Název: Vývoj technik pulsního značení pro studium dynamiky proteinových komplexů.
Překlad názvu: Development of pulse labelling technology for studying the dynamics of protein complexes.
Autoři: Fiala, Jan ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Preisler, Jan (oponent) ; Sosic, Alice (oponent)
Typ dokumentu: Disertační práce
Rok: 2021
Jazyk: eng
Abstrakt: [eng] [cze]
(IN ENGLISH) Structural mass spectrometry (MS) is an evolving field of structural biology introducing novel techniques for the characterization of biomolecules. Although MS-based techniques only can provide "low-resolution" information compared to standard high-resolution techniques representing by X-ray crystallography, cryo-electron microscopy or nuclear magnetic resonance, its uniqueness lies in the ability to easily obtain structural information about various biomolecules in their native or native-like environment. By employing various approaches, from protein covalent labelling through chemical cross- linking to ion mobility, structural MS provides insight into the structure and dynamics of proteins and their complexes over a broad timescale. This thesis is dedicated to the development of novel structural MS approaches based on pulse covalent labelling and chemical cross-linking. Employing the developed quench-flow microfluidics apparatus, we performed footprinting experiments on proteins and protein complexes in timescale from a few microseconds to single seconds. Specifically, fast photochemical oxidation of proteins (FPOP) and novel fast fluoro alkylation of proteins (FFAP) techniques were utilized to track structural changes of myoglobin upon release of the prosthetic heme group.... (IN CZECH) Strukturní hmotnostní spektrometrie (MS) je progresivní metoda současné strukturní biologie pro charakterizaci biomolekul. Ačkoli techniky založené na MS poskytují pouze informace "s nízkým rozlišením" ve srovnání s klasickými strukturálními metodami, jako je rentgenová krystalografie, elektronová mikroskopie nebo nukleární magnetická rezonance, její jedinečnost spočívá ve schopnosti snadno získat strukturní informace o různých biomolekulách v jejich nativním prostředí. Využitím různých přístupů, od kovalentního značení proteinů, přes chemické síťování až po iontovou mobilitu, umožňuje strukturní MS pohled na strukturu a dynamiku proteinů a jejich komplexů v čase. Tato práce je věnována vývoji nových přístupů strukturní MS, které jsou založeny na pulzním kovalentním značením a chemickém síťování. S využitím vyvinutého mikrofluidního reaktoru byl proveden "footprinting" povrchu proteinů a proteinových komplexů v časovém rozsahu od několika mikrosekund až po jednotky sekund. V této práci byly konkrétně použity rychlá fotochemická oxidace proteinů (FPOP) a nově vyvinutá technika rychlé fluoroalkylace proteinů (FFAP) pro sledování strukturních změn myoglobinu způsobených uvolněním prostetické skupiny hemu. Dále byly tyto metody úspěšně aplikovány k lokalizaci interakčního rozhraní biologicky...
Klíčová slova: hmotnostní spektrometrie; kapalinová chromatografie; proteinové komplexy; pulsní značení; liquid chromatography; mass spectrometry; protein complexes; pulse labeling

Instituce: Fakulty UK (VŠKP) (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dostupné v digitálním repozitáři UK.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/20.500.11956/151515

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-453300


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Univerzita Karlova > Fakulty UK (VŠKP)
Vysokoškolské kvalifikační práce > Disertační práce