|
|
Frekvence a význam genetických změn v genomu leukemických buněk u dětí s T-ALL
Sládková, Lucie ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Březinová, Jana (oponent)
T-ALL (T-buněčné akutní lymfoblastické leukemie) představují 10−15 % dětských akutních lymfoblastických leukemií a jedná se o klinicky i geneticky heterogenní onemocnění. Zhruba 50 % nemocných má normální karyotyp, a přestože byla popsána řada kryptických rekurentních chromosomových aberací, jejich prognostický význam není zcela jasný. Cílem studie bylo detailně analyzovat buňky kostní dřeně dětí s T-ALL pomocí cytogenomických metod, určit frekvenci kryptických aberací a posoudit jejich význam pro prognózu onemocnění. Vyšetřili jsme diagnostické vzorky u 67 dětí s T-ALL (19 dívek a 48 chlapců, medián věku 8 let). Získané změny jsme analyzovali metodami G-pruhování, I-FISH (Dako, Abbott) a MLPA (MRC-Holland). Chromosomové aberace jsme detekovali u 60 dětí (91 %). Nejčastějšími změnami byly delece genu CDKN2A (48×), které jsme pozorovali obvykle v kombinaci s dalšími změnami. Dále přestavby lokusů pro TCR geny (20×). Přestavby genu TLX3 jsme detekovali v 18 případech a nikdy nebyly asociovány s přestavbami TCR lokusů. Komplexní karyotyp jsme prokázali u 10 nemocných s rekurentními zlomovými místy 5q35 a 10q24. 47 pacientů žije v první nebo druhé kompletní remisi, relaps onemocnění se vyskytl u 14 dětí a 20 jich zemřelo. Statistická analýza OS i EFS se významně lišila pouze pro parametr TRA/TRD (p =...
|
|
|
MikroRNA v patogenezi AML
Koutová, Linda ; Korabečná, Marie (vedoucí práce) ; Zemanová, Zuzana (oponent) ; Kotyza, Jaromír (oponent)
Akutní myeloidní leukemie (AML) je značně heterogenní onemocnění, za jehož vznikem leží cytogenetické či molekulárně genetické aberace. Množství těchto změn bylo již odhaleno a jejich detekce je běžnou součástí diagnostického procesu. Mezi méně známé a pro diagnostiku zatím nepoužívané abnormality patří změny expresního profilu malých, nekódujících RNA, tzv. mikroRNA (miRNA). Tyto RNA 19-24 nukleotidů dlouhé se podílejí na regulaci exprese různých genů prostřednictvím komplementární vazby k 3'netranslatovanému konci (3'UTR) cílové messenger RNA (mRNA). Dokážou ovlivňovat klíčové procesy buňky, jako jsou diferenciace, proliferace, apoptóza. Změny v expresi různých miRNA jsou popsány u odlišných typů nádorových onemocnění. U solidních nádorů jsou obvykle detekovány z bioptických vzorků, v současnosti se věnuje velká pozornost vyšetření plazmy jako tzv. tekuté biopsie schopné podat informace o molekulárně genetických dějích v organismu. Nemalé množství studií odhalilo deregulované miRNA v kostní dřeni, plné krvi či izolovaných progenitorových buňkách (CD34+ buňky) pacientů s AML, pouze čtyři studie byly zaměřeny na analýzu plazmy. Zaměřili jsme se na vyšetření plazmy s cílem najít miRNA, jejichž hladiny se výrazně liší při záchytu AML a po prodělané chemoterapii. Z více než 750 testovaných miRNA jsme...
|
|
|
Ichtyologický průzkum stavu třecího hejna bolena dravého v nádrži Švihov v roce 2017
Šmejkal, Marek ; Blabolil, Petr ; Bartoň, Daniel ; Kolařík, T. ; Soukalová, Kateřina ; Děd, Vilém ; Boborová, K. ; Michalička, P. ; Zemanová, Z. ; Kočvara, Luboš ; Duras, J. ; Kubečka, Jan
Cílem práce bylo odlovení části třecího hejna hlubinným elektrickým agregátem a označení ulovených jedinců bolena dravého individuálními čipovými značkami (PIT-tagy). Na základě značení byl proveden odhad početnosti třecího hejna bolena dravého v nádrži Švihov pomocí metody mark-recapture. Dále jsme stanovili meziročních délkové a hmotnostní přírůstky pohlavně dospělých jedinců. Značení jedinci byli monitorováni pomocí pasivní telemetrie na přítoku nádrže Švihov.
|
|
|
Molekulárně cytogenetická diagnostika marker chromozomů
Tesner, Pavel ; Kočárek, Eduard (vedoucí práce) ; Zemanová, Zuzana (oponent) ; Šubrt, Ivan (oponent)
Nadpočetné marker chromozomy (sSMC) jsou relativně vzácným cytogenetickým fenoménem. Jejich laboratorní analýza není jednoduchá, a ještě náročnější je klinická interpretace výsledků. Hlavním důvodem je především to, že většina nosičů sSMC nemá žádné klinické projevy. Svoji roli hraje chromozomový původ a přesný rozsah aberace, ale také to, že se sSMC velmi často nacházejí v mozaice, která může ovlivňovat fenotyp i interpretaci výsledků. Prenatální nález sSMC představuje jednu z nejnáročnějších situací v klinické, ale i laboratorní genetice. Práce se zabývá vyšetřovacím procesem při nálezu sSMC s použitím molekulárně cytogenetických technik, zejména fluorescenční in situ hybridizace (FISH). Prospektivně i retrospektivně bylo vyšetřeno celkem 67 rodin a bylo nalezeno 70 jedinečných sSMC u celkem 74 osob. Šest případů bylo familiárních a ve třech případech byly nalezeny dva sSMC u jednoho jedince. Podle vstupního nálezu v karyotypu byly případy rozděleny do dvou skupin, na sSMC nadpočetné k normálnímu karyotypu (skupina A) a sSMCT nadpočetné k turnerovskému karyotypu (skupina B). Chromozomový původ byl úspěšně stanoven u 88,6 % sSMC. Ve skupině A byly nejčastějším nálezem sSMC pocházející z chromozomu 15, na druhém místě pak sSMC pocházející z ostatních akrocentrů. Klinické hodnocení vlivu sSMC na...
|
|
|
Molekulárně genetická analýza vybraných kryptických přestaveb lidských chromozómů
Šolc, Roman ; Hirschfeldová, Kateřina (vedoucí práce) ; Zemanová, Zuzana (oponent) ; Kuglík, Petr (oponent)
Předkládaná práce shrnuje výsledky výzkumu zaměřeného na studium kryptických přestaveb lidských chromosomů. Konkrétně se zaměřuje na tři základní oblasti výzkumu. První oblast představuje výzkum kryptických přestaveb identifikovaných jako kauzální příčiny onemocnění u mentálně retardovaných pacientů s původně neznámou etiologií. Nejčastěji se jedná o tzv. mikrodeleční sydromy. Velká variabilita fenotypu a často překrývající se symptomy mikrodelečních syndromů vyžadují celogenomový přístup. V rámci výzkumu bylo vyšetřeno 64 probandů a u 10 (16 %) z nich byly nalezeny kryptické přestavby, jež byly dále analyzovány. Druhou oblast představuje výzkum kryptických přestaveb asociovaných s pseudoautosomálním regionem 1 (konkrétně s oblastí genu SHOX), jež mohou být přirozenou součástí variability genomu i příčinami vzniku onemocnění. V rámci výzkumu bylo vyšetřeno 98 pacientů s Léri-Weillovou dyschondrosteózou nebo idiopatickým malým vzrůstem, přičemž kauzální mutace byla nalezena u 68,8 %, resp. 7,8 % probandů. Současně byla drobná delece, tzv. delece L05101 nalézající se v blízkosti regulačních oblastí genu SHOX, vyhodnocena jako populační polymorfismus bez zjevného fenotypového dopadu. Komparativní analýza duplikací detekovaných v souboru 250 zdravých jedinců v porovnání s rozsahem a umístěním duplikací...
|
|
|
Nebalancované změny v genomu nádorových buněk a jejich úloha v patogenezi onemocnění
Lhotská, Halka ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Jarošová, Marie (oponent) ; Kuglík, Petr (oponent)
Genomová nestabilita projevující se mimo jiné přítomností nebalancovaných změn je charakteristickým rysem maligní transformace buňky. Metodami I-FISH, mFISH, mBAND, CGH array, SNP array, MLPA, MS-MLPA a MS-PCR jsme analyzovali genomové aberace, metylační a mutační stav některých klinicky významných genů. Zaměřili jsme se na dvě skupiny nemocných, u kterých se často setkáváme s nebalancovanými změnami - pacienty s maligními mozkovými nádory (gliomy) a nemocné s myelodysplastickými syndromy (MDS). U pacientů s nízkostupňovými gliomy (WHO grade I-II) patřila k nejčastějším nálezům kodelece 1p/19q (82,6 % nemocných s oligodendrogliomy a oligoastrocytomy), mutace IDH1/IDH2 genů (87 % s WHO grade I-II gliomy), získaná UPD 17p (72,2 % pacientů s astrocytomy) a obecně vyšší výskyt nebalancovaných změn u nemocných s astrocytomy. Popsali jsme dosud nepublikovanou metylaci promotoru genu MLH3 u 60,9 % nemocných s oligodendrogliomy a 27,3 % pacientů s astrocytomy. Rovněž jsme sledovali zisk chromosomových aberací u nemocných s recidivujícími nádory. V souboru nemocných s MDS a komplexním karyotypem jsme studovali přestavby deletovaného chromosomu 5 a popsali jsme jeho nejčastější translokační partnery. U 49 % pacientů z tohoto souboru jsme pozorovali znaky chromotripsis spojené s vysokým počtem delecí/...
|
|
| |
|
|
Chromosomové aberace u akutních leukémií dětského věku.
Sládková, Lucie ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Šárová, Iveta (oponent)
Leukémie jsou nejčastějším nádorovým onemocněním, které se v dětském věku vyskytuje. Většina případů tvoří leukémie akutní, z nichž nejčastější je akutní lymfoblastická leukémie (ALL), druhou nejčastější formou je akutní myeloidní leukémie (AML). Jedním ze základních vyšetření při stanovení diagnózy je analýza karyotypu leukemických buněk, při které hledáme rekurentní chromosomové aberace. Tyto změny ve struktuře či počtu chromosomů lze nalézt až u 90 % nemocných a u většiny z nich je znám i jejich prognostický význam. U ALL jsou za prognosticky nejvýznamnější cytogenetické změny považovány nálezy tzv. vysoké hyperdiploidie (>50 chromosomů) a translokace t(12;21)(p13;q22), které jsou spojené s dobrou prognózou, a dále translokace zahrnující gen KMT2A v oblasti 11q23 spojené se špatnou prognózou. U AML se k nejčastějším aberacím řadí t(8;21)(q22;q22), t(15;17)(q24;q21) a inv(16)(p13;q22), které jsou považovány za ukazatel dobré prognózy. Významným prognosticky nepříznivým nálezem u AML jsou rovněž přestavby genu KMT2A, z nichž k nejčastějším patří translokace t(9;11)(q23;p13.1). V dnešní době existuje mnoho možností, jak chromosomové aberace v leukemických buňkách detekovat. Z klasických cytogenetických metod se nejčastěji používá G-pruhování, které má nespornou výhodu v tom, že umožňuje zároveň...
|
|
| |
|
|
Molekulárně cytogenetická analýza gliálních buněk a její přínos pro klasifikaci mozkových nádorů.
Šediváková, Kristýna ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Král, Jiří (oponent)
Difúzní gliomy jsou heterogenní skupina mozkových nádorů, které se liší odezvou na léčbu a prognózou. Nejpočetněji jsou zastoupeny nádory derivující z astrocytárních a oligodendrogliálních buněk. Histologická klasifikace gliomů je často subjektivní a rovněž jejich léčba je dnes stále problematická. Cílem práce bylo provést detailní molekulárně cytogenetickou analýzu genomu nádorových buněk u nemocných s histologicky potvrzenými mozkovými gliomy různých subtypů a stupňů malignity, hledat rekurentní aberace specifické pro jednotlivé subtypy a posoudit jejich potenciální úlohu při vzniku a progresi nádoru. Ke sledování frekvence známých specifických aberací v různých subtypech mozkových nádorů jsme použili metodu interfázní FISH (I-FISH) s panelem lokus specifických a/nebo centromerických DNA sond. K celogenomové analýze a k detekci kryptických nebalancovaných změn v genomu nádorových buněk jsme použili metodu SNP array. Kombinací metod I- FISH a SNP array jsme detekovali nejen známé chromosomové změny, které jsou typické pro jednotlivé subtypy nádorů, ale také nové nebo méně časté rekurentní aberace. U nemocných s nízkostupňovými gliomy jsme nejčastěji pozorovali získanou UPD (aUPD) na krátkých ramenech chromosomu 17. Zajímavý byl rovněž nález mnohočetné fragmentace dlouhých ramen chromosomu 10 u...
|
host ::
RSS.