|
|
Predikce proteinových domén
Valenta, Martin ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Práce představuje oblast proteinů a jejich domén. Stručně popisuje metody získání proteinové struktury na různých úrovních hierarchie. Pozornost je dále věnována existujícím nástrojům pro predikci proteinových domén a databázím sdružujícím informace o doménách. Dále jsou představeni vybraní zástupci metod predikce pracující jak s informacemi o vnitřní struktuře molekuly, tak se sekvencí aminokyselin. V příslušné kapitole je nastíněn realizovaný postup predikce hranic domén z primární struktury proteinu, využívající neuronovou síť. Zbývající část práce se zabývá testováním vytvořené implementace metodou křížové validace a možnostmi jejího dalšího rozvoje.
|
|
|
Webový server pro predikci sekundární struktury proteinů
Villem, Lukáš ; Očenášek, Pavel (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Tento diplomový projekt se zabývá problematikou predikce sekundární struktury proteinů. Po teoretickém úvodu následuje studie dostupných nástrojů, návrh a implementace webové aplikace, která kombinuje funkcionalitu několika webových nástrojů pro predikci sekundární struktury. Uživatel má možnost volit si počet využitých metod a vložit vybranou sekvenci jako prostý text nebo jako soubor ve standardním formátu. Získáním výsledků z vybraných nástrojů lze data konvertovat na unifikovaný formát, výsledek zobrazit uživateli a nad daty vytvořit vlastní predikci. Výsledná aplikace je testována a vliv jednotlivých nástrojů je upraven s cílem zvýšit úspešnost predikce. Výstupem aplikace je výsledek predikce, který je opět k dispozici jako text nebo soubor ke stažení.
|
|
|
Systém pro správu dohod o úrovni služeb podle ITIL
Drozd, Radek ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Rychlý, Marek (vedoucí práce)
Tato práce řeší správu dohod o úrovni služeb podle ITIL ve formě strukturovaného dokumentu na bázi webové služby. Je zde popsán rámec ITIL obecně, následně je provedena analýza, podle rámce definována struktura SLA a na jejím základě definován konceptuální model. Dále jsou prezentovány návrh a implementace webové služby a webového klienta. Obě aplikace budou využity při výuce na naší fakultě.
|
|
|
Vytvoření modulu pro dolování dat z databází
Krásenský, David ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Lukáš, Roman (vedoucí práce)
Cílem této práce je vytvořit modul pro získávání znalostí z databází pro informační systém Belindy firmy Voxnet s.r.o. V první fázi budou pomocí programu SAS Enterprise Miner analyzována data z databáze klientů firmy pomocí několika dolovacích metod a výsledky budou porovnány. Ve druhé fázi bude vhodná metoda implementována jako modul informačního systému Belinda. Součástí práce je také zhodnocení dosažených výsledků a možného využití v praxi.
|
|
|
Informační systém restauračních a barových zařízení
Mašlaň, Petr ; Weiss, Petr (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Cílem práce je prostudovat metody určování požadavků na software a metody specifikace a vytvořit informační systém na platformě .NET, který se bude zaměřovat na restaurační a barová zařízení. Informační systém bude tedy zpracovávat a archivovat informace o stavu zboží, nasazování zaměstnanců do směn, přehled příjmů a výdajů a knihu norem.
|
|
|
Aplikace pro zpracování dat z oblasti genového inženýrství
Brychta, Jan ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Očenášek, Pavel (vedoucí práce)
Tato práce má několik cílů. Jedním z nich je seznámit s problematikou genového inženýrství, zejména pak s fragmentací DNA, makromolekulou DNA, metodami pro purifikaci a separaci nukleových kyselin, enzymy používanými k úpravám těchto kyselin, amplifikací a také seznámit se shlukovou a gradientovou analýzou. Dalším cílem je pak prostudovat existující nástroj a srovnat ho s návrhem vlastní aplikace, což si klade jako cíl třetí. S návrhem úzce souvisí poslední z cílů. Je jím samotná implementace a zápis, jak byla aplikace otestována s reálnými daty. Získané výsledky budou diskutovány, stejně jako možnosti dalšího rozšíření.
|
|
|
Techniky pro porovnávání biologických sekvencí
Sladký, Roman ; Křivka, Zbyněk (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
V práci se seznámíme se výstavbou a funkcí základních biologických jednotek DNA, RNA a proteinů. Data, která poskytují, se uchovávají v biologických databázích, které jsou celosvětově propojeny pro lepší komunikaci a dostupnost veškerých informací při vědeckém bádání. Tajemství života je skryto v genech. Geny jsou kódovány sekvencemi nukleotidů a dávají vznik proteinům, které jsou tvořeny sekvencemi aminokyselin. Nejrozšířenějšími technikami pro porovnávání sekvencí jsou algoritmy FASTA a BLAST. V práci je popsán program PSProt, který je založen na bázi zmíněných algoritmů. Slouží k porovnávání sekvencí proteinů. Porovnávaný protein se ale nejdříve pomyslně syntetizuje ze zadaného oligonukleotidu DNA, který kóduje potenciální protein. Nejpodobnější proteiny jsou pak vyhledány heuristikou hitbodů a poté algoritmem semiglobálního zarovnání upraveno jejich výsledné skóre rozhodující pro vyhledávání.
|
|
|
Udržovatelná verze informačního systému Akademického centra
Šramka, Michal ; Bartík, Vladimír (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Cílem této diplomové práce je vytvořit základ nového informačního systému Akademického centra studentských aktivit. Nový informační systém Akademického centra by měl být dobře dokumentovaný a udržovatelný. V této práci jde především o návrh jádra systému a několika modulů a jejich následnou implementaci. První část projektu se zabývá otázkami udržovatelnosti softwarových produktů a návrhem jejich architektur. Ve druhé části je provedena analýza současného informačního systému Akademického centra studentských aktivit a vytvořen návrh architektury pro systém nový. Dále je proveden návrh jádra a vybraných modulů. Následuje implementace navržených částí a jejich otestování na reálných datech.
|
|
|
Rekurzivní prohledavač webu pro KDE
Hefka, Lukáš ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Burget, Radek (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá problematikou prohledávání webových stránek z desktopového prostředí KDE. Součástí práce je seznámení s aplikačním rozhraním tohoto prostředí, popis návrhu a implementace aplikace. Ta podporuje řadu omezení, jak už na oblast hledání, tak na hledání samotné. Aplikace prochází internetem za pomoci rekurze a hypertextových odkazů stránek. V závěru práce jsou popsány výhody aplikace oproti jiným alternativám.
|
|
|
Vyhledávání přibližných palindromů v DNA sekvencích
Remiáš, Richard ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Práca sa zaoberá problematikou vyhľadávania presných a približných palindrómov. V súvislosti s vyhľadávaním presných palindrómov analyzuje naivný postup vyhľadávania ako aj postupy založené na sufixových stromoch, ktorých konštrukcia je tiež rozobraná. Vyhľadávanie približných palindrómov je realizované za pomoci princípov dynamického programovania. Samotné vyhľadávanie je rozdelené na tri časti: vyhľadanie palindrómov, filtrácia výsledkov a ich rekonštrukcia. Každá časť je popísaná algoritmom a implementovaná programom v prílohe práce.
|
host ::
RSS.