|
|
Structural studies of LEDGF/p75 interactions
Těšina, Petr ; Maloy Řezáčová, Pavlína (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent) ; Spiwok, Vojtěch (oponent)
4 ABSTRAKT Protein LEDGF/p75 je lidský transkripční koaktivátor, který je asociován s epigenetickými modifikacemi transkripčně aktivního chromatinu. Je také nezbytný v procesu integrace HIV do genomu hostitelské buňky a v leukemogenezi způsobené fúzními produkty genu kódujícího protein MLL1. Interakce proteinu LEDGF/p75 s HIV integrázou a komplexem MLL1-menin jsou považovány za potenciální cíl terapeutického zásahu. Interakce proteinu LEDGF/p75 s HIV integrázou i MLL1 jsou zprostředkovány tzv. integrázu vážící doménou (IBD - integrase binding domain). Zatímco patofyziologické interakce IBD LEDGF/p75 byly intenzivně studovány, těm fyziologickým byla věnována malá pozornost. Mimo HIV integrázy a MLL1 interaguje LEDGF/p75 skrze IBD také s proteiny JPO2, PogZ, ASK a MLL2. Jelikož se interakce IBD s HIV integrázou stala cílem pro vývoj inhibitorů, bylo nutné získat informace o ostatních interakcích této domény. Jen díky detailní charakterizaci všech interakcí IBD je možné zajistit specifické cílení vyvíjených inhibitorů. Proteinový komplex IBD-MLL1-menin byl již dříve strukturně charakterizován, ale pouze částečně. Pomocí NMR spektroskopie se nám podařilo zmapovat novou interakční oblast komplexu IBD-MLL1. Toto navazující interakční rozhraní je schopné zajistit interakci IBD s MLL1 i bez přítomnosti meninu,...
|
|
|
Příprava a charakterizace neutrální trehalasy pro strukturní studie
Šmídová, Aneta ; Obšilová, Veronika (vedoucí práce) ; Jiráček, Jiří (oponent)
Předkládaná diplomová práce je součástí projektu, jehož cílem je vyřešení struktury trehalasové domény neutrální trehalasy Nth1 pocházející ze Saccharomyces cerevisiae. Hlavním cílem této diplomové práce je příprava nových konstruktů kvasničné Nth1 a optimalizace jejich purifikačních protokolů, dále pak výběr nejvhodnějšího pufru pro hledání krystalografických podmínek pomocí metody diferenční skenovací fluorimetrie (DSF) a následná krystalizace připraveného proteinu. Další částí diplomové práce je stanovení enzymové aktivity Nth1 WT a jejích mutantních forem za přítomnosti proteinu Bmh1, dále pak ověření vazby trehalosy na vybrané konstrukty Nth1 pomocí DSF a mikrotermoforézy (MST) a následná krystalizace s trehalosou. Neutrální trehalasa se řadí mezi vysoce konzervované trehalasy, které byly objeveny v široké škále organismů. Tyto enzymy patří do třídy hydrolas, podskupiny glykosidas, hydrolyticky štěpí molekulu trehalosy na dvě molekuly glukosy. Trehalosa je přirozeně se vyskytující neredukující disacharid, který slouží v buňkách kvasinek jako zdroj uhlíku a energie a dále jako ochrana před stresy jako je např. tepelný šok. Hydrolýza trehalosy je životně důležitá pro létavý hmyz, neboť je přítomná jako hlavní cukerná složka hemolymfy hmyzu, proto inhibitory trehalas mohou být využity jako...
|
|
|
Strukturní biologie komplexu potkaních NK buněčných receptorů NKR-P1B a Clrb
Dvorská, Anna ; Vaněk, Ondřej (vedoucí práce) ; Ingr, Marek (oponent)
NK buňky mají důležitou roli v nespecifické imunitě organismů. Jejich schopností je rozpo- znat a zabít nádorové a virově infikované buňky bez předchozí senzitizace antigenem. Jejich funkce je usměrňována množstvím stimulačních a inhibičních receptorů interagujících s li- gandy na cílové - nádorové či infikované buňce. Tato práce se zabývá přípravou a studiem komplexu potkaního NK buněčného inhibičního receptoru NKR-P1B ("natural killer cell re- ceptor - protein 1B") a jeho ligandu Clrb ("C-type lectin-related ligand b"). Clrb spouští inhibici NKR-P1B, což znamená, že pokud buňka exprimuje Clrb, nebude zničena. Při in- fekci potkaním cytomegalovirem ztrácí buňka ze svého povrchu Clrb a není tedy zabráněno jejímu zničení. Buňky infikované tímto virem se brání zničení pomocí exprese virového genu C-lektinového typu RCTL, jenž je homologem Clrb. Pro rekombinantní přípravu rozpustné formy těchto dvou receptorů potkaních NK bu- něk byla použita tranzientní transfekce linie lidských embryonálních ledvinných buněk 293 s jednoduchou glykosylací (HEK293S GnTI− ). Nativní formy receptorů - disulfidicky vázané homodimery - byly připraveny jako fúzní konstrukty s IgG Fc (s pomocí vektoru pYD5), které po odštěpení TEV proteasou poskytují čistě dimerní formu extracelulární části re- ceptorů bez jakékoliv afinitní...
|
|
|
Produkce myšího NK buněčného receptoru NKR-P1C a hledání jeho ligandu
Pucholtová, Helena ; Vaněk, Ondřej (vedoucí práce) ; Černá, Věra (oponent)
Přirození zabíječi neboli NK buňky jsou buňky imunitního systému, zprostředkovávající vrozenou imunitu proti patogenům a nádorům, aniž by musely být předem vystaveny antigenu. Zastávají tak okamžitou protivirovou obranu již během počáteční fáze, tedy před zahájením tvorby protilátek a před vývojem specifických cytotoxických T-lymfocytů. Na svém povrchu mají NK buňky širokou škálu inhibičních a aktivačních receptorů, jejichž významnou rodinou jsou receptory podobné lektinům C - typu, z nichž byla první objevena právě rodina NKR-P1 ("natural killer cell receptor - protein 1"). Tato práce se zabývá přípravou/studiem myšího NK buněčného aktivačního receptoru NKR-P1C a hledáním jeho vazebného partnera. Rozpustná forma proteinu NKR-P1C byla připravena rekombinantní expresí pomocí tranzientní transfekce buněčné linie HEK293 (human embryonic kidney 293) s divokou, či jednoduchou glykosylací jako IgG-Fc fúzní protein, z nějž bylo možné po afinitní purifikaci, štěpení TEV proteasou a následnou HPLC chromatografií získat čistý dimer NKR-P1C. Dimernní forma proteinu byla následně využita na strukturní studium pomocí krystalizačních pokusů. Na fúzní protein byl navázán protein A značený fluorescenční sondou DyLight 488. Tímto komplexem byly značeny myší tkáně a buněčné linie za účelem hledání ligandu.
|
|
| |
|
|
Strukturní studie vybraných markerů lidské leukémie.
Pospíšilová, Klára ; Jílek, Petr (vedoucí práce) ; Skálová, Lenka (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biologických a lékařských věd Studijní obor: zbioanalytická chemie Kandidát: Klára Pospíšilová Vedoucí bakalářské práce: PharmDr. P. Jílek, CSc. Konzultant: RNDr. Pavlína Řezáčová, Ph.D., Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i. Název bakalářské práce: Strukturní studie vybraných markerů lidské leukemie Abstrakt: Stanovení imunofenotypu leukemických buněk je důležitá součást diagnostiky leukemií. Metoda průtokové cytometrie využívá k detekci imunofenotypu monoklonální protilátky, které reagují s antigenem exprimovaným buňkou. Antigen CD44 je jedním z řady CD znaků, které jsou v imunofenotypizaci leukemií používány. Strukturní studie antigenu CD44 a jeho ligandu, hyaluronátu, přinášejí nové poznatky o architektuře vazebného místa, což přináší možnost vytvořit strategie na ovlivnění vazby a tím i možnost terapeutických zásahů.
|
|
|
Structure and function of C-type lectin NK cell receptors studied by recombinant expression and protein crystallography
Vaněk, Ondřej
Katedra biochemie, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Karlova v Praze 2010 Struktura a funkce C-lektinových receptorů NK buněk studovaná pomocí rekombinantní exprese a proteinové krystalografie Abstrakt dizertační práce Ondřej Vaněk Školitel: Prof. RNDr. Karel Bezouška, DSc. NK buňky (přirození zabíječi) byly popsány pro jejich schopnost spontánně zabíjet určité allogenní nádorové linie, a to bez jakékoliv předchozí senzitizace. NK buňky jsou součástí neadaptivní imunitní odpovědi s velmi krátkou reakční dobou vůči patogenům, jakými jsou například viry, intracelulární bakterie a parazité. Jsou také zodpovědné za eliminaci některých rakovinných buněk a mohou tak bránit rozvoji nádorové transformace a bojovat proti rozšiřování metastáz. Aktivita NK buněk je regulována pomocí rovnováhy mezi aktivačními a inhibičními signály zprostředkovanými povrchovými receptory NK buněk. Ze strukturního hlediska může být většina NK buněčných povrchových receptorů klasifikována jako C- lektinové nebo imunoglobulinové receptory. Jednou z mnoha podskupin C-lektinů jsou i lymfocytární receptory II. typu, které jsou exprimovány na NK buňkách. Předkládaná práce měla dva hlavní cíle. Prvním bylo nalezení vhodných expresních a purifikačních systémů pro vybrané C-lektinové receptory NK buněk a druhým pak provést jejich biochemickou a...
|
|
|
Structure and function of C-type lectin NK cell receptors studied by recombinant expression and protein crystallography
Vaněk, Ondřej ; Bezouška, Karel (vedoucí práce) ; Hrabal, Richard (oponent) ; Bařinka, Cyril (oponent)
Katedra biochemie, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Karlova v Praze 2010 Struktura a funkce C-lektinových receptorů NK buněk studovaná pomocí rekombinantní exprese a proteinové krystalografie Abstrakt dizertační práce Ondřej Vaněk Školitel: Prof. RNDr. Karel Bezouška, DSc. NK buňky (přirození zabíječi) byly popsány pro jejich schopnost spontánně zabíjet určité allogenní nádorové linie, a to bez jakékoliv předchozí senzitizace. NK buňky jsou součástí neadaptivní imunitní odpovědi s velmi krátkou reakční dobou vůči patogenům, jakými jsou například viry, intracelulární bakterie a parazité. Jsou také zodpovědné za eliminaci některých rakovinných buněk a mohou tak bránit rozvoji nádorové transformace a bojovat proti rozšiřování metastáz. Aktivita NK buněk je regulována pomocí rovnováhy mezi aktivačními a inhibičními signály zprostředkovanými povrchovými receptory NK buněk. Ze strukturního hlediska může být většina NK buněčných povrchových receptorů klasifikována jako C- lektinové nebo imunoglobulinové receptory. Jednou z mnoha podskupin C-lektinů jsou i lymfocytární receptory II. typu, které jsou exprimovány na NK buňkách. Předkládaná práce měla dva hlavní cíle. Prvním bylo nalezení vhodných expresních a purifikačních systémů pro vybrané C-lektinové receptory NK buněk a druhým pak provést jejich biochemickou a...
|
|
| |
host ::
RSS.