|
Comparison of ITS nrDNA and alternative markers for fungal metabarcoding in environmental samples
Zelenka, Tomáš ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Mašek, Tomáš (oponent)
Studium diverzity hub může ve výsledku vést k mnoha významným objevům a závěrům. Molekulární genetika a konkrétně metody masivně paralelního sekvenování se používají ke studiu ekologie a diverzity hub čím dál tím častěji. Využívá se k tomu krátkých úseků DNA označovaných jako barcode markery. Nejčastěji používaným markerem je úsek jaderné ribozomální DNA zvaný ITS (Internal Transcribed Spacer). Vyskytuje se v genomu ve formě rozsáhlých repetic až 200 kopií, což značně zjednodušuje jeho namnožení z environmentálních vzorků. Zároveň to ale vzbuzuje také určité obavy kvůli výskytu vnitrodruhové a vnitrogenomové variability. Obě tyto variability mohou být zdrojem silného nadhodnocování odhadů diverzity. Použití alternativních, nízko-kopiových markerů, může zmíněný problém částečně vyřešit. V této studii byly porovnány tradičně používané markery ITS1 a ITS2 s protein-kódujícími geny EF-1α a RPB2. Smícháním genomových DNA druhů z různých fylogenetických skupin bylo vytvořeno in vitro umělé společenstvo. To bylo následně sekvenováno pro všechny zmíněné markery a data byla vyhodnocena dle postupů běžně používaných v environmentálních studiích. Výsledky jednoznačně vyzdvihují ITS2 jako nejvhodnější marker pro studium environmentálních vzorků. Průměrný koeficient nadhodnocení lze očekávat kolem dvou pro ITS1, ITS2,...
|
| |
|
Analysis of mycotoxins from biological matrices using biomembranes and capillary electrophoresis
Kubová, Natália ; Šesták,, Jozef (oponent) ; Duša,, Filip (vedoucí práce)
This thesis summarizes knowledge about mycotoxins, with focus to ochratoxin A. It also summarizes its tolerable levels of food intake, detoxification and analytical methods for mycotoxins. The work also includes a chapter describing liposomes that were used for the analysis of ochratoxin A by liposomal electrokinetic capillary electrophoresis (LECK). The practical part includes the analysis of ochratoxin A from Aspergillus ochraceus Wilhelm and Aspergillus melleus Yukawa fungi cultivated on a rye and optimization of the method for analysis of ochratoxin A based on liposomes of different compositions. By capillary zone electrophoresis, ochratoxin A is not sufficiently separated and detected in the extracted mixture; conversely, when liposome solutions are used, different migration behavior can be achieved while stabilizing ochratoxin A in solution due to amphiphilic interactions between mycotoxins and liposomes. Therefore, the LEKC method was used for this work. The most suitable liposome composition has been shown to be molar ratios of 25% cholesterol (membrane stabilization) / 50% 2-oleoyl-1-palmitoyl-sn-glycerol 3-phosphocholine (main zwitterionic lipid) / (25% 1,2-diacyl-sn-glycerol)-3-phospho-L-serine (introduction of negative charge).
|
|
Analýza beta-glukanů ve vybraných druzích hub
Phan, Huong Tra ; Veselá, Mária (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Cílem diplomové práce byla analýza obsahu -glukanů ve vybraných druzích hub, kde byla rovněž stanovena celková charakterizace složení a obsažených bioaktivních látek. V teoretické části byla vypracována stručná rešerše o říši Fungi, konkrétněji byla práce zaměřená na oddělení hub Basidiomycota. V rešerši byla popsána morfologie hub a jejich chemické složení. Poslední část teorie byla věnována analytickým metodám, které byly použity v experimentální kapitole. V experimentální části byly připraveny extrakty z vybraných druhů hub (houževnatec jedlý, hlíva ústřičná, žampion bílý, žampion hnědý a boltcovitka bezová), které byly použity na charakterizaci vybraných metabolitů, jako jsou polyfenoly, flavonoidy a antioxidační aktivita. Dále bylo stanoveno množství -glukanů v houbách. S využitím plynové chromatografie bylo stanoveno množství mastných kyselin a pomocí emisní spektrometrie byly vzorky podrobeny analýze těžkých kovů. Dále byla u extraktů z hub testována cytotoxicita pomocí MTT testu na lidských buňkách. Závěrem byla sledována antimikrobiální aktivita extraktů, proti grampozitivní bakterii Micrococcus luteus, gramnegativní bakterii Serratia marcescens a kvasince Candida glabrata. Práce poskytla přehled o složení a biologické aktivitě vybraných druhů hub.
|
|
Vliv podmínek uchovávání na obsah biologicky aktivních složek v plodech jablek
Ferdová, Jitka ; Čarnecká, Martina (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
V předložené bakalářské práci jsou popsány antioxidanty vyskytující se ve stravě a jejich účinky na lidský organismus. Dále jsou shrnuty činitele znehodnocování plodů jablek v průběhu skladování a možnosti ochrany proti nim. V praktické části byly nejprve kalibrovány a validovány metody stanovení enzymů superoxiddismutázy (SOD), katalasy a polyfenoloxidázy (PPO) v jablkách. Po nalezení vhodných metod byly uvedené enzymy změřeny v jablkách zpracovaných pod tekutým dusíkem po 158 dnech skladování v normální nebo v modifikované atmosféře. Také byla provedena kvantitativní a kvalitativní analýza bílkovin v jablkách. Dále byly ve zamražené surové šťávě změřeny některé nízkomolekulární antioxidanty (celkové polyfenoly, celkové flavonoidy a vitamín C) a celková antioxidační aktivita. Tyto hodnoty byly porovnány s hodnotami naměřenými v plodech ihned po sklizni. V poslední části bylo provedeno umělé zaplísnění jablek a sledovala se úspěšnost uchycení mikroorganismů.
|
|
Mikroorganizmy s lipolytickou aktivitou a jejich využití
Pavlačková, Jana ; Omelka, Ladislav (oponent) ; Omelková, Jiřina (vedoucí práce)
Lipasy jsou hydrolytické enzymy produkované řadou mikroorganismů. Tato práce popisuje nejen samotné mikroorganismy, které lipasy produkují, ale také různé možnosti průmyslového využití lipas. Lipasy nacházejí široké uplatnění v reakcích, ve kterých je nutná kombinace lipofilního substrátu s hydrofilním – při syntézách mastných esterů kyseliny askorbové nebo esterů cukru, při syntézách lipoaminokyselin nebo při lypolýze derivátů fenolu. Význam mají také vzhledem k ochraně životního prostředí, např. při čištění odpadních vod. V této práci byla lipolytická aktivita testována na pěti různých komerčních preparátech obsahujících mikroorganismy s lipolytickou aktivitou. Na stanovení lipolitické aktivity existuje řada různých metod. Příkladem může být spektrofotometrické stanovení lipolytické aktivity, při kterém se využívá schopnosti lipas štěpit p-nitrofenyllaurát na barevný produkt p-nitrofenol. Přičemž p-nitrofenol je detekován spektrofotometricky.
|
|
Vývoj mykorhizních společenstev v průběhu primární sukcese
Mádle, Jan ; Kohout, Petr (vedoucí práce) ; Ponert, Jan (oponent)
Primární sukcese je proces vývoje ekosystému, který probíhá v lokalitách, která nebyla vhod- ná pro kolonizaci rostlinami a organismy na nich závislých. Tyto lokality vznikají přirozeným způso- bem, například po sopečné erupci nebo ústupu ledovce, anebo antropogenním způsobem, například povrchovou těžbou. V průběhu primární sukcese rostliny kolonizují holý substrát a postupně upravují jeho abiotické i biotické podmínky. Během primární sukcese dochází k interakcím mezi rostlinami a půdním mikrobiomem, zejména s houbami a bakteriemi. Rostliny a půdní mikroorganismy navzájem ovlivňují svůj růst a vývoj prostřednictvím různých interakcí. Rostliny, respektive jejich kořeny, utvá- ří specifickou niku pro široké spektrum půdních mikrobiálních společenstev. Rostliny poskytují skrze své kořeny široké množství látek, a to organické kyseliny, cukry, aminokyseliny a další často na uhlík bohaté sloučeniny, které mohou sloužit jako substrát pro mikroorganismy. Rostliny jsou toho schop- ny díky produkcí opadu, kořenových exsudátů, translokací cukrů pro symbiotické houby a bakterie. Půdní mikrorganismy přispívají k uvolňování živin a rozkladu organických materiálů, které by jinak pro rostliny nebyly dostupné. Mnoho půdních mikroorganismů může vytvářet symbiotický vztah s rostlinu. Tento vztah může mít mutualistický...
|
|
Vliv plazmatem aktivované vody na plísně
Moskvina, Anastasia ; Krčma, František (oponent) ; Kozáková, Zdenka (vedoucí práce)
Tématem této bakalářské práce je vliv plazmatem ošetřené vody na plísně. Teoretická část je věnována interakci plazmatu s kapalinami, vlastnostem a využití plazmatem aktivované vody a jejího vlivu na různé druhy mikroorganismů. Reaktivní částice obsažené v plazmatem ošetřené vodě způsobují inhibici živých buněk, proto může být plazmatem ošetřená voda využívána jako sterilizační prostředek. V experimentální části je porovnána účinnost tří způsobů přípravy plazmatem ošetřené vody. Pro aktivaci nad vodní hladinou byl použit plazmový systém dielektrického bariérového výboje. K aktivaci pod hladinou vody byla použita plazmová tryska; byly studovány dvě metody – střídavý (vysokofrekvenční) a stejnosměrný výboj. Ze vzorků plazmatem ošetřené vody byly připraveny suspenze plísně Aspergillus niger, které byly následně zaočkovány na sladinové médium a kultivovány po dobu 72 hodin. Výsledný efekt byl vyhodnocen stanovením počtu jednotek tvořících kolonie. Takto experimentálně získaná data byla zpracována a diskutována v kapitole výsledků a diskuze. Bylo zjištěno, že metoda aktivace vody pod její hladinou má výraznější účinky, což odpovídá informacím shrnutým v teoretické části. Účinek dielektrického bariérového výboje byl o něco mírnější, ale všechny tři metody způsobily značný úbytek počtu kolonií oproti kontrolnímu neošetřenému vzorku.
|
|
Molekulární a genomické metody využívané pro studium hybridizace u rodu Aspergillus a dalších hub
Jirkovský, Pavel ; Sklenář, František (vedoucí práce) ; Kolařík, Miroslav (oponent)
Mezidruhová hybridizace je zájmem studia již od první poloviny 20. století, kdy byla popsána na základě fenotypových projevů pro rostlinný model. Studium tohoto procesu je historicky předmětem botanických studií, zatímco jeho význam v říši hub je popisován až v současné době. Zpětným křížením rodičů s hybridy může dojít k procesu introgrese, horizontálnímu přenosu genetické informace mezi původními druhy. Z několika doposud prozkoumaných případů je prokázáno, že hybridizace sehrála roli například v evoluci MAT genů rodu Neurospora, dále stojí za přenosem adaptivních genů mezi zástupci rodu Ophiostoma (invazní původce onemocnění jilmů). V rámci rodu Aspergillus dochází k hybridizaci na vnitrodruhové i mezidruhové úrovni. Podrobnější studium hybridizace a zdokonalení metod jejího studia může například v klinické aplikaci pomoci odhalit šíření adaptivních genů zodpovědných například za rezistenci vůči antimykotikům, vyšší virulenci a jiné vlastnosti.
|
|
An analysis of fungal exudate and carbon use efficiency
NÜBL, Laura
The exometabolome of various fungal functional guilds was investigated as part of the below-ground carbon flux. This thesis addresses the incorporation and exudation of carbon by individual, axenic fungal cultures, with a focus on developing a protocol for characterisation and identification of those compounds.
|