|
|
Development of pulse labelling technology for studying the dynamics of protein complexes.
Fiala, Jan ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Preisler, Jan (oponent) ; Sosic, Alice (oponent)
(IN CZECH) Strukturní hmotnostní spektrometrie (MS) je progresivní metoda současné strukturní biologie pro charakterizaci biomolekul. Ačkoli techniky založené na MS poskytují pouze informace "s nízkým rozlišením" ve srovnání s klasickými strukturálními metodami, jako je rentgenová krystalografie, elektronová mikroskopie nebo nukleární magnetická rezonance, její jedinečnost spočívá ve schopnosti snadno získat strukturní informace o různých biomolekulách v jejich nativním prostředí. Využitím různých přístupů, od kovalentního značení proteinů, přes chemické síťování až po iontovou mobilitu, umožňuje strukturní MS pohled na strukturu a dynamiku proteinů a jejich komplexů v čase. Tato práce je věnována vývoji nových přístupů strukturní MS, které jsou založeny na pulzním kovalentním značením a chemickém síťování. S využitím vyvinutého mikrofluidního reaktoru byl proveden "footprinting" povrchu proteinů a proteinových komplexů v časovém rozsahu od několika mikrosekund až po jednotky sekund. V této práci byly konkrétně použity rychlá fotochemická oxidace proteinů (FPOP) a nově vyvinutá technika rychlé fluoroalkylace proteinů (FFAP) pro sledování strukturních změn myoglobinu způsobených uvolněním prostetické skupiny hemu. Dále byly tyto metody úspěšně aplikovány k lokalizaci interakčního rozhraní biologicky...
|
|
|
Využití DESI/DAPPI-MS a MALDI-MS pro studium biologických objektů
Kaftan, Filip ; Cvačka, Josef (vedoucí práce) ; Valterová, Irena (oponent) ; Preisler, Jan (oponent)
(ČJ) Předkládaná disertační práce byla cílena na využití desorpčně ionizačních technik hmotnostní spektrometrie ke studiu různorodých biologických vzorků. Nedílnou součástí této práce byla konstrukce univerzální platformy pro ambientní ionizační techniky (AIT) v hmotnostní spektrometrii (MS) určené pro experimenty prováděné ve spojení s desorpční elektrosprejovou ionizací (DESI) a desorpční fotoionizaci za atmosférického tlaku (DAPPI). V rámci vývoje byla původně manuální platforma pro AIT přestavěna na motorizovanou platformu softwarově ovládanou prostřednictvím uživatelského rozhraní hmotnostního spektrometru. Díky motorizované platformě tak bylo možné s definovanou velikostí kroku provádět jednorozměrné (1-D) a dvourozměrné (2-D) analýzy vzorků. Zkonstruovaná platforma pro AIT v MS byla testována v případě DESI-MS režimu prostřednictvím modelového analytu rhodaminu B a pomocí reálných biologických vzorků v podobě vzorků rostliny oměj šalamounek. Testování platformy s využitím techniky DAPPI-MS bylo provedeno na biologických vzorcích novorozeneckého mázku. Modelového analytu rhodaminu B bylo v rámci techniky DESI-MS využito ke studiu základních desorpčně ionizačních procesů, ke kterým v DESI během analýzy vzorků dochází. K experimentům, které byly konkrétně zaměřené na vznik a charakter...
|
|
| |
host ::
RSS.