|
|
Proteomová analýza buněčné proliferace a diferenciace na modelech nervových kmenových buněk a nádorových buněk
Skalníková, Helena ; Kovářová, Hana (vedoucí práce) ; Anděrová, Miroslava (oponent) ; Bezouška, Karel (oponent)
6 ZÁVĚR 27 6 ZÁVĚR U nervových kmenových buněk byly pomocí dvojrozměrné gelové elektroforézy a následné hmotnostní spektrometrie identifikovány konstitutivně syntetizované proteiny v 66 proteinových skvrnách. Nejčastěji byly zastoupeny proteiny účastnící se metabolismu a úprav RNA a proteinů, následované cytoskeletárními proteiny a anexiny, metabolickými proteiny a enzymy, proteiny účastnící se tvorby energie, obrany buňky a buněčných signalizací. Bylo identifikováno 16 proteinů, jejichž hladina se statisticky významně měnila během diferenciace nervových kmenových buněk do nervových buněk. Zvýšení hladiny α- B crystallinu, hnRNP A1 a hnRNP A2/B1 a jejich lokalizace v nervových buňkách byly potvrzeny imunoblotem a imunocytochemií. Pomocí protilátkových mikročipů byly u nervových kmenových buněk detekovány fosforylace signálních proteinů související většinou s buněčnou proliferací (CDK1 a 2, PKC mu, PKCγ, Erk5 a α-B crystallinu) a zvýšená hladina proteinu GRK2. Naopak u diferencovaných buněk byl prokázán nárůst hladiny protein fosfatázy 4 (její katalytické podjednotky), hem-oxygenázy 2, kináz MEK3 a RafB a pro-kaspázy 1 a zvýšená fosforylace 40 kDa substrátu Akt kinázy bohatého na prolin. U nádorových buněk bylo po separaci proteinů systémem ProteomeLabTM PF 2D identifikováno 8 proteinů, jejichž hladina byla...
|
|
|
Protein chemistry and mass spectrometry in biochemical research
Pompach, Petr ; Bezouška, Karel (vedoucí práce) ; Chmelík, Josef (oponent) ; Kovářová, Hana (oponent)
Protein chemistry and mass spectrometry in biochemicul research Petr Pompach Ph. D. Thesis Department of Biochemistry Faculty of Science Charles University Supervisor: Doc. RNDr. Karel Bezouška, CSc. Prague 2006 tEia*iiitg;;tiBiÉ (n OO oO O\ O\ C.l C.l .+ : : : : :ÉGlc.l c.: Ý l.) a z t-r (J Fl E) lra J a U z a Fr tl5 a Fr zr\J) alai P.: ai a - Lr o L d a (|i iť r h t) o() r a a q C) ! - H F (n F íi a o) O a X, o >. C) o .l I +i oL o -O o o l.r U) N z oo - O o I L a Li +i vi ol Ei!t ,ql -l E 3a (n z E F a F z F z U pg ť: šé3; Ei ĚE$áE€EÉEáiz E ÉĚ E Ě s E ; u ; ó =-E5Ě:gd:'i = t Ei giĚg;;:1lV)iĚggĚgEsáEĚi* E Ě=;Éía:š;Éť E É!řěEEEFgg : ií€gáŤÉ5 ž:::š;;i : zi:€ i=ts€ĚiĚišĚÉiš;š5ĚiE.:. = = € .T ŽlĚE g;t$jíigggřEE iuEái E :É€šáĚ g;iÉ{Ě;ítÉÉF€Ě E iĚĚĚi ; š;šš!iiE řě E ši gE ig Ý E giĚE šgig;išiš::gígFĚi+g s E *'suĚšěĚ Ěie *Ěá, uE trE s'' -k*-=a.*:.* g: EPE€'šEEř€9 ěÍ.E ;š e::E;;áe;iÉgřšiE řĚt.E*E$*eE=$[:gř.v :IEF€=áfrE;='2E-ď ?! : g"HEu.:i=ĚE€;ÉE€ř€ Eš,*éEě9t.F;EE.Ě., ťiEEEE*ě:iiEĚgĚ:Éžáx;šš ř 5šEtsť uE.E.= e *n á:; € žEř: € ÉE.: i= ř-g p; i ĚĚ;: € i íEĚ = Hi;2E É*Ě u, Ě y ?' : 6 ě ř ; fij .: .c F=E;-sg&,Ě7Éď€3E€€ -i€E.E =:Í E=bÉ::ň !B:,: E t šáč š 3e = Ě l E ř f L Ei:í:9:*q;€gq3:;:.E: ťšÉI: Ě i ?E Ě ; Éi É.EE E EEE :!rEě45BEE EE.= €Eě íEEra-vĚ=3ň €.E3 iillťlgtššgtgi;g;ggiĚš; iáágá9 $*i;Ě:E; -Eás;t;É$ \o Ěi gi...
|
|
|
Proteomika jako nástroj studia molekulárních mechanizmů závažných onemocnění
Pospíšilová, Jana ; Petrák, Jiří (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent) ; Kovářová, Hana (oponent)
SOUHRN Proteomika je soubor analytických metod umožňující kvalitativní a kvantitativní popis proteomu. Expresní proteomika kvantitativně porovnává proteomy buněk, tkání, tělních tekutin a dalších biologických materiálů za různých podmínek s cílem nalézt rozdíly v expresi proteinů a na základě těchto rozdílů popsat biologické procesy probíhající ve zkoumaných organizmech. Výchozím materiálem expresních proteomických studií jsou složité směsi obsahující tisíce proteinů, které jsou analyzovány kombinací separačních (hlavně elektroforetických a chromatografických) metod a identifikovány, případně kvantifikovány pomocí hmotnostní spektrometrie. Cílem této dizertační práce je demonstrovat využití nástrojů expresní proteomiky k řešení několika biomedicínských problémů. Různé proteomické přístupy a nástroje jsme využili ke studiu molekulárních mechanizmů závažných onemocnění jak na biologických vzorcích pacientů, tak na modelovém organizmu a buněčné kultuře. Konkrétně jsme řešili tři různé projekty, a to hledání potenciálních molekulárních cílů pro selektivní likvidaci buněk lymfomů z plášťové zóny rezistentních na protinádorovou molekulu TRAIL, studium molekulárních mechanizmů srdečního selhání s využitím potkaního modelu objemového přetížení a hledání diagnosticky využitelných biomarkerů karcinomu ovaria....
|
|
|
Vývoj školství na Pelhřimovsku se zaměřením na malotřídní školu v Častrově
Kovářová, Hana ; Uhlířová, Jana (vedoucí práce) ; Stará, Jana (oponent)
1 ABSTRAKT Cílem diplomové práce bylo na základě použitých školních kronik zpracovat vývoj malotřídní školy v Častrově v okrese Pelhřimov a poukázat na přínos získaných poznatků pro práci ve škole. Teoretická část se věnuje studiu pamětních knih a v širším pohledu také celému regionu Pelhřimovsko. Praktická část popisuje projekt realizovaný se žáky této školy. Cílem bylo seznámit žáky prostřednictvím aktivizujících metod s historií školy v Častrově a zapůsobit na jejich vztah ke škole i k místu, kde žijí.
|
|
|
Proteomické přístupy ke studiu nádorových onemocnění
Lorková, Lucie ; Petrák, Jiří (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent) ; Kovářová, Hana (oponent)
Proteomika, jako soubor metod, technik a konceptů, byla využita ve třech projektech zaměřených na diagnózu a terapii onkologických onemocnění. První práce byla zaměřena na hledání spolehlivých a dostatečně senzitivních biomarkerů pro detekci karcinomu ovaria v jeho ranném stádiu. Dvěma odlišnými proteomickými přístupy jsme analyzovali séra žen s epiteliálním karcinomem ovaria a séra zdravých žen. Identifikovali jsme protein -1-antitrypsin s významně zvýšenou koncentrací v sérech pacientek a apolipoprotein A4 a retinol-binding protein 4 (RBP4) s významně sníženou koncentrací v sérech pacientek. Snížená koncentrace RBP4 v sérech žen s karcinomem ovaria může být výsledkem snížené produkce RBP4 ovariem nebo odrazem časných komplexních systematických změn v tělech pacientek. Cílem druhé práce bylo popsat molekulární mechanismus rezistence na cytarabin v buňkách lymfomu z buněk plášťové zóny (MCL). K proteomické analýze byly použity buněčné linie MCL a z těchto buněčných liniích byly získány subklony rezistentní na cytarabin. Mezi nalezenými změnami exprese proteinů byla detekována významná změna exprese deoxycytidin kinázy (DCK), jež je klíčovým enzymem v aktivaci purinových a pyrimidinových nukleosidů a jejich analogů. Buňky MCL rezistentní na cytarabin byly rovněž křížově rezistentní k jiným...
|
|
|
Proteom nádorové buňky a studium změn po působení protinádorových léčiv
Tylečková, Jiřina ; Kovářová, Hana (vedoucí práce) ; Strnad, Miroslav (oponent) ; Petrák, Jiří (oponent)
Rakovina představuje velmi heterogenní skupinu onemocnění a výsledky v současnosti dostupné protinádorové léčby jsou vysoce variabilní s nedostatečnými počty vyléčených pacientů. Pro hledání a vývoj nových, selektivních a specifických, nádorových biomarkerů, které mohou být použity ke sledování stavu nemoci a terapie, se používá celá řada proteomických technik. S ohledem na výše zmíněné skutečnosti jsme se v této práci zaměřili na studium proteomu nádorových buněk a jeho změn po působení protinádorových léčiv se specifickým zaměřením na (a) odpověď ke konvenčním léčivům ze skupiny antracyklinů s přihlédnutím k jejich rozdílnému klinickému využití a (b) identifikaci nových terapeutických cílů v nádorových buňkách rezistentních k biologickým preparátům jako jsou inhibitory (b1) cyklin-dependentních kináz a (b2) Aurora kináz. V této studii jsme identifikovali několik klíčových aspektů, které se vztahovaly k účinkům daunorubicinu, doxorubicinu a mitoxantronu. Zaměřili jsme se na časné intervaly po působení léčiv, kdy je minimalizován vliv apoptózy, a nalezli jsme změny proteinů metabolických a celulárních procesů společné pro všechna tři léčiva. Podstatnější bylo pozorování signifikantních změn proteinů účastnících se tvorby metabolických a energetických prekurzorů, které byly specifické pro působení...
|
|
|
Proteomová analýza účinků protinádorových léčiv a charakterizace mechanismů nádorové rezistence
Hrabáková, Rita ; Kovářová, Hana (vedoucí práce) ; Hernychová, Lenka (oponent) ; Šulc, Miroslav (oponent)
1 Abstrakt Cílená onkologická léčba je namířena proti specifickým molekulám zodpovědným za karcinogenezi a růst nádorů. Účinek této efektivní terapie je však stejně jako u konvenční chemoterapie závislý na výbavě nádorových buněk, které mohou rozvíjet rezistenci. Pro studium mechanismů působení protinádorových léčiv a charakterizaci nádorové rezistence jsme využili modely lidských buněčných linií s různým fenotypem nádorového supresoru p53 a podrobily je kvantitativní proteomické analýze. Podařilo se nám identifikovat proteiny významně ovlivněné působením léčiv podobné struktury a také proteiny účastnící se rozvoje nádorové rezistence. Po ošetření buněk protinádorovými léčivy docházelo k bezprostřednímu ovlivnění buněčného metabolismu, který byl u rezistentních buněk modulován trvale. Zjistili jsme, že k rozvoji nádorové rezistence k působení inhibitorů Aurora kináz významně přispívá vysoká hladina proteinů serinhydroxymethyltransferázy, serpinu B5 a calretininu, které podporují progresi nádoru nezávisle na expresi proteinu p53. Voltage-dependent anion-selective channel protein 2 se účastní rozvoje rezistence pouze u nádorových buněk s funkčním p53 a tyto buňky vykazují také nízkou expresi elongačního faktoru 2. Buňky s mutovaným p53 pak během rozvoje rezistence posilují antioxidační mechanismy. Klíčovou...
|
|
|
Proteomika biologických tekutin
Jarkovská, Karla ; Kovářová, Hana (vedoucí práce) ; Petrák, Jiří (oponent) ; Ulčová-Gallová, Zdeňka (oponent)
Civilizační choroby se každým rokem stávají pro lidstvo větší hrozbou. Nejen, že ohrožují životy jedinců, neplodnost také ovlivní šance každého jedince na svou reprodukci. Srdeční choroby, rakovina a degenerativní choroby v současnosti celosvětově zapříčiňují většinu úmrtí, přičemž tato civilizační onemocnění obvykle potřebují delší období, aby se staly příčinou smrti. Sekretované proteiny mohou nést důležité informace o buňce, stejně jako o stavu tkání tvořených buňkami původu daného proteinu. Zároveň mohou být po těle šířeny prostřednictvím tělních tekutin, které lze v případě potřeby snadno získat pro podrobné studie. Tyto sekretované proteiny jsou stejně jako proteiny buněčné často předmětem zájmu proteomických studií a odhalení změn v hladinách jednotlivých proteinů nás může vést nejen k novým poznatkům ohledně molekulárních mechanismů chorob, proteinům použitelným jako terapeutické cíle, ale také k molekulám použitelným pro diagnostické a prognostické účely - biomarkerům. Na základě výše uvedených faktů bylo cílem tohoto výzkumu nalézt diferenčně exprimované proteiny, které by mohly: (a) charakterizovat lidskou folikulární tekutinu jakožto mikroprostředí dozrávajícího oocytu za účelem rozšíření znalostí o molekulární podstatě tohoto procesu a vylepšení technik asistované reprodukce; (b) být...
|
|
| |
|
|
Proteomická analýza jaterního přetížení železem
Myslivcová, Denisa ; Petrák, Jiří (vedoucí práce) ; Kovářová, Hana (oponent) ; Hrkal, Zbyněk (oponent)
V našich experimentech jsme prokázali, že lidské jaterní buňky mění expresi proteinů v důsledku akutního toxického přetížení železem a následně v důsledku oxidativního stresu a že v játrech přetížených železem dochází ke změnám v močovinovém cyklu, metylačním cyklu, oxidaci mastných kyselin a metabolizmu cukrů. Dále jsme zjistili, že pro dědičnou hemochromatózu je typická odlišná jaterní exprese sarkozin dehydrogenázy, selenium binding proteinu 2, glutathion S-transferázy P1, karboxylesterázy 1 a thioredoxin-like proteinu 2. Identifikované proteiny v první a druhé studii přímo nebo nepřímo souvisejí s přetížením modelového organizmu železem. Jiné jsou spíše obecnou odpovědí buňky na stresové podmínky. Jsou to především PDI, enoláza, keratiny, HSP70, GST, GRP78/Bip a podjednotky proteazómu. Tyto proteiny patří mezi nejčastěji identifikované diferenciálně exprimované proteiny v proteomických studiích využívajících 2-DE (Petrak et al., 2008) a jejich expresní změny tedy nelze považovat za změny specifické pro metabolizmus železa či hemochromatózu. Výsledky naší studie nám poskytly nové informace nezbytné pro detailní molekulárních pochopení mechanizmů uplatňujících se v metabolizmu železa, které je podmínkou rozvoje nových postupů v prevenci i terapii onemocnění souvisejících s metabolizmem železa, především...
|
host ::
RSS.