|
|
Analýza inverzních repetic v genomu lidských patogenů
Hanzlíková, Anna ; Nováčková, Ivana (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Patogeny jsou organismy, které jsou příčinou různých onemocnění hostitele. Patří zde: priony, viry, bakterie, houby, prvoci a živočichové. Tato bakalářská práce je zaměřená konkrétně na viry, způsobující lidská onemocnění jako jsou závažné respirační syndromy, onemocnění jater či rakovina děložního čípku. Cílem této bakalářské práce bylo pomocí webové aplikace Palindrome analyser charakterizovat přítomnost a umístění inverzních repetic v genomech organismů, které jsou patogenní pro lidský organismus. Byly vybrány 4 viry, z nichž dva jsou ze skupiny DNA virů a dva ze skupiny RNA virů. S ohledem na propuknutí pandemie na začátku roku 2020, kterou způsobil virus SARS-CoV-2, je v této bakalářské práci zařazen. Z RNA virů byly tedy vybrány: SARS-CoV a SARS-CoV-2. Z DNA virů byly vybrány: virus Hepatitis B a lidský papilomavirus. Sekvence virových genomů byly získány z databáze NCBI (National Center for Biotechnology). Poté byly pomocí programu Palindrome analyser, který je dostupný online, analyzovány všechny čtyři viry na přítomnost inverzních repetic, jejich polohu a velikost. Největším genomem byl SARS-CoV-2 s velikostí 29 903 bp, který měl zároveň nejvíce inverzních repetic.
|
|
|
Helikáza DHX9 a její role ve virových infekcích
Kertisová, Anna ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Saláková, Martina (oponent)
Helikázy jsou proteiny, které zajišťují odvíjení vláken víceřetězcových konformací nukleových kyselin. DHX9 je zástupcem helikáz s DExD/H motivem. Jako substrát rozeznává molekuly RNA, DNA a hybridní struktury. V jádře eukaryotických buněk se DHX9 účastní vytváření replikační vidličky či působí v komplexu transkripčních faktorů a propojuje jiné proteiny s RNA polymerázou II. Následně DHX9 reguluje posttranskripční úpravy RNA. Po přechodu do cytoplasmy napomáhá správnému průběhu translace strukturovaných mRNA. Vzhledem k tomu, že se DHX9 účastní procesů spojených s nukleovými kyselinami, je zkoumána její úloha v životním cyklu virů. Zároveň je součástí antivirových signalizačních drah buňky. DHX9 poskytuje výhodu RNA virům a retrovirům v jejich replikačním cyklu různými způsoby. Signifikantní je vazba DHX9 na sekundární struktury virových RNA a jejich případná remodelace, která vede k podpoře virové replikace, transkripce i translace. Oproti tomu DNA viry využívají DHX9 k regulaci hostitelské exprese a minimalizaci její antivirové funkce. Pochopení vztahů hostitelských proteinů a virů může vést do budoucna k efektivnějšímu cílení terapeutických preparátů proti virovým infekcím. Klíčová slova: helikázy, DExD/H-box motiv, DHX9, viry, životní cyklus viru
|
|
|
Viry ve výuce biologie na vyšším stupni gymnázia (ISCED 3A)
Blahnová, Anežka ; Pavlasová, Lenka (vedoucí práce) ; Hlaváčová, Lucie (oponent)
1 Abstrakt Diplomová práce se zabývá výukou tématu Viry na vyšším stupni gymnázií. V teoretické části se věnuje zařazení tématu v průběhu vyučování, analyzuje dostupné učebnice a jiné učební materiály, věnuje se z teoretické strany aktivizačním metodám, a navrhuje výukové jednotky. Ve výukových jednotkách využívá především metody aktivizační a cílící na kritické myšlení. V praktické části navržené výukové jednotky ověřuje ve výuce, a hodnotí jejich úspěšnost z hlediska míry zapamatování učiva žáky.
|
|
|
Bakteriální a virová onemocnění - projekt pro 2. stupeň základních škol
Krupičková, Markéta ; Hlaváčová, Lucie (vedoucí práce) ; Pavlasová, Lenka (oponent)
Tato diplomová práce si klade za cíl vytvořit návrh projektu na téma Virová a bakteriální onemocnění, který je určen pro výuku přírodopisu na 2. stupni základních škol, popřípadě biologie na odpovídajícím stupni víceletých gymnázií. Dynamicky vyvíjející se společenské potřeby kladou nároky nejen na předávání vědomostí, ale i na rozvoj dovedností, schopností a pěstování hodnotového zázemí žáků. Jednou z metod, která skýtá potenciál ke komplexnímu rozvoji širokého spektra klíčových kompetencí a umožňující následné uplatnění žáků ve společnosti, je právě projektové vyučování. Teoretická část této práce představí historii projektového vyučování a zaměří se na pozitiva i negativa tohoto typu výuky, ale i na způsoby přípravy a hodnocení projektů. Součástí je také charakteristika soudobého vzdělávacího systému a základní popis vybraných virových a bakteriálních onemocnění. Praktická část se zaměřuje především na naplnění hlavního cíle práce, a to na návrh projektu na téma Virová a bakteriální onemocnění. Navrhovaný projekt vychází z požadavků rámcových vzdělávacích programů a klíčových kompetencí, které si žáci mají osvojit. Základní náplní projektu je simulace situací z reálného života - žáci se vcítí do role pacienta, lékaře, zaměstnance laboratoře či pracovníka hygienické stanice. V projektu je kladen...
|
|
|
Critical factors affecting pathogen development in sand flies
Jančářová, Magdaléna
Tato práce se zabývá bariérami a kritickými faktory při vývoji virů, leishmanií a gregarin během vývoje ve flebotomovi. Nejdříve jsme se zaměřili na vývojový cyklus virů přenášených flebotomy, jelikož dodnes není jasné, jak tyto viry dokážou kolovat v přírodě. Pro studium této problematiky jsme si zvolili Massilia virus (MASV), který je blízce příbuzný Toscana viru, hlavnímu původci meningitidy v Mediteránu během letních měsíců. Zkoušeli jsme různé způsoby nákazy Massilia virem u různých vývojových stádií flebotoma druhu Phlebotomus pernicisous a to infekci: (i) prvního a čtvrtého larválního instaru z larvální potravy, (ii) samic krví a (iii) obou pohlaví cukrem. Infekce larev z potravy a následný transstadiální přenos MASV na dospělce byl neefektivní; celkem se z larev vyvinulo 875 dospělců a pouze tři z nich byli MASV pozitivní. Po nákaze samic z krve jsme sice na počátku získali vysoké procento infikovaných jedinců, nicméně po defekaci došlo k eliminaci infekce a počet infikovaných samic poklesl na 5 z 27. Jako nejúčinnější způsob infekce MASV jsme prokázali nákazu z cukru; 72 % samic (88 ze 122) a 51 % samců (58 ze 113) bylo MASV pozitivní. Navíc, takto infikovaní flebotomové kontaminovali virem cukr, který díky tomu sloužil jako zdroj nákazy pro naivní jedince během následujících 24 hodin;...
|
|
|
Metodika detekce patogenů přenášených klíšťaty a statistika jejich výskytu v ČR
BROŽKOVÁ, Zdeňka
Bakalářská práce se zabývá patogeny přenášenými klíšťaty a klíšťaty samotnými. Obecně se zaměřuje na druh klíšťat jako takových, kterými jsou lidé ohroženi z důvodu přenosu nákazy. Práce je rozdělena na tři části, kdy cílem teoretické části je poukázat, že borelióza a klíšťová encefalitida nejsou jedinými onemocněními, jež populaci ohrožují. Infekční onemocnění jsou zde rozdělena na bakteriální, virové a protozoární. Důležitou součástí bakalářské práce je praktická část, která zahrnovala použití metody, jíž se patogeny stanovují. Při praktické části jsem detekovala patogeny v klíšťatech pomocí PCR a RT-PCR. Třetí část se zabývá statistickými údaji, kde byly porovnány výsledky testů z let 2008-2018. Porovnala jsem výsledky za 10 let testování a zároveň výsledky všech typů onemocnění. Statistické údaje laboratoře byly poté porovnány s hlášenými výsledky infekčních onemocnění ze Státního zdravotního ústavu.
|
|
|
Ochrana obyvatelstva a biologické zbraně
TUREČKOVÁ, Lucie
Bakalářská práce nabízí náhled do problematiky biologických zbraní. Rozděluje se na více částí. V teoretické části je popsána obecná charakteristika biologických zbraní. Dále je stručně sepsána historie vývoje biologických zbraní, zmíněny jsou důležité mezníky v této oblasti, například vývin vakcíny. Na historii navazuje popis jednotlivých biologických agens, do popisu je zahrnuta charakteristika biologického agens, účinky na organismus a zařazení do skupiny. Dále je v práci popsán způsob šíření biologických agens a cesty vstupu biologických agens do organismu. Další kapitola této práce je věnována mezinárodní i české legislativě upravující používání biologických zbraní. Poslední kapitoly práce jsou věnovány ochraně před biologickými agens, dekontaminaci a detekci a identifikaci biologických agens. Další část, tedy empirická, definuje metody a cíle vlastního výzkumu a výsledky, které jsou kvůli přehlednosti graficky zpracované. Následně jsou výsledky popsány v diskuzi. Hlavním cílem práce bylo zjistit, zda mají studenti Střední odborné školy ekonomické a Středního odborného učiliště Kaplice dostatečné znalosti v oblasti biologických zbraní. Součástí tohoto cíle bylo také odpovědět na výzkumné otázky: Jaké jsou znalosti ochrany obyvatelstva v oblasti biologických zbraní a připravenost na útok biologickými zbraněmi u studentů Střední odborné školy ekonomické a Středního odborného učiliště Kaplice? Dosahují znalosti v ochraně obyvatelstva v oblasti biologických zbraní odpovídající úrovně? K zajištění těchto informací bylo využito dotazníkového šetření. Celkem se dotazníkového šetření zúčastnilo 81 studentů. Výzkum odhalil, že znalosti studentů v oblasti biologických zbraní jsou na nízké úrovni, konkrétně v oblasti ochrany před útokem biologickými zbraněmi a v oblasti biologické. Nízké znalosti byly i v oblasti základní charakteristiky biologických zbraní, kde jsou zařazeny i doplňující otázky, například co znamená pojem epidemie. Proto bylo navrhnuto opatření, které může znalosti v této oblasti prohloubit.
|
|
|
Critical factors affecting pathogen development in sand flies
Jančářová, Magdaléna ; Volf, Petr (vedoucí práce) ; Ratinier, Maxime (oponent) ; Bilej, Martin (oponent)
Tato práce se zabývá bariérami a kritickými faktory při vývoji virů, leishmanií a gregarin během vývoje ve flebotomovi. Nejdříve jsme se zaměřili na vývojový cyklus virů přenášených flebotomy, jelikož dodnes není jasné, jak tyto viry dokážou kolovat v přírodě. Pro studium této problematiky jsme si zvolili Massilia virus (MASV), který je blízce příbuzný Toscana viru, hlavnímu původci meningitidy v Mediteránu během letních měsíců. Zkoušeli jsme různé způsoby nákazy Massilia virem u různých vývojových stádií flebotoma druhu Phlebotomus pernicisous a to infekci: (i) prvního a čtvrtého larválního instaru z larvální potravy, (ii) samic krví a (iii) obou pohlaví cukrem. Infekce larev z potravy a následný transstadiální přenos MASV na dospělce byl neefektivní; celkem se z larev vyvinulo 875 dospělců a pouze tři z nich byli MASV pozitivní. Po nákaze samic z krve jsme sice na počátku získali vysoké procento infikovaných jedinců, nicméně po defekaci došlo k eliminaci infekce a počet infikovaných samic poklesl na 5 z 27. Jako nejúčinnější způsob infekce MASV jsme prokázali nákazu z cukru; 72 % samic (88 ze 122) a 51 % samců (58 ze 113) bylo MASV pozitivní. Navíc, takto infikovaní flebotomové kontaminovali virem cukr, který díky tomu sloužil jako zdroj nákazy pro naivní jedince během následujících 24 hodin;...
|
|
|
Metodika detekce virů obilnin a trav pomocí SYBR Green I RT-qPCR
Jarošová, Jana ; Dráb, Tomáš ; Beoni, Eva ; Kumar, Jiban
Čeleď Poaceae je zemědělsky nejdůležitější čeledí rostlin na světě. Čeleď Poaceae je také hostitelem mnoha patogenů včetně více než sta známých druhů virů. Rozložení výskytu jednotlivých druhů virů se liší v závislosti na hostitelích, zeměpisných a jiných podmínkách. Tato metodika poskytuje popis způsobu detekce devíti virů obilnin a trav: virus mozaiky sveřepu (BMV), virus žluté zakrslosti ječmene (BYDV), latentní virus jílku (LoLV), virus nekrotické mozaiky ovsa (ONMV), virus mozaiky jílku (RgMV), půdou přenosný virus mozaiky obilnin (SBCMV), virus skvrnitosti spartiny (SpMV), virus zakrsalosti pšenice (WDV), a virus čárkovité mozaiky pšenice (WSMV) pomocí metody SYBR Green I RT-qPCR.
Plný text:  PDF
|
|
|
Netopýři jako významný rezervoár patogenních virů.
FRANKOVÁ, Martina
This thesis is about bats as reservoirs of viruses with zoonotic potential. It describes the outbreaks of the diseases caused by bats, the ways how the bats get infected and the spreading of the viruses in the bat´s body. It also portrays how the bats transmit the viruses and which viruses they carry. Further it describes the methods of the research of bats and viruses they carry.
|
host ::
RSS.