|
|
Paralelní detekce virových agens v patogenezi autoimunitních onemocnění
Kunteová, Kateřina ; Cinek, Ondřej (vedoucí práce) ; Saláková, Martina (oponent)
S celkovým rozvojem metod molekulární genetiky v průběhu let vznikly i nové metody, které lze využít ve virologii. Stále více je využíváno sekvenování nové generace, které umožňuje současně paralelní sekvenaci mnoha vzorků, navíc také umožní rozlišit infekci více virovými typy ve vzorku. Cílem práce bylo vyvinout metodu, kterou by bylo možné genotypizovat všechny známé typy lidských adenovirů, lidských enterovirů, a bakteriofágů, vybraných pro jejich výskyt ve střevě. Metoda využívá sekvenování nové generace. Prvním krokem při vývoji metody byl návrh primerů, které jsou schopny detekovat všechny známé typy zmíněných virů, pokrývající oblast, která je schopná tyto viry mezi sebou odlišit. Tato metoda byla testována na souboru 47 vzorků lidských adenovirů a 30 vzorků lidských enterovirů se známým sérotypem. Vytvořeny byly také vzorky se dvěma sérotypy v různém poměru. Po amplifikaci cílových částí genomu byly vzorky přečištěny a sekvenovány na přístroji MiSeq, Illumina. Metoda byla dále využita při typizování adenovirů, enterovirů a bakteriofágů v pre-diabetických kohortách DIPP, MIDIA a v kohortě diabetiků z afrických a asijských zemí. Výchozím vzorkem byla RNA/ DNA izolovaná ze vzorku stolice. Prokázali jsme, že metoda dokáže zachytit všechny testované typy virů, včetně vzorků směsných infekcí...
|
|
|
Antivirotické účinky stilbenoidů proti klíšťaty přenášeným patogenům in vivo
MAŠKOVÁ, Hana
This study was focused on antiviral effects of stilbenoids against a virus transmitted by ticks. The cell viability of selected cell line cultures in the presence of various concentrations of stilbenoids was determined using the MTT assay. Similarly, the mixed effect of other known antiviral substances and stilbenoids was studied using the MTT assay. Both the prophylactic effects of stilbenoids on the infected culture cell lines and the effect on viral replication were examined. The viral titres from samples were determined using plaque assay. Some of the experiments were performed also in vivo using laboratory mice.
|
|
|
Vliv pH na iniciaci virové infekce
Vomáčka, Petr ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Šmahelová, Jana (oponent)
Kyselé pH se v organismech vyskytuje buď v intracelulárním, nebo extracelulárním prostředí. V intracelulárním prostředí se kyselým pH vyznačují především buněčné kompartmenty, jako jsou časné a pozdní endosomy nebo lysosomy. V extracelulárním prostředí je pak možné kyselé pH nalézt v hypoxických tkáních nebo ve tkáních, kde probíhá zánět nebo nádorové bujení. Povětšinou se jedná o hodnoty pH v rozmezí přibližně od 5,5 do 6,5. Tato práce se věnuje popisu konformačních změn virových proteinů, které nastávají v důsledku sníženého pH a vedou k uvolnění virových komponent z membránových kompartmentů buňky. Změny pH v organelách endocytických drah stejně jako změny extracelulárního pH ovlivňují významně infekci mnoha virů. Výzkum role pH v průběhu virových může přinést důležité poznatky pro vývoj protivirové a protinádorové léčby. Klíčová slova: virus, konformace, pH, receptor, endocytóza
|
|
|
Malware analysis methods and tools
Kuľha, Róbert ; Luc, Ladislav (vedoucí práce) ; Veber, Jaromír (oponent)
Tato bakalářská práce se zabývá problematikou Malware, tedy škodlivého softwaru na internetu. Teoretická část je rozdělena do několika kapitol, které popisují Malware, jeho rizika a prevenci. V úvodní kapitole se čtenář dozví definici Malware, jeho rozdělení a historii až po současnost. Obsahem další bude předpoklad vývoje a dopad na společnost. V závěru teoretické části budou popsány rizika a hrozby, prevence a ochrana před nimi. Rovněž budou popsány programy sloužící k ochraně proti Malware. Součástí praktické části je analýza chování skutečného malwaru aplikovaného na PC. Zabývá se stavbou, funkcionalitou a životním cyklem malwaru. Smyslem této práce je seznámit čtenáře s nástrahami, které vznikají při neopatrnosti a nedostatečné ochraně během používání internetu. Zároveň se čtenář v praktické části dozví, jak malware funguje, a jak postupovat při jeho odstranění.
|
|
|
Malware a komparace antivirových produktů
Hamouzová, Aneta ; Luc, Ladislav (vedoucí práce) ; Novotný, Jakub (oponent)
Tato bakalářská práce se věnuje problematice možného nebezpečí v internetovém prostředí, konkrétně škodlivému software. Jedná se o různé počítačové viry, červi a trojské koně, které komplexně nazýváme malware. Toto nebezpečí je nutné pozorně sledovat, protože jeho vývoj jde neustále kupředu a každý by měl být s tímto tématem seznámen. Teoretická část práce zahrnuje charakteristiku malwaru - objasnění pojmu a definici. Následující částí je historie, která je popisována od prvotních myšlenek, prvního škodlivého kódu v 70. letech a dalších známých programů. Ta je vedena až do současnosti, kde je převážně soustředěno na dnešní cíle a směr vývoje dalšího malwaru. Navazující část zahrnuje rozdělení malwaru na základní, ostatní speciální druhy a další podobné související formy. Na konci praktické části jsou popisovány preventivní a ochranná opatření, také jak odhalit, a co dělat v případě nákazy počítače. Na tento poslední úsek navazuje praktická část, v níž je analyzována dostupná antivirová ochrana na českém a světovém trhu. Na základě této analýzy je vypracována komparace vybraných bezplatných antivirových programů. Ty jsou porovnávány dle stanovených kritérií jako jsou webové stránky, instalace, použití, uživatelská nastavení, vzhled a odhalování škodlivých kódů. Cílem je stanovit ten nejbezpečnější a uživatelsky nejkomfortnější. Výsledek slouží pro běžné uživatele jako případná opora při výběru antiviru do vlastního počítače.
|
|
|
Znalosti žáků středních škol v oblasti vybraných zoonóz
Svobodová, Barbora ; Pavlasová, Lenka (vedoucí práce) ; Říhová, Dagmar (oponent)
Diplomová práce se zabývá znalostmi žáků středních škol o zoonózách. Zoonózy jsou nemoci přenášené ze zvířete na člověka. Jsou jedním z aktuálních témat v současné biologii. Cílem diplomové práce je nejprve teoretické vymezení problematiky. K testování znalostí byly vybrány tyto čtyři nemoci: toxoplazmóza, lymeská borelióza, vzteklina a Creuzfeldt-Jakobova choroba. U nich je podrobně uveden ucelený soubor informací a to především v oblasti přenosu, šíření patogenu, průběhu onemocnění, léčby a prevence. Výzkumná část zjišťuje rozsah znalostí o vybraných zoonózách u žáků středních škol. Pro výzkum byla použita metoda kvantitativního výzkumu, kterou byl didaktický test. Na základě vyhodnocených výsledků lze říci, že znalosti žáků na zkoumaných školách jsou v oblasti vybraných zoonóz poměrně uspokojivé.
|
|
|
Herpetické viry ryb
Čečetka, Petr ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Herpetické viry napadající ryby jsou jedním z nejrozšířenějších virových patogenů ohrožující současné rybí populace jak ve volné přírodě tak i ty chované. Je jich celá škála od málo nebezpečných po vysoce rizikové, které se nekontrolovatelně rozšířily a způsobily velké ztráty v komerčních chovech a ohrožení volně žijících populací. U většiny z nich můžeme sledovat zvýšenou citlivost na teplotu a stresové faktory, které jsou nejčastěji důvodem opakovaného vypuknutí nákazy. Mezi nejlépe popsané rybí herpesviry patří ty, které napadají sladkovodní ryby. V současné době jsou objevovány další a další herpetické viry, které převážně napadají mořské ryby. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Nonclassical noncovalent interactions in proteins and their importance for design of novel specific viral enzyme inhibitors
Kříž, Kristian ; Lepšík, Martin (vedoucí práce) ; Novotný, Marian (oponent) ; Kabeláč, Martin (oponent)
Nekovalentní interakce jsou zásadní pro fungování biologických systémů. Uplatňují se například při párování bazí DNA nebo při sbalování proteinů. Kromě klasických nekovalentních interakcí jako je např. vodíková vazba jsou v poslední době objevovány i nekovalentní interakce neklasické. Příklad takové interakce může být halogenová vazba, patřící mezi σ-dírové interakce, jejíž znalost se již používá pro optimalizaci a návrh medicínských přípravků. Otázka, kterou se zabývá tato práce, je, zdali také chalkogenová vazba, rovněž σ-dírová interakce, hraje roli při vazbě existujících virových inhibitorů. Dále je také předmětem zájmu, jestli je možné nebo do jaké míry lze tyto existující chalkogenové vazby vylepšit, tj. zvýšit afinitu k virovým proteinům, které váží. Několik komplexů proteinů s ligandy s geometrickým uspořádáním vhodným pro chalkogenovou vazbu bylo nalezeno v PDB (Protein Data Bank) databázi. Pomocí kvantově chemických výpočtů byla zjištěna pro modelové systémy odvozených z těchto krystalových struktur jejich interakční energie a závislost interakční energie na geometrii. Dále jsme sérií substitucí optimalizovali tyto modelové systémy směrem k silnější chalkogenové vazbě. Na základě těchto výsledků považujeme chalkogenovou vazbu za nadějnou neklasickou nekovalentní interakci, která by se...
|
|
|
Acetylace mikrotubulů a jeji role ve virové infekci
Mariničová, Zuzana ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Forman, Martin (oponent)
Recentní poznatky o posttranslačních modifikacích nás nutí uvažovat o mikrotubulech jako o důležitém aspektu regulace buněčných funkcí a signalizace. Nejinak je tomu u té nejprozkoumanější, acetylace α- tubulinu na lysinu 40. Desítky let jsou acetylované mikrotubuly považovány za stabilní, nicméně teprve nedávno byly identifikovány konkrétní tubulin acetyltransferázy a deacetylázy. I když byla popsána důležitá role acetylace při neurodegenerativních onemocněních nebo rakovině, stále si nejsme jisti významem acetylace, jelikož její roli v patogenezi protiřečí výsledky prezentující téměř normální fenotyp mutantů v některém z enzymů acetylace. Acetylace byla také studována v souvislosti s virovou infekcí. Z dostupných poznatků vyplývá, že viry modulují signální dráhy, jejichž součástí jsou i enzymy modulující acetylaci. Po vstupu viru do buňky totiž často dochází ke zvýšení acetylace, její zabránění většinou vede k znemožnění vstupu viru do buňky. Z tohoto důvodu je potřeba se acetylací mikrotubulů a její regulací dále zabývat, bližší pochopení těchto procesů nám umožní vyvinout nová terapeutika nejen proti virové infekci, ale i dalším onemocněním. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Vliv fosforylace na jaderný import virových proteinů a komplexů
Pokorná, Karolína ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Roučová, Kristina (oponent)
Replikace celé řady virů probíhá v jádře hostitelské buňky. Tyto viry objevily způsob jak překonat překážku v podobě jaderného obalu a často doslova přimět buňku, aby zajistila jaderný import jejich proteinů a genomu. Pro mnoho virových proteinů je důležité, aby byl jejich transport do jádra přesně načasován. Díky tomu je zajištěn ideální průběh replikace viru, případně je umožněno, aby protein během životního cyklu viru plnil různé funkce v závislosti na své lokalizaci. Jedním ze způsobů regulace jaderného importu virových proteinu je jejich fosforylace. Fosforylace může jaderný import virových proteinů a komplexů kontrolovat různými způsoby. Například může ovlivnit afinitu virového proteinu k importinům nebo jiným buněčným proteinům, nebo také vyvolat změnu konformace proteinu, která vede k vystavení lokalizační sekvence.
|
host ::
RSS.