola izolovaná DNA zo štyroch probiotických doplnkov stravy pre deti. Na izoláciu boli testované magnetické častice P(HEMA-co-GMA). Izolovaná DNA bola amplifikovaná pomocou PCR a bola preukázaná prítomnosť DNA rodov Lactobacillus, Bifidobacterium a Bacillus v súlade s údajmi deklarovanými výrobcom. Pomocou amplifikácie DNA metódou PCR s využitím druhovo špecifických primerov bola preukázaná prítomnosť druhov L.acidophilus a B.animalis v súlade s údajmi na výrobku. Pomocou PCR za daných experimentálnych podmienok nebola preukázaná prítomnosť druhu L.casei v jednom výrobku.
|
|
|
Laboratorní diagnostiky mikrometastáz u pacientek s karcinomem prsu
Mikulová, Veronika ; Zima, Tomáš (vedoucí práce) ; Svoboda, Marek (oponent) ; Průša, Richard (oponent)
Úvod: Přítomnost cirkulujících nádorových buněk (CTC) v periferní krvi je asociována s horší prognózou a časným relapsem u pacientek s karcinomem prsu. Stanovení přítomnosti CTC v periferní krvi je nyní považováno za tzv. tekutou biopsii. Cílem této práce bylo stanovení přítomnosti CTC a jejich molekulární charakterizace s potenciálním využitím nejen jako nový biomarker pro sledování účinnosti systémové terapie ale také jako vhodný nástroj pro stratifikaci pacientek a následnou individualizaci léčby karcinomu prsu. Metody: Do prospektivní studie bylo zařazeno 54 pacientek s časným karcinomem prsu. Opakovaně jsme odebírali 10ml periferní krve pro stanovení přítomnosti a charakterizaci CTC v průběhu léčby. Izolace a detekce CTC byla provedena za použití AdnaTest BreastCancer™ kitu (AdnaGen AG, Německo) využívající kombinaci imunomagnetické separace s multiplex PCR pro stanovení transkriptů epiteliálních a tumor-asociovaných genů (EpCAM, MUC1 a HER2) v lyzátu CTC. Následně byla cDNA z izolovaných CTC použita pro analýzu genových expresí TOP1, TOP2A, CSTD, ST6GAL, KRT19 a aktin pomocí nově navržených a optimalizovaných esejí pomocí kvantitativní PCR (qPCR). Výsledky qPCR byly analyzovány pomocí softwaru Genex (MultiD Analysis). Výsledky: Celkem jsme vyšetřily 195 vzorků periferní krve. Přítomnost CTC...
|
|
|
Analýza DNA izolované z různých typů probiotických výrobků s využitím PCR v reálném čase a HRM analýzy
Sedláková, Lucie ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Cílem této práce bylo zavedení metody PCR v reálném čase s vysokorozlišovací analýzou křivek tání pro rod Bifidobacterium. V současné době je dostupné malé množství publikací, které se zabývají rozlišením kmenů rodu Bifidobacterium pomocí vysokorozlišovací analýzy křivek tání. Dle publikací, které byly zaměřeny na rozlišení bakterií mléčného kvašení, byly vybrány primery P1V1 a P2V1, LAC1 a LAC2, LsppUPF a LsppUPR, V3F a V3R, V6F a V6R. Bakteriální DNA sbírkových kmenů byla pomocí těchto primerů amplifikována metodou PCR v reálném čase s vysokorozlišovací analýzou křivek tání. Po vyhodnocení naměřených výsledků byla účinnost vybraných primerů rovněž ověřena na DNA izolované z komplexního vzorku probiotického výrobku. Po další optimalizaci by za pomoci vybraných primerů mohla být metoda PCR v reálném čase s vysokorozlišovací analýzou křivek tání vhodná i pro rod Bifidobacterium.
|
|
|
Interakce plasmidových DNA se sloučeninami lanthanoidů
Budko, Kateryna ; Horák, Daniel (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
V poslední době je věnována značná pozornost lanthanoidům a jejich komlexům jako vynikajícím katalyzátorům štěpení nukleových kyselin. Diplomová práce byla zaměřena na štěpení plasmidové a bakteriální DNA ionty Nd3+ a Y3+ a různými nosiči obsahujícími sloučeniny lanthanoidů. Vznik jednořetězcových a dvouřetězcových zlomů v molekule plasmidové DNA byl sledován pomocí agarózové gelové elektroforézy. Ověření štěpení bakteriální DNA bylo provedeno pomocí polymerázové řetězové reakce s použitím primerů specifických pro doménu Bacteria a rodově a druhově specifických primerů. Výsledky budou použity při vývoji metody, která umožní ověření dokonalosti pokrytí nosičů s magnetickým perovskitovým jádrem, a dalších nosičů obsahujících sloučeniny lanthanoidů.
|
|
|
Využití PCR pro druhovou identifikaci a pro vyhledávání vybraných genů laktobacilů
Diado, Aleksandra ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Probiotické potravinové výrobky - doplňky stravy obsahuji různé druhy probiotických bakterii. Správná druhova identifikace kmenů a jejich charakteristických vlastností je velmi důležitá z hlediska kvality výrobků. K tomu se využívají metody DNA diagnostiky. V této práci byla izolovaná DNA ze 4 probiotických výrobků. Pomocí amplifikace DNA metodou PCR byla ve 3 výrobcích prokázaná přítomnost bakterii rodu Lactobacillus a druhu L. acidophillus, L. casei, L. plantarum, L. rhamnosus v souladu s údaji uvedenými výrobci. Při druhově identifikaci byly pro každý druh použity dvě sady primerů. S využitím dalších primerů byly v DNA izolované z výrobků prokázané sekvence následujících genů: bsh, lai a odc. Byly zjištěny rozdíly mezi výrobky, týkající se detekce lai genu L. acidophillus.
|
|
|
Imunomagnetická separace buněk bakterií mléčného kvašení pomocí magnetických nosičů funkcionalizovaných protilátkou
Vaňásek, Jakub ; Španová, Alena (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Imunomagnetická separace je založena na vazbě protilátky s antigenem, kde protilátka je navázána na magnetickém nosiči. V této práci byly pro imunomagnetickou separaci bakterií mléčného kvašení použity částice magnetické perlové celulózy s navázanou protilátkou antiLactobacillus a antiBifidobacterium. Metoda imunomagnetické separace byla nejprve optimalizována a následně byla ověřena účinnost a specifita navázaných protilátek na čistých bakteriálních kmenech a kvasinkách, které byly identifikovány pomocí metody polymerázové řetězové reakce. Účinnost imunomagnetické separace byla rovněž ověřena na masném probiotickém výrobku, ze kterého byly úspěšně izolovány bakterie rodu Lactobacillus. U DNA z těchto vyizolovaných buněk byla provedena vysokorozlišovací analýza křivek tání, pomocí které byla prokázána přítomnost několika kmenů bakterií rodu Lactobacillus.
|
host ::
RSS.