|
|
Izolace DNA a identifikace nepatogenních druhů klostridií izolovaných ze sýrů
Sedláček, Zbyněk ; Eva, Kvasničková (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
V potravinářství jsou požadovány rychlé a přesné metody identifikace bakterií při mikrobiologickém testování produktů. Molekulárně diagnostické metody jsou založené na izolaci DNA z bakteriálních buněk, která je amplifikována v polymerázové řetězové reakci (PCR). Výsledkem je fragment DNA o specifické velikosti, charakteristický pro rod nebo druh bakterie. Cílem práce bylo izolovat bakteriální DNA v kvalitě vhodné pro použití v PCR. DNA byla izolována z 8 kmenů bakterií rodu Clostridium. Byl optimalizován postup lyze buněk s cílem nalézt optimální koncentraci EDTA a proteinázy K v lyzačním pufru. DNA byla izolována fenolovou extrakcí a pomocí magnetických částic. Pro izolaci DNA pomocí fenolové extrakce byly zjištěny jako nejvhodnější koncentrace pro lyzi buněk 10 mM EDTA a 10 l proteinázy K (100 g/ml). Pro izolaci DNA pomocí magnetických částic byly zjištěny jako nejvhodnější koncentrace pro lyzi buněk 10 mM EDTA a 15 l proteinázy K (100 g/ml). Izolovaná DNA byla detegována gelovou elektroforézou, kvantifikována spektrofotometricky a testována v PCR. Jednotlivé druhy byly rozlišeny pomocí denaturační gradientové gelové elektroforézy (DGGE).
|
|
|
Produkce vodíku bakteriemi rodu Clostridium
Sedláček, Zbyněk ; Turková, Kristýna (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá produkcí vodíku bakteriemi rodu Clostridium. Práce podává přehled o způsobech produkce vodíku uvedenými mikroorganismy, charakterizuje další biotechnologické metody a ukazuje příklady průmyslové výroby vodíku. Dále jsou popsány kvalitativní znaky a metabolismus bakterií rodu Clostridium a uvedeny příklady využitelných substrátů. K detekci a identifikaci bakterií rodu Clostridium se využívá polymerázová řetězová reakce (PCR) s rodově a druhově specifickými primery. DNA izolovaná metodou fenolové extrakce z bakteriální kultury Clostridium tyrobutyricum DSM 2637 byla amplifikována pomocí rodově specifické PCR za vzniku PCR produktů o velikosti 619 bp.
|
|
|
Studium krystalické struktury polyhydroxybutyrátu a nukleační aktivity vybraných typů aditiv
Sedláček, Zbyněk ; Tocháček, Jiří (oponent) ; Bálková, Radka (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá studiem krystalické struktury polyhydroxybutyrátu obsahujícího různé typy aditiv, které byly vybrané za účelem posouzení jejich nukleační aktivity, a které byly do matrice zahnětené. Jedná se o boronitrid (BN), sacharin, hydroxyapatit, plastifikátor Tegmer a tři druhy mastku. Krystalická struktura byla analyzovaná metodou diferenční kompenzační kalorimetrie a rentgenové difrakční analýzy, nadmolekulární struktura byla pozorovaná metodou optické mikroskopie (polarizační a konfokální laserová). Nukleační aktivita aditiv byla vyhodnocená z izotermické a neizotermické krystalizace provedené na kalorimetru a na vyhřívaném stolku optického mikroskopu. Přidaná aditiva nemají vliv na krystalografickou strukturu, ale ovlivňují počet a velikost vzniklých sférolitů včetně defektnosti krystalických domén, což se v konečném důsledku projeví na výsledných mechanických vlastnostech. Jako nukleační činidlo působí BN a mastek, ostatní aditiva nukleaci při nízkých a vysokých teplotách chlazení (vc) inhibují, při středních rychlostech se výrazně neprojevují. Nukleační aktivita není vyhodnocena číselně, protože pokles teploty krystalizace reference s vc není lineární. Výsledky nepřímých metod jsou podloženy obrazovou analýzou krystalické struktury, což je velkým přínosem pro porozumění krystalického chování PHB.
|
|
|
Využití nových genomických technik ve studiu patogeneze vybraných vzácných dědičných onemocnění.
Nosková, Lenka ; Kmoch, Stanislav (vedoucí práce) ; Sedláček, Zdeněk (oponent) ; Živný, Jan (oponent)
Vzácná onemocnění jsou heterogenní skupinou onemocnění, jejichž molekulární podstata je často neznámá. Pro jejich studium nebyly donedávna z důvodů malého počtu pacientů k dispozici vyhovující metodické postupy. Díky novým přístupům ke studiu genomu, především díky technologiím DNA čipů a s rozmachem sekvenování nové generace, je v současné době možno studovat vzácná onemocnění i u jednotlivých rodin nebo u sporadických případů. Tato dizertační práce se zabývá aplikací nových genomických technik při studiu vzácných dědičných chorob. Popisuje využití technologie DNA čipů pro účely vazebné analýzy, analýzy změn genové exprese, analýzy změn počtu kopií a homozygotního mapování a dále využití sekvenování nové generace. Kombinace těchto metodických postupů byly použity pro studium molekulární podstaty adultní formy neuronální ceroidní lipofuscinózy, Rotorova syndromu, izolovaného defektu ATP syntázy a mukopolysacharidózy typu IIIC.
|
|
|
Asociačná štúdia s génom ADA a detailná charakterizácia dvoch chromozomálnych prestavieb u autizmu
Vážna, Alžběta ; Sedláček, Zdeněk (vedoucí práce) ; Ferák, Vladimír (oponent) ; Korabečná, Marie (oponent)
Autizmus postihuje až 1/150 detí a predstavuje tak závažný spoločenský problém. Je to komplexné ochorenie s jasne preukázaným genetickým komponentom, ale doteraz neobjasnenou etiológiou, na ktorú sa v súčasnosti sústreďuje intenzívny výskum. V oblasti genetiky sa skúmajú génové a chromozomálne defekty a ďalšie mechanizmy vrátane epigenetických, ktoré by mohli hrať úlohu v patogenéze. V našej práci sme sa pokúsili zreplikovať nájdenú asociáciu rizikovej alely ADA*2 s autizmom na súbore 385 českých detí. Ten bol väčší ako boli súbory pôvodne publikované. Zamerali sme sa aj na jednotlivé endofenotypy (typy autizmu, stupne mentálnej retardácie a komorbidity). Naše výsledky asociáciu autizmu s alelou ADA*2 nepotvrdili ani v kompletnom súbore, ani v žiadnej jeho podmnožine. Ďalším nálezom u autistov sú chromozomálne zmeny. Previedli sme analýzy kruhového chromozómu 17 a delécie chromozómu X u dvoch pacientok. Naše štúdie predstavujú pred nedávnom nemysliteľné prepojenie klasickej cytogenetiky s molekulárnou genetikou na úrovni sekvencie DNA. Ako prví na svete sme popísali štruktúru ľudského kruhového chromozómu. Charakterizácia defektov nám umožnila špekulovať o vplyve zúčastnených génov na fenotyp pacientov. Obidve tieto pilotné analýzy sa sústredili na veľké aberácie postihujúce desiatky génov, čo nám...
|
|
| |
|
|
Korelace genotyp-fenotyp u vybraných vzácných onemocnění s využitím molekulární analýzy genomových a genových variant
Vlčková, Markéta ; Sedláček, Zdeněk (vedoucí práce) ; Gaillyová, Renata (oponent) ; Baxová, Alice (oponent)
Práce byla zaměřena na podrobnou analýzu pacientů se vzácnými genomovými a genovými variantami. Studován byl vliv těchto variant na fenotyp pacientů. Vzhledem k tomu, že většina našich pacientů, ať už syndromických nebo nesyndromických, byla k podrobnějšímu vyšetření indikována z důvodu mentální retardace a/nebo poruchy autistického spektra, byla práce zaměřena na tyto dvě klinické jednotky. Nejprve byli k analýze vybráni pacienti s mikroskopicky detekovanými chromozomálními aberacemi, jejichž rozsah, genový obsah a mechanismus vzniku byly upřesněny pomocí molekulárně genetických metod, nejčastěji array CGH s vysokým rozlišením. Později byli analyzováni pacienti se vzácnými nebo jedinečnými submikroskopickými aberacemi, zjištěnými právě pomocí aCGH nebo SNP array. S využitím těchto metod jsme v průběhu práce analyzovali pacienty s delecemi Xp22.1-p22.3, 6q11-q13, 6q14-q16, Xq25, 1q21.1, Xp21.2-p21.3, 2p14-p15, 17q21.31, 9q21.3 a 2p15-p16.1, a pacientku s duplikací Xp21.2-p21.3. V posledních letech jsme přistoupili k analýze syndromických pacientů metodami sekvenování nové generace. Tak byly odhaleny varianty v genech HCFC1, KAT6B, SOS2 a KMT2D, které byly dále studovány. Práce přispěla k poznatkům o vlivu nalezených genomových a genových variant na fenotyp pacientů, o mechanismech vzniku genomových...
|
|
|
Přestavby MLL genu a jejich klinický význam u dětských pacientů s akutními leukémiemi
Řezníčková, Leona ; Trka, Jan (vedoucí práce) ; Sedláček, Zdeněk (oponent)
Přít omnost přestavby genu MLL (11q23) je významným prognostickým faktorem a dobrým cílem pro sledování minimální reziduální nemoci (MRN) u některých subtypů dětských akutních leukémii (AL). V souč asné d ob ě je známo více než 80 různých trans lokací genu MLL, z nichž je mo lekulárně chatakterizováno více než 50 partnerských lokusů. Pomocí metody mu ltiplex-reverzně transkriptázové polymerázové řetězové reakce (multiplex-RT PCR) , kombinované v některých případech s analýzou DNA přechodo é oblasti, jsme vyšetřovali skupinu kojenců «1 rok věku) s akutní lymfoblastickou leukémií (ALL), děti s akutní myeloidní leukémií (AML) subtypu M4 a M5 a pacienty se sekundární leukémií. Navíc jsme vyšetřili děti s B-prekurzorovou leukémií, kteří splňovali alespoň jedno z těchto kriterií: proB imunofenotyp, cytogeneticky prokázaná přestavb a genu MLL a/nebo exprese molekuly NG2 prokázaná pomocí průtokové cytometrie. Metoda multiplex-RT PCR umožňuje rychlou detekci nejčastěj i vyskytujících se ruZIÚch partnerů MLL genu (AF4, AF6, AF9, AF l 0, ENL a ELL). Vyšetřili jsme soubor téměř 80 pacientů léčených v České republice v období 1997 -2007, ruzní gen s ú častí MLL jsme nalezli celkem u 51 z nich. Naprostou většinu přestaveb (92%) se pod ařil o detekovat námi použitou metodou, zbytek DNA analýzou přechodové oblasti, která...
|
|
|
Analýza variant v počte kópií (CNV) v genómoch pacientov s mentálnou retardáciou
Hančárová, Miroslava ; Sedláček, Zdeněk (vedoucí práce) ; Gaillyová, Renata (oponent) ; Michalová, Kyra (oponent)
Mentálna retardácia (MR) je časté veľmi heterogénne neurovývojové ochorenie, s prevalenciou v populácii 2,5-3 %. Prispenie genetických faktorov k rozvoju MR je vysoké, ale v mnohých prípadoch zostáva etiológia ochorenia neobjasnená. Najnovšie štúdie prostredníctvom arrayových metód poukázali na častejší výskyt variant v počte kópií (copy number variants - CNV) u pacientov s týmto ochorením. Patogénne CNV boli identifikované u 10-15 % pacientov s idiopatickou MR a normálnym karyotypom. Cieľom práce bola celogenómová analýza ziskov a strát genetického materiálu v súbore českých pacientov s MR a dôkladná bioinformatická analýza zistených genetických zmien pre určenie ich pravdepodobného klinického významu. Celogenómová analýza s využitím HumanCytoSNP-12 BeadChips (Illumina) bola prevedená u 183 pacientov s idiopatickou MR, normálnym karyotypom a bez expanzie v géne FMR1. Získané dáta boli analyzované dvoma nezávislými programami, a to GenomeStudio a QuantiSNP a ich výsledky boli následne podrobené dvom kolám dôkladnej bioinformatickej analýze. Výsledkom tejto analýzy bola klasifikácia CNV do 4 rôznych kategórií: patogénne CNV, pravdepodobne patogénne CNV, CNV s nejasnou klinickou signifikanciou a benígne CNV. S výnimkou benígnych CNV boli všetky ostatné CNV potvrdzované nezávislou metódou ako FISH, MLPA, QFPCR...
|
|
|
Molecular Basis of Familial Hyperuricemic Nephropathies
Živná, Martina ; Kmoch, Stanislav (vedoucí práce) ; Jirsa, Milan (oponent) ; Sedláček, Zdeněk (oponent)
In 1960 Duncan and Dixon described family whth chronic tubulointerstitial kidney disease associated with juvenile onset of hyperuricemia and gout. Based on combination of these clinical symptoms they named the disease familial juvenile hyperuricemic nephropathy (FJHN) [1]. Disease with very similar clinical presentation but different age of onset and kidney histology was described as a medullary cystic kidney disease (MCKD) in 1977 [2]. Until recently the molecular basis and pathogenesis of this syndrome remained unknown. The long term aim of our research group is to elucidate the genetic basis of the disease and to solve pathogenetic mechanisms leading to the individual clinical and biochemical symptoms (e.g. hyperuricemia) and kidney damage in general. We systematically identify patients with this disease and healthy family members and collect relevant clinical information and samples for classification (urine, blood, tissue biopsies) and subsequent clinical, biochemical, molecular biology and cell pathology correlations. We [3, 4] and others [5-7] proved genetic heterogeneity of FJHN and defined four FJHN loci on chromosomes 1q21, 1q41, 16p11.2. and 17q21.3. Further research defined disease causing mutations in three genes - uromodulin (UMOD) [8], hepatonuclear factor 1-beta (HNF-1) [9] and renin (REN)...
|
host ::
RSS.