|
|
Analýza variant v počte kópií (CNV) v genómoch pacientov s mentálnou retardáciou
Hančárová, Miroslava ; Sedláček, Zdeněk (vedoucí práce) ; Gaillyová, Renata (oponent) ; Michalová, Kyra (oponent)
Mentálna retardácia (MR) je časté veľmi heterogénne neurovývojové ochorenie, s prevalenciou v populácii 2,5-3 %. Prispenie genetických faktorov k rozvoju MR je vysoké, ale v mnohých prípadoch zostáva etiológia ochorenia neobjasnená. Najnovšie štúdie prostredníctvom arrayových metód poukázali na častejší výskyt variant v počte kópií (copy number variants - CNV) u pacientov s týmto ochorením. Patogénne CNV boli identifikované u 10-15 % pacientov s idiopatickou MR a normálnym karyotypom. Cieľom práce bola celogenómová analýza ziskov a strát genetického materiálu v súbore českých pacientov s MR a dôkladná bioinformatická analýza zistených genetických zmien pre určenie ich pravdepodobného klinického významu. Celogenómová analýza s využitím HumanCytoSNP-12 BeadChips (Illumina) bola prevedená u 183 pacientov s idiopatickou MR, normálnym karyotypom a bez expanzie v géne FMR1. Získané dáta boli analyzované dvoma nezávislými programami, a to GenomeStudio a QuantiSNP a ich výsledky boli následne podrobené dvom kolám dôkladnej bioinformatickej analýze. Výsledkom tejto analýzy bola klasifikácia CNV do 4 rôznych kategórií: patogénne CNV, pravdepodobne patogénne CNV, CNV s nejasnou klinickou signifikanciou a benígne CNV. S výnimkou benígnych CNV boli všetky ostatné CNV potvrdzované nezávislou metódou ako FISH, MLPA, QFPCR...
|
|
|
Nestabilita genomu buněk mozkových nádorů. Korelace klinických, morfologických a molekulárně-cytogenetických dat
Kramář, Filip ; Michalová, Kyra (vedoucí práce) ; Minárik, Marek (oponent) ; Novák, Zdeněk (oponent)
Mozkové gliomy jsou primární mozkové nádory. Již dříve bylo prokázáno, že v nádorových buňkách mozkových gliomů se vyskytují některé nenáhodné chromosomové aberace. Cílem této práce bylo pomocí fluorescenční in-situ hybridizace (FISH) na vzorcích mozkových nádorů získaných při operaci stanovit frekvenci určených chromosomových aberací pomocí vybraných centromerických a lokus specifických sond a získaná data porovnat s klinickými a morfologickými údaji. V průběhu 6 let jsme získali celkem 270 vzorků, u 264 jsme provedli FISH analýzu pomocí panelu námi zvolených sond. Tyto získané výsledky jsme pak porovnali s histologickou analýzou odebraných vzorků a vybranými klinickými údaji (věk, Karnofsky skóre, rozsah resekce, celkové přežití). V každé skupině jsme stanovili medián a průměrnou dobu přežití, poté jsme u vybraných parametrů sledovali jejich vliv na celkovou dobu přežití pomocí Kaplan-Meierovy analýzy, rovněž jsme vytvořili Coxův regresní model se stanovením rizika příslušného parametru. U difuzních a anaplastických astrocytomů a anaplastických oligodendrogliomů stoupá riziko rychlé progrese a upgradingu na nádor vyššího grade při nálezu jiných aberací (především amplifikace EGFR, delece RB1, monosomie chromosomu 10, trisomie chromosomu 7, delece CDKN2A). Tito pacienti jsou sledováni v kratších časových...
|
|
|
Analýza strukturních chromosomových přestaveb u hematologických neoplázií; Studium strukturních chromosomových aberací buněk chronické lymfatické leukemie po DSP30/IL2 stimulované kultivaci
Hrubá, Martina ; Michalová, Kyra (vedoucí práce) ; Goetz, Petr (oponent) ; Březinová, Jana (oponent)
Cytogenetické vyšetření buněk chronické lymfatické leukemie (CLL) je obtížné pro jejich nízkou proliferační aktivitu. Pro získání dostatku mitóz k provedení chromosomové analýzy je proto nutná vhodná in vitro stimulace jejich buněčného dělení. S využitím DSP30/IL2 stimulované kultivace bylo v období 5 let vyšetřeno 391 vzorků CLL. Byla zjištěna vysoká úspěšnost této kultivace (96%; 375/391) s vysokým záchytem patologických klonů vyšetřením karyotypu a analýzou mitóz fluorescenční in situ hybridizací (FISH) (u 84% vzorků; 329/391). U téměř poloviny vzorků (44%; 171/391) byly nalezeny i jiné změny než aberace rekurentně vyšetřované FISH (delece 13q14, trisomie 12, delece genů ATM a TP53). Byla také zjištěna vysoká četnost translokací (37%; 144/391), komplexních změn karyotypu (28%; 111/391) a klonálního vývoje, který byl zachycen ve třetině vzorků (34% vzorků s přítomností více než dvou klonů; 133/391) a nově v průběhu onemocnění dokonce ještě častěji (u 39% vzorků opakovaně vyšetřených po stimulované kultivaci; 21/54). Výskyt chromosomových translokací, komplexních změn karyotypu i klonálního vývoje byl statisticky významně asociován s progredujícími onemocněními (P 0,000003, resp. P 0,0002 a P 0,05/P 0,04). U rekurentních delecí podrobná analýza metafázních chromosomů ukázala jako běžný...
|
|
|
Záchyt submikroskopických aberací u fenotypově abnormálních nosičů zjevně balancovaných chromozomových přestaveb metodou array CGH
Slámová, Zuzana ; Sedláček, Zdeněk (vedoucí práce) ; Michalová, Kyra (oponent) ; Kuglík, Petr (oponent)
Nosiči balancovaných chromozomových aberací (BCA) jsou obvykle fenotypově normální. Avšak až 27 % de novo vzniklých BCA může být spojeno s patologií fenotypu způsobenou nejčastěji submikroskopickou imbalancí nebo genovou disrupcí v oblastech zlomových míst, případně vlivem pozičního efektu. Molekulárně cytogenetické techniky oproti karyotypování umožňují detailnější popsání aberace a tím usnadňují korelaci genotypu s fenotypem pacienta. Cílem práce bylo zhodnocení výskytu variant v počtu kopií (CNV) v místech zlomů aberace i v jiných oblastech genomu u pacientů s abnormálním fenotypem, kteří byli nosiči de novo i familiárních BCA. Metodou array CGH bylo vyšetřeno 54 případů BCA (20 de novo, 27 familiárních, 7 bez objasnění původu), z toho 32 reciprokých translokací, šest robertsonských translokací, 12 inverzí a čtyři komplexní přestavby. U klinicky významných nálezů, bylo-li to možné, byli vyšetřeni i rodiče pacienta pro objasnění původu CNV. Za účelem upřesnění nálezů či vyloučení genové disrupce byla u vybraných případů použita metoda FISH. U 31,5 % pacientů (17/54) byla zachycena alespoň jedna (z toho u osmi osob více než jedna) klinicky významná CNV. U čtyř případů byly zjištěny imbalance pouze v oblastech zlomových míst, u deseti pouze CNV jinde v genomu a u tří jedinců v oblastech zlomů i...
|
|
|
Analýza variant v počte kópií (CNV) v genómoch pacientov s mentálnou retardáciou
Hančárová, Miroslava ; Sedláček, Zdeněk (vedoucí práce) ; Gaillyová, Renata (oponent) ; Michalová, Kyra (oponent)
Mentálna retardácia (MR) je časté veľmi heterogénne neurovývojové ochorenie, s prevalenciou v populácii 2,5-3 %. Prispenie genetických faktorov k rozvoju MR je vysoké, ale v mnohých prípadoch zostáva etiológia ochorenia neobjasnená. Najnovšie štúdie prostredníctvom arrayových metód poukázali na častejší výskyt variant v počte kópií (copy number variants - CNV) u pacientov s týmto ochorením. Patogénne CNV boli identifikované u 10-15 % pacientov s idiopatickou MR a normálnym karyotypom. Cieľom práce bola celogenómová analýza ziskov a strát genetického materiálu v súbore českých pacientov s MR a dôkladná bioinformatická analýza zistených genetických zmien pre určenie ich pravdepodobného klinického významu. Celogenómová analýza s využitím HumanCytoSNP-12 BeadChips (Illumina) bola prevedená u 183 pacientov s idiopatickou MR, normálnym karyotypom a bez expanzie v géne FMR1. Získané dáta boli analyzované dvoma nezávislými programami, a to GenomeStudio a QuantiSNP a ich výsledky boli následne podrobené dvom kolám dôkladnej bioinformatickej analýze. Výsledkom tejto analýzy bola klasifikácia CNV do 4 rôznych kategórií: patogénne CNV, pravdepodobne patogénne CNV, CNV s nejasnou klinickou signifikanciou a benígne CNV. S výnimkou benígnych CNV boli všetky ostatné CNV potvrdzované nezávislou metódou ako FISH, MLPA, QFPCR...
|
|
|
Analýza strukturních chromosomových přestaveb u hematologických neoplázií; Studium strukturních chromosomových aberací buněk chronické lymfatické leukemie po DSP30/IL2 stimulované kultivaci
Hrubá, Martina ; Michalová, Kyra (vedoucí práce) ; Goetz, Petr (oponent) ; Březinová, Jana (oponent)
Cytogenetické vyšetření buněk chronické lymfatické leukemie (CLL) je obtížné pro jejich nízkou proliferační aktivitu. Pro získání dostatku mitóz k provedení chromosomové analýzy je proto nutná vhodná in vitro stimulace jejich buněčného dělení. S využitím DSP30/IL2 stimulované kultivace bylo v období 5 let vyšetřeno 391 vzorků CLL. Byla zjištěna vysoká úspěšnost této kultivace (96%; 375/391) s vysokým záchytem patologických klonů vyšetřením karyotypu a analýzou mitóz fluorescenční in situ hybridizací (FISH) (u 84% vzorků; 329/391). U téměř poloviny vzorků (44%; 171/391) byly nalezeny i jiné změny než aberace rekurentně vyšetřované FISH (delece 13q14, trisomie 12, delece genů ATM a TP53). Byla také zjištěna vysoká četnost translokací (37%; 144/391), komplexních změn karyotypu (28%; 111/391) a klonálního vývoje, který byl zachycen ve třetině vzorků (34% vzorků s přítomností více než dvou klonů; 133/391) a nově v průběhu onemocnění dokonce ještě častěji (u 39% vzorků opakovaně vyšetřených po stimulované kultivaci; 21/54). Výskyt chromosomových translokací, komplexních změn karyotypu i klonálního vývoje byl statisticky významně asociován s progredujícími onemocněními (P 0,000003, resp. P 0,0002 a P 0,05/P 0,04). U rekurentních delecí podrobná analýza metafázních chromosomů ukázala jako běžný...
|
|
|
Nestabilita genomu buněk mozkových nádorů. Korelace klinických, morfologických a molekulárně-cytogenetických dat
Kramář, Filip ; Michalová, Kyra (vedoucí práce) ; Minárik, Marek (oponent) ; Novák, Zdeněk (oponent)
Mozkové gliomy jsou primární mozkové nádory. Již dříve bylo prokázáno, že v nádorových buňkách mozkových gliomů se vyskytují některé nenáhodné chromosomové aberace. Cílem této práce bylo pomocí fluorescenční in-situ hybridizace (FISH) na vzorcích mozkových nádorů získaných při operaci stanovit frekvenci určených chromosomových aberací pomocí vybraných centromerických a lokus specifických sond a získaná data porovnat s klinickými a morfologickými údaji. V průběhu 6 let jsme získali celkem 270 vzorků, u 264 jsme provedli FISH analýzu pomocí panelu námi zvolených sond. Tyto získané výsledky jsme pak porovnali s histologickou analýzou odebraných vzorků a vybranými klinickými údaji (věk, Karnofsky skóre, rozsah resekce, celkové přežití). V každé skupině jsme stanovili medián a průměrnou dobu přežití, poté jsme u vybraných parametrů sledovali jejich vliv na celkovou dobu přežití pomocí Kaplan-Meierovy analýzy, rovněž jsme vytvořili Coxův regresní model se stanovením rizika příslušného parametru. U difuzních a anaplastických astrocytomů a anaplastických oligodendrogliomů stoupá riziko rychlé progrese a upgradingu na nádor vyššího grade při nálezu jiných aberací (především amplifikace EGFR, delece RB1, monosomie chromosomu 10, trisomie chromosomu 7, delece CDKN2A). Tito pacienti jsou sledováni v kratších časových...
|
|
|
Analýza komplexních změn karyotypu v nádorových buňkách a jejich význam pro patogenezi a prognózu maligních onemocnění
Lizcová, Libuše ; Michalová, Kyra (vedoucí práce) ; Goetz, Petr (oponent) ; Kuglík, Petr (oponent)
Cytogenetická analýza genomu nádorových buněk je v současnosti nedílnou součástí vyšetření nemocných s nádorovým onemocněním. Detekce chromosomových aberací napomáhá nejen ke stanovení nebo upřesnění diagnózy, prognózy a monitorování úspěšnosti terapie, ale hraje také nezastupitelnou roli při objasňování příčin maligní transformace buněk. Analyzovali jsme komplexní přestavby karyotypu moderními molekulárně cytogenetickými metodami (I-FISH, mFISH, mBAND, CGH, arrayCGH, SNP array) u vybraných hematologických malignit a difúzních gliomů. Detailně jsme popsali jednotlivé chromosomové aberace a vytipovali jsme chromosomy a chromosomové oblasti, které jsou u konkrétních onemocnění do těchto přestaveb zahrnuty nejčastěji. Určili jsme rekurentní zlomová místa na chromosomech a poukázali tak na oblasti s možnou důležitou rolí v počátečních i pokročilých stádiích kancerogeneze u daných onemocnění. Z klinického hlediska jsme prokázali, že komplexní změny karyotypu v době diagnózy u různých typů malignit jsou velmi špatným prognostickým ukazatelem. Nález komplexního karyotypu byl u nemocných doprovázen špatnou odpovědí na léčbu, častými relapsy a krátkou dobou přežití. Detailní analýzy komplexních aberací přináší nové poznatky o mechanismu vzniku nádorových aberací a důsledcích chromosomové nestability genomu...
|
|
|
Molekulární aspekty bipolární poruchy a schizofrenie
Stopková, Pavla ; Zvolský, Petr (vedoucí práce) ; Martásek, Pavel (oponent) ; Michalová, Kyra (oponent)
Studie podpořila předpoklad, že integrovaná denní péče může být stejně účinná jako klasická hospitalizace z hlediska psychopatologie a subjektivní spokojenosti se životem pro celou pětinu akutních psychiatrických pacientů. Nebyla prokázána větší spokojenost s léčbou pacientů v integrované denní péči. Denní psychiatrická péče byla vhodná pro pětinu ze všech psychiatrických pacientů přicházejících k léčbě na PK. Z důvodu nedostatku alternativ ke klasické hospitalizaci v ČR se jeví integrovaná denní péče jako jedna z vhodných možností.
|
|
|
Dipeptidyl Peptidase-IV Activity and/or Structure Homologues : Their Role in Gliomagenesis
Stremeňová, Jarmila ; Šedo, Aleksi (vedoucí práce) ; Michalová, Kyra (oponent) ; Mandys, Václav (oponent)
Dipeptidylpeptidáza-IV (DPP-IV, EC 3.4.14.5) patří spolu s proteinem aktivovaných fibroblastů-alfa (FAP) a dipeptidylpeptidázami -7, -8 a -9 do funkčně definované skupiny "Dipeptidylpeptidáze-IV aktivitou a/nebo strukturou homologních molekul" (DASH). Ty odštěpují X-Pro dipeptidy z N-konce řady biologicky aktivních peptidů, například neuropeptidu Y, substance P a některých chemokinů, zejména faktoru stromálních buněk-1alfa (SDF-1). Limitovaná proteolýza těchto mediátorů DPP-IV-podobnou enzymovou aktivitou může významně ovlivňovat biologické odpovědi cílových buněk. Proto je též předpokládána významná role DASH molekul v regulaci buněčné proliferace, maligní transformace, migrace a invaze a tím jejich patogenetický význam v procesu vzniku a rozvoje a nádorů. (...) V lidských astrocytárních nádorech jsme v tumorech vyššího stupně malignity pozorovali významně vyšší DPP-IV-podobnou enzymovou aktivitu. Hlavní podíl na DPP-IV-podobné enzymové aktivitě nenádorové mozkové tkáně i tkáně astrocytomů je pravděpodobně tvořen intracelulární DPP8 a DPP9, zatím co výrazný nárůst u vysoce maligních astrocytomů je atributem membránově vázané DPP-IV a pravděpodobně i FAP. Zároveň exprese a aktivita DPP-IV významně korelovala s expresí CXCR4, receptoru pro SDF-1. Zvýšení aktivity DPP-IV degradující SDF-1 může tedy být v...
|
host ::
RSS.