|
|
Function of SWI/SNF chromatin-remodeling complex in tumor initiation and progression of melanoma cells
Ondrušová, Ľubica ; Vachtenheim, Jiří (vedoucí práce) ; Goetz, Petr (oponent) ; Hejnar, Jiří (oponent)
Čoraz častejšie je vznik nádorových ochorení spájaný so zmenami chromatínovej remodelácie. SWI/SNF chromatín-remodelujúce komplexy sa podieľajú na regulácii génovej expresie zmenou chromatínovej štruktúry a v závislosti na kontexte, môžu vystupovať ako transkripčné aktivátory alebo represory. Energiu pre remodeláciu poskytuje ATPázová podjednotka, ktorou môže byť buď proteín Brm (Brahma) alebo Brg1 (Brahma related-gene 1). Malígny melanóm je agresívny druh rakoviny, ktorý sa vyznačuje vysokou rezistenciou k súčasnej terapii. Kľúčové postavenie v biológii melanómu má transkripčný faktor MITF (microphthalmia-associated transcription factor), ktorý stojí v centre transkripčnej regulácie od embryonálneho vývoja normálnych melanocytov, ich diferenciácie, udržania identity a prežívania nielen normálnych, ale aj nádorových melanocytov. V našej práci sme zistili, že aktívny SWI/SNF komplex je nevyhnutný pre expresiu MITF. Tento komplex je taktiež dôležitý pre expresiu niektorých cieľových génov MITF. Prežívanie melanómových buniek je absolútne závislé na funkčnom komplexe SWI/SNF a bunky si zachovávajú vysokú expresiu jednotlivých zložiek. Primárne sa v regulácii MITF uplatňujú Brg1-obsahujúce subkomplexy, ktoré môžu byť po strate expresie Brg1 funkčne kompenzované subkomplexami s Brm. V každom prípade pre...
|
|
|
Effects of heme arginate in HIV-1 acute infection and in latency reversal
Prakash, Shankaran ; Mělková, Zora (vedoucí práce) ; Hirsch, Ivan (oponent) ; Hejnar, Jiří (oponent)
V současnosti dostupná antiretrovirotika efektivně potlačují replikaci HIV-1 a blokují progresi onemocnění. Virus však není možné eliminovat z organismu, neboť HIV-1 integrovaný do genomu není existujícími antiretrovirotiky ovlivňován. Aktivně se proto vyvíjejí nové látky schopné reaktivovat provirus a zlikvidovat latentní rezervoár, tzv. terapie "shock and kill". Normosang (hem arginát; HA) je preparát obsahující lidský hemin využívaný k léčbě akutní porfyrie. Hem je fyziologicky degradován hem oxygenasami na železo (Fe2+ ), oxid uhelnatý (CO) a biliverdin, který je dále přeměňován biliverdin reduktasou na bilirubin. V této práci jsme prokázali, že HA inhibuje replikaci HIV-1 při akutní infekci, což bylo doprovázeno inhibicí reversní transkripce. Naproti tomu HA působil synergicky s forbol myristyl acetátem (PMA) a reaktivoval HIV-1 provirus v buňkách ACH-2 a HIV-1 "minivirus" v klonech buněk Jurkat A2 a H12. HIV-1 "minivirus" byl reaktivován i samotným HA. Dále jsme studovali efekty degradačních produktů hemu na reaktivaci latentního HIV-1 přidaných jednotlivě. K tvorbě Fe2+ jsme využili askorbát, jehož přidání zvyšovalo expresi HIV-1 proviru i "miniviru". Další dva degradační produkty hemu, CO a bilirubin, expresi proviru inhibovaly. Antioxidans N- acetylcystein stejně jako chelátor železa...
|
|
|
Retroviral variants and their relationship to nonpermisive cells
Přikryl, David ; Hejnar, Jiří (vedoucí práce) ; Hirsch, Ivan (oponent) ; Rumlová, Michaela (oponent)
Ve své doktorské práci jsem se zaměřil na studium obalových glykoproteinů ALV (ptačích leukósových virů), skupiny retrovirů infikující hrabavé ptáky a vyvolávající řadu onemocnění. Informace o způsobech šíření viru, především o jejich receptorech, jsou nezbytné vzhledem k probíhající snaze o eradikaci těchto virů. Navíc, mnoho variant retrovirů infikuje buňky nezávisle na přítomnosti receptoru; pochopení tohoto jevu je rovněž nanejvýš důležité. Analyzovali jsme nově objevenou podskupinu ALV, označenou K pro její sekvenční odlišnost od ostatních podskupin a určili její hostitelský rozsah a interferenci, abychom potvrdili, že si tato skupina zaslouží nové písmeno. Identifikovali jsme receptor pro ALV-K, kterým se ukázal být Tva, receptor využívaný také ALV-A. Vzhledem k rozdílům v hostitelském rozsahu a rozdílné inhibici rozpustnou formou Tva ovšem předpokládáme, že tyto dvě podskupiny využívají rozdílné epitopy Tva receptoru. Také jsme analyzovali variantu ALV-C, vykazující rozšířený hostitelský rozsah, který se projevil její schopnosti infikovat křeččí buňky. Zjistili jsme, že rozšířený hostitelský rozsah koreluje se schopností obalového glykoproteinu přejít do aktivovaného předfúzního stavu předčasně, bez interakce s receptorem, což bylo demonstrováno stejnou citlivostí na teplotu, pH a selektivní...
|
|
|
Strukturní a regulační aspekty aktivace kinázy Src
Koudelková, Lenka ; Brábek, Jan (vedoucí práce) ; Brdička, Tomáš (oponent) ; Hejnar, Jiří (oponent)
Kináza Src má stěžejní roli v množství fundamentálních buněčných procesů. Mimo jiné je součástí signálních drah řídících proliferaci, motilitu či diferenciaci a často bývá deregulována v různých typech nádorů. Aktivita Src proto podléhá přísné a komplexní regulaci, která je zprostředkována SH3 a SH2 doménami a fosforylačním stavem tyrosinů 416 a 527. V kompaktním inaktivním stavu kinázu udržují intramolekulárními inhibiční interakce. Jejich narušením dochází k otevření struktury Src a přechodu do aktivního stavu. Identifikovali jsme nový mechanismus, skrze který může být Src regulována. Jedná se o fosforylaci konzervovaného tyrosinu 90 vazebného povrchu SH3 domény, která vede ke snížení afinity SH3 domény k ligandům včetně CD linkeru a aktivaci kinázy. Fosfomimikujíci mutace tyrosinu 90 indukovala transformaci buněk a zvýšený invazivní potenciál. Jelikož je katalytická aktivita Src reflektována jeho strukturou, lze prostřednictvím stanovení tvaru kinázy usuzovat na její aktivitu. Na základě této korelace jsme sestrojili FRET senzor konformace Src umožňující sledovat s prostorovým a časovým rozlišením dynamiku aktivace kinázy v buňkách. Dokumentovali jsme, že aktivační mutace v SH3, SH2 i kinázové doméně nebo některé typy inhibitorů jsou schopny vyvolat otevření struktury Src. Analýza aktivace Src...
|
|
|
Integration site distribution of expressed proviruses
Miklík, Dalibor ; Hejnar, Jiří (vedoucí práce) ; Kejnovský, Eduard (oponent) ; Indik, Stanislav (oponent)
Pro zajištění účinné exprese svých genů integrují retroviry provirové kopie svých genomů do genomů infikovaných buněk. Epigenetické procesy však mohou narušit a umlčet expresi integrovaných provirů. Takovéto umlčování sice zpomaluje šíření virové infekce, ale vytváří také reservoir latentních provirů, který v důsledku brání účinné léčbě retrovirových (např. HIV-1) infekcí. Umlčování integrujících se retrovirových vektorů navíc omezuje jejich účinou aplikaci v transgenezi či genové terapii. Cílem této práce je popsat interakce mezi expresí retrovirů a hostitelským (epi)genomikým prostředím v místech integrace provirů. Pro splnění stanoveného cíle jsme se rozhodli definovat (epi)genomické prostředí provirů, jejichž exprese není zasažena epigenetickým umlčováním. Jako modelové systémy jsme využili odlišné retrovirové vektory odvozené od ptačího sarkomového a leukózového viru (ASLV), myšího leukemického viru (MLV) nebo lidského viru získané imunodeficience typu 1 (HIV-1), jejichž expresní aktivita v lidských buňkách byla sledována. Za účelem popisu charakteristik míst integrace provirů rezistentních vůči umlčování jsme z infikované populace oddělili buňky nesoucí aktivní proviry, identifikovali místa integrace těchto provirů a porovnali charakteristiky takovýh míst s těmi získanými ze směsné, neselektované...
|
|
|
The expression of miRNA in HPV-associated and HPV-independent head and neck tumors
Vojtěchová, Zuzana ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Hejnar, Jiří (oponent) ; Slabý, Ondřej (oponent)
Nádory hlavy a krku představují skupinu nádorů dvojí etiologie. První skupinou jsou nádory asociované s infekcí HPV, druhou skupinou jsou nádory nevirové etiologie, které jsou spojeny s dvěma hlavními rizikovými faktory, a tím je kouření a konzumace alkoholu. Z publikovaných studií je zřejmé, že HPV-pozitivní nádory se vyskytují častěji u mladších pacientů a zároveň tito pacienti vykazují lepší prognózu a celkové přežívání. Z tohoto důvodu je zvažována modifikace léčby na základě etiologie nádorového onemocnění. Nicméně je důležité zajistit specifický, citlivý a klinicky významný biomarker pro přesné určení etiologie nádoru. Vhodným kandidátem pro takové biomarkery jsou miRNAs, jakožto malé nekódující regulační molekuly, které jsou stabilní i v archivních vzorcích, a jejichž rozdílná exprese byla detekována v řadě lidských nádorů a je specifická pro nádory různého původu. Předkládaná práce je zaměřena na miRNA profilování v HPV-pozitivních a HPV-negativních nádorech krčních mandlí a nádorech děložního hrdla s cílem najít rozdíly v regulaci důležitých karcerogenních drah nádorů virové a nevirové etiologie. Naše výsledky ukazují velkou heterogenitu v expresních profilech miRNAs u těchto nádorů. I přes využití velmi dobře charakterizovaného a jednotného souboru vzorků jsme detekovali malý překryv...
|
|
|
Replikační bloky viru Rousova sarkomu v savčích buňkách
Koslová, Anna ; Hejnar, Jiří (vedoucí práce) ; Ruml, Tomáš (oponent) ; Weber, Jan (oponent)
Jedním z důležitých úkolů virologie i imunologie je odhalit mezidruhové a buněčné bariéry bránící horizontálnímu přenosu virů a určit, jakým způsobem mohou viry překonat tyto překážky a adaptovat se na jiný živočišný druh. Tato práce je založena na dobře zavedeném retrovirovém modelu - ptačím viru Rousova sarkomu (RSV) a zkoumá, jakým způsobem je blokována replikace tohoto viru v savčích buňkách. Vstup viru do buňky je zprostředkován vazbou virového obalového glykoproteinu (Env) na specifický buněčný receptor. Ačkoliv savčí orthology popsaných ptačích receptorů neumožňují vstup RSV do buňky, u některých kmenů RSV byl pozorován tropismus pro savčí buňky a byly popsány různé savčí linie transformované RSV. Analýza proviru H20-RSV v jedné z těchto linií (křeččí nádorová linie H-20) odhalila několik mutací včetně dvou zásadních aminokyselinových záměn v rozdílných částech Env. Záměny D32G a L378S umožnily virový přenos na křeččí, lidské i kuřecí buňky postrádající příslušný receptor. Pozměněná konformace Env H20-RSV byla podobná jako v případě aktivovaného stavu Env po interakci s receptorem. Toto pozorování ukazuje, že viry mohou infikovat buňky i nezávisle na původním receptoru díky spontánní aktivaci Env, pro kterou je dostatečná záměna jedné aminokyseliny. Ačkoliv je v některých případech RSV...
|
|
|
Modulation of human telomerase activity by nucleoside and nucleotide analogues
Hájek, Miroslav ; Votruba, Ivan (vedoucí práce) ; Fajkus, Jiří (oponent) ; Hejnar, Jiří (oponent)
CONCLUSIONS Considering human telomerase as a promising target of anti-cancer therapy, the thesis deals with the study of inhibitory potency of selected ANP diphosphates towards telomerase, and the capability of nucleoside-type DNA methylation inhibitors to inhibit hTERT expression, knowing that hTERT expression closely correlates with telomerase activity in vitro and in vivo. The results can be summarized as follows: All the purine ANP diphosphates except for (S)-PMPApp and 6-Me2PMEDAPpp show dose- dependent inhibition of human telomerase in cell-free assay, the adenine derivatives are less effective inhibitors than the guanine derivatives. The only two pyrimidine ANP diphosphates tested (PMECpp and PMETpp) do not show any significant inhibitory potency towards telomerase. Activity of tested ANPs on telomerase is limited to their diphosphates (ANPpp) only. (R)-enantiomers are more inhibitory compared to (S)-enantiomers. This indicates that absolute configuration plays an important role in the telomerase inhibition and that the enzyme distinguishes between the (R)- and (S)-enantiomers. PMEGpp is the most potent human telomerase inhibitor among all ANPs studied with the IC50 value of 12.7 ± 0.5 mol.l-1 at 125 M dNTPs. Its inhibitory potency towards telomerase is comparable to that of ddGTP (IC50...
|
|
|
Studium vlastností virových kapsidových proteinů a vývoj rekombinantních vakcín a diagnostických komponent založených na umělých virových strukturách
Fraiberk, Martin ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Hubálek Kalbáčová, Marie (oponent) ; Hejnar, Jiří (oponent)
Cílem této studie bylo vytvořit systém pro snadnou produkci různých veterinárních chimérických vakcín založených na stabilních strukturách myšího polyomaviru (MPyV). Systém je určen pro antigeny, které jsou problematické z hlediska produkce nebo stability. Nejprve byly navrženy univerzální vektory pro bakulovirovou produkci chimérických, viru podobných částic (VLPs) nebo pentamer založených na hlavním kapsidovém proteinu VP1 MPyV, k jejich využití jako vakcíny proti jiným patogenům. Různé strategie použité v této studii jsou založené na: A) vystavení vybraných imunogenních epitopů na povrchu VLPs MPyV jejich inzercí do povrchové smyčky proteinu VP1, B) inzerci cizorodých peptidů a proteinů dovnitř VLPs nebo C) fúzi cizorodého proteinu nebo jeho částí s C-koncem proteinu VP1, a tedy vytvoření pentamer chimérického proteinu. Kandidátní vakcinační antigeny proti prasečímu cirkoviru typu 2 (PCV2), původci systémových chorob spojených s PCV2 (PCV2-SD), který způsobuje významné ekonomické ztráty v chovech prasat, byly připraveny pomocí zkonstruovaných vektorů. Všechny kandidátní vakcíny byly po imunizaci myší schopny indukovat produkci protilátek proti kapsidovému proteinu PCV2. Kandidátní vakcína VarC založená na fúzním kapsidovém proteinu MPyV a PCV2 dokázala indukovat produkci protilátek s nejvyšší...
|
|
| |
host ::
RSS.