|
|
Studying lymphocyte development using mass cytometry
Novák, David ; Stuchlý, Jan (vedoucí práce) ; Špidlen, Josef (oponent)
Studium vývoje lymfocytů pomocí hmotnostní cytometrie Abstrakt Vývoj dospělých lymfocytů (podtypu bílých krvinek) je klíčový pro správnou funkci lidského imunitního systému. V současnosti lze studovat vývojové cesty po- mocí vysoce výkonných metod měření na úrovni jednotlivých buněk (single-cell). Hmotnostní cytometrie umožňuje studium imunologicky relevantních fenotypových a funkčních markerů ve velkém měřítku. V této práci představuji svůj osobní podíl na vývoji tviblindi, silného nástroje pro analýzu cytometrických dat zaměřenou na odhalení vývojových trajektorií. tviblindi je balíček napsaný v jazycích R, Python a C++. Poskytuje možnost integrace předchozích vědomostí a datových analýz založených na teorii grafů a algebraické topologii. Nástroj tviblindi je přístupný výzkumníkům v oblasti biologie bez přehledu v informatice a matemat- ice. Jedná se o příspěvek k rostoucímu počtu metod na poli trajectory inference (odhalování vývojových trajektorií) pro single-cell data. Mimoto shrnuji současné poznatky o vývoji T lymfocytů a provádím analýzu souboru dat z lidského thymu a periferní krve pomocí tviblindi a výsledky analýzy hodnotím. 1
|
|
| |
|
| |
|
|
Předpoklady vzniku odpovědnosti za škodu v soukromém právu
Novák, David ; Dvořák, Jan (vedoucí práce) ; Doležal, Tomáš (oponent) ; Frinta, Ondřej (oponent)
1 Abstrakt Cílem této práce je zabývat se analýzou pojmu občanskoprávní odpovědnosti, a to zejména z pohledu jednotlivých předpokladů, které ve svém souhrnu právě ke vzniku odpovědnosti vedou, a to v rámci zvoleného tématu, tedy pokud jde o občanskoprávní odpovědnost za újmu. Text je rozdělen do devíti částí, včetně úvodu a závěru. V úvodu je vymezen předmět práce. V první části najdou čtenáři rozbor pojmu odpovědnosti z pohledu dosavadních teoretických koncepčních náhledů s tím, že na konci je prezentován vlastní názor autora, jakož i pohled zákona č. 89/2012 Sb., občanského zákoníku, v účinném znění (dále též jen "občanský zákoník"). V následující části je blíže představena problematika předpokladů vzniku odpovědnosti za újmu s tím, že následně jsou analyzovány jednotlivé soubory předpokladů, které v komplexu vedou ke vzniku odpovědnosti. Tyto nazývám systémy odpovědnosti, když konkrétně jde o variantu odpovědnosti objektivní a odpovědnosti subjektivní. Objektivní odpovědnosti je v rámci této části věnována zvláštní kapitola. Vzhledem k tomu, že pro zvolené téma je klíčová i otázka rozdělení druhů občanskoprávní odpovědnosti, zejména pokud jde o dělení na odpovědnost za vady, za újmu, za prodlení apod., je i tato otázka předmětem zkoumání této části práce, a to v samostatné kapitole. Další části jsou...
|
|
|
Raytracing pro GPUEngine
Novák, David ; Milet, Tomáš (oponent) ; Starka, Tomáš (vedoucí práce)
Hlavním cílem práce je optimalizace metody sledování paprsku, konkrétně pomocí akcelearčních datových struktur. Zaměřeno bude především na zamyšlení nad různými strategiemi stavby této struktury a jejího průchodu. V rámci práce budou implementovány a porovnány algoritmy běžící na CPU a na GPU, přesněji rychlost stavby a výsledná kvalita mající přímý vliv na rychlost výpočtu samotného sledování paprsku. K otestování kvality akcelerační struktury bude sloužit aplikace počítající zobrazování scény metodou sledování paprsku. Část stavby akceleračních struktur bude přidána do knihovny GPUEngine.
|
|
|
Návrh štíhlého výrobního procesu se zaměřením na realizaci výrobního layoutu
Novák, David ; Zíma, Jakub (oponent) ; Jurová, Marie (vedoucí práce)
Tato diplomová práce za zabývá návrhem štíhlého výrobního procesu s hlavním zaměřením na úpravu výrobního layoutu linky pro výrobu tepelných čerpadel, ve společnosti Daikin Device Czech Republic s.r.o. V úvodní části práce jsou zpracována teoretická východiska a následně je ve stručnosti představen podnik. V další části jsou analyzovány aktuálně vyráběné modely, výrobní procesy, linka z hlediska současného prostorového uspořádání a nakonec procesní časy. Na základě těchto analýz je představeno nové uspořádání výrobního layoutu a skladových prostor. V předposlední části práce jsou definovány podmínky realizace. V závěrečné části jsou potom vyhodnoceny přínosy této práce a to na základě reálných výsledků, které nový layout přinesl.
|
|
|
Počítačová podpora v archeologii 17/2018. Kouty, 28.-30. 5. 2018. Sborník abstraktů
Novák, David
The bilingual proceedings summarise the contributions presented at the international conference Computer Applications in Archaeology 2018, in the form of extended abstracts. The main topic of the conference was “big data” in archaeology, among others the collection of archaeological data using modern methods, archaeological remote sensing and 3D modeling and visualization in archaeology. The key-note lecture was given by a foreign expert (Christopher Green, University of Oxford). The conference included a workshop by L. Šmejda focused on working with Google Earth Engine.
|
|
|
Implementace rozhraní 10Gb Ethernetu pro Arria 10 SoC
Novák, David ; Košař, Vlastimil (oponent) ; Kořenek, Jan (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá návrhem, implementací a testováním 10 Gb Ethernet rozhraní pro čip Arria 10 SoC (kombinace FPGA a ARM Cortex-A9). Je zde popsána podoba rozhraní, jeho součástí a komunikace mezi nimi. Hlavní pozornost je věnována MAC vrstvě, která byla v rámci práce navržena a implementována. Druhým aspektem práce je problém zvyšujících se nároků systémů pro zpracování paketů na výkon CPU. Při rychlostech 10 Gb/s a vyšších již výkon běžných procesorů nepostačuje a je nutné hledat alternativní řešení - konkrétně akcelerace některých úkonů v FPGA a využití nových způsobů práce s pakety. Součástí práce je proto popis DPDK (knihovny pro rychlé zpracování paketů) a implementace DPDK rozhraní pro vytvořený modul MAC.
|
|
|
Human lymphopoiesis and its examination via single-cell analysis
Novák, David ; Kalina, Tomáš (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent)
Vývoj lidských B-lymfocytů je spletitým dějem. Samoobnovující se kmenový progeni- tor v primární lymfoidní tkáni je nejdříve předurčen k vývoji v lymfoidní linii. Vývoj B-buněčnou cestou pak zahrnuje somatické genové rekombinace, které vedou k expresi povrchového antigenního receptoru. Funkčnost B-buněčného receptoru a podrobení buňky testování na autoreaktivitu jsou podmínkami pro diferenciaci ve zralý B-lymfocyt. Děje v rámci tohoto vývoje jsou často zkoumány pomocí single-cell analýzy skrze průtokovou cy- tometrii, fluorescencí aktivované třídění buněk a hmotnostní cytometrii. Propojení těchto vysoce výkonných metod s moderními přístupy k analýze dat skýtá obrovský potenciál v nacházení vzácných buněčných populací a odchylných událostí v rámci krvetvorby. Klíčová slova: B-lymfocyt, lymfopoéza, průtoková cytometrie, FACS, hmotnostní cy- tometrie, shluková analýza, FlowSOM, PCA, t-SNE, Wanderlust. 1
|
|
|
Kombinovaná výroba tepla a bioplynu pomocí bioreaktoru
Novák, David ; Radil, Lukáš (oponent) ; Baxant, Petr (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá systémem bioreaktoru a jeho využitím k výrobě tepla a bioplynu. Bioreaktor využívá procesu kompostování a metanogení fermentace, které lidstvo zná už možná i stovky let ale i tak je kombinace těchto procesů poměrně neprozkoumaná oblast. V teoretické části práce jsou rozebrány stávající možnosti využití tepla vznikajícího v kompostu a dále je zde pak popsána používaná technologie malých bioplynových stanic a dalších malých systémů na výrobu bioplynu. Navazuje praktická část práce, kdy bylo úkolem navrhnout bioreaktor pracující i za nízkých teplot během zimy. Součástí řešení je prvotní návrh a vyzkoušení základní testovací konstrukce bioreaktoru následované realizací pokročilejšího a komplexnějšího systému zahrnujícího i ovládací a měřící centrum realizované pomocí mikrokontroleru.
|
host ::
RSS.