|
|
Mutual regulation of ubiquitination and alternative splicing
Rapekta, Nikita ; Čermák, Lukáš (vedoucí práce) ; Holotová, Veronika (oponent)
Tato diplomová práce zkoumá složité vzájemné působení mezi ubiquitinací a alternativním sestřihem, které jsou klíčové biochemické procesy řídící funkci a stabilitu buněk. Prostřednictvím detailní analýzy zdůrazňuje, jak systém zprostředkovaný ubiquitinací (UMS) ovlivňuje mechanismy sestřihu mRNA a, naopak, jak mohou variace sestřihu ovlivnit vzorce ubiquitinace proteinů. Zvláštní pozornost je věnována důsledkům těchto interakcí v patofyziologii rakoviny, což naznačuje nové možnosti pro terapeutické zásahy. Studie využívá řadu biochemických testů a technik molekulární biologie, aby poskytla komplexní přehled o vzájemné regulaci mezi těmito dvěma kritickými buněčnými procesy. Klíčová slova: Ubiquitinace, Alternativní sestřih, mRNA, Proteazom, Terapie rakoviny
|
|
|
Spatial Diversity and Time-Frequency Orthogonality for Robust Wireless Communications
Zedka, Radim ; Armada, Ana Garcia (oponent) ; Rakús,, Martin (oponent) ; Götthans, Tomáš (vedoucí práce)
This dissertation thesis contains several contributions in the field of robust wireless communications. The first part is focused on developing and analyzing a novel technique of spatial diversity based on the recently discovered concept of space-time line codes (STLCs). Unlike the already known orthogonal STLC, this design is based on a quasi-orthogonal code structure which allows the utilization of four receiver antennas instead of two antennas, which is the limit of the orthogonal STLC for a full rate transmission. The work provides a rigorous theoretical analysis of the diversity gain and asymptotic SNR gain of the new STLC and compares it to the benchmark STLCs. The second part deals with the orthogonal-time-frequency-space (OTFS), a popular multi-carrier waveform showing excellent performance in high-mobility wireless communications. The contribution lies in designing a new OTFS-like system, which - unlike the vast majority of OTFS literature - considers the power-spectral-density (PSD) one of the key design parameters. The novel waveform is named unique-word OTFS (UW-OTFS), because its outer stage is adopted from the popular UW-OFDM. UW-OTFS inherits all of its benefits, including the improved bit-error-ratio (BER) and superb PSD properties. Moreover, the main issue of UW-OFDM, i.e., the multiple-tap equalization, is no longer problematic in the OTFS context. The proposed UW-OTFS is designed to operate in linear time-variant (LTV) fractional-Doppler channels by utilizing a modification of the basis-expansion-model (BEM). Due to this method, both the channel estimation and equalization are performed by the linear minimum-mean-square-error (LMMSE) technique. The proposed system is analyzed both theoretically and numerically (using the Monte Carlo method) and it shows excellent performance in fractional-Doppler channels.
|
|
|
Rozvoj komunikačních schopností u dětí s vývojovou dysfázií
Malinová, Tereza ; Korandová, Zuzana (vedoucí práce) ; Horynová, Jana (oponent)
Bakalářská práce se zaměřuje na logopedickou oblast, konkrétně na rozvoj komunikačních schopností u dětí s vývojovou poruchou jazyka. Teoretická část zahrnuje dvě kapitoly. První kapitola se zabývá teoretickými východisky a poté samotnou vývojovou poruchou jazyka. V teoretických východiscích se definuje komunikace, řeč a jazyk, popisuje se vývoj řeči, jazyka a komunikace a také narušená komunikační schopnost. Stručně je zmíněna i etiologická klasifikace narušené komunikační schopnosti. Na konci kapitoly se definují neurovývojové poruchy, jejich společné znaky a klasifikace, diagnostika a terapie. Druhá kapitola pojednává o vývojové poruše jazyka. Konkrétně popisuje její klasifikaci, terminologii, etiologii, symptomatologii, diagnostiku a terapii. Empirická část obsahuje kvalitativní výzkumné šetření, které je tvořeno dvěma případovými studiemi vybraných dětí s vývojovou poruchou jazyka. Hlavním cílem bakalářské práce je analyzovat rozvoj komunikačních schopností vybraných dětí s vývojovou poruchou jazyka předškolního věku. Stanovené dílčí cíle mají analyzovat současný stav komunikačních schopností sledovaných dětí s vývojovou poruchou jazyka předškolního věku a vytvořit doporučení pro rodiče, pedagogy a odborníky, jakým způsobem podpořit tento rozvoj na základě zjištěných výsledků výzkumu. Cíle...
|
|
|
Optimalizace stanovení 5-fluorouracilu pomocí vysokoúčinné kapalinové chromatografie
Durychová, Eva ; Křížek, Tomáš (vedoucí práce) ; Kozlík, Petr (oponent)
Diplomová práce se věnuje vývoji metody stanovení 5-fluorouracilu pomocí vysokoúčinné kapalinové chromatografie, která by mohla být použita ke stanovení účinnosti jeho enkapsulace liposomy. Nejprve byla vyzkoušena separace 1 mM standardu 5-fluorouracilu na několika vybraných typech kolon. Mezi testované kolony patřila C18 kolona, C18 kolona s pozitivní úpravou povrchu, fenyl-hexylová kolona a několik fluorových kolon společně se dvěma HILIC kolonami. Jako mobilní fáze byla ze začátku používána směs skládající se z 10 mM CH3COONH4, pH = 4,5 a MeOH v poměru 98/2. Výsledky ukázaly, že 5-fluorouracil eluuje na všech kolonách v přílišné blízkosti mrtvého času, kde často eluují také různé nečistoty. Aby se předešlo možnému zkreslení signálu 5-fluorouracilu ze strany nečistot potencionálně se vyskytujících v reálném vzorku, bylo vyzkoušeno několik různých obměn chromatografických podmínek. Jako definitivně nejúčinnější se ukázalo přidání 5 mM iontově párového činidla (jmenovitě hydrátu chloridu tetrabutylamonného) do mobilní fáze společně se zvýšením pH na 8,0 pro podporu ionizace analytu. V kombinaci s takto upravenou mobilní fází dosahovala nejlepších výsledků fenyl-hexylová kolona s retenčním časem 4,36 minut, která byla vybrána i pro finální stanovení 5-fluorouracilu v reálných vzorcích liposomů....
|
|
|
Non-enzymatic roles of kinases and phosphatases - the case of MTMR9 and AAK1
Knop, Filip ; Macůrková, Marie (vedoucí práce) ; Harnoš, Jakub (oponent) ; Soukup, Vladimír (oponent)
Enzymatické role kináz a fosfatáz v regulaci buněčných procesů byly popsány na mnoha příkladech. V posledních letech se objevuje rostoucí počet případů postradatelnosti katalytické aktivity těchto enzymů. Tato práce se soustředí na dva konkrétní proteiny, savčí MTMR9 a SEL-5/AAK1 v háďátku obecném. MTMR9 z rodiny lipidových fosfatáz příbuzných myotubularinu (MTMR) patří do skupiny pseudofosfatáz, které jsou charakteristické nepřítomností enzymatické aktivity. Na druhou stranu, SEL-5/AAK1 je typickou aktivní kinázou s nejméně dvěma známými substráty. Podařilo se nám zjistit důležitost MTMR9 v časné sekretorní dráze buňky, kde kolokalizuje s markery intermediálního kompartmentu mezi endosomálním retikulem a Golgiho aparátem (ERGIC). Dále jsme identifikovali několik možných interakčních partnerů, například RAB1 a MTMR6, jejíchž lokalizaci a/nebo aktivitu by mohla vazba na MTMR9 regulovat. Změna úrovně MTMR9 způsobila narušení WNT3A sekrece a následně vedla k redukci aktivity Wntové signální dráhy. Pro SEL-5/AAK1 se nám podařilo identifikovat dva procesy, oba taktéž regulované Wntovou signální dráhou, které jsou důležité ve vývoji háďátka obecného. Jednak je SEL-5 společně s několika členy retromerového komplexu zodpovědný za regulaci správné QL.d migrace, a jednak SEL-5 reguluje růst exkretorních...
|
|
|
Studium struktury a interakcí proteinů pomocí strukturní hmotnostní spektrometrie
Portašiková, Jasmína Mária ; Man, Petr (vedoucí práce) ; Vrbacký, Marek (oponent)
Transmembránové kanály a přenášeče z ClC proteinové rodiny se vyskytují napříč všemi živými organismy. Nacházejí se na cytoplasmatických a lysosomálních membránách buněk, kde se podílí na udržování homeostázy iontů. Narušení jejich funkce vede k vážným zdravotním komplikacím. Pro vývoj efektivní léčby těchto onemocnění je potřeba objasnit transportní mechanismus ClC proteinů. Antiporter ClC-ec1 z E.coli je modelovým proteinem celé ClC proteinové rodiny. Tento homodimerní protein, který transportuje proton proti dvěma chloridovým iontům, má transportní dráhu v každé z podjednotek. Na základě krystalové struktury se přepokládá, že během transportu se protein střídavě otevírá na obě strany membrány. Otevření proteinu směrem ven je umožněno protonací tří glutamátů, které se nacházejí v transportní dráze a jsou pro transport iontů klíčové. Pro studium tohoto stavu byl navržen QQQ mutant, který má tyto glutamáty nahrazeny za glutaminy. Dosud se studium transportního mechanismu ClC-ec1 opíralo převážně o studie založené na rentgenové krystalografii. Krystalografie poskytla statické obrázky, které neobsahovaly dostatečné informace o dynamice proteinu. Proto jsme pro studium transportního mechanismu ClC-ec1 zvolili dynamickou metodu - vodík-deuteriovou výměnu spojenou s hmotnostní spektrometrií. Součástí...
|
|
|
Měření retenční křivky hornin: příklad pískovce jizerského souvrství
Fataciune, Sotir ; Slavík, Martin (vedoucí práce) ; Ondovčin, Tomáš (oponent)
Retenční křivka popisuje schopnost nesaturovaného porézního prostředí zadržovat vodu za různých sacích tlaků. Hraje tak důležitou roli při získávání informací o pohybu a výskytu vody ve vadózní zóně. Zatímco stanovení retenčních křivek pro zeminy je běžné, v případě hornin je to daleko méně časté. Cílem této bakalářské práce je stanovit retenční křivku pískovce z Jestřebické jehly na Kokořínsku použitím metody tenzometr - hmotnost. Dílčím cílem je tuto křivku porovnat s dvěma předešlými měřeními na tomtéž pískovci: i) měření studentky A. Studencové metodou tenzometr - hmotnost, a ii) měření laboratoře Výzkumného ústavu meliorací a ochrany půdy dle mírně modifikované metody ČSN ISO 11274. Retenční křivky, které figurují v mojí bakalářské práci jsou velmi odlišné. Retenční křivka dle ČSN pro daný sací tlak vykazuje nižší hodnoty vlhkosti, což je pravděpodobně dáno nedostatečnou saturací vzorku a uvězněním vzduchu v pórech horniny. Byly nalezeny i poměrně velké rozdíly v retenční křivce mezi dvěma nezávislými měřeními metodou tenzometr - hmotnost, které jsou pravděpodobně dány nedostatečným kontaktem mezi tenzometrem a měřeným porézním prostředím studovaného pískovce. Z dostupných dat a z údajů z literatury není možné jednoznačně rozhodnout, která ze tří retenčních křivek (získaných nezávisle na...
|
|
|
Immunomodulatory properties of microbial components
Pavličová, Anna ; Kverka, Miloslav (vedoucí práce) ; Prokešová, Ludmila (oponent)
Lidské tělo je osídleno komplexní sestavou mikroorganismů. Zvláště významnou roli hraje střevní mikrobiota, která má zásadní vliv na vývoj a funkci imunitního systému. Obrana proti patogenům je zajištěna dvěma vzájemně propojenými složkami - střevní bariérou a imunitním systémem. Střevní bariéra se skládá z několika vrstev (střevní mikrobioty, hlenu, epiteliálních a imunitních buněk) spojených do jednoho funkčního celku. Prostřednictvím rozmanité škály strukturních komponent a metabolitů střevní mikrobiota interaguje s epitelem a slizničním imunitním systémem, přispívá k jeho indukci a moduluje imunitní odpovědi. Narušení těchto mechanismů může přispívat k patogenezi řady onemocnění.
|
|
|
Protein tau se kooperativně sdružuje do kohezních obálek, které chrání mikrotubuly před štěpícími enzymy
Siahaan, Valerie ; Braun, Marcus (vedoucí práce) ; Middelkoop, Teije Corneel (oponent) ; Piliarik, Marek (oponent)
Tau protein se přednostně se nachází v neuronálních axonech, navázaný na mikrotubuly. U neu- rodegenerativních onemocnění, souhrnně nazývaných tauopatie, je nesprávná funkce tau často spojována s abnormální fosforylací tau a koreluje s axonální degenerací a ztrátou celkového množství mikrotubulů (Kneynsberg et al., 2017). Tau může chránit mikrotubuly před enzymy štěpícími mikrotubuly, jako je katanin (Qiang et al., 2006) a regulovat transport molekulárními motory podél mikrotubulu (Vershinin et al., 2007; Dixit et al., 2008). Nicméně je stále nejasné, jak tau tyto regulační funkce provádí. Pomocí in vitro rekonstituce a TIRF mikroskopie jsme ukázali, že molekuly tau se mohou vázat na mikrotubuly dvěma odlišnými způsoby: buď jako (i) jednotlivé molekuly tau nezávisle difundující na povrchu mikrotubulů, nebo jako (ii) kooperativně vázané tau, které tvoří kohezivní tau "obálky" obklopující povrch mikrotubulu (Siahaan et al., 2019; Tan et al., 2019; Siahaan et al., 2022). Zjistili jsme, že tvorba tau obálky mění rozmístění tubulinových dimerů v rámci mikrotubulu, a to tak, že zhutňuje mikrotubul pod vznikající tau obálkou. Extenze mikrotubulu naopak indukuje rozložení tau obálky (Siahaan et al., 2022). Tau obálky tvoří selektivně propustnou bariéru, která inhibuje motory kinesinu-1 a zároveň umožňuje...
|
|
|
Bytový dům na Stráních
Burian, Jaroslav ; Hradil, Dušan (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
Předmětem bakalářské práce je návrh a zpracování projektové dokumentace pro provedení stavby novostavby bytového domu v Nosislavi. Bytový dům je navržen na pozemku ležícím na severním okraji obce, pozemek je rovinatý. Objekt bytového domu je navržen jako samostatně stojící s jedním podzemním podlažím a se dvěma nadzemními podlažími. V nadzemních podlažích se nachází celkem pět bytových jednotek, z toho je jedna bytová jednotka navržena jako 1+KK, ostatní bytové jednotky jsou navrženy jako 3+KK. V suterénu objektu se nachází technické zázemí, skladovací prostory jednotlivých bytů a společné prostory, jako je společný sklad, dílna a společenská místnost. Nosný systém je kombinovaný stěnový, svislé nosné konstrukce jsou tvořeny ztraceným bedněním v podzemním podlaží a pórobetonovými s vápenopískovými tvárnicemi v nadzemních podlažích. Vodorovná nosná konstrukce je řešena jako monolitický železobetonová deska. Jednotlivé podlaží spojuje dvouramenné monolitické železobetonové schodiště. Zastřešení je provedeno krovem z příhradových vazníků s pálenou keramickou střešní krytinou. Objekt je zateplen kontaktním zateplovacím systémem.
|
host ::
RSS.