|
|
Checkpoint blockade in cancer immunotherapy
Vacková, Julie ; Šmahel, Michal (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent) ; Říhová, Blanka (oponent)
Blokování kontrolních bodů imunitních reakcí je novým terapeutickým přístupem v léčbě nádorů, který značně zvýšil účinnost léčby různých typů nádorů. Avšak podíl pacientů s nádory neodpovídajících na tuto léčbu je vysoký. Zavedení predikčních znaků pro rozlišení pacientů vhodných pro léčbu blokováním kontrolních bodů by mohlo zvýšit počet pacientů, kteří by měli z této léčby užitek. Tato disertační práce je zaměřena na zvýšení účinnosti inhibitorů kontrolních bodů imunitních reakcí (ICIs) a na predikční znaky s využitím experimentálních modelů myších nádorů vyvolaných buněčnými liniemi TC-1 a TC- 1/A9 a jejich klony s deaktivací signalizace interferonu (IFN)-γ (TC-1/dIfngr1 a TC- 1/A9/dIfngr1) nebo molekuly CD80 (TC-1/dCD80-1). IFN-γ je považován za hlavní cytokin zvyšující expresi ligandu programované buněčné smrti 1 (PD-L1) a hlavního histokompatibilního komplexu I (MHC-I). Exprese PD-L1 může předpovídat citlivost k blokování PD-1/PD-L1. Nefunkční signalizace IFN-γ nebo snížená exprese MHC-I u některých pacientů souvisela s rezistencí k ICIs. Zjistili jsme, že IFN I. typu (IFN-α a IFN-β) zvyšují expresi PD-L1 a MHC-I na nádorových buňkách TC-1/A9/dIfngr1 s reverzibilně sníženou expresí obou molekul. Také jsme ukázali, že deaktivace signalizace IFN-γ v buňkách TC-1/A9 nebyla kontraindikací pro...
|
|
|
Generation and analysis of mutant mouse model to study roles of KLKs in cutaneous inflammation
Eliáš, Jan ; Kašpárek, Petr (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent)
Kallikreinové peptidázy (KLKs) jsou podskupinou serinových proteáz se zásadní důležitostí pro řadu funkcí, jejichž dysregulace přispívá k řadě patologických fenotypů. Nethertonův syndrom zaujímá mezi těmito patologiemi zásadní postavení, jelikož deregulace kallikreinových proteáz hraje klíčovou roli, především KLK5, KLK7 a do menší miry také KLK14. V případě této patologie je narušen gen hlavního regulačního proteinu těchto proteáz v kůži, kterým je SPINK5. To vede k nekontrolované hyprreaktivitě těchto proteáz a následnému narušení epidermální bariéry díky nadměrné epidermální deskvamaci a vážnému zánětu kůže. Zánětlivé mechanismy Nethertonova syndromu jsou v tuto chvíli relativně málo objasněné a panuje přesvědčení, že hlavní roli hraje zpracování imunitních molekul pomocí těchto proteáz a dysregulace kožního mikrobiomu. TNFα signalizace hraje klíčovou roli v imunitní odpovědi proti mikrobům a chronické kožní záněty mohou vest k závažným zdravotním stavům, ve kterých je TNFα důležitým komponentem. Abychom adresovali vliv TNFα signalizace v kontextu kallikreinových proteáz a Nethertonova syndromu, tak jsme vytvořili myší model, ve kterém je narušen gen Tnfr1 kódující protein receptor TNFR1 na pozadí již vytvořených modelů Nethertonova syndromu. Úspěšně jsme vytvořili Tnfr1-/- myší model a následně...
|
|
|
Role fúzního proteinu ETV6-RUNX1 v citlivosti leukemických buněk na L-asparaginázu
Staněk, Petr ; Starková, Júlia (vedoucí práce) ; Burjanivová, Tatiana (oponent)
Translokace t(12;21) s přítomností fúzního genu ETV6-RUNX1 (TEL-AML1) je nejčastější chromozomová aberace nacházená u akutní lymfoidní leukemie v dětském věku. Výskyt ETV6- RUNX1 se pojí s výborným výhledem a vysokou citlivostí na léčbu enzymem L-asparaginázou (ASNázou), která deaminuje aminokyseliny glutamin a asparagin. Rezistence na toto léčivo zhoršuje prognózu a zvyšuje riziko selhání léčby, proto se pracovní skupina CLIP věnuje určení mechanismu účinku ASNázy a příčin vzniku rezistence. Tato práce na dřívější poznatky skupiny navazuje a věnuje se analýze významu fúzního proteinu a signalizačním a metabolickým změnám doprovázející posuny v citlivosti leukemických buněk na L-asparaginázu. V první části práce se vytvořením posunu čtecího rámce ve fúzním genu pomocí systému CRISPR/Cas9 podařilo vytvořit knockoutní buněčné klony se stabilně zvýšenou rezistencí vůči ASNáze. Úspěšnou mutageneze a odstranění fúzního proteinu byla ověřena na úrovni DNA, mRNA a proteinu a analýzou SNP byla vyloučena přítomnost jiných závažných aberací ovlivňujících citlivost k chemoterapeutiku. Ve druhé části práce jsem se zabýval pozorování signalizační reakce vyvolané přítomností ASNázy, zejména v souvislosti se signalizačním komplexem mTORC1, a dále odlišných aspektů této reakce mezi původními liniemi REH a klony...
|
|
|
The tumor immune microenvironment and its crosstalk with kallikrein-related peptidases in mammary carcinoma of a mouse model
Šlaufová, Marta ; Kašpárek, Petr (vedoucí práce) ; Brábek, Jan (oponent)
(CZ) Celosvětově je nejběžnějším typem rakoviny je rakovina prsu, jež je současně spojena s vysokou smrtností. Nalezení vhodných prognostických ukazatelů je důležitým aspektem pro bližší určení, o jaký typ rakoviny prsu se jedná a jaký průběh onemocnění lze u pacienta očekávat. Je známo, že kalikreinové proteázy jsou při rakovině prsu dysregulovány, a proto se spekuluje o jejich využití jako prognostických ukazatelů. Jejich schopnost ovlivňovat imunitní odpovědi včetně té protinádorové je též diskutována. Tento diplomový projekt využívá technologie CRISPR-Cas (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) ke genetické editaci myší buněčné linie rakoviny prsu E0771. Geneticky modifikované linie E0771 jsou v projektu využívány ke studiu vzájemných interakcí mezi nádorovým mikroprostředím a kalikreinovými proteázami (KLK5, KLK7, KLK14) v C57Bl/6 myším modelu karcinomu mléčné žlázy. Diplomová práce přináší výsledky analýzy první části "in vivo" experimentů využívajících vytvořené geneticky modifikované buněčné linie v kombinaci se zavedenými myšími modely nesoucími mutace v genech pro zmíněné kalikreinové proteázy. Z předběžných výsledků tohoto diplomového projektu vyplývá, že zmíněné kalikreinové proteázy hrají roli při vývoji rakoviny prsu v použitém myším modelu a výsledky poukazují na...
|
|
|
Preparation of nanoparticles for hepatitis B viral therapy
Kružíková, Zuzana ; Grantz Šašková, Klára (vedoucí práce) ; Žáčková Suchanová, Jiřina (oponent)
Virus hepatitidy B (HBV) je v současné době cílem zájmů na poli základního i farmaceutického výzkumu. Účinná vakcína proti HBV byla vyvinuta již v roce 1982, přesto je však světová prevalence tohoto onemocnění stále vysoká. Chronická infekce HBV může vést k významnému poškození jater a postupně až ke vzniku hepatocelulárního karcinomu. Pro chronickou infekci ovšem stále neexistuje vhodná léčba, jelikož virový genom zůstává v jádře infikovaného hepatocytu ukryt imunitnímu systému ale i antivirovým léčivům. Jedna z nových strategií pro léčbu HBV předpokládá, že virová cccDNA by mohla být zničena pomocí nástrojů genové editace jako je CRISPR/Cas9 systém. Aby mohl být tento systém pro genovou editaci uveden do klinické praxe, CRISPR/Cas9 musí být specificky dopraven do cílových buněk, aby se minimalizovalo riziko štěpení DNA mimo cílené sekvence. Tato diplomové práce se zabývá zaprvé návrhem nových sgRNA mířených proti cccDNA viru hepatitidy B a testování jejich účinnosti a zadruhé tato práce popisuje modulární lipidové nanočástice vyvinuté speciálně pro dopravu CRISPR/Cas9 ve formě RNA. Klíčová slova: virus hepatitidy B, CRISPR/Cas9, editace genů, lipidové nanočástice, dopravování mRNA, cílené dopravování
|
|
|
CRISPR/Cas9 editing of leukemic B-cells: searching for microRNA-155 targets involved in the process of leukemogenesis
Sypecká, Markéta ; Savvulidi Vargová, Karina (vedoucí práce) ; Mráz, Marek (oponent)
Markéta Sypecká Editace leukemických B-buněk pomocí CRISPR/Cas9: hledání cílů miR-155 účastnících se procesu leukemogeneze Úvod: Chronická lymfocytární leukémie (chronická lymfoidní leukémie, CLL) je monoklonální porucha charakterizovaná postupnou akumulací funkčně nekompetentních lymfocytů. CLL je nejběžnější formou leukémie u dospělých v západních zemích. Průběh onemocnění se může lišit: někteří pacienti umírají rychle, během 2-3 let od diagnózy, kvůli komplikacím z CLL, ale většina pacientů žije 5-10 let. Každá fáze tohoto onemocnění má však významně vyšší hladinu miR-155, která je známá jako oncomiR. Mikro RNA představují negativní regulátory genové exprese. MiR-155 ovlivňuje geny, které se účastní leukemogeneze a buněčného cyklu. A je známo, že miR-155 potlačuje své cíle. Předpokládali jsme, že úpravou genů CLL B - buněk odblokujeme cíle miR-155 a zjistíme korelaci mezi těmito cíli (známými a neznámými) s leukemogenezí CLL. Metoda, kterou používáme pro editaci genů, je CRISPR / Cas9, která umožňuje odstranit sekvenci zralého miR-155 v genomu leukemických B-buněk. Metody: CRISPR/Cas9, nukleofekce, qRT-PCR, FACS Výsledky: Podařilo se nám izolovat klon, který nese jednu alelickou deleci (miR-155 - / +) v sekvenci pro zralou miRNA-155; určete změny exprese v sadě validovaných cílů miRNA-155 v...
|
|
|
Funkční charakterizace proteinů rodiny Alba u huseníčku rolního
Kočová, Helena ; Honys, David (vedoucí práce) ; Fischer, Lukáš (oponent)
(česky) Proteiny rodiny Alba byly identifikovány u Archaea a eukaryot a jsou řazeny mezi jedny z nejstarších a nejkonzervovanějších proteinů vázajících nukleové kyseliny (DNA i RNA). Jejich vazebné preference a role se u jednotlivých vývojových skupin velmi různí. Zatímco u skupiny Crenarchaea se jedná o chromatinové proteiny, u Euryarchaea a eukaryot se předpokládá jejich role v metabolismu RNA. Proteiny ALBA jsou dobře charakterizovány u člověka, kde tvoří součást komplexu RNAsy P/MRP a u jednobuněčných parazitů, např. Plasmodium či Trypanosoma, kde se podílejí na regulaci životního cyklu. Z rostlinného světa je však poznatků prozatím málo. Cílem této práce je přispět k pochopení role proteinů ALBA u modelové rostliny huseníčku rolního (Arabidopsis thaliana). Vzhledem k minimálnímu vlivu na vývoj a reprodukci rostlin při vyřazení jednotlivých genů metodou CRISPR/Cas9 a vysoké sekvenční podobnosti homologů u A. thaliana, lze předpokládat jejich funkční zastupitelnost. Z tohoto důvodu byl stejnou metodou vytvořen trojnásobný mutant, u kterého bylo pozorováno zpoždění nástupu kvetení o několik dní. Tvorba dimerů proteinů ALBA již byla potvrzena u mnohých studovaných organismů. V této práci byla pro stanovení těchto interakcí použita metoda BiFC. Analýza získaných dat ve většině případů naznačuje...
|
|
|
Příprava a charakterizace buněčných modelů lysosomálních dědičných onemocnění - mukopolysacharidos
Presová, Gabriela ; Dobrovolný, Robert (vedoucí práce) ; Dvořáková, Lenka (oponent)
Mukopolysacharidosy jsou skupinou nemocí, které patří mezi lysosomální střádavá onemocnění. Jedná se o vzácné monogenní multisystémové poruchy, jejichž společným znakem je mutace genu, která vede k deficitu lysosomálního enzymu účastnícího se degradace glykosaminoglykanů. Nedegradované glykosaminoglykany se pak akumulují v tkáních a orgánech, kde způsobují progresivní poškození. U většiny mukopolysacharidos není dostupný účinný způsob léčby, navíc je jejich výzkum komplikován nízkým výskytem v populaci a typem postihovaných tkání. Zvířecí modely těchto lidských onemocnění se využívají pro studium účinnosti nových terapeutických přístupů, mají však řadu omezení především kvůli mezidruhovým rozdílům v patogenezi a katabolických drahách akumulovaných substrátů, proto jsou v mnoha ohledech zastupovány lidskými buněčnými modely. V této práci je popsán vývoj buněčných modelů čtyř typů mukopolysacharidos (MPS IIID, MPS IVA, MPS IVB, MPS VI). Inaktivace genů souvisejících s těmito onemocněními (GNS, GALNS, GLB1, ARSB) bylo dosaženo technologií CRISPR/Cas9, při které jsou plasmidy obsahující specifické inserty dopraveny elektroporací do lidských indukovaných pluripotentních kmenových buněk (iPSC). Izolované klony představující iPSC modely zmíněných onemocnění byly charakterizovány Sangerovou sekvenační...
|
|
|
Nanočástice pro přenos genové terapie
Dvořáková, Nikola ; Ellederová, Zdeňka (vedoucí práce) ; Šálek, Petr (oponent)
Genová editace pomocí CRISPR/Cas9 systému je jedna z možností, která udává nový směr v rozvoji genové terapie. Nejčastěji využívaným prostředkem pro přenos DNA do buněk jsou viry, které však nedokáží často pojmout CRISPR/Cas9 systém, velký až několik kb. Nanočástice (NPs) jako nevirové přenašeče se jeví jako možný prostředek, jak tento systém do buňky přenést. Pro tuto práci byly vybrány magnetické Fe3O4 NPs (MNPs) kvůli jejich skvělým vlastnostem jako je multifunkčnost, biokompatibilita, snadná odbouratelnost a jednoduchá syntéza. Cílem práce bylo vytvořit MNPs a komplex MNPs obalených PEI/CRISPR-Cas9 plazmidem a následně je charakterizovat pomocí fyzikálně chemických metod. Vytvořenému komplexu MNPs/PEI/CRISPR-Cas9 byly definovány přesné parametry, které byly určeny jako vhodné pro možné pohlcení buňkou. Byla ověřena také hypotéza stabilizace komplexu MNPs/CRISPR-Cas9 plazmidu po přidání polyethyleniminu (PEI), který dokáže taktéž plazmidovou DNA ochránit i před restrikčními endonukleázami. Následně mohla být komplexem MNPs/PEI/CRISPR-Cas9 transfekována stabilní modifikovaná buněčná linie HEK293-TLR3, určená pro možné pozorování oprav dvouřetězcových zlomů (DSB) pomocí nehomologního připojení konců (NHEJ) nebo homologní rekombinace (HR). Výsledky ukazují efektivitu transfekce 13 % a pro NHEJ 5 %...
|
|
|
Transdiferenciace somatických buněk do hepatocytů a klinicky relevatní editace genu Tight junction protein 2
Fryntová, Lucie ; Janečková, Lucie (vedoucí práce) ; Krylov, Vladimír (oponent)
Transdiferenciace v buňce indukuje strukturní přestavby chromatinu a epigenetické změny, které ovlivňují spektrum genové exprese a způsobují celkovou remodelaci buňky. Během transdiferenciace dochází k přímé konverzi určité zralé linie somatických buněk na zralou buněčnou linii jiného typu, napříč jednotlivými zárodečnými vrstvami. Diplomová práce byla zaměřena na transdiferenciaci mezenchymálních buněk - myších embryonálních fibroblastů na endodermální buňky - hepatocyty in vitro s použitím kombinace transkripčních faktorů Hnf4α a Foxa1. Mapování přeměny fibroblastů bylo zahájeno bezprostředně po vyvolání konverze a definitivní vznik tkáňové kultury indukovaných hepatocytů byl potvrzen morfologickými a funkčními testy. Myší indukované hepatocyty nasledně sloužily pro modelaci lidského jaterního onemocnění, ilustrujícího anamnézu pacienta z Institutu klinické a experimentální medicíny v Praze, u kterého nebyla možná imunohistochemická detekce proteinu z jater. Pro genetickou editaci indukovaných hepatocytů byla použita technologie CRIPSR/Cas9, při které byl nukleázou Cas9 a navigující gRNA (guide RNA) vytvořen dvouvláknový zlom v genu Tight junction proteinu 2, a následnou syntézou komplementárního řetězce podle DNA templátu byla vyvolána bodová mutace, měnící triplet aminokyseliny v cílovém...
|
host ::
RSS.