|
| |
|
|
Peptidasy rodiny M16B a evoluční souvislosti mezi nimi
Hanušová, Iva ; Stiborová, Marie (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent)
Souhrn V teoretické části tato bakalářská práce pojednává o skupině peptidas rodiny M16B. Detailněji se zabývá strukturou a evolucí mitochondriální a hydrogenosomální ,,processingˮ peptidasy a také hypotetickou proteasou z bakterie Rickettsia prowazekii. V praktické části této práce byly prostřednictvím metody cílené mutageneze připraveny konstrukty kódující α-podjednotku hydrogenosomální ,,processingˮ peptidasy (α- HPP) se zaměněným zbytkem tryptofanu v pozici 236 za fenylalanin a tyrosin. Následně byl do konstruktu α-HPP zaveden nový reportérový zbytek tryptofanu do pozice 256, 260, 267 nebo 271 v oblasti tzv. smyčky bohaté na glycin.
|
|
|
Enzymatické modifikace GlcNAc-thiazolinových inhibitorů hexosaminidas
Šmeringaiová, Ingrida ; Weignerová, Lenka (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent)
Tato práce se zabývá problematikou hledání účinných inhibitorů enzymů β-N- acetylhexosaminidas, které jsou odvozeny od 1,2-dideoxy-2'-methyl-α-D-glukopyranoso-[2,1- d]-Δ2'-thiazolinu (NGT). Práce je orientována na produkci inhibitorů odvozených od struktury NGT, acetylací jeho molekuly pomocí volných a na nosičích imobilizovaných lipas. Potenciální inhibitory β-N-acetylhexosaminidas mohou být účinnými nástroji pro studium těchto enzymů v buněčných procesech a taktéž otevírají dveře k nalezení možných terapeutik pro léčbu některých neurodegenerativních chorob, jako např. Alzheimerova nemoc. V práci je věnována pozornost stručné charakterizaci β-N-acetylhexosaminidas, a to hlavně glykosidas ze skupin označovaných GH 20 a GH 84. V experimentech byly konkrétně využity β-N-acetylhexosaminidasy člověka1 a z mikroorganismů Bacteroides thetaiotao-micron, Aspergillus oryzae, Streptomyces plicatus, Talaromyces flavus. Enzymy byly produkované, izolované, purifikované a následně byla otestována jejich aktivita. 6-O-Acetyl-1,2-dideoxy- 2'-methyl-β-D-glukopyranoso-[2,1-d]-Δ2'-thiazolin byl testován jako inhibitor zkoumaných enzymů. Výchozí látka NGT byl připraven modifikovaným postupem podle Knappa2 z 2- acetamido-1,3,4,6-tetra-O-acetyl-2-deoxy-α-D-glukopyra-nosy reakcí s Lawessonovým činidlem. Předmětem další...
|
|
|
Rekombinantní produkce bovinních NK receptorů
Böerová, Nikola ; Kavan, Daniel (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent)
NK buňky, které jsou součástí vrozeného imunitního systému, získávají stále větší pozornost, zejména kvůli svým schopnosti cytotoxicky zabíjet buňky některých nádorových linií a při určitých virových, bakteriálních či parazitárních napadeních organismu. NK buňky byly objeveny již v 70. letech 20. století a hrají důležitou roli při orgánových transplantacích, v boji s HIV a s jinými autoimunitními onemocněními. S okolím komunikují prostřednictvím svých receptorů, které zejména rozpoznávají nedostatečnou expresi MHC I glykoproteinů na povrchu cílových buněk, čímž se buňky brání rozpoznání cytotoxickými lymfocyty. Dodnes u některých z těchto receptorů nebyla rozřešena prostorová struktura, fyziologický ligand či jejich přesná role v organismu. Tato diplomová práce se zabývá výzkumem receptorů pocházejících z tura domácího (Bos taurus), který nepatří mezi klasická laboratorní zvířata a mým úkolem bylo přispět do výzkumu této skupiny proteinů. Zabývala jsem se jedněmi z nejdůležitějších zástupců NK receptorů a to CD69, NKRP1 a NKG2D získaných rekombinantní produkcí v bakteriálních buňkách. Výsledky publikované v této diplomové práci navazují na mou bakalářskou práci a společně tak mohou být přínosem pro další strukturní výzkum proteinů a tím v budoucnu mohou pomoci např. ve veterinární medicíně.
|
|
|
Interakce postranních řetězců hemu s apoproteinem: srovnání cytochromů P450 a NO-synthas
Fastová, Dagmar ; Hudeček, Jiří (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent)
Cytochromy P450 a NO-synthasy jsou hem-thiolátové proteiny podílející se na katalýze významných biochemických reakcí. V této práci byla provedena srovnávací analýza obou těchto skupin enzymů z hlediska hodnoty torzních úhlů pro vinylové postranní řetězce hemu v pozicích 2 a 4 na základě dostupných krystalografických dat pomocí programu Yasara. Zatímco hodnoty torzních úhlů obou vinylů u NO-synthas ukazují na velmi "konzervativní" konformace obou vinylů (v rozmezí od -30ř do 90ř pro pozici 2, resp. od -150ř do 120ř pro pozici 4) a na prakticky zanedbatelné rozdíly mezi jednotlivými formami těchto enzymů, pro savčí cytochromy P450 se ukázalo, že mezi jednotlivými rodinami jsou dosti výrazné rozdíly. V souladu s výsledky dřívějších analýz je rozmezí hodnot torzních úhlů pro vinyly v pozici 2 obvykle užší (od -120ř do 150ř) než pro vinyly v pozici 4, které jsou výrazně konformačně flexibilnější (hodnoty torzních úhly se pohybovaly v rozmezí od -30ř do 180ř). V druhé části práce byla zkoumána interakce cytochromu P450 a jeho reakčního partnera, cytochrom P450 reduktasy. Analýzou krystalografických dat bylo ověřeno, nakolik jsou prostorové pozice bazických aminokyselinových zbytků, odpovídající v primární struktuře různých savčích forem těm zbytkům v isoformě 2B4, o nichž se předpokládá, že odpovídají...
|
|
|
Izolace a purifikace environmentální DNA z horizontu stavební skrývky: stratifikační studie
Zahradník, Jiří ; Šulc, Miroslav (vedoucí práce) ; Weignerová, Lenka (oponent)
Podle současných poznatků je půda nejbohatším zdrojem mikrobiální biomasy. Klasickými kultivačními metodami je dostupné pouze necelé jedno procento druhů. Půdní metagenomická DNA je souborem veškeré DNA obsažené ve vzorku půdy, včetně DNA z jinak nekultivovatelných mikroorganismů a umožňuje nám zkoumat molekulární aspekty nekultivovatelných mikroorganismů a tedy jinak nedostupných sekvencí nukleových kyselin. Tato práce je zaměřena na charakterizaci a izolaci půdní metagenomické DNA z hlubokého horizontu skrývky, její zhodnocení z hlediska izolace a technik rekombinantní DNA s následnou stratifikační studií. Získané vzorky půdy byly předběžně charakterizovány z hlediska kvality - obsah jílovitých součástí, huminových látek a hrubý počet mikroorganismů. Následně byla isolována půdní metagenomická DNA, která byla kvantitativní a kvalitativní analýzou charakterizována. Byla vyhodnocena použitá metodika, vhodnost izolátu pro další použití a vliv kvalit půdy na proceduru jako takovou. Podle výsledků analýzy byly vybrány DNA izolované ze tří vzorků a zpracovány na knihovnu fragmentů lokusů 16S rRNA na DNA. Vybrané fragmenty byly sekvenovány a zpracovány na fylogenetickou studii, u které byl dán zřetel na měnící se diverzitu mikroorganismů v závislosti na hloubce (stratifikační studie)
|
|
|
Search for an Axion in OSQAR Experiment at CERN
Husek, Tomáš ; Finger, Miroslav (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent)
V předložené práci je představen experiment OSQAR v CERN. Cílem tohoto spíše malého experimentu je pátrání po hypotetické částici zvané axion, která by měla hrát důležitou roli v moderních fyzikálních teoriích. Je důležité zmínit, že celkové experimentální uspořádání stejně jako jednotlivá zařízení jsou ve stadiu vývoje a kalibrace a měřící režimy jsou stále optimalizovány. Proto je diskutována požadovaná funkčnost a spolehlivost v současnosti používaného vybavení spolu s řadou možných měřících postupů. Přiloženy jsou také předběžné výsledky, simulace a odhady na citlivost stávajícího experimentálního uspořádání.
|
|
|
Validace metody nové multiplexní sady protilátek a její využití pro stanovení prognostických znaků dětských akutních leukémií
Černá, Daniela ; Šulc, Miroslav (vedoucí práce) ; Poljaková, Jitka (oponent)
v českém jazyce Leukemie je nejčastější nádorové onemocnění u dětí, které se ročně vyskytuje v České republice přibližně ve 100 případech. Proto se tomuto výzkumu posledních 50 let věnuje na celém světě tolik pozornosti a financí a dětští pacienti s leukemií mají obrovskou naději na úplné vyléčení. Pro cca 10% pacientů však leukemie stále zůstává smrtelná a právě na tyto případy se zaměřují současné studie. Leukemie je komplexní onemocnění projevující se patologicky na úrovni DNA, mRNA i proteinů. Nicméně některé patologické projevy této nemoci jsou pouze na úrovni proteinů (a ne DNA či mRNA). Vzhledem k tomu, že se u leukemických buněk mění i značná část proteinového profilu, je třeba vyvíjet novější, citlivější a především účinnější metody, které jsou schopny sledovat změny u velkých souborů proteinů a tak detekovat prognostické a diagnostické znaky. V diplomové práci byla testována nová metoda, multiplexní sada protilátek. Ve spolupráci naší laboratoře s norským pracovištěm (Rikshospitalet University Hospital, University of Oslo) testujeme tuto metodu pod vedením dr. Lund-Johansena, který je autorem této metody. Sada protilátek představuje soubor 1152 populací latexových kuliček označených fluorescenčními barvičkami v různých koncentracích s navázanými protilátkami proti různým antigenům, u...
|
|
|
Lysosomální dědičná onemocnění: patobiochemie Gaucherovy choroby
Illner, Jan ; Hudeček, Jiří (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent)
Gaucherova choroba se řadí do skupiny lysosomálních střádavých onemocnění, které se týkají dědičných poruch katabolismu sfingolipidů. Tyto poruchy jsou způsobené mutacemi v genech příslušných hydrolas nebo jejich proteinových aktivátorů. Následkem je lysosomální hromadění nedegradovaných sfingolipidů, které vede u pacientů k závažným zdravotním problémům. V případě Gaucherovy choroby se jedná o nedostatečnou aktivitu lysosomální β- glukocerebrosidasy (GBA1). Neodbourávanými glykolipidy jsou glukosylceramid (GlcCer) a jeho lysoderivát glukosylpsychosin (lyso-GlcCer). Hromadění těchto látek je spjato s buňkami makrofágového původu označovanými jako Gaucherovy buňky, které se vyskytují především v játrech, slezině či plicích. Tato práce je zaměřena na patobiochemii těchto glykolipidů. Náplní této práce byla optimalizace hmotnostně spektrometrické metody pro měření aktivity β-glukocerebrosidasy s přirozeným substrátem. Metoda byla úspěšně optimalizována a může být efektivně využita pro diagnostické účely namísto používaných syntetických substrátů. V další fázi práce byl analyzován pH profil aktivity lysosomální β-glukocerebrosidasy za účelem zjistit přítomnost nelysosomálního enzymu, který by mohl degradovat glukosylceramid. Vyhodnocení pH profilu existenci takového enzymu v kožních fibroblastech...
|
|
| |
host ::
RSS.